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家兔基因组学研究进展
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作者 常铄 孙秀柱 +1 位作者 任战军 王淑辉 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第8期3578-3590,共13页
家兔是全球广泛应用于经济、科学研究和应用领域的家养动物之一,深入研究家兔基因组信息对家兔遗传多样性评估、功能基因挖掘、品种遗传改良和资源保护等具有重要意义。本文综合分析了近年家兔的起源驯化、基因组资源、比较基因组学和... 家兔是全球广泛应用于经济、科学研究和应用领域的家养动物之一,深入研究家兔基因组信息对家兔遗传多样性评估、功能基因挖掘、品种遗传改良和资源保护等具有重要意义。本文综合分析了近年家兔的起源驯化、基因组资源、比较基因组学和功能基因组学的重要成果,探讨了目前已公布的家兔核基因组和线粒体基因组参考序列,总结了家兔重要经济性状相关候选基因的研究进展,旨在为家兔的遗传育种工作提供参考。 展开更多
关键词 家兔 基因组学 起源与驯化 比较基因组学 功能基因组学
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药物基因组学在抗肿瘤新药研发中的应用与展望
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作者 李薇 刘昭前 《肿瘤药学》 2025年第1期81-89,共9页
药物基因组学通过识别和鉴定与药物反应相关的基因变异及其作用靶标,为抗肿瘤新药的研发和个体化精准治疗奠定了重要基础。在抗肿瘤药物研发中,全基因组关联研究(GWAS)和全外显子组测序(WES)等技术的应用,为新药靶点的发现提供了关键途... 药物基因组学通过识别和鉴定与药物反应相关的基因变异及其作用靶标,为抗肿瘤新药的研发和个体化精准治疗奠定了重要基础。在抗肿瘤药物研发中,全基因组关联研究(GWAS)和全外显子组测序(WES)等技术的应用,为新药靶点的发现提供了关键途径。基于患者基因型的分层分析显著提升了新药临床试验设计的精准性,不仅有助于缩短试验周期、降低研发成本,还能更准确地评估药物的临床效果,从而降低药物开发失败的风险。随着测序技术的不断进步,基于多基因分析的药物基因组学在抗肿瘤药物研发中的作用将日益凸显。然而,如何充分挖掘这些技术的潜力,并加强临床、科研与产业之间的协同合作,仍是药物基因组学在抗肿瘤新药开发中亟待解决的核心问题。 展开更多
关键词 药物基因组学 抗肿瘤新药研发 基因组学技术 个体化治疗 临床试验
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本草基因组学在中药材质量均一性评价与控制中的应用 被引量:1
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作者 肖水明 初旸 +5 位作者 廖保生 蔡思远 廖雪娇 曹雪飞 刘双 徐江 《中草药》 北大核心 2025年第9期3291-3304,共14页
中药质量均一、稳定是确保临床用药安全有效的核心要素,受中药材原料质量、生产设备与工艺稳定性和质量标准控制体系等因素影响。中药材及饮片作为中药制剂生产的起始原料,处于产业链前端,其质量评价与控制对中药质量提升具有引领作用... 中药质量均一、稳定是确保临床用药安全有效的核心要素,受中药材原料质量、生产设备与工艺稳定性和质量标准控制体系等因素影响。中药材及饮片作为中药制剂生产的起始原料,处于产业链前端,其质量评价与控制对中药质量提升具有引领作用。通过总结中药材及饮片质量波动的评价控制方法和遗传成因,探讨基于药用植物分子遗传学和本草基因组学的DNA条形码内变异等遗传多态性方法以评价和控制中药材及饮片质量均一性的可行性,包括增强基原品种鉴定的正确性及控制批内/批间化学质量波动等策略,从品种选育、栽培、加工、投料等前期环节进行质量均一性控制,参与保障中药材及饮片质量稳定,促进中药质量均一、稳定,推动中医药大健康产业可持续发展。 展开更多
关键词 质量评价与控制 均一性 本草基因组学 遗传多态性 条形码内变异
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基于宏基因组学与呼气末二氧化碳监测的重症肺炎患儿抗菌耐药预测模型构建 被引量:1
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作者 凌萍 周麟永 +2 位作者 陈烨 王莎 陈建丽 《中国病原生物学杂志》 北大核心 2025年第1期46-51,共6页
目的评估宏基因组学测序(metagenomic next-generation sequencing technology,mNGS)技术在预测机械通气重症肺炎患儿抗菌药物耐药性中的表现,结合呼吸末二氧化碳(ETCO_(2))监测数据,探讨其临床应用价值。方法纳入2022年7月至2024年4月... 目的评估宏基因组学测序(metagenomic next-generation sequencing technology,mNGS)技术在预测机械通气重症肺炎患儿抗菌药物耐药性中的表现,结合呼吸末二氧化碳(ETCO_(2))监测数据,探讨其临床应用价值。方法纳入2022年7月至2024年4月在贵阳市儿童医院重症医学科的112名重症肺炎患儿,年龄在1个月至18岁之间,均需机械通气治疗。收集患儿的临床数据和支气管肺泡灌洗液(BALF)样本,使用mNGS技术进行病原微生物和耐药基因的检测。结合ETCO_(2)监测数据,采用决策树算法构建耐药性预测模型,并通过混淆矩阵和受试者工作特征(ROC)曲线评估模型性能。结果使用mNGS技术识别出的主要病原微生物包括肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌和呼吸道合胞病毒;主要耐药基因包括bla_TEM、mecA、ermB和vanA。初始ETCO_(2)和最高ETCO_(2)水平与多种耐药基因呈显著正相关(P<0.05)。决策树模型的准确率为0.859,AUC值为0.896。结论mNGS技术能够快速、准确地识别重症肺炎患儿的病原微生物及其耐药基因,结合ETCO_(2)监测数据显著提高了耐药性预测的准确性。基于此构建的决策树模型性能良好,为重症肺炎的个体化治疗提供了新的思路和方法。 展开更多
关键词 基因组学测序 呼吸末二氧化碳 重症肺炎 抗菌药物耐药性 机械通气
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融合病理图像和基因组学多模态的癌症生存预测
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作者 张雪芹 李悦欣 +1 位作者 刘畅 周韵斓 《华东理工大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第4期505-513,共9页
融合病理图像和基因组学多模态数据进行生存预测有助于提高癌症患者生存预测的准确性,从而为个性化医疗和精准治疗提供更加可靠的依据。为了提高生存预测的准确性,针对病理图像和基因组学两个模态数据,提出了一种基于中期特征融合的生... 融合病理图像和基因组学多模态数据进行生存预测有助于提高癌症患者生存预测的准确性,从而为个性化医疗和精准治疗提供更加可靠的依据。为了提高生存预测的准确性,针对病理图像和基因组学两个模态数据,提出了一种基于中期特征融合的生存预测方法,从“全局-局部-全局”3个层面来挖掘多模态数据间的潜在关系。该方法采用多示例学习,基于ResNet50网络提取全尺寸病理图像示例级特征,采用自归一化网络提取基因组学特征;使用相似性度量方法学习模态间的全局相似语义信息,利用双向交叉注意力模块挖掘模态间的密集局部联系,通过最优传输方法捕获模态间的全局结构一致性,同时使用基于Transformer编码器和门控注意力池化层构建的聚合器聚合形成包级特征,最后采用估计危险函数预测得到癌症患者生存风险。在膀胱尿道上皮癌(BLCA)、肺腺癌(LUAD)和子宫体内膜癌(UCEC)这3个公共全尺寸病理图像数据集上的实验结果表明,本文所提方法优于其他对比方法,能够有效融合病理图像和基因组学数据,显著提高生存预测的准确性。 展开更多
关键词 病理图像 基因组学 多模态数据融合 深度神经网络 生存预测
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苏姜猪盲肠微生物宏基因组学研究
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作者 张伟 刘凯瑞 +7 位作者 孙雯婕 浦景然 高正杰 范林涛 许琴瑟 倪黎纲 吴嘉韵 徐盼 《猪业科学》 2025年第9期115-119,共5页
国家统计局年度数据显示,2024年我国猪肉产量占肉类产量的59.05%(https://www.stats.gov.cn/),由此可见生猪产业是我国畜牧业的支柱产业。饲料成本占生猪产业生产成本的60%~70%,其中,作为能量和蛋白质来源的玉米、豆粕是饲料的主要组成... 国家统计局年度数据显示,2024年我国猪肉产量占肉类产量的59.05%(https://www.stats.gov.cn/),由此可见生猪产业是我国畜牧业的支柱产业。饲料成本占生猪产业生产成本的60%~70%,其中,作为能量和蛋白质来源的玉米、豆粕是饲料的主要组成部分,占饲料成本的60%以上。受耕地资源有限、种植效益较低、生产技术不足等因素制约,我国玉米和大豆的产能无法满足生猪产业需求,需要长期依赖进口,且其价格一直保持增长态势。 展开更多
关键词 苏姜猪 微生物宏基因组学
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基于药物基因组学的抗血小板药物个体化药学服务在轻型卒中患者中的评价
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作者 陈颖 马星海 +3 位作者 刘海燕 王书波 吴哲 张巧梅 《医药论坛杂志》 2025年第16期1744-1749,共6页
目的探讨基于药物基因组学的抗血小板药物个体化药学服务模式对轻型缺血性卒中患者神经功能、用药依从性、安全性及预后的影响。方法纳入2022年2月—2023年10月焦作市人民医院收治的轻型缺血性卒中患者86例为研究对象,根据是否行基因检... 目的探讨基于药物基因组学的抗血小板药物个体化药学服务模式对轻型缺血性卒中患者神经功能、用药依从性、安全性及预后的影响。方法纳入2022年2月—2023年10月焦作市人民医院收治的轻型缺血性卒中患者86例为研究对象,根据是否行基因检测分为观察组(n=43)和对照组(n=43)。观察组以阿司匹林及氯吡格雷基因多态性检测结果为导向,制定和调整个体化用药及药学监护方案。对照组采用临床经验性治疗模式。收集观察组药物抵抗基因分布情况,比较两组神经功能、住院时间、用药依从性、药物不良反应、随访90天预后情况。结果观察组阿司匹林高应答及中间应答患者分别占比46.51%、53.49%,未发现低应答患者;氯吡格雷中间代谢型和慢代谢型共占比55.81%。18例正常代谢型与1例快代谢型患者均按照常规剂量给药;20例中间代谢型及4例慢代谢型患者均将氯吡格雷更换为替格瑞洛或西洛他唑。治疗后,观察组住院天数为(9.77±3.53)天,低于对照组住院天数为(11.23±2.61)d(P<0.05);观察组美国国立卫生研究院卒中量表(NIHSS)评分较治疗前降低更为明显(2.02±1.65 vs 1.02±1.22,P<0.001);观察组药物不良反应发生率6.98%,低于对照组27.91%(P<0.05),其中轻度出血发生率无明显差异(P=0.616);随访90日,观察组脑卒中改良Rankin量表(mRS)评分0~1比例及用药总依从率分别为72.09%、90.70%,明显高于对照组48.84%、72.09%,P<0.05。结论基于抗血小板药物基因组学的个体化药学服务模式,可提高卒中患者用药依从性,减少不良反应产生,改善神经功能及短期预后。 展开更多
关键词 药物基因组学 轻型缺血性脑卒中 个体化药服务 抗血小板
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宿主转录组学、影像组学、影像基因组学在耐药结核病诊治中的应用
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作者 宋树林 金观桥 《新发传染病电子杂志》 2025年第4期83-88,共6页
长期以来,结核病(tuberculosis,TB)是全球公共卫生领域面临的重大挑战,而耐药结核病(drug-resistant tuberculosis,DR-TB)的出现加剧了TB的严峻形势。DR-TB不仅威胁个人健康,也给社会经济带来了沉重的负担。目前,DR-TB仍然依赖于药物治... 长期以来,结核病(tuberculosis,TB)是全球公共卫生领域面临的重大挑战,而耐药结核病(drug-resistant tuberculosis,DR-TB)的出现加剧了TB的严峻形势。DR-TB不仅威胁个人健康,也给社会经济带来了沉重的负担。目前,DR-TB仍然依赖于药物治疗。因此,快速、准确、便捷的诊断技术对于遏制TB,尤其是DR-TB的传播至关重要。转录组学的发展为DR-TB的诊断带来了新的希望。通过分析宿主对结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)感染的分子反应,可以确定关键基因的表达模式。这为快速筛查和分流DR-TB提供了新的可能性。同样,影像组学的进步也为TB的诊断和治疗监测提供了新的工具。影像组学包括从成像数据中提取高通量放射学特征,构建诊断、预测和预后模型,并研究成像数据与临床结果之间的相关性。此外,影像基因组学将影像组学和基因组学相结合,探索病变成像特征与基因组和分子特征之间的关系。这种整合为无创诊断、预后评估和治疗评估提供了创新方法。本文回顾了宿主转录组学、影像组学和影像基因组学在诊断和治疗DR-TB方面的进展。目的是为该领域的研究提供新的视角,并进一步理解这些技术在DR-TB诊治中的应用。 展开更多
关键词 宿主 转录组 影像组 影像基因组学 耐药结核病
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基因组学与应用生物学作者投稿指南
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《基因组学与应用生物学》 北大核心 2025年第3期I0005-I0006,共2页
1刊登范围本刊主要刊登植物、动物和微生物基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等组学,分子医学、现代生物技术等应用生物学研究的未发表的创新性研究成果,以及上述领域的综述论文。2栏目设置本刊设置固定栏目和随机栏目。固定栏... 1刊登范围本刊主要刊登植物、动物和微生物基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等组学,分子医学、现代生物技术等应用生物学研究的未发表的创新性研究成果,以及上述领域的综述论文。2栏目设置本刊设置固定栏目和随机栏目。固定栏目常设研究论文,发表最新的原始研究成果。随机栏目根据稿源设述评及其他栏目。 展开更多
关键词 应用生物 微生物基因组学 植物基因组学
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基因组学与应用生物学作者投稿指南
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《基因组学与应用生物学》 北大核心 2025年第4期I0005-I0006,共2页
1刊登范围本刊主要刊登植物、动物和微生物基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等组学,分子医学、现代生物技术等应用生物学研究的未发表的创新性研究成果,以及上述领域的综述论文。2栏目设置本刊设置固定栏目和随机栏目。固定栏... 1刊登范围本刊主要刊登植物、动物和微生物基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等组学,分子医学、现代生物技术等应用生物学研究的未发表的创新性研究成果,以及上述领域的综述论文。2栏目设置本刊设置固定栏目和随机栏目。固定栏目常设研究论文,发表最新的原始研究成果。随机栏目根据稿源设述评及其他栏目。 展开更多
关键词 应用生物 微生物基因组学 植物基因组学
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基因组学与应用生物学作者投稿指南
11
《基因组学与应用生物学》 北大核心 2025年第2期I0005-I0006,共2页
1刊登范围本刊主要刊登植物、动物和微生物基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等组学,分子医学、现代生物技术等应用生物学研究的未发表的创新性研究成果,以及上述领域的综述论文。2栏目设置本刊设置固定栏目和随机栏目。固定栏... 1刊登范围本刊主要刊登植物、动物和微生物基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等组学,分子医学、现代生物技术等应用生物学研究的未发表的创新性研究成果,以及上述领域的综述论文。2栏目设置本刊设置固定栏目和随机栏目。固定栏目常设研究论文,发表最新的原始研究成果。随机栏目根据稿源设述评及其他栏目。 展开更多
关键词 应用生物 微生物基因组学 植物基因组学
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基于宏基因组学的慢性心衰心气阴虚证大鼠肠道微生物改变的研究 被引量:2
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作者 赵震宇 李琳 胡志希 《时珍国医国药》 北大核心 2025年第1期184-192,共9页
目的应用宏基因组学技术探讨心气阴虚证心力衰竭对肠道微生物的特异性影响。方法运用随机数字表法对18只大鼠(Dahl盐敏感大鼠12只,耐盐大鼠6只)编号,将Dahl盐敏感大鼠随机均分为对照组(CON,接受0.3%NaCl低盐饮食)和模型组(H-HF,接受8%N... 目的应用宏基因组学技术探讨心气阴虚证心力衰竭对肠道微生物的特异性影响。方法运用随机数字表法对18只大鼠(Dahl盐敏感大鼠12只,耐盐大鼠6只)编号,将Dahl盐敏感大鼠随机均分为对照组(CON,接受0.3%NaCl低盐饮食)和模型组(H-HF,接受8%NaCl高盐饮食),耐盐组(SR)大鼠同样接受高盐饮食,持续喂养20周。干预结束后,收集新鲜粪便,运用宏基因组学技术比较三组大鼠肠道微生物结构和基因功能差异。结果Venn图结果显示,CON组与SR组共有的基因数目最多,其次是H-HF组与SR组,CON组和H-HF组共有的基因数目最少;PCoA图结果显示,CON组样本与SR组样本相对聚集,H-HF组样本与CON组、SR组样本相对离散;LEfSe结果显示,与CON组比较,H-HF组有益菌丰度显著降低,机会致病菌丰度显著升高;CAZy数据库、GO数据库、KEGG数据库注释结果表明,与碳水化合物代谢、脂类代谢、氨基酸代谢等相关的基因水平在H-HF组大鼠体内异常表达。结论肠道微生物的特异性改变与心气阴虚证心力衰竭的病理过程密切相关。 展开更多
关键词 心力衰竭 中医证型 肠道菌群 基因组学
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基于基因组学的乳酸杆菌色氨酸代谢特异性 被引量:1
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作者 陈楠 刘秋颖 +3 位作者 任树成 朱宝利 王慕华 律娜 《生物工程学报》 北大核心 2025年第5期2119-2131,共13页
肠道微生物参与的色氨酸代谢能够产生多种吲哚衍生物促进人体健康。乳酸杆菌作为有益的肠道细菌,部分菌株已经被开发成为重要的益生菌,但大多数菌株的色氨酸代谢能力仍不明晰。本研究旨在利用基因组学方法,通过分析特定功能基因揭示乳... 肠道微生物参与的色氨酸代谢能够产生多种吲哚衍生物促进人体健康。乳酸杆菌作为有益的肠道细菌,部分菌株已经被开发成为重要的益生菌,但大多数菌株的色氨酸代谢能力仍不明晰。本研究旨在利用基因组学方法,通过分析特定功能基因揭示乳酸杆菌色氨酸代谢潜在能力,使快速筛选具备生成特定色氨酸代谢产物能力的菌株成为可能。基于新构建的色氨酸代谢功能基因数据集,分析了从公共数据库下载的我国《可用于食品的菌种名单》中16种2235株乳酸杆菌基因组序列,结果显示除广布乳杆菌属外,乳酸杆菌菌株具有丰富的色氨酸代谢基因,尤其是吲哚-3乳酸生成相关代谢酶基因,超过92%的菌株具有芳香族氨基酸氨基转移酶(aromatic amino acid aminotransferase,ArAT)、吲哚乳酸脱氢酶(indolelactate dehydrogenase,FLDH)和乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase,LDH),拷贝数分别为1−11个、1−7个和1−11个,表现出了较高的吲哚-3-乳酸生成潜力。系统发育分析研究了吲哚-3-乳酸生成相关代谢酶ArAT、FLDH和LDH的相似性,结果显示ArAT、FLDH和LDH可以分别聚为3−4个簇,每簇的序列都来自不同菌种的菌株,表明乳酸杆菌的吲哚-3-乳酸生成潜力还受到基因型的影响。本研究通过新构建的色氨酸代谢基因数据集,分析了色氨酸代谢基因尤其是吲哚-3-乳酸代谢基因在乳酸杆菌菌株中的分布和基因的系统发育分析,深入解析了乳酸杆菌色氨酸代谢特征,为利用基因组学方法开发功能菌株提供了理论基础和筛选方法。 展开更多
关键词 色氨酸代谢 乳酸杆菌 吲哚-3-乳酸 基因组学 特异性
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红花基因组学研究及应用
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作者 苏鲁方 谭鑫雨 +2 位作者 胡涵冰 陈锐 刘小云 《自然科学》 2025年第5期1028-1036,共9页
红花作为一种重要的经济作物,在食品、医药和工业等领域具有广泛应用。随着测序技术的快速发展,红花基因组学研究取得了显著进展。本文阐述了基于全基因组和表观基因组测序技术在红花基因组研究中的应用,包括全基因组测序(GWAS)、表观... 红花作为一种重要的经济作物,在食品、医药和工业等领域具有广泛应用。随着测序技术的快速发展,红花基因组学研究取得了显著进展。本文阐述了基于全基因组和表观基因组测序技术在红花基因组研究中的应用,包括全基因组测序(GWAS)、表观基因组测序(epiGWAS)和转录组测序等。整合GWAS、表观组、转录组与代谢组多组学,已挖掘脂肪酸合成(FAD2, FAB2)、类黄酮/羟基红花色素A合成(CHS, DFR, CtCGT1)、花色(YABBY, CYP450)及抗旱(CtWRKYs, CtSAMS1)等关键基因。未来,单细胞表观图谱、泛基因组及AI育种模型将加速高油、高黄酮、抗逆红花新品种创制,为分子育种与产业升级提供基因蓝图。 展开更多
关键词 红花 测序技术 基因组学 表观基因组学
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萝卜基因组学与分子育种研究进展 被引量:1
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作者 褚文龙 张晓莉 +2 位作者 徐良 王燕 柳李旺 《园艺学报》 北大核心 2025年第5期1251-1270,共20页
随着基因组学和生物技术的快速发展,萝卜品种改良工作由传统育种向分子设计育种与智慧育种阶段转型。本文中系统综述了萝卜核基因组、泛基因组与细胞质基因组研究的最新进展;围绕主要育种目标重点探讨了萝卜肉质根形成膨大、主要病害与... 随着基因组学和生物技术的快速发展,萝卜品种改良工作由传统育种向分子设计育种与智慧育种阶段转型。本文中系统综述了萝卜核基因组、泛基因组与细胞质基因组研究的最新进展;围绕主要育种目标重点探讨了萝卜肉质根形成膨大、主要病害与非生物胁迫抗性、品质、抽薹性与雄性不育等重要性状相关的分子基础以及在分子育种领域的应用。基于基因组信息与性状分子基础初步提出萝卜“精准智慧育种”策略的理论框架;通过整合多组学数据进行综合分析揭示复杂性状的调控机制;强化快速育种研究,建立从基因型—表型—环境互作到设计育种的精准智慧育种技术体系,为实现萝卜等十字花科蔬菜作物“产量—抗性—品质”协同遗传改良提供理论和技术支撑。 展开更多
关键词 萝卜 基因组学 分子育种 品质性状 遗传改良
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基于长期定位试验的不同施肥处理下旱地红壤微生物的宏基因组学分析 被引量:1
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作者 余腾 李顺江 +3 位作者 万子维 阙正扬 黄国勤 徐慧芳 《华中农业大学学报》 北大核心 2025年第1期148-155,共8页
为探究旱地红壤微生物群落与不同施肥制度之间的关系,采用宏基因组测序,比较分析长期定位试验地4种施肥处理:不施肥(CK)、施氮磷钾肥(NPK)、施有机肥(OM)、氮磷钾肥和有机肥混合施用(NPKOM)的土壤微生物群落组成及多样性。结果显示:相... 为探究旱地红壤微生物群落与不同施肥制度之间的关系,采用宏基因组测序,比较分析长期定位试验地4种施肥处理:不施肥(CK)、施氮磷钾肥(NPK)、施有机肥(OM)、氮磷钾肥和有机肥混合施用(NPKOM)的土壤微生物群落组成及多样性。结果显示:相比对照,施用有机肥和氮磷钾肥和有机肥混合施用显著增加放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)的丰度,降低了绿弯菌门(Chloroflexi)的丰度;施肥显著改变微生物群落结构,施用无机肥降低土壤微生物数量,施用有机肥和无机有机混合施用则增加土壤微生物数量;土壤微生物群落在门水平与pH、全磷(TP)、土壤有机质(SOM)、碱解氮(AN)和有效磷(AP)含量显著相关,pH是影响土壤微生物群落结构的关键因素;不同施肥处理下微生物代谢功能差异显著。 展开更多
关键词 长期定位试验 基因组学 施肥制度 有机肥 旱地 红壤 土壤微生物群落
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基于比较基因组学解析两歧双歧杆菌B1628遗传背景及潜在益生基因 被引量:1
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作者 田桂铭 周润芝 +3 位作者 吴琼 赵飞燕 李伟程 于洁 《食品与发酵工业》 北大核心 2025年第3期72-80,共9页
该研究团队前期从健康婴儿粪便分离得到有较好耐酸耐胆盐能力的两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)B1628,其灭活菌体可以缓解炎症性肠病(inflammatory bowel disease,IBD)小鼠结肠炎症性水肿,具有潜在应用价值。该研究基于生物信息... 该研究团队前期从健康婴儿粪便分离得到有较好耐酸耐胆盐能力的两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)B1628,其灭活菌体可以缓解炎症性肠病(inflammatory bowel disease,IBD)小鼠结肠炎症性水肿,具有潜在应用价值。该研究基于生物信息学分析探究B.bifidum B1628的遗传背景和潜在益生基因,为其开发应用提供理论指导。对B.bifidum B1628进行Illumina与Oxford Nanopore结合的全基因组测序,结合NCBI Refseq数据库中119株B.bifidum基因组进行比较基因组学分析。B.bifidum B1628基因组仅有1条2234414 bp的环状染色体且不含质粒,GC含量为62.4%,包含1769个蛋白质编码区。120株B.bifidum共包含6554个泛基因,呈开放型。基于987个核心基因构建系统发育树,120株B.bifidum聚为8个不同的分支,呈地区聚集性,B.bifidum B1628属于分支1,该分支菌株均分离自中国。功能分析发现B.bifidum B1628包含叶酸、色氨酸、乳酸合成基因,耐酸、耐胆盐、氧化应激等与环境压力相关基因以及CRISPR-Cas适应性免疫系统。该研究揭示了B.bifidum B1628全基因组特征,发现多个潜在益生基因,为该菌株开发利用及产业化提供数据参考。 展开更多
关键词 两歧双歧杆菌 比较基因组学 遗传背景 潜在益生基因
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2型糖尿病治疗药物的药物基因组学研究进展 被引量:1
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作者 马玉龙 李亚龙 +2 位作者 胡晓霞 金更学(综述) 刘欣跃(审校) 《国际检验医学杂志》 2025年第3期349-353,共5页
降糖药物是2型糖尿病患者治疗的重要手段,但在临床治疗中,效果不佳、无效乃至药物不良反应皆时有发生。随着药物基因组学的发展,对个体遗传变异和药物剂量与治疗反应之间的关联逐渐清晰,由此患者获得了更好的疗效并减少了不良反应。该... 降糖药物是2型糖尿病患者治疗的重要手段,但在临床治疗中,效果不佳、无效乃至药物不良反应皆时有发生。随着药物基因组学的发展,对个体遗传变异和药物剂量与治疗反应之间的关联逐渐清晰,由此患者获得了更好的疗效并减少了不良反应。该文聚焦于降糖药物,综述其最新的药物基因组学研究进展,为个体化治疗2型糖尿病并预防相应并发症直至实现精准医学提供参考。 展开更多
关键词 2型糖尿病 药物基因组学 精准医
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基于宏基因组学技术的天祝藏酒大曲微生物群落多样性及功能解析
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作者 李亚萍 乔海军 +5 位作者 贾志龙 汪月 张忠明 刘琦 温得林 张卫兵 《轻工学报》 北大核心 2025年第2期31-40,共10页
为深入研究天祝藏酒大曲的特性及其在白酒酿造过程中发挥的作用,采用宏基因组学技术分析其微生物群落多样性,并对其功能基因进行注释。结果表明:从天祝藏酒大曲中鉴定出的微生物分别属于53个门和835个属,其中优势菌门包括厚壁菌门、放... 为深入研究天祝藏酒大曲的特性及其在白酒酿造过程中发挥的作用,采用宏基因组学技术分析其微生物群落多样性,并对其功能基因进行注释。结果表明:从天祝藏酒大曲中鉴定出的微生物分别属于53个门和835个属,其中优势菌门包括厚壁菌门、放线菌门和毛霉菌门,优势菌属包括糖多孢菌属、枝芽孢杆菌属、慢生芽胞杆菌属、横梗霉属、Desmospora、海洋芽孢杆菌属、芽孢杆菌属、Syncephalastrum和链霉菌属。在KEGG二级水平上共注释到22条代谢通路,其中碳水化合物代谢和氨基酸代谢功能较突出,且糖酵解/糖异生及甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢最旺盛;糖基转移酶和糖苷水解酶被CAZy数据库注释到的基因较多,分别占总基因数目的40.49%和39.09%。 展开更多
关键词 天祝藏酒大曲 基因组学技术 微生物群落 多样性 功能基因
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7株奶牛源牛支原体中国分离株的比较基因组学分析
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作者 吴春琳 王梦瑶 +4 位作者 吴雨伦 殳婕 孙学强 潘子豪 姚火春 《南京农业大学学报》 北大核心 2025年第4期892-901,共10页
[目的]本文旨在利用高通量测序技术结合生物信息学方法探究中国部分地区奶牛源牛支原体分离株的基因组多样性和遗传相关性。[方法]通过PCR、测序等技术对中国6个省(自治区)奶牛临床样本进行牛支原体的分离鉴定。结合从NCBI数据库中获取... [目的]本文旨在利用高通量测序技术结合生物信息学方法探究中国部分地区奶牛源牛支原体分离株的基因组多样性和遗传相关性。[方法]通过PCR、测序等技术对中国6个省(自治区)奶牛临床样本进行牛支原体的分离鉴定。结合从NCBI数据库中获取的28株牛支原体基因组,运用生物信息学技术对分离株进行泛基因组分析和系统发育、毒力基因及耐药基因分析。[结果]共分离到7株牛支原体,命名为P-MB1—P-MB7。分离株的基因组全长范围为920~970 kb;含有882~927个编码基因。泛基因组分析结果显示,以上菌株的基因组中共含有2833个基因,核心基因数为474,占比16.7%。核心基因组的系统进化和多位点序列分型(MLST)显示,国内分离株多属于Ⅰ群,ST-52型。毒力基因预测表明,不同分离株均携带7个毒力因子相关基因,涉及黏附、酶、细胞毒性等。此外,共检测到13个耐药基因,其中头孢菌素类和艾法霉素类耐药基因IreK和EF-Tu的携带率最高(100%)。[结论]本研究结果进一步丰富了国内牛支原体流行株的基因组结构、组成和进化信息,也为未来牛支原体适应性进化机制的研究提供了遗传背景资料。 展开更多
关键词 牛支原体 分离鉴定 基因组学 系统进化分群 毒力基因 耐药基因
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