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基于多重PCR的SNP基因分型及其在辣椒种质遗传多样性及关联分析中的应用
1
作者 黄月琴 陈学军 +5 位作者 方荣 周坤华 雷刚 李歌歌 方钰 袁欣捷 《植物遗传资源学报》 北大核心 2026年第1期132-151,I0047-I0054,共28页
利用简化基因组测序数据,开发了一套基于多重PCR的SNP基因分型panel,包含170个核心SNP标记。利用该SNP panel及30个表型性状对202份辣椒种质进行分析,解析其遗传多样性,发掘辣椒优良表型性状的关联位点。结果表明,170个核心SNP标记分布... 利用简化基因组测序数据,开发了一套基于多重PCR的SNP基因分型panel,包含170个核心SNP标记。利用该SNP panel及30个表型性状对202份辣椒种质进行分析,解析其遗传多样性,发掘辣椒优良表型性状的关联位点。结果表明,170个核心SNP标记分布于12条染色体上,香农指数平均为0.616,多态性信息含量平均为0.334,基因多样性平均值0.428,说明供试材料遗传多样性较好。基于SNP标记的聚类分析、群体结构分析和主成分分析结果较为一致,均将供试材料划分为5个类群,各类群与地理来源和果实形态有一定相关性。30个表型性状变异系数在7.00%~87.88%之间、平均为34.85%,ShannonWiener多样性指数在0.03~2.07之间、平均为1.19,其中单果重的变异系数最大,商品果纵径的Shannon-Wiener多样性指数最大,花冠颜色变异系数和Shannon-Wiener多样性指数均最小;表型性状间大部分存在显著或极显著相关性。进一步对表型性状、SNP标记进行关联分析,结果表明,GLM和MLM两种方法共检测到53个SNP关联位点,与12个表型性状显著关联;GLM和MLM分别可以解释4.83%~48.41%和10.86%~19.19%的表型变异,其中位于4号染色体的980-003标记对花冠颜色的表型变异解释率最高;53个关联位点里有4个位点被两种方法同时检测到。本研究所开发的SNP基因分型panel是一种通量高、准确性好且成本低的基因型鉴定方法,可应用于辣椒遗传结构分析、分子标记辅助育种、品种鉴定等研究。此外,本研究还构建了202份辣椒种质表型性状和基因型数据库,有效地建立了表型与基因型的对应关系,为辣椒优异基因发掘、种质创新和品种遗传改良提供理论指导和材料基础。 展开更多
关键词 辣椒 SNP基因分型 多重pcr 遗传多样性 关联分析
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猪肠道病毒和猪捷申病毒双重荧光RT-PCR检测方法的建立
2
作者 莫玲 于新友 +5 位作者 吕素芳 毕艳丽 张颖 李天芝 Ashenafi Kiros Wubshet 王文秀 《动物医学进展》 北大核心 2026年第2期49-53,共5页
为建立同时检测猪肠道病毒(PEV)和猪捷申病毒(PTV)的荧光RT-PCR方法,根据NCBI中PEV VP1(NCBI AF363453)和PTV VP1(NCBI GQ293092)基因序列,分别设计特异性引物和探针,通过优化反应体系和扩增程序,建立了一种无需提取核酸即可同时检测PEV... 为建立同时检测猪肠道病毒(PEV)和猪捷申病毒(PTV)的荧光RT-PCR方法,根据NCBI中PEV VP1(NCBI AF363453)和PTV VP1(NCBI GQ293092)基因序列,分别设计特异性引物和探针,通过优化反应体系和扩增程序,建立了一种无需提取核酸即可同时检测PEV和PTV的双重荧光RT-PCR检测方法,对该方法的特异性、敏感性及重复性进行评估,并对临床样品进行检测。结果表明,20μL体系中各引物和探针最适加入量为:PEV-F 0.8μL、PEV-R 1.3μL、PEV-P 0.6μL、PTV-F 1.2μL、PTV-R 1.4μL和PTV-P 0.7μL,优化后的扩增程序为:90℃3 min;60℃反转录5 min;95℃5 s,52℃退火延伸20 s(此处收集荧光),共计40个循环。该对猪常见病原均无扩增,对PEV和PTV检测敏感性分别为5.13 TCID 50/100μL和3.47 TCID 50/100μL,对135份临床样品检测结果与传统核酸提取法结果一致。成功建立了PEV和PTV的免提取核酸双重荧光RT-PCR方法,特异性好,敏感性高,可用于临床两种疑似病例的快速检测。 展开更多
关键词 猪肠道病毒 猪捷申病毒 免提取核酸 荧光pcr
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机场道面承载能力ACR-PCR评价方法及其改进方向
3
作者 袁捷 李杰 +2 位作者 马鲁宽 凌建明 姜昌山 《同济大学学报(自然科学版)》 北大核心 2026年第2期255-263,共9页
道面承载能力评价是保障飞机安全运行的重要工作之一。在回顾飞机分类号-道面分类号(aircraft classification number-pavement classification number,ACN-PCN)评价方法基本原理并总结其局限性的基础上,阐述了飞机分类等级-道面分类等... 道面承载能力评价是保障飞机安全运行的重要工作之一。在回顾飞机分类号-道面分类号(aircraft classification number-pavement classification number,ACN-PCN)评价方法基本原理并总结其局限性的基础上,阐述了飞机分类等级-道面分类等级(aircraft classification rating-pavement classification rating,ACR-PCR)评价方法的优化内容;明确了ACR和PCR的计算方法,并通过算例对比分析了2种方法,同时提出了改进方向。结果表明,ACR-PCR评价方法优化了标准道面结构、当量单轮胎压等参数,更新了道面结构破坏模式的控制准则及力学响应计算方法,实现了与现行设计方法的统一;ACR值不能简单地用10倍的ACN值表示,并且ACR-PCR评价方法对刚性道面承载能力提出了更高要求;建议在优化标准结构的基础上,提出针对无机结合料稳定类基层道面的ACR计算方法以及刚性道面上加铺层复合道面承载能力ACR-PCR评价方法。 展开更多
关键词 机场工程 机场道面 承载能力 ACR-pcr评价方法
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黄芪根腐病菌锐顶镰刀菌的实时荧光定量PCR快速检测方法
4
作者 祖未希 赵丽梅 +2 位作者 赵雪姣 王雪 高芬 《河南农业科学》 北大核心 2026年第3期107-117,共11页
锐顶镰刀菌(Fusarium acuminatum)是黄芪根腐病的重要病原菌之一。为实现锐顶镰刀菌的快速检测和准确定量,建立了一种实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法,并对其在黄芪植株和土壤样本检测中的实用性进行验证。结果表明,基于锐顶镰刀菌EF-1... 锐顶镰刀菌(Fusarium acuminatum)是黄芪根腐病的重要病原菌之一。为实现锐顶镰刀菌的快速检测和准确定量,建立了一种实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法,并对其在黄芪植株和土壤样本检测中的实用性进行验证。结果表明,基于锐顶镰刀菌EF-1α序列设计的引物Fae F4/Fae R4特异性强,所建方法对黄芪和土壤中锐顶镰刀菌的检测灵敏度分别为DNA质量浓度2.56×10^(-3)ng/μL和分生孢子1×10^(2)个/g,标准曲线的相关系数分别为0.9997和0.9838,扩增效率分别为1.07和0.87。重复性评价显示方法可靠、稳定。利用该方法检测发现,黄芪样本接种锐顶镰刀菌1 h后即可检测到病菌存在,且侵染量随时间逐渐上升;田间疑似根腐发病样本的锐顶镰刀菌阳性检出率为100%;田间发病和未发病土壤样本中,病菌阳性检出率也为100%,且相同种植年限的发病土带菌量显著高于未发病土。因此,所建qPCR检测方法可用于黄芪植株和土壤中锐顶镰刀菌的检测,为黄芪根腐病的精准监测和及时防控提供可靠的技术支撑。 展开更多
关键词 黄芪 根腐病 锐顶镰刀菌 实时荧光定量pcr 检测
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细胞种属鉴别多重PCR法的优化及验证
5
作者 吴雪伶 张琪梦 +5 位作者 纳涛 魏山山 范珊珊 宗伟英 孟淑芳 杨志行 《中国生物制品学杂志》 2026年第2期180-188,共9页
目的对原有细胞种属鉴别多重PCR法进行再优化以及再验证,使其可适用于不同检测机构及实验室的检测。方法对猪、中国仓鼠、非洲绿猴和大鼠的引物序列及核酸提取方式、引物配比、参比细胞混合基因组DNA的配比、PCR扩增程序及DNA模板用量... 目的对原有细胞种属鉴别多重PCR法进行再优化以及再验证,使其可适用于不同检测机构及实验室的检测。方法对猪、中国仓鼠、非洲绿猴和大鼠的引物序列及核酸提取方式、引物配比、参比细胞混合基因组DNA的配比、PCR扩增程序及DNA模板用量进行优化,对优化后的方法进行灵敏度、交叉污染检测限度及不同实验室间的复核验证。结果优化后的方法可成功用于10个种属的细胞鉴别检测,方法灵敏度可达50~5000个细胞,交叉污染的检测水平可达1∶100~1∶10000,4家不同实验室均能利用该方法成功对细胞进行检测。结论优化后的细胞种属鉴别多重PCR法具有较好的专属性及检测细胞交叉污染的能力,可用于不同实验室的细胞种属鉴别检测,耐用性好,将为生产及检定用细胞的质量控制提供有效的技术手段。 展开更多
关键词 细胞种属 鉴别 多重pcr法 线粒体
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牛星状病毒和诺如病毒双重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用
6
作者 姜玲玲 罗文菊 +4 位作者 艾蓉 周景瑞 张琴 冯明祥 余波 《贵州农业科学》 2026年第3期116-123,共8页
【目的】建立一种同时快速检测牛星状病毒(BAstV)和诺如病毒(BNoV)的方法,为及时制定相关疫情防控方案提供技术指导。【方法】根据BAstV中ORF2基因和BNoV中RdRp基因的保守区域分别设计特异性引物,建立能同时检测BAstV和BNoV的双重TaqMa... 【目的】建立一种同时快速检测牛星状病毒(BAstV)和诺如病毒(BNoV)的方法,为及时制定相关疫情防控方案提供技术指导。【方法】根据BAstV中ORF2基因和BNoV中RdRp基因的保守区域分别设计特异性引物,建立能同时检测BAstV和BNoV的双重TaqMan探针荧光定量RT-PCR方法,对该方法的敏感性、特异性、重复性及临床样品进行试验检测。【结果】建立的双重TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法可扩增BAstV和BNoV核酸,未能扩增牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛环曲病毒(BToV)、牛冠状病毒(BCoV)核酸,特异性强;对BAstV和BNoV的最低检测量分别为1.19 pg/μL和0.82 pg/μL,敏感性高;重复性试验检测中,变异系数均小于1%,重复性好;临床检测213份样品,BAstV和BNoV的阳性检出率分别为23.94%和7.98%,明显高于单一SYBR Green染料法。【结论】牛星状病毒和诺如病毒双重荧光PCR方法敏感性高、特异性强,用便携式荧光定量PCR仪可在60 min内完成检测,适用于养殖场BAstV和BNoV感染的快速检测。 展开更多
关键词 牛 牛星状病毒 牛诺如病毒 犊牛腹泻 双重感染 实时荧光定量RT-pcr
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dPCR方法动态监测T790M突变在EGFR阳性非小细胞肺癌耐药治疗中的指导作用
7
作者 姚铠涛 曾小芸 +3 位作者 连逸恺 林建雄 王双玲 魏丹娜 《分子诊断与治疗杂志》 2026年第1期131-134,共4页
目的本研究旨在探讨使用数字PCR(dPCR)方法动态监测血浆EGFR T790M突变的可行性,并评估基于血浆T790M突变检测的早期干预是否可作为EGFR突变非小细胞肺癌患者EGFR-TKI转换治疗的最佳时机。方法初筛2021年7月至2023年12月在汕头大学医学... 目的本研究旨在探讨使用数字PCR(dPCR)方法动态监测血浆EGFR T790M突变的可行性,并评估基于血浆T790M突变检测的早期干预是否可作为EGFR突变非小细胞肺癌患者EGFR-TKI转换治疗的最佳时机。方法初筛2021年7月至2023年12月在汕头大学医学院第二附属医院75例接受埃克替尼治疗的EGFR阳性Ⅳ期NSCLC患者,T790M突变率为53.3%,最终纳入40例患者。试验组(n=18)在血浆检测到T790M突变后更换第三代EGFR-TKI治疗,对照组(n=22)在影像学进展及T790M突变后更换EGFR-TKI治疗。比较两组的临床疗效、无进展生存期(PFS)及不良反应。结果试验组的客观缓解率(ORR)为72.2%,对照组为68.2%,两组差异无统计学意义(P>0.05)。试验组的疾病控制率(DCR)为94.4%,对照组为81.9%,差异无统计学意义(P>0.05)。试验组的中位PFS显著长于对照组,差异有统计学意义(14.8个月vs 10.3个月,P=0.024)。两组的不良反应均为1~2级,皮疹、腹泻及肝功能异常的发生率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论使用dPCR动态监测血浆EGFR T790M突变,可较影像学更早识别一代EGFR-TKI耐药,从而及时转换三代EGFR-TKI治疗,延缓疾病进展,是一种经济且临床可行的策略。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 EGFR T790M 数字pcr 三代酪氨酸激酶抑制剂
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奶牛乳腺炎致病菌三重qPCR检测方法的建立
8
作者 康新华 赵雯 牛琼 《中国牛业科学》 2026年第1期29-37,共9页
为建立奶牛乳腺炎主要致病菌的快速检测方法,选择大肠埃希氏菌(Escherichia coli)phoA基因、肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)mdh基因、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)femA基因以及内标基因ACtB的保守区序列设计合成特异性... 为建立奶牛乳腺炎主要致病菌的快速检测方法,选择大肠埃希氏菌(Escherichia coli)phoA基因、肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)mdh基因、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)femA基因以及内标基因ACtB的保守区序列设计合成特异性引物探针,建立了奶牛乳腺炎大肠埃希氏菌、金黄色葡萄球菌和肺炎克雷伯菌的三重荧光PCR检测方法。该方法可特异性检出3种常见的奶牛乳腺炎致病菌,与无乳链球菌、停乳链球菌、牛支原体、沙门氏菌等常见病原无交叉反应,特异性强;对phoA、mdh和femA的最低检出限分别为16.9、16.7和20.4拷贝/μL,且组内和组间变异系数均小于2%,具有良好的重复性。用该方法对90份奶牛乳腺炎生乳样本进行检测,检测结果与单一荧光PCR方法一致。表明所建立的奶牛乳腺炎大肠埃希氏菌、肺炎克雷伯菌和金黄色葡萄球菌三重荧光定量PCR检测方法具有特异性强、灵敏度高、操作简单的特点,适用于奶牛乳腺炎的临床诊断检测。 展开更多
关键词 奶牛乳腺炎 大肠埃希氏菌 肺炎克雷伯菌 金黄色葡萄球菌 三重荧光qpcr
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猪肉中常见的人畜共患细菌和寄生虫多重荧光PCR检测方法的建立与初步应用
9
作者 韩亚星 赵格 +7 位作者 赵建梅 宋时萍 高玉斌 刘娜 黄秀梅 王琳 王君玮 黄娟 《动物医学进展》 北大核心 2026年第4期54-63,共10页
为了建立快速、敏感、可同时检测猪肉中多种病原的多重荧光定量PCR,本研究针对猪肉中13种重要病原的特异基因保守序列,分别设计了引物及不同荧光基团标记的TaqMan探针,构建了含有目的基因的重组质粒,并用其进行反应体系优化,以及敏感性... 为了建立快速、敏感、可同时检测猪肉中多种病原的多重荧光定量PCR,本研究针对猪肉中13种重要病原的特异基因保守序列,分别设计了引物及不同荧光基团标记的TaqMan探针,构建了含有目的基因的重组质粒,并用其进行反应体系优化,以及敏感性、特异性和重复性验证。结果显示,建立的3组三重与1组四重荧光定量PCR法能够在同一反应条件下2 h内完成对13种病原的特异性检测,反应体系中的多条引物探针间不发生交叉反应;最低检出限:致病性大肠埃希氏菌、沙门氏菌均为1拷贝/μL,单增李斯特菌为10拷贝/μL,结肠弯曲杆菌、金黄色葡萄球菌、志贺菌均为10~2拷贝/μL,住肉孢子虫、猪丹毒杆菌、弓形虫、囊尾蚴、蜡样芽胞杆菌、产气荚膜梭菌、小肠结肠炎耶尔森菌均为10~3拷贝/μL;重复性试验变异系数均在2.33%以下。多重荧光PCR和普通PCR法对30份猪肉样品的病原总体检出率分别为83%(25/30)和56.7%(17/30),二者总体符合率达到66.7%~100%。猪肉中常见13种病原的三重/四重荧光定量PCR检测方法的成功建立,为猪肉病原学检测和流行病学调查提供技术支撑,有助于保障猪肉食品安全。 展开更多
关键词 猪肉 病原菌 寄生虫 病原检测 多重荧光定量pcr
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侵染山药的五种病毒多重PCR检测方法的建立与应用
10
作者 李想 鲁书豪 +9 位作者 徐国豪 高素霞 文艺 李绍建 杨瑾 李雪梦 王飞 鲁传涛 秦艳红 陈招荣 《植物病理学报》 北大核心 2026年第1期142-149,共8页
山药种植过程中普遍受到多种病毒的复合侵染,严重影响其产量和品质。为了实现对多种山药病毒的高效、快速检测,本研究建立了一种可以同时检测油菜花叶病毒(youcai mosaic virus, YoMV)、日本山药花叶病毒(Japanese yam mosaic virus, JY... 山药种植过程中普遍受到多种病毒的复合侵染,严重影响其产量和品质。为了实现对多种山药病毒的高效、快速检测,本研究建立了一种可以同时检测油菜花叶病毒(youcai mosaic virus, YoMV)、日本山药花叶病毒(Japanese yam mosaic virus, JYMV)、蚕豆萎蔫病毒-2(broad bean wilt virus-2,BBWV-2)、山药潜隐病毒(yam latent virus, YLV)和山药黄斑花叶病毒(yam yellow spot mosaic virus, YYSMV)的多重RT-PCR检测方法,5种病毒扩增目的条带大小分别为:504、614、750、1 030和1 207 bp,最佳的退火温度为55℃,各病毒多重PCR添加特引物浓度分别为YoMV F/R 0.08μmol·L^(-1)、JYMV F/R 0.04μmol·L^(-1)、BBWV-2 F/R 0.16μmol·L^(-1)、YLV F/R 0.32μmol·L^(-1)、YYSMV F/R 0.24μmol·L^(-1),检测灵敏度为8.11×10^(5)个拷贝·μL^(-1)。本检测方法可以高效、准确地检测山药上的5种病毒,极大的提高了检测效率,为山药病毒病的检测提供了技术支撑。 展开更多
关键词 山药病毒 多重PT-pcr 引物浓度 退火温度 复合侵染
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基于直接PCR的转基因种子纯度快速检测方法
11
作者 翟杉杉 李俊 +4 位作者 肖芳 李允静 武玉花 高鸿飞 吴刚 《中国油料作物学报》 北大核心 2026年第1期168-181,共14页
种子纯度检测对于保证种子质量,提高作物产量具有重要意义。建立快速、准确、低成本的转基因种子纯度检测技术将为推进生物育种产业化发展提供有力支撑。本研究基于直接PCR技术提出了一种转基因种子纯度快速检测方案,包括:(1)利用自主... 种子纯度检测对于保证种子质量,提高作物产量具有重要意义。建立快速、准确、低成本的转基因种子纯度检测技术将为推进生物育种产业化发展提供有力支撑。本研究基于直接PCR技术提出了一种转基因种子纯度快速检测方案,包括:(1)利用自主研发的快速提取试剂,在常温下实现单粒种子研磨、提取同步进行,2分钟内一步式实现核酸提取,提取液无需纯化、直接作为模板进行实时荧光PCR扩增;(2)配制PCR反应体系;(3)样品分板;(4)高通量检测;(5)种子纯度计算。利用本方法对3种转基因大豆中黄6106、DBN9004、SHZD3201种子样品进行纯度检测,15份样品从制样到结果鉴定一个工作日内全部完成。该方法简化了现有纯度检测技术的操作步骤,显著缩短了分析时间,为转基因种子纯度检测提供了一种可靠的单粒快速检测新方法。 展开更多
关键词 转基因种子 纯度检测 DNA快速提取 直接pcr
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苹果软枝病毒1巢式RT-PCR检测方法的建立及应用
12
作者 刘成龙 范旭东 +2 位作者 任芳 胡国君 董雅凤 《植物病理学报》 北大核心 2026年第1期181-184,共4页
苹果软枝病(apple rubbery wood disease, ARWD)是一种重要的苹果病毒病害,最早于1935年在英国苹果‘Lord Lambourne’上被发现[1-2]。主要影响木质素合成,进而使苹果的茎和枝条异常柔软,容易弯曲折断;还可以引起节间缩短,发育延迟,使... 苹果软枝病(apple rubbery wood disease, ARWD)是一种重要的苹果病毒病害,最早于1935年在英国苹果‘Lord Lambourne’上被发现[1-2]。主要影响木质素合成,进而使苹果的茎和枝条异常柔软,容易弯曲折断;还可以引起节间缩短,发育延迟,使树体对冷胁迫的敏感性增加[3-5]。在种植‘金冠’、‘嘎啦’等感病品种的地区或国家,可导致苹果减产30%[6-7]。 展开更多
关键词 木质素合成 苹果软枝病 RT-pcr检测
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山茶花花香生物合成相关基因的实时荧光定量PCR内参基因的筛选及验证
13
作者 陈艺荃 樊荣辉 +3 位作者 林兵 陈燕 吴建设 钟淮钦 《园艺学报》 北大核心 2026年第2期598-612,共15页
为研究山茶花花香生物合成相关基因的表达模式,筛选在山茶花中稳定表达的内参基因。利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测10个候选内参基因(α-TUB、CYP、PP2A、ACTIN1、ACTIN2、GAPDH、UBQ、AQP、UBC和HIS)在不同的组织、开花阶段、... 为研究山茶花花香生物合成相关基因的表达模式,筛选在山茶花中稳定表达的内参基因。利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测10个候选内参基因(α-TUB、CYP、PP2A、ACTIN1、ACTIN2、GAPDH、UBQ、AQP、UBC和HIS)在不同的组织、开花阶段、品种和混合样品中的表达水平,geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder 4种算法综合评估和鉴定内参基因的表达稳定性。结果显示,10个候选内参基因的引物特异性好,均具有作为内参基因的性能;分析山茶花不同开花阶段基因表达时可选用PP2A和UBC,分析不同组织和不同香型品种基因表达时最理想的内参基因为PP2A和ACTIN1,其中PP2A在山茶花不同的组织、开花阶段、香型品种和混合样品中均能稳定表达。通过qRT-PCR扩增了花香相关的9个靶基因,验证PP2A是山茶花花香相关基因表达研究的最佳内参基因,而以传统管家基因GAPDH为内参时,山茶花芳樟醇/橙花叔醇合酶基因CaLIS/NES1和苯乙醛还原酶基因CaPAR的表达模式出现较大偏差。 展开更多
关键词 山茶花 花香 内参基因 实时荧光定量pcr 表达分析 PP2A
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暗纹东方鲀、红鳍东方鲀及其杂交F_(1)代的荧光PCR鉴定技术的建立
14
作者 赵昕 车帅 +4 位作者 王焕 孙侦龙 尤颖哲 柳淑芳 庄志猛 《渔业科学进展》 北大核心 2026年第1期37-47,共11页
暗纹东方鲀(Takifugu obscurus♀)×红鳍东方鲀(T.rubripes♂)的杂交F_(1)代具备双亲诸多优良性状,市场前景较好。但杂交F_(1)代的形态特征与其亲本难以区分,为河鲀种质资源保护和开发利用带来了困扰,迫切需要开发有效的分子鉴定方... 暗纹东方鲀(Takifugu obscurus♀)×红鳍东方鲀(T.rubripes♂)的杂交F_(1)代具备双亲诸多优良性状,市场前景较好。但杂交F_(1)代的形态特征与其亲本难以区分,为河鲀种质资源保护和开发利用带来了困扰,迫切需要开发有效的分子鉴定方法对杂交F_(1)代及其亲本进行精准判别。为实现杂交F_(1)代及其亲本的快速准确鉴定,本研究根据核基因SH3PX3多态性SNP位点,设计荧光PCR扩增引物及探针,优化了荧光PCR参数,建立了暗纹东方鲀、红鳍东方鲀及其杂交F_(1)代的荧光PCR鉴定方法,并对该方法进行了验证。结果显示:杂交F_(1)代的COI序列与母本暗纹东方鲀的序列相似度为100%,在NJ进化树中聚为一支,无法实现杂交F_(1)代和母本的区分;SH3PX3基因荧光PCR体系最佳退火温度为48℃;荧光PCR扩增后,暗纹东方鲀仅FAM通道有Ct值,ΔCt值大于20,红鳍东方鲀FAM信号通道比HEX通道的Ct值高2~5,杂交F_(1)代的FAM通道与HEX通道的Ct值接近,二者之差小于2;基于上述方法对17份暗纹东方鲀、21份红鳍东方鲀和53份杂交F_(1)代样品进行验证,鉴定准确率为100%。本研究建立的荧光PCR鉴定方法不仅具有结果准确、易判读等优点,还避免了测序等繁琐流程,可实现高通量检测,显著提高了检测效率,为河鲀种质资源鉴定与保护、杂交育种和遗传多样性研究提供了技术支持。 展开更多
关键词 暗纹东方鲀 红鳍东方鲀 杂交F_(1)代 SH3PX3基因 荧光pcr 物种鉴定
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槲树不同器官及盐胁迫下qRT-PCR的内参基因筛选及验证
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作者 蒋萌 白晓宁 +4 位作者 王文波 赵亚洲 胡增辉 苏淑钗 冷平生 《中南林业科技大学学报》 北大核心 2026年第1期211-220,234,共11页
[目的]筛选在不同器官及盐胁迫下表达稳定的槲树内参基因,验证所选内参基因在qRT-PCR中的适用性和稳定性,为精准评价槲树目标基因表达量提供理论依据。[方法]从槲树盐胁迫转录组中筛选出10个高表达传统管家基因作为候选内参基因(TUBA、T... [目的]筛选在不同器官及盐胁迫下表达稳定的槲树内参基因,验证所选内参基因在qRT-PCR中的适用性和稳定性,为精准评价槲树目标基因表达量提供理论依据。[方法]从槲树盐胁迫转录组中筛选出10个高表达传统管家基因作为候选内参基因(TUBA、TUBA、GAPDH、Actin、EIF2B5、UBE2W、ADCK、EEF1B、UBE2J1和EIF5A),采用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件和ΔCt程序对候选基因在槲树中的表达稳定性进行分析。以槲树6个器官(根、茎、叶、叶芽、花序、种子)及盐胁迫下4个不同处理时期(CK、3 h、24 h、96 h)的叶片为样品,通过qRT-PCR技术,结合候选内参基因,验证过氧化氢酶基因QdCAT2在槲树不同器官及盐胁迫下的表达模式以及候选内参基因的表达稳定性。[结果]10个候选内参基因中,EIF5A和UBE2W的表达稳定性最高,综合排名位居前列,EIF2B5为最不稳定内参基因。QdCAT2基因在槲树叶片中表达量最高,且随着盐胁迫时间的延长,表达量呈先升高后降低的趋势,在处理3 h后达到高峰,使用EIF5A、UBE2W及EIF5A+UBE2W组合作为内参基因得到的相对表达结果基本一致,表明EIF5A和UBE2W为槲树各器官及盐胁迫最适合的内参基因。[结论]成功筛选出了2个稳定内参基因,并验证了EIF5A、UBE2W及EIF5A+UBE2W组合均适合作为槲树不同器官及盐胁迫下qRT-PCR的内参基因,为槲树不同器官及盐胁迫下基因表达分析提供了参考,并为后续槲树分子生物学研究奠定理论基础。 展开更多
关键词 槲树 实时荧光定量pcr 内参基因筛选 盐胁迫 表达分析
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荧光定量PCR检测珍珠鸡Tva与ALV-A gp85基因方法的建立及应用
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作者 宁宇航 李喜月 +7 位作者 王扬扬 马晨曦 李鑫鹏 荣晴 何雷 余祖华 丁轲 陈建 《中国家禽》 北大核心 2026年第1期70-78,共9页
研究旨在探讨体内水平下珍珠鸡各组织器官中A亚群禽白血病病毒(ALV-A)组织载量与维生素_(B12)(V_(B12))的含量、Tva基因转录水平之间的关系。试验通过建立检测珍珠鸡ALV-A gp85和Tva基因的荧光定量PCR方法,定量感染ALV-A的珍珠鸡不同组... 研究旨在探讨体内水平下珍珠鸡各组织器官中A亚群禽白血病病毒(ALV-A)组织载量与维生素_(B12)(V_(B12))的含量、Tva基因转录水平之间的关系。试验通过建立检测珍珠鸡ALV-A gp85和Tva基因的荧光定量PCR方法,定量感染ALV-A的珍珠鸡不同组织中ALV-A gp85基因和Tva基因表达水平,并通过ELISA测定珍珠鸡组织中V_(B12)浓度,分析ALV-A gp85表达水平与V_(B12)组织含量和Tva基因表达水平之间的关系。结果显示:研究建立的珍珠鸡Tva基因荧光定量PCR方法灵敏度较常规PCR提升1个数量级(10倍),ALV-A gp85基因检测灵敏度提高2个数量级(100倍),仅靶基因出现特异性扩增且批内及批间变异系数均小于2%,血浆样本ALV-A阳性检出率明显高于PCR和ELISA方法,具有良好的灵敏度、特异性和稳定性。皮尔逊相关性分析显示,珍珠鸡组织器官中V_(B12)浓度与ALV-A gp85转录水平均呈负相关,而ALV-A gp85与Tva基因转录水平整体上符合正相关关系,推测V_(B12)可能通过占据Tva受体干扰ALV-A感染宿主细胞。研究表明,试验成功建立一种定量检测珍珠鸡ALV-A gp85基因和Tva基因的方法,并确定珍珠鸡中V_(B12)组织含量与ALV-A组织载量以及Tva基因表达水平之间的关系,为禽白血病的防控奠定基础。 展开更多
关键词 A亚群禽白血病病毒 TVA gp85 QRT-pcr 珍珠鸡 维生素B_(12)
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基于边缘无浆体msp4基因的PCR检测方法的建立及应用
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作者 廖培淇 朱子奇 +4 位作者 苏中华 甘富斌 李俊强 陈远才 张龙现 《中国兽医科学》 北大核心 2026年第1期77-82,共6页
为建立特异、敏感、快速的边缘无浆体PCR检测方法,以其msp4基因的保守区为靶标设计一对特异性引物。优化PCR反应条件后,进行了敏感性、特异性、重复性试验及临床样品检测。结果显示,所建立的方法能够特异性检测边缘无浆体核酸,而与其他... 为建立特异、敏感、快速的边缘无浆体PCR检测方法,以其msp4基因的保守区为靶标设计一对特异性引物。优化PCR反应条件后,进行了敏感性、特异性、重复性试验及临床样品检测。结果显示,所建立的方法能够特异性检测边缘无浆体核酸,而与其他动物常见血液原虫无交叉反应;该方法的检测下限为380 fg/μL,拷贝数为126拷贝/反应;批内、批间试验结果表明,该方法具有良好的重复性和稳定性;对120份牦牛血液临床样本检测结果表明,该方法检测边缘无浆体阳性率为54.1%(65/120),高于文献报道方法检测结果37.5%(45/120),表明该方法具有良好的敏感性和准确性。成功建立了一种敏感、特异、快速的边缘无浆体PCR检测方法,为我国牛无浆体病的流行病学调查和诊断防控提供了技术支撑。 展开更多
关键词 边缘无浆体 msp4基因 pcr 牛无浆体病
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猪圆环病毒2型微滴数字PCR检测方法的建立及临床应用
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作者 刘武函 唐小明 +8 位作者 彭志 张坤 谢怡灵 范仲鑫 王卫国 尚玲 张梦凡 杨青 胡巧云 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2026年第1期120-125,共6页
为建立一种特异性强、敏感性高、重复性好的猪圆环病毒2型(PCV-2)微滴数字PCR检测方法,试验基于PCV-2 ORF1保守区域设计引物和探针,通过优化引物浓度、探针浓度和退火温度及特异性、敏感性和重复性试验建立微滴数字PCR方法,并采用该方法... 为建立一种特异性强、敏感性高、重复性好的猪圆环病毒2型(PCV-2)微滴数字PCR检测方法,试验基于PCV-2 ORF1保守区域设计引物和探针,通过优化引物浓度、探针浓度和退火温度及特异性、敏感性和重复性试验建立微滴数字PCR方法,并采用该方法对90份临床样本进行检测。结果表明:建立的PCV-2微滴数字PCR检测方法的最佳引物和探针浓度分别为18μmol/L和9μmol/L,退火温度为61℃;能特异性检出PCV-2,与多种常见猪病原[猪圆环病毒3型(PCV-3)、伪狂犬病毒(PRV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、非洲猪瘟病毒(ASFV)、猪瘟病毒(CSFV)和猪流行性腹泻病毒(PEDV)]无交叉反应;最低检测限为3.48 copies/μL;重复性试验中扩增后的拷贝数组内与组间变异系数范围分别在0.91%~6.13%和1.44%~8.53%之间,均小于10%。90份临床样本中,建立的微滴数字PCR方法检出PCV-2阳性样本43份,检出率为47.78%,经统计微滴数字PCR方法检出的阳性样本包含了实时荧光定量PCR方法检出的所有阳性样本,与实时荧光定量PCR方法的符合率为88.89%。说明本研究建立的PCV-2微滴数字PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好,适用于临床样本(特别是低病毒载量样本)的检测。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 微滴数字pcr 病毒检测 检测方法 特异性试验 敏感性试验 重复性试验
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绿太阳鱼不同组织qRT-PCR内参基因的筛选
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作者 秦立鹏 曹露 +3 位作者 张惠满 刘青 刘少贞 宋晶 《水产科学》 北大核心 2026年第2期259-268,共10页
为了筛选出适用原产于北美鲈形目的绿太阳鱼不同组织的内参基因,随机取9尾绿太阳鱼的肠、肝、肌肉、脑、鳃、性腺等组织,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测了泛素折叠修饰因子基因(ufm1)、α微管蛋白基因(TUBA)、细胞色素b基因(CYTB)、... 为了筛选出适用原产于北美鲈形目的绿太阳鱼不同组织的内参基因,随机取9尾绿太阳鱼的肠、肝、肌肉、脑、鳃、性腺等组织,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测了泛素折叠修饰因子基因(ufm1)、α微管蛋白基因(TUBA)、细胞色素b基因(CYTB)、前体蛋白转运因子基因(SEC62)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH)和β肌动蛋白基因(ACTB)6个候选内参基因在上述组织的表达水平,用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件评估了其稳定性,用ReFinder对这几种算法进行总结筛选出最佳内参基因。结果表明,6个候选内参基因的定量PCR引物均可获得特异性扩增产物。在绿太阳鱼不同组织中,6个候选内参基因的表达水平由高至低依次是:CYTB>TUBA>ufm1>SEC62>ACTB>GAPDH。ReFinder对几种算法总结筛选出的肠中表达最稳定的内参基因是CYTB,肝、肌肉、鳃和性腺中表达最稳定的内参基因是ufm1,脑中表达最稳定的内参基因是TUBA;geNorm软件的配对差异分析显示,至少应运用2个最适候选内参基因。在不同组织中,ufm1和TUBA这2个基因表达稳定性相近,整体稳定性最好,是绿太阳鱼不同组织的最佳内参基因。试验结果可用于绿太阳鱼不同组织基因表达差异qRT-PCR分析,为今后绿太阳鱼基因的表达分析提供参考基因和理论依据。 展开更多
关键词 绿太阳鱼 内参基因 QRT-pcr 表达稳定性
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通脱木ISSR-PCR反应体系的建立及引物筛选
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作者 孙菲菲 韦霄 +5 位作者 邹蓉 唐健民 陈仕蕾 梁蒙 秦惠珍 谷睿 《分子植物育种》 北大核心 2026年第2期450-458,共9页
本试验以采于广西通脱木叶片为试验材料,采用单因素筛选和L16(4~5)正交设计相结合的方法对影响通脱木PCR试验的5种主要因素,即Mg^(2+)浓度、d NTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶和模板DNA进行优化,且在此基础上筛选出最适的循环次数和... 本试验以采于广西通脱木叶片为试验材料,采用单因素筛选和L16(4~5)正交设计相结合的方法对影响通脱木PCR试验的5种主要因素,即Mg^(2+)浓度、d NTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶和模板DNA进行优化,且在此基础上筛选出最适的循环次数和退火温度,从而建立最佳的通脱木ISSR-PCR反应体系。结果表明:在20μL PCR反应体系中,Mg^(2+)浓度2.0 mmol/L(1.6μL)、dNTPs浓度0.3 mmol/L(0.3μL)、Taq DNA聚合酶0.4 U、引物浓度0.6μmol/L(1.2μL)、模板DNA 60 ng(2μL)为最佳用量,最佳退火温度为52.3℃,最佳循环次数为40次。所建立的PCR反应体系通过优化后扩增稳定并筛选出条带清晰、多态性较好的9条引物,该反应体系可以为通脱木后续ISSR遗传多样性分析提供技术支撑。 展开更多
关键词 通脱木 分子标记 正交试验 单因素试验 ISSR-pcr
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