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Novel approach of crater detection by crater candidate region selection and matrix-pattern-oriented least squares support vector machine 被引量:4
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作者 Ding Meng Cao Yunfeng Wu Qingxian 《Chinese Journal of Aeronautics》 SCIE EI CAS CSCD 2013年第2期385-393,共9页
Impacted craters are commonly found on the surface of planets, satellites, asteroids and other solar system bodies. In order to speed up the rate of constructing the database of craters, it is important to develop cra... Impacted craters are commonly found on the surface of planets, satellites, asteroids and other solar system bodies. In order to speed up the rate of constructing the database of craters, it is important to develop crater detection algorithms. This paper presents a novel approach to automatically detect craters on planetary surfaces. The approach contains two parts: crater candidate region selection and crater detection. In the first part, crater candidate region selection is achieved by Kanade-Lucas-Tomasi (KLT) detector. Matrix-pattern-oriented least squares support vector machine (MatLSSVM), as the matrixization version of least square support vector machine (SVM), inherits the advantages of least squares support vector machine (LSSVM), reduces storage space greatly and reserves spatial redundancies within each image matrix compared with general LSSVM. The second part of the approach employs MatLSSVM to design classifier for crater detection. Experimental results on the dataset which comprises 160 preprocessed image patches from Google Mars demonstrate that the accuracy rate of crater detection can be up to 88%. In addition, the outstanding feature of the approach introduced in this paper is that it takes resized crater candidate region as input pattern directly to finish crater detection. The results of the last experiment demonstrate that MatLSSVM-based classifier can detect crater regions effectively on the basis of KLT-based crater candidate region selection. 展开更多
关键词 Crater candidate region Crater detection algorithm Kanade–Lucas–Tomasi detector Least squares support vector machine matrixization
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Performance Prediction Based on Statistics of Sparse Matrix-Vector Multiplication on GPUs 被引量:1
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作者 Ruixing Wang Tongxiang Gu Ming Li 《Journal of Computer and Communications》 2017年第6期65-83,共19页
As one of the most essential and important operations in linear algebra, the performance prediction of sparse matrix-vector multiplication (SpMV) on GPUs has got more and more attention in recent years. In 2012, Guo a... As one of the most essential and important operations in linear algebra, the performance prediction of sparse matrix-vector multiplication (SpMV) on GPUs has got more and more attention in recent years. In 2012, Guo and Wang put forward a new idea to predict the performance of SpMV on GPUs. However, they didn’t consider the matrix structure completely, so the execution time predicted by their model tends to be inaccurate for general sparse matrix. To address this problem, we proposed two new similar models, which take into account the structure of the matrices and make the performance prediction model more accurate. In addition, we predict the execution time of SpMV for CSR-V, CSR-S, ELL and JAD sparse matrix storage formats by the new models on the CUDA platform. Our experimental results show that the accuracy of prediction by our models is 1.69 times better than Guo and Wang’s model on average for most general matrices. 展开更多
关键词 SPARSE matrix-vector MULTIPLICATION Performance Prediction GPU Normal DISTRIBUTION UNIFORM DISTRIBUTION
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以编译为导向的Matrix-DSP程序分析与优化 被引量:3
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作者 荀长庆 陈照云 +2 位作者 文梅 孙海燕 马奕民 《计算机工程与科学》 CSCD 北大核心 2020年第10期1791-1800,共10页
数字信号处理器(DSP)在图像处理、自动化控制、信号处理等多个领域具有广泛应用。自主研发的Matrix DSP采用了典型的单指令多数据SIMD+超长指令字VLIW的向量化架构,因此面向该架构如何实现高效的向量化编程与优化是一项重要挑战。基于Ma... 数字信号处理器(DSP)在图像处理、自动化控制、信号处理等多个领域具有广泛应用。自主研发的Matrix DSP采用了典型的单指令多数据SIMD+超长指令字VLIW的向量化架构,因此面向该架构如何实现高效的向量化编程与优化是一项重要挑战。基于Matrix DSP的体系结构特点,以编译器性能为导向,对内核级代码常用的分析优化手段进行梳理和总结,并结合一个通用矩阵乘的例子进行展示,其执行性能可最高提升1个数量级。最后,从编译器优化和程序员高效编程的角度提出了一些后续的思考与讨论。 展开更多
关键词 matrix DSP 向量化编程 程序优化 编译器
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分布式矩阵-向量乘掉队节点编码新方案
4
作者 韦宝典 莫肇豪 马啸 《通信学报》 北大核心 2026年第2期168-178,共11页
编码分布式计算(CDC)是利用纠删码解决掉队节点问题的一种主流方案,但是现有相关工作忽略了掉队节点的计算性能,产生了较多额外编译码时间。针对此问题,基于阶束矩阵码(HBMC),提出固定码率阶束编码分布式计算(F-HB)以及无速率阶束编码... 编码分布式计算(CDC)是利用纠删码解决掉队节点问题的一种主流方案,但是现有相关工作忽略了掉队节点的计算性能,产生了较多额外编译码时间。针对此问题,基于阶束矩阵码(HBMC),提出固定码率阶束编码分布式计算(F-HB)以及无速率阶束编码分布式计算(R-HB)两类方案,其中,F-HB能够解决掉队节点问题,降低编译码时间;R-HB利用掉队节点完成计算。理论分析和实验仿真均证明了所提方案在解决掉队节点问题、降低额外编译码时间及提升计算效率方面的有效性。仿真结果表明,与未编码分布式计算(UDC)方案相比,所提两类方案任务时间分别减少68%与74%。基于HBMC的F-HB和R-HB方案通过降低编译码时间、利用掉队节点计算性能,显著缩短了分布式矩阵−向量乘计算系统的任务时间,为解决掉队节点问题提供了高效可行的新途径。 展开更多
关键词 分布式计算 矩阵−向量乘 阶束矩阵码 固定码率阶束编码分布式计算 无速率阶束编码分布式计算
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swDaCe:一种申威众核处理器上以数据为中心的并行编程模型设计与实现
5
作者 沈沛祺 陈俊仕 安虹 《小型微型计算机系统》 北大核心 2026年第3期751-759,共9页
高性能科学计算是超级计算机的核心应用领域,包括粒子模拟、气候分析等关键任务.然而,随着摩尔定律逐渐失效,超级计算机体系结构日益趋向异构和复杂,导致科学计算应用的开发和优化变得更加困难.为解决这一问题,本文基于新一代申威超级... 高性能科学计算是超级计算机的核心应用领域,包括粒子模拟、气候分析等关键任务.然而,随着摩尔定律逐渐失效,超级计算机体系结构日益趋向异构和复杂,导致科学计算应用的开发和优化变得更加困难.为解决这一问题,本文基于新一代申威超级计算平台,提出并实现了一种以数据为中心的并行编程模型——swDaCe.该模型通过解耦数据流图优化与原始程序,使得编程人员可以使用Python描述计算逻辑,并最终生成适配申威众核架构的高性能C++代码.此外,本文提出了一系列针对申威架构的数据流优化方法,包括从核任务映射、向量化并行以及DMA访存优化,以充分利用申威众核处理器的计算能力.实验结果表明,swDaCe生成的代码在稀疏矩阵计算等典型应用中实现了显著的性能提升,单核组加速比达到25倍以上,验证了该框架在申威架构上的有效性. 展开更多
关键词 新一代神威平台 异构众核处理器 数据流编程 并行计算 稀疏矩阵乘
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甘肃省BDS-3 PPP高等级控制网构建方法
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作者 郑三君 马下平 +1 位作者 李祖锋 赵亮 《辽宁工程技术大学学报(自然科学版)》 北大核心 2026年第1期90-97,共8页
为解决全球卫星导航系统(GNSS)相对定位成本高、作业复杂的问题,基于北斗三号(BDS-3)观测数据,提出一种利用精密单点(PPP)定位结果及其方差-协方差信息构建虚拟基线向量,并通过布尔莎模型实现国际地球参考框架2020(ITRF2020)至2000中国... 为解决全球卫星导航系统(GNSS)相对定位成本高、作业复杂的问题,基于北斗三号(BDS-3)观测数据,提出一种利用精密单点(PPP)定位结果及其方差-协方差信息构建虚拟基线向量,并通过布尔莎模型实现国际地球参考框架2020(ITRF2020)至2000中国大地坐标系(CGCS2000)的坐标转换。研究结果表明:BDS-3 PPP观测4 h,E、N、U方向定位精度分别优于11.9 mm、11.8 mm、13.1 mm,满足GNSS大地控制网要求;观测72 h,E、N、U方向定位精度分别为3 mm、4 mm和7 mm;布尔莎模型转换精度与公共点同步观测时长显著相关,待转点与公共点同步观测时长一致时,E、N、U方向的转换精度分别为4.0 mm、2.1 mm、3.4 mm;虚拟基线向量在观测0.5 h、1 h后可分别达到GNSS大地控制网D级、C级精度要求,观测4 h后基线向量分量误差小于3 mm,相对中误差小于9.122 8×10^(-8),CGCS2000空间直角坐标分量误差小于2 mm,优于相对定位基线向量网24 h解算结果。研究结论为有效提升控制网建设效率提供参考。 展开更多
关键词 北斗三号全球卫星导航系统 精密单点定位 布尔莎模型 基线向量 方差-协方差矩阵
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BHDC:准对角阵高效SpMV的分块混合存储格式
7
作者 徐悦竹 赵泽煊 +1 位作者 邰宇浩 王宇华 《计算机应用与软件》 北大核心 2026年第2期118-126,共9页
利用科学计算解决工程领域的实际问题往往可以转化为大型线性方程组的求解,在这一过程中最常调用的步骤就是稀疏矩阵向量乘。对于工程中常见的稀疏准对角矩阵,提出结合DIA和CSR两种方式优点的分块混合存储方式BHDC,将原矩阵分成若干行段... 利用科学计算解决工程领域的实际问题往往可以转化为大型线性方程组的求解,在这一过程中最常调用的步骤就是稀疏矩阵向量乘。对于工程中常见的稀疏准对角矩阵,提出结合DIA和CSR两种方式优点的分块混合存储方式BHDC,将原矩阵分成若干行段,根据阈值将对角稠密区域和散点分别存储,既利用DIA存储方式下良好的浮点运算性能,又通过CSR存储方式避免对角线急剧增加而降低性能。在CUDA平台上选取若干稀疏矩阵进行测试,获得了优于上述两种存储方式的时空性能和优于不分块混合方式HDC的时间性能。 展开更多
关键词 准对角矩阵 稀疏矩阵向量乘 分块存储 CUDA
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基于指令串行融合的RISC-V向量处理器计算方法
8
作者 李凯歌 高鑫 杨孟飞 《微电子学与计算机》 2026年第3期155-163,共9页
在传统冯诺依曼计算机架构中,卷积神经网络、矩阵计算与快速傅里叶变换等算法存在频繁的数据重用,导致向量处理器流水线中产生大量写后读指令,易引发数据冲突。同时,数据在向量寄存器和计算单元之间的反复传输带来了显著的功耗开销。针... 在传统冯诺依曼计算机架构中,卷积神经网络、矩阵计算与快速傅里叶变换等算法存在频繁的数据重用,导致向量处理器流水线中产生大量写后读指令,易引发数据冲突。同时,数据在向量寄存器和计算单元之间的反复传输带来了显著的功耗开销。针对上述问题,提出了一种面向向量计算的数据冲突解决机制。通过利用数据重用减少数据流动,从而降低计算芯片功耗。将该方法应用于RISC-V向量处理器的仿真实验表明:在128×128矩阵乘法计算时,整体芯片功耗降低约5.8%;在计算神经卷积网络算法时,功耗降低约6.2%。该方法具有轻量化的特点,所引入的面积开销可忽略不计。 展开更多
关键词 RISC-V 向量处理器 矩阵计算 能效
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基于OC-SVM-MF算法的水电机组运行状态异常诱因快速检测
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作者 吴昊 刘轩 +3 位作者 雷俊雄 张之皓 邓文涛 聂靓靓 《水电站机电技术》 2026年第2期5-9,135,共6页
针对水电机组运行数据异常诱因定位效率低、依赖人工经验的问题,提出一种基于单类支持向量机(OCSVM)与矩阵分解(MF)的融合算法。该方法首先利用OC-SVM对机组时序运行数据进行无监督异常检测;在识别出异常时段后,再应用MF算法挖掘多源监... 针对水电机组运行数据异常诱因定位效率低、依赖人工经验的问题,提出一种基于单类支持向量机(OCSVM)与矩阵分解(MF)的融合算法。该方法首先利用OC-SVM对机组时序运行数据进行无监督异常检测;在识别出异常时段后,再应用MF算法挖掘多源监测数据中隐含的关联关系,快速推荐最相关的异常诱因测点。以某抽蓄机组下导摆度异常实例验证,该方法能准确捕捉异常事件,并从38个测点中有效推荐出8个关键关联测点,为现场排查指明方向,极大提升了故障诊断效率。结果表明,所提OC-SVM-MF算法为水电机组状态异常的高效、自动化溯源提供了新思路。 展开更多
关键词 水电机组 异常检测 诱因推荐 单类支持向量机 矩阵分解
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*-Sylvester矩阵方程转换为广义Sylvester矩阵方程的方法
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作者 汪秋分 马昌凤 《山东大学学报(理学版)》 北大核心 2026年第2期20-25,共6页
研究*-Sylvester矩阵方程AX+X^(*)B=D的等价转换形式。利用Kronecker积和向量化算子以及置换矩阵的基本性质,分离了矩阵的实部和虚部,在两种不同的情况下得到了*-Sylvester矩阵方程的等价转换形式,并证明了在满足一定条件下其可以等价... 研究*-Sylvester矩阵方程AX+X^(*)B=D的等价转换形式。利用Kronecker积和向量化算子以及置换矩阵的基本性质,分离了矩阵的实部和虚部,在两种不同的情况下得到了*-Sylvester矩阵方程的等价转换形式,并证明了在满足一定条件下其可以等价转换为广义Sylvester矩阵方程。 展开更多
关键词 *-Sylvester矩阵方程 广义Sylvester矩阵方程 KRONECKER积 向量化 等价转换
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基于改进i-vector的说话人感知训练方法研究
11
作者 梁玉龙 屈丹 邱泽宇 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期262-267,共6页
基于辨识向量(i-vector)的说话人感知训练方法使用MFCC作为输入特征对i-vector进行提取,但MFCC较差的特征鲁棒性会影响该训练方法的识别性能。为此,提出一种基于改进i-vector的说话人感知训练方法。设计基于SVD的低维特征提取方法,用其... 基于辨识向量(i-vector)的说话人感知训练方法使用MFCC作为输入特征对i-vector进行提取,但MFCC较差的特征鲁棒性会影响该训练方法的识别性能。为此,提出一种基于改进i-vector的说话人感知训练方法。设计基于SVD的低维特征提取方法,用其提取的特征替代MFCC对表征能力更优的i-vector进行提取。实验结果表明,在捷克语语料库中,相对于DNN-HMM语音识别系统与原始基于i-vector的说话人感知训练方法,该方法的识别性能分别提升了1.62%与1.52%,在WSJ语料库中,该方法识别性能分别提升了3.9%和1.48%。 展开更多
关键词 说话人感知训练 辨识向量 深度神经网络 奇异值矩阵分解 瓶颈特征
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基于偏振光谱成像技术的物体表面粗糙度检测方法应用探讨
12
作者 董三主 《天津科技》 2026年第2期56-59,共4页
为避免对物体表面进行粗糙度检测时易因操作失误导致检测结果异常的问题,提出基于偏振光谱成像技术的物体表面粗糙度检测方法。利用电矢量对Mach-Zehnder干涉仪光波的偏振态进行深入分析,以获取物体表面的偏振光谱图像;接着利用穆勒矩... 为避免对物体表面进行粗糙度检测时易因操作失误导致检测结果异常的问题,提出基于偏振光谱成像技术的物体表面粗糙度检测方法。利用电矢量对Mach-Zehnder干涉仪光波的偏振态进行深入分析,以获取物体表面的偏振光谱图像;接着利用穆勒矩阵定量分析光与表面相互作用后的去极化效应,建立偏振态与粗糙度之间的精确映射关系。测量结果的波动范围稳定在0.03 nm以内,显著优于其他两种主流视觉检测方法,验证了该方法在纳米级粗糙度检测方面的高精度与高稳定性,为超精密制造领域的表面质量控制提供了可靠的技术支持。 展开更多
关键词 偏振光谱成像 表面粗糙度 电矢量 光波偏振态 穆勒矩阵
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New recursive algorithm for matrix inversion 被引量:4
13
作者 Cao Jianshu Wang Xuegang 《Journal of Systems Engineering and Electronics》 SCIE EI CSCD 2008年第2期381-384,共4页
To reduce the computational complexity of matrix inversion, which is the majority of processing in many practical applications, two numerically efficient recursive algorithms (called algorithms I and II, respectively... To reduce the computational complexity of matrix inversion, which is the majority of processing in many practical applications, two numerically efficient recursive algorithms (called algorithms I and II, respectively) are presented. Algorithm I is used to calculate the inverse of such a matrix, whose leading principal minors are all nonzero. Algorithm II, whereby, the inverse of an arbitrary nonsingular matrix can be evaluated is derived via improving the algorithm I. The implementation, for algorithm II or I, involves matrix-vector multiplications and vector outer products. These operations are computationally fast and highly parallelizable. MATLAB simulations show that both recursive algorithms are valid. 展开更多
关键词 recursive algorithm matrix inversion matrix-vector product leading principal minor (LPM).
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用说话人相似度i-vector的非负值矩阵分解说话人聚类 被引量:1
14
作者 哈尔肯别克.木哈西 钟珞 达瓦.伊德木草 《计算机应用与软件》 2017年第4期165-168,242,共5页
基于贝叶斯或者全贝叶斯准则的说话人自动聚类或者识别方法,主要采取重复换算全发话语音段的相似量度,再组合相似性较大的语音片段实现说话人的聚类。这种方法中如果发话语音片段数越多,组合计算时间就越长,系统实时性变差,而且各说话... 基于贝叶斯或者全贝叶斯准则的说话人自动聚类或者识别方法,主要采取重复换算全发话语音段的相似量度,再组合相似性较大的语音片段实现说话人的聚类。这种方法中如果发话语音片段数越多,组合计算时间就越长,系统实时性变差,而且各说话人模型用GMM方法建立,发话语音时间短暂时GMM的信赖性降低,最终影响说话人聚类精度。针对上述问题,提出引用i-vector说话人相似度的非负值矩阵分解的高精度快速说话人聚类方法。 展开更多
关键词 说话人分割及聚类 非负值矩阵分解 i-vector GMM 电话语音
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Kernel matrix learning with a general regularized risk functional criterion 被引量:3
15
作者 Chengqun Wang Jiming Chen +1 位作者 Chonghai Hu Youxian Sun 《Journal of Systems Engineering and Electronics》 SCIE EI CSCD 2010年第1期72-80,共9页
Kernel-based methods work by embedding the data into a feature space and then searching linear hypothesis among the embedding data points. The performance is mostly affected by which kernel is used. A promising way is... Kernel-based methods work by embedding the data into a feature space and then searching linear hypothesis among the embedding data points. The performance is mostly affected by which kernel is used. A promising way is to learn the kernel from the data automatically. A general regularized risk functional (RRF) criterion for kernel matrix learning is proposed. Compared with the RRF criterion, general RRF criterion takes into account the geometric distributions of the embedding data points. It is proven that the distance between different geometric distdbutions can be estimated by their centroid distance in the reproducing kernel Hilbert space. Using this criterion for kernel matrix learning leads to a convex quadratically constrained quadratic programming (QCQP) problem. For several commonly used loss functions, their mathematical formulations are given. Experiment results on a collection of benchmark data sets demonstrate the effectiveness of the proposed method. 展开更多
关键词 kernel method support vector machine kernel matrix learning HKRS geometric distribution regularized risk functional criterion.
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Classification using wavelet packet decomposition and support vector machine for digital modulations 被引量:4
16
作者 Zhao Fucai Hu Yihua Hao Shiqi 《Journal of Systems Engineering and Electronics》 SCIE EI CSCD 2008年第5期914-918,共5页
To make the modulation classification system more suitable for signals in a wide range of signal to noise rate (SNR), a feature extraction method based on signal wavelet packet transform modulus maxima matrix (WPT... To make the modulation classification system more suitable for signals in a wide range of signal to noise rate (SNR), a feature extraction method based on signal wavelet packet transform modulus maxima matrix (WPTMMM) and a novel support vector machine fuzzy network (SVMFN) classifier is presented. The WPTMMM feature extraction method has less computational complexity, more stability, and has the preferable advantage of robust with the time parallel moving and white noise. Further, the SVMFN uses a new definition of fuzzy density that incorporates accuracy and uncertainty of the classifiers to improve recognition reliability to classify nine digital modulation types (i.e. 2ASK, 2FSK, 2PSK, 4ASK, 4FSK, 4PSK, 16QAM, MSK, and OQPSK). Computer simulation shows that the proposed scheme has the advantages of high accuracy and reliability (success rates are over 98% when SNR is not lower than 0dB), and it adapts to engineering applications. 展开更多
关键词 modulation classification wavelet packet transform modulus maxima matrix support vector machine fuzzy density.
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Stability of GM(1,1) power model on vector transformation 被引量:2
17
作者 Jinhai Guo Xinping Xiao +1 位作者 Jun Liu Shuhua Mao 《Journal of Systems Engineering and Electronics》 SCIE EI CSCD 2015年第1期103-109,共7页
The morbidity problem of the GM(1,1) power model in parameter identification is discussed by using multiple and rotation transformation of vectors. Firstly we consider the morbidity problem of the special matrix and... The morbidity problem of the GM(1,1) power model in parameter identification is discussed by using multiple and rotation transformation of vectors. Firstly we consider the morbidity problem of the special matrix and prove that the condition number of the coefficient matrix is determined by the ratio of lengths and the included angle of the column vector, which could be adjusted by multiple and rotation transformation to turn the matrix to a well-conditioned one. Then partition the corresponding matrix of the GM(1,1) power model in accordance with the column vector and regulate the matrix to a well-conditioned one by multiple and rotation transformation of vectors, which completely solve the instability problem of the GM(1,1) power model. Numerical results show that vector transformation is a new method in studying the stability problem of the GM(1,1) power model. 展开更多
关键词 grey power model STABILITY MORBIDITY vector transformation condition number of matrix
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On the completeness of eigen and root vector systems for fourth-order operator matrices and their applications 被引量:1
18
作者 王华 阿拉坦仓 黄俊杰 《Chinese Physics B》 SCIE EI CAS CSCD 2011年第10期8-14,共7页
In this paper, we consider the eigenvalue problem of a class of fourth-order operator matrices appearing in mechan- ics, including the geometric multiplicity, algebraic index, and algebraic multiplicity of the eigenva... In this paper, we consider the eigenvalue problem of a class of fourth-order operator matrices appearing in mechan- ics, including the geometric multiplicity, algebraic index, and algebraic multiplicity of the eigenvalue, the symplectic orthogonality, and completeness of eigen and root vector systems. The obtained results are applied to the plate bending problem. 展开更多
关键词 operator matrix eigenvalue problem EIGENvector root vector COMPLETENESS
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畸变Data Matrix码图像的倾斜校正算法研究 被引量:4
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作者 关博熠 董静薇 +1 位作者 马晓峰 徐博 《哈尔滨理工大学学报》 CAS 北大核心 2018年第5期100-105,共6页
针对Data Matrix码倾斜校正中需要多次旋转的问题,本文提出了一种畸变二维码倾斜校正方法。首先使用LoG算子对二值化后的图像进行边缘检测,再基于Data Matrix码的结构特征,通过Hough变换有效快速地确定定位符"L"所在的位置,并... 针对Data Matrix码倾斜校正中需要多次旋转的问题,本文提出了一种畸变二维码倾斜校正方法。首先使用LoG算子对二值化后的图像进行边缘检测,再基于Data Matrix码的结构特征,通过Hough变换有效快速地确定定位符"L"所在的位置,并将"L"型交点用两条向量表示。然后通过向量叉乘计算出Data Matrix码的旋转角度、确定旋转方向,只需一次旋转即可实现倾斜校正。本文算法节省了Data Matrix码在图像恢复过程中所需的时间和工作量。 展开更多
关键词 DATA matrix 倾斜校正 LOG算子 HOUGH变换 向量叉乘
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Using position specific scoring matrix and auto covariance to predict protein subnuclear localization 被引量:2
20
作者 Rong-Quan Xiao Yan-Zhi Guo +4 位作者 Yu-Hong Zeng Hai-Feng Tan Hai-Feng Tan Xue-Mei Pu Meng-Long Li 《Journal of Biomedical Science and Engineering》 2009年第1期51-56,共6页
The knowledge of subnuclear localization in eukaryotic cells is indispensable for under-standing the biological function of nucleus, genome regulation and drug discovery. In this study, a new feature representation wa... The knowledge of subnuclear localization in eukaryotic cells is indispensable for under-standing the biological function of nucleus, genome regulation and drug discovery. In this study, a new feature representation was pro-posed by combining position specific scoring matrix (PSSM) and auto covariance (AC). The AC variables describe the neighboring effect between two amino acids, so that they incorpo-rate the sequence-order information;PSSM de-scribes the information of biological evolution of proteins. Based on this new descriptor, a support vector machine (SVM) classifier was built to predict subnuclear localization. To evaluate the power of our predictor, the benchmark dataset that contains 714 proteins localized in nine subnuclear compartments was utilized. The total jackknife cross validation ac-curacy of our method is 76.5%, that is higher than those of the Nuc-PLoc (67.4%), the OET- KNN (55.6%), AAC based SVM (48.9%) and ProtLoc (36.6%). The prediction software used in this article and the details of the SVM parameters are freely available at http://chemlab.scu.edu.cn/ predict_SubNL/index.htm and the dataset used in our study is from Shen and Chou’s work by downloading at http://chou.med.harvard.edu/ bioinf/Nuc-PLoc/Data.htm. 展开更多
关键词 POSITION Specific SCORING matrix AUTO COVARIANCE Support vector Machine Protein SUBNUCLEAR Localization Prediction
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