目的:借助网络药理学和分子对接技术,深入剖析陷胸和胃汤治疗胃癌的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、SwissTargetPredi...目的:借助网络药理学和分子对接技术,深入剖析陷胸和胃汤治疗胃癌的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、SwissTargetPrediction数据库对陷胸和胃汤的活性成分及其对应的靶点进行筛选;通过人类基因数据库(the human gene database,GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM).DrugBank数据库收集与胃癌相关的靶点信息,并运用UniProt数据平台对靶点的基因名称进行整理和规范。借助Venny网站对陷胸和胃汤活性成分的靶点与胃癌靶点取交集,运用Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-疾病-靶点”网络;通过STRING数据库构建PPI网络、利用R语言进行基因本体论(gene ontology,GO)功能分析以及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析;选取关键靶点和核心活性成分,使用PyMOL、AutoDock软件进行分子对接验证。结果:经筛选后,得到陷胸和胃汤活性成分72个,其治疗胃癌的交集靶点有105个。通过蛋白-蛋白互作网络(protein-protein interactions,PPI)筛选得出陷胸和胃汤治疗胃癌的前10个关键靶点分别为SRC、STAT3、PIK3CA、PIK3R1、AKT1、KRAS、ESR1、HRAS.CTNNB1、EGFR。GO分析得到2196条生物学过程、75条细胞组分、135条分子功能。KEGG通路主要富集于Rap1信号通路、癌症中的蛋白聚糖、前列腺癌等通路。分子对接结果表明,核心靶点与主要活性成分的结合构象稳定,筛选出陷胸和胃汤治疗胃癌的核心活性成分为黄连碱。结论:陷胸和胃汤能够通过多成分、多靶点、多通路的方式对胃癌发挥治疗作用,充分彰显了中药整体治疗的特色。展开更多
运用网络药理学和分子对接技术分析柴胡抗氧化应激的作用机制,通过网络药理学方法分析得到柴胡抗氧化应激的主要活性成分与核心靶点、柴胡与氧化应激的交集靶点以及可能的信号通路,预测柴胡主要活性成分与氧化应激核心靶点的结合能力。...运用网络药理学和分子对接技术分析柴胡抗氧化应激的作用机制,通过网络药理学方法分析得到柴胡抗氧化应激的主要活性成分与核心靶点、柴胡与氧化应激的交集靶点以及可能的信号通路,预测柴胡主要活性成分与氧化应激核心靶点的结合能力。结果显示:从柴胡中筛选得到14种活性成分及378个作用靶点,后与1 934个氧化应激相关靶点取交集,得到191个共同靶点。基因本体(Gene Ontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析发现,柴胡的抗氧化应激作用主要通过影响癌症通路、阿尔茨海默病通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B信号通路、Rap1信号通路、白细胞介素-17信号通路等实现。分子对接结果显示,从柴胡中筛选出的主要活性成分与抗氧化应激核心靶点间均具有较好的结合活性。综上,柴胡可通过多成分、多靶点、多通路调节机体氧化应激。展开更多
文摘目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨“柴胡-黄芩”对急性胰腺炎的作用机制。方法法:利用中药系统药理学数据库与分析平台,筛选出柴胡、黄芩的活性成分,借助SwissADME平台进一步筛选化合物,用SwissTarget Prediction数据库预测成分潜在作用靶点,应用Disgenet数据库、Gene Cards数据库、OMIM数据库获得急性胰腺炎相关靶点,将柴胡、黄芩活性化学成分相关靶点与急性胰腺炎相关靶点进行交集,并绘制韦恩图;针对两者交集靶点,利用STRING 12.0数据库及Cytoscape3.9.1软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Metascape数据库对药物与疾病关键靶点进行基因本体论(Gene Ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,通过Cytoscape3.9.1构建“中药-有效成分-作用靶点-疾病-通路”网络图,最后运用AutoDockTools1.5.7等软件进行分子对接验证,运用Pymol进行分子对接可视化。结果:共筛选出40个有效化学成分,487个药物作用靶点,疾病相关靶点1639个,药对中共180个作用靶点与急性胰腺炎存在交集关系,核心靶点为GAPDH、AKT1、BCL2、STAT3、CASP3等,GO分析结果主要涉及磷酸化的调节、磷酸盐代谢、细胞迁徙及运动等生物过程,KEGG主要富集在癌症通路、PI3K-Akt信号通路、Rap1信号通路、细胞凋亡、TNF信号通路等。柴胡和黄芩中去甲汉黄芩素、异鼠李素这2种活性成分与GAPDH、AKT1、BCL2、STAT3、CASP3均能够有效结合。结论:“柴胡-黄芩”可以通过多成分、多靶点、多维度、多通路治疗急性胰腺炎(起重要作用的成分为去甲汉黄芩素、异鼠李素等,靶点为GAPDH、AKT1、BCL2、STAT3、CASP3),可起到抗炎症反应、抗细胞凋亡、抗氧化应激反应等综合作用,这可为后续的研究提供理论基础及参考依据。
文摘目的:借助网络药理学和分子对接技术,深入剖析陷胸和胃汤治疗胃癌的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、SwissTargetPrediction数据库对陷胸和胃汤的活性成分及其对应的靶点进行筛选;通过人类基因数据库(the human gene database,GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM).DrugBank数据库收集与胃癌相关的靶点信息,并运用UniProt数据平台对靶点的基因名称进行整理和规范。借助Venny网站对陷胸和胃汤活性成分的靶点与胃癌靶点取交集,运用Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-疾病-靶点”网络;通过STRING数据库构建PPI网络、利用R语言进行基因本体论(gene ontology,GO)功能分析以及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析;选取关键靶点和核心活性成分,使用PyMOL、AutoDock软件进行分子对接验证。结果:经筛选后,得到陷胸和胃汤活性成分72个,其治疗胃癌的交集靶点有105个。通过蛋白-蛋白互作网络(protein-protein interactions,PPI)筛选得出陷胸和胃汤治疗胃癌的前10个关键靶点分别为SRC、STAT3、PIK3CA、PIK3R1、AKT1、KRAS、ESR1、HRAS.CTNNB1、EGFR。GO分析得到2196条生物学过程、75条细胞组分、135条分子功能。KEGG通路主要富集于Rap1信号通路、癌症中的蛋白聚糖、前列腺癌等通路。分子对接结果表明,核心靶点与主要活性成分的结合构象稳定,筛选出陷胸和胃汤治疗胃癌的核心活性成分为黄连碱。结论:陷胸和胃汤能够通过多成分、多靶点、多通路的方式对胃癌发挥治疗作用,充分彰显了中药整体治疗的特色。
文摘运用网络药理学和分子对接技术分析柴胡抗氧化应激的作用机制,通过网络药理学方法分析得到柴胡抗氧化应激的主要活性成分与核心靶点、柴胡与氧化应激的交集靶点以及可能的信号通路,预测柴胡主要活性成分与氧化应激核心靶点的结合能力。结果显示:从柴胡中筛选得到14种活性成分及378个作用靶点,后与1 934个氧化应激相关靶点取交集,得到191个共同靶点。基因本体(Gene Ontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析发现,柴胡的抗氧化应激作用主要通过影响癌症通路、阿尔茨海默病通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B信号通路、Rap1信号通路、白细胞介素-17信号通路等实现。分子对接结果显示,从柴胡中筛选出的主要活性成分与抗氧化应激核心靶点间均具有较好的结合活性。综上,柴胡可通过多成分、多靶点、多通路调节机体氧化应激。
