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人类蛋白编码基因外显子谱和同义密码子偏好的研究 被引量：2
1
作者 杨潇 胡军 陈祥贵 《西华大学学报（自然科学版）》 CAS 2008年第2期79-82,共4页
从UCSC数据库提取基因序列,通过codon W软件进行密码子偏好性分析。比较分析不同外显子谱的人类蛋白编码基因密码子使用偏好,发现在多外显子基因中,随着基因外显子数增加,NNU和NNA型密码子RSCU值上升,NNC型密码子RSCU值下降,UUG密码子R... 从UCSC数据库提取基因序列,通过codon W软件进行密码子偏好性分析。比较分析不同外显子谱的人类蛋白编码基因密码子使用偏好,发现在多外显子基因中,随着基因外显子数增加,NNU和NNA型密码子RSCU值上升,NNC型密码子RSCU值下降,UUG密码子RSCU值增加,而其它NNG型密码子RSCU值下降。作为具有最少外显子数的基因,单外显子基因密码子RSCU值具有异常的表现,表明其具有和多外显子基因不同的起源和进化过程。 展开更多
关键词 人类蛋白编码基因 密码子偏好 外显子谱
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基于鳞片纹图基因码的羊绒理论识别精度及正误判率 被引量：7
2
作者 石先军 胡新荣 +1 位作者 蔡光明 于伟东 《纺织学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第4期5-10,共6页
针对羊绒与细羊毛鉴别的问题,基于鳞片纹图基因码研究羊绒的识别精度。结果表明,虽然羊绒与细羊毛同一鳞片纹图基因码的分布类型相同,但数字特征却大同小异,羊绒鳞片纹图基因码的数字特征表明其鳞片更似方形或窄矩形,而细羊毛的则更似... 针对羊绒与细羊毛鉴别的问题,基于鳞片纹图基因码研究羊绒的识别精度。结果表明,虽然羊绒与细羊毛同一鳞片纹图基因码的分布类型相同,但数字特征却大同小异,羊绒鳞片纹图基因码的数字特征表明其鳞片更似方形或窄矩形,而细羊毛的则更似宽矩形。在所有纹图基因码中,这2类纤维的鳞片面积、周长和矩形度的分布几乎完全重叠,表明三者无法用于纤维鉴别。2类纤维其他纹图基因码部分重叠,据此可建立具有最小识别误差的纤维辨识标准,获得了羊绒纤维最大识别概率为88.8%,羊毛最大识别概率为92%,最小识别误差为10.7%的结论。结论为羊绒鉴别最优基因组的发现提供了理论参考。 展开更多
关键词 山羊绒 细羊毛 鳞片纹图基因码 数字特征 分布
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羊绒鳞片纹图基因码的分布特征及相互关系 被引量：2
3
作者 石先军 胡新荣 +1 位作者 蔡光明 于伟东 《纺织学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第3期1-5,共5页
针对羊绒鉴别问题,研究光学显微镜下纤维鳞片纹图基因码的统计规律。结果表明:羊绒鳞片纹图基因码中除纤维直径的均匀性较好、变异系数较小外,其他基因码的变异系数均较大;所有纹图基因码中除了鳞片矩形度的最优拟合为正态分布外,其他... 针对羊绒鉴别问题,研究光学显微镜下纤维鳞片纹图基因码的统计规律。结果表明:羊绒鳞片纹图基因码中除纤维直径的均匀性较好、变异系数较小外,其他基因码的变异系数均较大;所有纹图基因码中除了鳞片矩形度的最优拟合为正态分布外,其他形状参数的最优拟合均为对数正态分布,其拟合相关度均超过了0.99;羊绒纹图基因码中相对形状参数离散度较小而绝对形状参数离散度较大;在所有的纹图基因码中,鳞片矩形度的离散度最小而面积的离散度最大,羊绒纤维鳞片形状更似方形或窄矩形。 展开更多
关键词 山羊绒 鳞片纹图基因码 正态分布 对数正态分布
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羊绒鳞片图纹基因码的构成及其相互关系 被引量：2
4
作者 石先军 蔡光明 于伟东 《纺织学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第4期1-5,共5页
针对羊绒鉴别的问题,研究光学显微镜下纤维鳞片的图纹特征。基于光学显微镜提出描述纤维鳞片形状特征的图纹基因码。讨论纤维鳞片图纹基因码的构成,并给出它们的分类。研究纤维鳞片图纹基因码之间的相互关系。结果表明,在0.05的显著性... 针对羊绒鉴别的问题,研究光学显微镜下纤维鳞片的图纹特征。基于光学显微镜提出描述纤维鳞片形状特征的图纹基因码。讨论纤维鳞片图纹基因码的构成,并给出它们的分类。研究纤维鳞片图纹基因码之间的相互关系。结果表明,在0.05的显著性水平下,纤维鳞片图纹基因码之间大多数都存在一定的相关性,只有少数的几个鳞片图纹基因码之间不存在相关性。这表明在羊绒的识别机制方面,不同的鳞片图纹基因码之间存在一定的重叠性,可为发现羊绒鉴别最优基因组提供参考。 展开更多
关键词 山羊绒 毛纤维 鳞片 图纹基因码 鉴别
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巨大侧耳ABC转运蛋白家族的全基因组分析及其对镉离子胁迫的响应 被引量：3
5
作者 席寅生 王雪 +3 位作者 马金荣 张蕊 李维焕 杨树德 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期54-69,共16页
腺苷三磷酸结合盒转运蛋白(ATP-binding cassette transporter,ABC转运蛋白),广泛存在于所有生物中,是目前研究最多且最大的蛋白家族之一。该蛋白家族部分成员具有跨膜转运重金属离子和应对非生物胁迫的作用。本研究利用Blastp和Hmmer... 腺苷三磷酸结合盒转运蛋白(ATP-binding cassette transporter,ABC转运蛋白),广泛存在于所有生物中,是目前研究最多且最大的蛋白家族之一。该蛋白家族部分成员具有跨膜转运重金属离子和应对非生物胁迫的作用。本研究利用Blastp和Hmmer软件在全基因组水平筛选巨大侧耳的ABC转运蛋白家族成员,并对其进行生物信息学分析,然后依据转录组数据筛选差异基因,并对该家族编码基因整体表达趋势进行分析。总计获得38个巨大侧耳ABC转运蛋白基因,可分为G、B、C、F、I、D、A和E共8个亚家族,分别有6、5、10、3、8、3、2和1个成员。其主要分布在各细胞器膜上,不同亚家族成员在结构域的种类和基序数量有区别,相同亚家族成员则具有较大的相似性。在镉离子胁迫的前期D亚族部分成员上调表达,胁迫中期C、D、I等亚族部分成员上调表达,后期B、C亚族部分成员上调表达。本研究表明部分ABC转运蛋白参与了巨大侧耳应对镉离子胁迫的反应,这些结果为进一步研究ABC转运蛋白家族在巨大侧耳在镉离子胁迫下发挥的作用及其分子机制提供了理论基础。 展开更多
关键词 巨大侧耳 ABC转运蛋白 蛋白家族 编码基因分析 表达模式
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一个线虫长非编码RNA的单细胞精度表达谱分析以及基因敲除研究
6
作者 于恩超 陈思雨 +4 位作者 赵晓彤 刘卫红 赵娣 李勇斌 刘晓 《生命科学研究》 CAS CSCD 2015年第6期484-490,共7页
秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans,C.elegans)中长非编码RNA(long non-protein coding RNA gene,lncRNA)的结构和功能是近年来的研究热点之一。数据表明长非编码基因linc-5在线虫的胚胎和早期幼虫均有较高表达,提示其在线虫的胚胎... 秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans,C.elegans)中长非编码RNA(long non-protein coding RNA gene,lncRNA)的结构和功能是近年来的研究热点之一。数据表明长非编码基因linc-5在线虫的胚胎和早期幼虫均有较高表达,提示其在线虫的胚胎发育过程中具有非常重要的作用。选取线虫两个物种C.elegans和C.briggsae为实验材料,构建启动子与荧光报告基因(mCherry)融合载体;通过基因枪整合到基因组上,得到纯合转基因线虫品系;结合在线虫中建立的单细胞精度的表达谱分析技术,对线虫两个物种幼虫L1时期的表达谱比较,说明linc-5在物种间具有非常强的保守性;在线虫中利用基因组编辑工具CRISPR/Cas9(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated system)技术成功敲除linc-5基因,为进一步研究linc-5的功能提供了良好基础。 展开更多
关键词 长非编码RNA linc-5 表达谱 基因枪 基因敲除
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