【目的】分析拟南芥中仅含START结构域(the lipid/sterol-binding St AR-related lipid transfer protein domains)亚家族成员的启动子元件及表达特性,阐明启动子元件与表达特性的相互关系,为明确仅含START结构域亚家族的生物学功能,解...【目的】分析拟南芥中仅含START结构域(the lipid/sterol-binding St AR-related lipid transfer protein domains)亚家族成员的启动子元件及表达特性,阐明启动子元件与表达特性的相互关系,为明确仅含START结构域亚家族的生物学功能,解析植物生长发育机理、更好地促控植物生长提供理论依据。【方法】利用生物信息学方法分析仅含START结构域亚家族6个成员的亲缘关系及各自启动子区所包含的所有元件,对启动子元件的功能进行分析和分类;利用real-time PCR方法研究亚家族成员的表达特性;用突变体分析确认基因的功能;分析通过启动子元件分析预测的基因功能与通过突变体分析确认的基因功能间的相关性,为基因的功能和作用机制分析提供科研思路和方法。【结果】生物信息学分析表明,拟南芥中仅含START结构域亚家族成员共6个,分为3个分支,每个分支一对基因,每一对基因中均有一个基因的启动子中含有高转录水平元件5′UTR Py-rich stretch,6个亚家族成员的启动子区均含有多个光、激素和逆境响应元件,也存在各自特异的响应元件;用real-time PCR分析基因的表达量,结果与生物信息学预测结果一致:At3g13062的表达量明显高于同分支的At1g55960,At3g23080的表达量明显高于同分支的At4g14500,At1g64720的表达量明显高于同分支的At5g54170。组织定位分析表明亚家族成员有特异的时空表达特性:At3g13062和At1g55960在幼苗期就有明显表达,但At3g13062主要在子叶、下胚轴和根中表达,而At1g55960主要在根中表达量较多;在成苗期拟南芥中,At3g13062主要在叶片中表达,在根中表达量较少;而At1g55960在成苗期拟南芥的叶片和根系的表达量均较多;At3g23080和At4g14500在幼苗期表达量较少,而在成苗期表达量增加,At3g23080主要分布于莲座叶中,At4g14500主要分布于莲座叶叶柄部。上述结果表明仅含START结构域亚家族成员可能在拟南芥不同时期和不同的部位分别行使着功能。利用生物信息学对启动子元件分析发现,各个基因均具有胚乳特意表达的Skn-1 motif元件,暗示着该家族基因可能参与调控胚乳的发育,进而影响种子的活力和萌发;通过对At3g23080和At4g14500的T-DNA插入突变体种子的分析表明,At3g23080和At4g14500表达量下降均会导致种子活力和萌发率的下降,这与生物信息学预测结果一致。【结论】拟南芥中仅含START结构域的亚家族有6个成员;6个亚家族成员可能在光、激素和逆境调控的发育过程中具有重要的作用;含START结构域的亚家族6个成员虽然同源关系较近,但具有各自的时空表达特性,在拟南芥的不同组织和不同发育时期执行着各自的功能。基因启动子元件与基因功能有直接关系,启动子区具有胚乳特意表达Skn-1 motif元件的At3g23080和At4g14500表达量下降均会导致种子活力和萌发率下降。展开更多
在容器技术和微服务框架的普及背景下,无服务器计算为开发者提供了一种无需关注服务器操作以及硬件资源管理的云计算范式.与此同时,无服务器计算通过弹性扩缩容实时地适应动态负载变化,能够有效降低请求响应延时并且减少服务成本,满足...在容器技术和微服务框架的普及背景下,无服务器计算为开发者提供了一种无需关注服务器操作以及硬件资源管理的云计算范式.与此同时,无服务器计算通过弹性扩缩容实时地适应动态负载变化,能够有效降低请求响应延时并且减少服务成本,满足了客户对于云服务成本按需付费的需求.然而,无服务器计算中面临着弹性扩缩容需求导致的冷启动延迟问题.提前预热函数实例能够有效地降低冷启动发生频率和延时.然而,在云环境中流量突发问题极大地增加了预测预热函数实例数的难度.针对上述挑战,提出了一种基于概率分布的弹性伸缩算法(probability distribution based auto-scaling algorithm,PDBAA),利用监控指标历史数据预测未来请求的概率分布,以最小化请求响应延时为目的计算预热函数实例的最佳数量,并且PDBAA能够有效地结合深度学习技术的强大预测功能进一步提升性能.在Knative框架中,通过NASA和WSAL数据集对算法进行了验证,仿真实验表明,相比于Knative弹性伸缩算法以及其他预测算法,所提出的算法弹性性能提升了31%以上,平均响应时间降低了16%以上,能够更好地解决流量突发问题,有效地降低了无服务器计算请求的响应延时.展开更多
文摘【目的】分析拟南芥中仅含START结构域(the lipid/sterol-binding St AR-related lipid transfer protein domains)亚家族成员的启动子元件及表达特性,阐明启动子元件与表达特性的相互关系,为明确仅含START结构域亚家族的生物学功能,解析植物生长发育机理、更好地促控植物生长提供理论依据。【方法】利用生物信息学方法分析仅含START结构域亚家族6个成员的亲缘关系及各自启动子区所包含的所有元件,对启动子元件的功能进行分析和分类;利用real-time PCR方法研究亚家族成员的表达特性;用突变体分析确认基因的功能;分析通过启动子元件分析预测的基因功能与通过突变体分析确认的基因功能间的相关性,为基因的功能和作用机制分析提供科研思路和方法。【结果】生物信息学分析表明,拟南芥中仅含START结构域亚家族成员共6个,分为3个分支,每个分支一对基因,每一对基因中均有一个基因的启动子中含有高转录水平元件5′UTR Py-rich stretch,6个亚家族成员的启动子区均含有多个光、激素和逆境响应元件,也存在各自特异的响应元件;用real-time PCR分析基因的表达量,结果与生物信息学预测结果一致:At3g13062的表达量明显高于同分支的At1g55960,At3g23080的表达量明显高于同分支的At4g14500,At1g64720的表达量明显高于同分支的At5g54170。组织定位分析表明亚家族成员有特异的时空表达特性:At3g13062和At1g55960在幼苗期就有明显表达,但At3g13062主要在子叶、下胚轴和根中表达,而At1g55960主要在根中表达量较多;在成苗期拟南芥中,At3g13062主要在叶片中表达,在根中表达量较少;而At1g55960在成苗期拟南芥的叶片和根系的表达量均较多;At3g23080和At4g14500在幼苗期表达量较少,而在成苗期表达量增加,At3g23080主要分布于莲座叶中,At4g14500主要分布于莲座叶叶柄部。上述结果表明仅含START结构域亚家族成员可能在拟南芥不同时期和不同的部位分别行使着功能。利用生物信息学对启动子元件分析发现,各个基因均具有胚乳特意表达的Skn-1 motif元件,暗示着该家族基因可能参与调控胚乳的发育,进而影响种子的活力和萌发;通过对At3g23080和At4g14500的T-DNA插入突变体种子的分析表明,At3g23080和At4g14500表达量下降均会导致种子活力和萌发率的下降,这与生物信息学预测结果一致。【结论】拟南芥中仅含START结构域的亚家族有6个成员;6个亚家族成员可能在光、激素和逆境调控的发育过程中具有重要的作用;含START结构域的亚家族6个成员虽然同源关系较近,但具有各自的时空表达特性,在拟南芥的不同组织和不同发育时期执行着各自的功能。基因启动子元件与基因功能有直接关系,启动子区具有胚乳特意表达Skn-1 motif元件的At3g23080和At4g14500表达量下降均会导致种子活力和萌发率下降。
文摘在容器技术和微服务框架的普及背景下,无服务器计算为开发者提供了一种无需关注服务器操作以及硬件资源管理的云计算范式.与此同时,无服务器计算通过弹性扩缩容实时地适应动态负载变化,能够有效降低请求响应延时并且减少服务成本,满足了客户对于云服务成本按需付费的需求.然而,无服务器计算中面临着弹性扩缩容需求导致的冷启动延迟问题.提前预热函数实例能够有效地降低冷启动发生频率和延时.然而,在云环境中流量突发问题极大地增加了预测预热函数实例数的难度.针对上述挑战,提出了一种基于概率分布的弹性伸缩算法(probability distribution based auto-scaling algorithm,PDBAA),利用监控指标历史数据预测未来请求的概率分布,以最小化请求响应延时为目的计算预热函数实例的最佳数量,并且PDBAA能够有效地结合深度学习技术的强大预测功能进一步提升性能.在Knative框架中,通过NASA和WSAL数据集对算法进行了验证,仿真实验表明,相比于Knative弹性伸缩算法以及其他预测算法,所提出的算法弹性性能提升了31%以上,平均响应时间降低了16%以上,能够更好地解决流量突发问题,有效地降低了无服务器计算请求的响应延时.
