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Sequence Analysis of Mitochondrial DNA D-loop Region in Xinjiang Goose 被引量:1
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作者 邵勇钢 岳涛 +1 位作者 李建华 刘银凤 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2012年第11期2290-2292,2337,共4页
[Objective] The sequences of mitochondrial DNA D-loop region of Xinjiang Goose with three different colors of plumage were analyzed in order to study the genetic diversity of Xinjiang Goose, as well as the phylogeny a... [Objective] The sequences of mitochondrial DNA D-loop region of Xinjiang Goose with three different colors of plumage were analyzed in order to study the genetic diversity of Xinjiang Goose, as well as the phylogeny and evolution. [Method] Ten geese were selected randomly from the core populations of grey-, mosaic- and white-plumaged Xinjiang Goose respectively with a total number of thirty as experi- mental materials, of which the blood samples were collected from the largest vein under the wing (brachial vein) for DNA extraction. Sequences of mitochondrial DNA D-loop regions were determined using DNA sequencing technology to analyze the polymorphism. In addition, the genetic distances among different populations were estimated through the comparison with the reference sequences. [Resull] The con- tents of A, G, C and T nucleotides in the D-loop region of Xinjiang Goose were 28.85%, 17.05%, 25.38% and 28.72%, respectively. The average haplotype diversity and nucleotide diversity of Xinjiang Goose were 0.583 and 0.056. Xinjiang Goose and Greylag Goose were clustered into the same group. [Conclusion] The results showed that Xinjiang Geese with three different colors of plumage all descend from Greylag Goose (Anser anser). 展开更多
关键词 Xinjiang Goose mitochondrial dna d-loop region Sequence analysis
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Mutation in D-loop region of mitochondrial DNA in gastric cancer and its significance 被引量:5
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作者 Yi-BingZhao Hong-YuYang Xi-WeiZhang Guo-YuChen 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2005年第21期3304-3306,共3页
AIM:To investigate the mutation in D-loop region of mitochondrial DNA in gastric cancer and its influence on the changes of reactive oxygen species (ROS) and cell cycle. METHODS: The D-loop region was amplified by PCR... AIM:To investigate the mutation in D-loop region of mitochondrial DNA in gastric cancer and its influence on the changes of reactive oxygen species (ROS) and cell cycle. METHODS: The D-loop region was amplified by PCR and sequenced.Reactive oxygen species and cell cycle were detected by flow cytometry in 20 specimens from gastric cancer and adjacent normal tissues.According to the sequence results,gastric cancer tissue was divided into mutation group and control group.Reactive oxygen species,apoptosis and proliferation in the two groups were compared. RESULTS:Among the 20 gastric cancer specimens, 18 mutations were identified in 7 patients,the mutation rate being 35%.There were four microsatellite instabilities in the mutations. No mutation was found in the adjacent tissues. Reactive oxygen species,apoptosis,and proliferation in the mutation group were all significantly higher than those in control group. CONCLUSION: Mutation in D-loop region plays a role in the genesis and development of gastric cancer. 展开更多
关键词 mitochondria dna d-loop MUTATION Reactive oxygen species
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矮小芦花鸡线粒体DNA D-loop序列变异起源分化研究
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作者 栾祜 缪立生 +2 位作者 柳俭强 陈小辛 张立春 《中国畜牧杂志》 北大核心 2025年第9期227-233,共7页
本研究旨在探索吉林省矮小芦花鸡这一独特地方品种的遗传多样性和母系起源。通过对矮小芦花鸡线粒体DNA D-loop区序列的分析,揭示该品种的遗传结构及其历史演化路径,为有效保护和利用这一珍贵的遗传资源,以及未来的选育和遗传改良工作... 本研究旨在探索吉林省矮小芦花鸡这一独特地方品种的遗传多样性和母系起源。通过对矮小芦花鸡线粒体DNA D-loop区序列的分析,揭示该品种的遗传结构及其历史演化路径,为有效保护和利用这一珍贵的遗传资源,以及未来的选育和遗传改良工作提供坚实的理论基础。本研究以34只矮小芦花鸡为研究对象,针对其线粒体DNA D-loop区域开展PCR扩增、测序及比对分析,系统评估该品种的遗传多样性特征与母系起源。研究获得长度为1 052 bp的D-loop序列,碱基组成分析显示A+T含量(54.4%)显著高于G+C含量(45.6%),呈现出明显的碱基偏向性特征。通过序列比对共检测到21个变异位点,其中包含6个单一变异位点和15个简约信息位点。具体而言,变异类型包括3处单碱基插入事件,所有变异均表现为单碱基替换(20个转换+1个颠换),其中T-C转换14次(占比66.7%)、A-G转换6次(占比28.6%)、A-C颠换1次(占比4.7%)。遗传多样性分析显示:核苷酸多样性(Pi)为0.007 64±0.001 4,单倍型多样性(Hd)达0.872±0.027,平均核苷酸差异数(K)为6.067,表明该群体存在丰富的核苷酸变异。序列分析共鉴定出9种单倍型,单倍型间遗传距离范围为0.001~0.016。系统发育关系重建显示该群体分化为3个独立的线粒体谱系,不仅证实了其存在3个母系起源,更揭示了群体内部个体间遗传距离较近的特性。上述研究结果充分表明矮小芦花鸡具有较高的遗传多样性水平,亟需加强该珍贵地方品种的遗传资源保护与系统性保育工作。 展开更多
关键词 矮小芦花鸡 线粒体dna d-loop 核苷酸多样性 单倍型多样性 平均核苷酸差异数
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Molecular Phylogeny of Slow Lorises (Nycticebus) Revealed by D-loop Sequences and Complete Cytochrome b Gene Sequences of Mitochondrial DNA
4
作者 陈静华 Paul CRO W +2 位作者 成岛悦雄 张红卫 张亚平 《Zoological Research》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期292-297,共6页
Partial sequences of the D-loop and the complete sequences of cytochrome b gene (1 140 bp) of the slow lorises (genus Nycticebus) were undertaken to investigate evolutionary relationships among species of Nycticebus.S... Partial sequences of the D-loop and the complete sequences of cytochrome b gene (1 140 bp) of the slow lorises (genus Nycticebus) were undertaken to investigate evolutionary relationships among species of Nycticebus.Sequence analysis results consistently provide new taxonomy evidence at the DNA level for supporting Ratajszczak and Groves’ viewpoint that N.intermedus is merely the adult of N.pygmaeus (Ratajszczak,1998;Groves,1971).Phylogenetic analysis was performed by means of the combined data and these two separate sequences data,respectively,by using various methods,supporting the same topology,in which genus Nycticebus was formed of two clusters.The first cluster was composed of N.pygmaeus,and the second cluster of N.coucang.It also could provide a new molecular genetic evidence to support the view that the genus comprises two species:N.coucang and N.pygmaeus. 展开更多
关键词 Nycticebus Mitochondiral dna Cytochrome b gene d-loop Molecular phylogeny
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郧西马头山羊线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析
5
作者 程蕾 刘辰晖 +6 位作者 陈杨 向敏 余婕 钟朱夏 夏永春 杨务军 胡修忠 《湖北农业科学》 2025年第7期198-202,共5页
基于线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列的遗传变异分析,评估郧西马头山羊(Capra hircus)的遗传多样性。通过PCR扩增和测序获得184只郧西马头山羊mtDNA D-loop区全序列,系统分析其核苷酸多态性和单倍型多样性,开展中性检验(Tajima’s D、Fu’... 基于线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列的遗传变异分析,评估郧西马头山羊(Capra hircus)的遗传多样性。通过PCR扩增和测序获得184只郧西马头山羊mtDNA D-loop区全序列,系统分析其核苷酸多态性和单倍型多样性,开展中性检验(Tajima’s D、Fu’s Fs)和错配分布分析,并与不同山羊品种的mtDNA D-loop序列进行聚类分析。结果表明,郧西马头山羊mtDNA D-loop的A、G、C、T 4种碱基占比分别为30.77%、14.26%、26.26%、28.71%,A+T碱基的占比为59.48%,明显高于G+C(40.52%)。郧西马头山羊mtDNA D-loop共有52种单倍型,131个变异位点,其中单一多态位点51个,简约信息位点80个。Fu’s Fs检验结果显示,Fs为-2.48,显著偏离中性模型(P<0.05)。郧西马头山羊与其他5个山羊品种(川东白山羊、陕南白山羊、黄淮山羊、北川白山羊、波尔山羊)的系统发育树显示,184个个体被分为3个大分支,分别为2个本地支与1个波尔山羊杂交支。郧西马头山羊群体的多态程度高,遗传多样性丰富,具有较大的育种潜能,但存在周边多个地方山羊品种和波尔山羊的遗传渗入现象。 展开更多
关键词 郧西马头山羊(Capra hircus) 线粒体dna d-loop 遗传多样性
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Mutations in the D-loop region of mitochondrial DNA in gastric cancer
6
作者 YibingZhao HongyuYang GuoyuChen 《Journal of Nanjing Medical University》 2005年第2期95-98,共4页
Objective: To investigate the mutati ons in the D-loop region of mitochondrial DNA (mtDNA) in gastric cancer. Methods: The mtDNA of D-loop region was amplified by PCR and sequence d in 20 samples from gastric cancer ... Objective: To investigate the mutati ons in the D-loop region of mitochondrial DNA (mtDNA) in gastric cancer. Methods: The mtDNA of D-loop region was amplified by PCR and sequence d in 20 samples from gastric cancer tissue and adjacent normal membrane. Results: There were 7/20(35%) mutations in the mtDNA of D-loop regio n in gastric cancer patients. There were four microsatellite instabilities among the 18 mutations. Nine new polymorphisms were identified in 20 patients. Conclusion: The mtDNA of D-loop region might be highly polymorphoric and the mutation rate is high in patients with gastric cancer. 展开更多
关键词 mitochondrial dna d-loop MUTATION
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贵州黄牛mtDNA D-loop遗传多样性研究 被引量:39
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作者 刘若余 夏先林 +3 位作者 雷初朝 张明忠 陈宏 杨公社 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期279-284,共6页
对贵州4个地方黄牛品种共计82个个体的线粒体DNA D-loop区全序列910bp进行分析,检测到31种单倍型,其核苷酸多态位点65个,约占所测核苷酸总长的7.14%,其中有62个转换,2个颠换,1个转换/颠换共存。贵州4个黄牛品种mtDNA D-loop区... 对贵州4个地方黄牛品种共计82个个体的线粒体DNA D-loop区全序列910bp进行分析,检测到31种单倍型,其核苷酸多态位点65个,约占所测核苷酸总长的7.14%,其中有62个转换,2个颠换,1个转换/颠换共存。贵州4个黄牛品种mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为2.16%~2.61%,单倍型多样度(H)为0.695~0.909,表明贵州黄牛mtDNA遗传多样性比较丰富。根据单倍型构建了贵州4个黄牛品种的NJ分子系统树。聚类表明,贵州黄牛有普通牛和瘤牛2大母系起源,其影响较为均一。并探讨了用核苷酸多样度π值的大小来衡量黄牛群体遗传分化程度的可行性。 展开更多
关键词 贵州黄牛 线粒体dna d-loop 遗传多样性 起源
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我国主要地方绵羊品种mtDNA D-loop区PCR-RFLP研究 被引量:25
8
作者 李祥龙 张增利 +3 位作者 巩元芳 刘铮铸 贾青 王立泽 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期165-170,共6页
利用5种限制性内切酶(HinfⅠ,MspⅠ,Sau3AⅠ,XspⅠ,TaqⅠ),采用PCRRFLP技术研究了我国9个地方绵羊品种以及2个引入品种共计83只绵羊个体线粒体DNADloop区的多态性。结果表明,我国主要地方绵羊品种线粒体DNADloop区存在两种基本单体型,... 利用5种限制性内切酶(HinfⅠ,MspⅠ,Sau3AⅠ,XspⅠ,TaqⅠ),采用PCRRFLP技术研究了我国9个地方绵羊品种以及2个引入品种共计83只绵羊个体线粒体DNADloop区的多态性。结果表明,我国主要地方绵羊品种线粒体DNADloop区存在两种基本单体型,提示我国主要地方绵羊品种起源于两个母系祖先。线粒体DNADloop区多态度为0.0421%,说明我国地方绵羊品种线粒体DNA多态度较为贫乏。 展开更多
关键词 地方绵羊品种 线粒体dna d-loop PCR-RFLP
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淡水鱼类线粒体DNA D-loop基因的引物设计和应用 被引量:18
9
作者 黄志坚 徐晓鹏 +4 位作者 唐晶晶 张飓 郑锦卿 李桂峰 何建国 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期84-88,共5页
线粒体DNA测序已广泛应用于鉴定和区分种类以及解决系统进化关系问题。本文选取已测定的主要淡水鱼类的线粒体DNA D-loop基因序列进行同源性比较,寻找保守序列,利用简并性原则设计一对通用的简并引物。利用设计的引物对广东省珠江流域... 线粒体DNA测序已广泛应用于鉴定和区分种类以及解决系统进化关系问题。本文选取已测定的主要淡水鱼类的线粒体DNA D-loop基因序列进行同源性比较,寻找保守序列,利用简并性原则设计一对通用的简并引物。利用设计的引物对广东省珠江流域主要的淡水鱼类线粒体DNA D-loop控制区基因进行扩增,均能获得单一的目的DNA片断,特异性扩增产物大小为1 kb左右。经测序及与GenBank同源序列的比较,证实为包含线粒体控制区全序列的扩增产物。本研究所设计的引物和应用的方法可以快速地同时对多种鱼类进行大规模的遗传背景分析,鉴定某些难于鉴别的近缘物种,为我国鱼类的种类鉴定、地理种群鉴别及种质资源的评估提供重要的工具。 展开更多
关键词 淡水鱼类 线粒体dna d-loop 引物设计 遗传分析
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舟山小黄鱼线粒体DNA D-loop区序列变异的遗传多样性分析 被引量:17
10
作者 郑文娟 来育洪 +2 位作者 尤昕煜 秦茜晗 朱世华 《Zoological Research》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期329-336,共8页
小黄鱼(Pseudosciaena polyactis)为我国重要海产经济鱼类之一, 过度捕捞和环境污染等因素造成其资源日益衰退。研究小黄鱼种群遗传结构对其资源的保护及其可持续利用有十分重要的意义。该研究采用聚合酶链式反应(PCR)技术对浙江舟... 小黄鱼(Pseudosciaena polyactis)为我国重要海产经济鱼类之一, 过度捕捞和环境污染等因素造成其资源日益衰退。研究小黄鱼种群遗传结构对其资源的保护及其可持续利用有十分重要的意义。该研究采用聚合酶链式反应(PCR)技术对浙江舟山附近海域小黄鱼种群53个个体的mtDNA D-loop区全序列进行扩增, 序列长度在795-801bp 之间, 长度差异不大。采用Clustal X1.83、MEGA3.1、DnaSP4.0等生物信息学软件进行遗传多样性分析, 结果显示:53条小黄鱼线粒体DNA D-loop 区的T、C、A 和G 碱基平均含量分别为30.3%、23.1%、32.3%和14.3%, 排除13 处核苷酸的插入或缺失后, 共检测到93处转换和颠换位点, 约占分析序列总长度的11.6%, 其中包括53 个单一多态位点和40 个简约信息位点, 共确定了52 种单倍型, 单倍型多样性(hd)为0.9993, 单倍型间的平均遗传距离为0.012, 转换/颠换平均值为4.305, 平均核苷酸差异数(k)为9.73875, 核苷酸多样性(π)为0.01233,表明舟山小黄鱼遗传多样性处于中等水平。 展开更多
关键词 线粒体dna d-loop 小黄鱼 遗传多样性 舟山
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野牦牛(Bos grunniens mutus)mtDNA D-Loop区的遗传多样性 被引量:21
11
作者 马志杰 钟金城 +3 位作者 韩建林 徐惊涛 窦全林 常怀普 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第9期4798-4803,共6页
为从分子水平上评价野牦牛(Bosgrunniens mutus)的遗传多样性,对6头野牦公牛线粒体DNAD-loop区全序列进行了克隆和测定(GenBank登录号为:FJ548840~FJ548845),结合GenBank中已刊登的2条野牦牛的相应序列,使用BioEdit7.0.9、DnaSP4.10.1... 为从分子水平上评价野牦牛(Bosgrunniens mutus)的遗传多样性,对6头野牦公牛线粒体DNAD-loop区全序列进行了克隆和测定(GenBank登录号为:FJ548840~FJ548845),结合GenBank中已刊登的2条野牦牛的相应序列,使用BioEdit7.0.9、DnaSP4.10.1、Arlequin3.11等生物信息学软件,对全部8条序列开展了比对分析,确定了多态位点与单倍型数目,计算了核苷酸多样度和单倍型多样度。结果表明8条野牦牛线粒体DNAD-loop区全序列长度在891~894bp之间,其中A、T、G和C4种核苷酸的平均含量分别为32.68%、28.65%、13.46%和25.21%,A+T的平均含量为61.33%。排除4处核苷酸的插入或缺失后,共检测到39处转换和颠换位点,占分析序列总长度的4.38%,其中包括4处单一多态位点和35处简约信息位点。依据序列间核苷酸变异共确定了7种单倍型,单倍型多样度(h)为0.9643,核苷酸多样度(π)为0.02144,提示野牦牛群体具有丰富的遗传多样性。 展开更多
关键词 野牦牛 线粒体dna d-loop 遗传多样性
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和田黑鸡mtDNA控制区D-Loop序列分析 被引量:7
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作者 於建国 陈静波 +3 位作者 多来提尼牙孜.依明 杨飞 张伟 邓生荣 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第7期105-107,共3页
试验旨在测定和田黑鸡mtDNA D-Loop序列,并分析其与其他5个品种鸡间的同源性及亲缘关系。结果发现,和田黑鸡mtDNA D-Loop序列全长为1230 bp,用DNAMAN软件进行序列比对,发现和田黑鸡与GenBank登录的5个品种鸡的同源性都在98%以上,测定样... 试验旨在测定和田黑鸡mtDNA D-Loop序列,并分析其与其他5个品种鸡间的同源性及亲缘关系。结果发现,和田黑鸡mtDNA D-Loop序列全长为1230 bp,用DNAMAN软件进行序列比对,发现和田黑鸡与GenBank登录的5个品种鸡的同源性都在98%以上,测定样品mtDNA D-Loop核苷酸序列中富含A+T。聚类分析结果显示,和田黑鸡与丝羽乌骨鸡、红原鸡亲缘关系较近。 展开更多
关键词 和田黑鸡 线粒体dna d-loop 同源性 聚类分析
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中国山羊mtDNA D-loop遗传多样性及其起源研究(英文) 被引量:40
13
作者 刘若余 杨公社 雷初朝 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第5期420-428,共9页
采用DNA测序技术分析了中国9个山羊品种(板角山羊、成都麻羊、贵州黑山羊、贵州白山羊、黔北麻羊、马头山羊、陕南白山羊、黄淮山羊和雷州山羊)共计128个个体的mtDNA D-loop全序列。结果表明:山羊mtDNA D-loop全序列长度为1 212-1 213 ... 采用DNA测序技术分析了中国9个山羊品种(板角山羊、成都麻羊、贵州黑山羊、贵州白山羊、黔北麻羊、马头山羊、陕南白山羊、黄淮山羊和雷州山羊)共计128个个体的mtDNA D-loop全序列。结果表明:山羊mtDNA D-loop全序列长度为1 212-1 213 bp,检测到102个变异位点,约占分析位点总数的8.42%,可变位点中转换占99个,颠换2个,1个转换/颠换共存;界定了92种单倍型,有78种为各品种独享单倍型,另外14种为群体内或群体间共享单倍型。9个山羊品种单倍型多样度为0.9333-1.0000,核苷酸多样度为0.7062%-1.8265%,表明中国山羊品种遗传多样性丰富。根据92种mtDNA单倍型构建了中国山羊的NJ分子系统树,聚类表明,中国山羊mtDNA D-loop序列单倍型分为支系A和支系B两大类。支系A包括75种单倍型,代表95个样本,占总数的74.22%;支系B包括17种单倍型,代表33个样本,占总数的25.78%,说明中国山羊存在支系A和支系B两大母系起源。对中国山羊mtDNA D-loop的支系A和支系B进行核苷酸不配对分布曲线分析和Fu的Fs中性检验,分析表明,支系A的分布曲线呈单峰形,Fs值为-24.6491,P值为0.0000,显著偏离中性,表明山羊支系A曾经历群体扩张;支系B呈近似双峰分布,Fs值为-3.3947,P值为0.0980,中性检验差异不显著,表明山羊支系B没有经历群体扩张,群体大小保持相对稳定。山羊支系B可能起源于中国。 展开更多
关键词 山羊 线粒体dna d-loop 遗传多样性 起源
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和田羊mtDNAD-loop区遗传多样性研究 被引量:3
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作者 於建国 田可川 +5 位作者 徐新明 董红 陈童 肉孜买买提 袁小平 邓生荣 《中国草食动物科学》 CAS 2013年第2期19-22,共4页
为研究和田羊的遗传多样性,应用PCR扩增和测序技术,对民丰、于田、策勒、洛浦4个县和田羊群体的mtDNA D-loop序列进行了研究,并用DNAMAN软件对4个县和田羊进行了聚类分析。结果表明:民丰、于田两县和田羊mtDNA D-loop序列长度为1 184 bp... 为研究和田羊的遗传多样性,应用PCR扩增和测序技术,对民丰、于田、策勒、洛浦4个县和田羊群体的mtDNA D-loop序列进行了研究,并用DNAMAN软件对4个县和田羊进行了聚类分析。结果表明:民丰、于田两县和田羊mtDNA D-loop序列长度为1 184 bp,策勒、洛浦两县和田羊mtDNA D-loop序列长度为1 190 bp,4个县和田羊mtDNA D-loop均存在4个75 bp的重复序列;民丰县、于田县和田羊遗传距离较近,洛浦县、策勒县和田羊遗传距离较近,初步认为和田地区4个县和田羊可分为2类群体。 展开更多
关键词 和田羊 线粒体dna d-loop 聚类分析
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基于线粒体DNAD-loop区部分序列分析舟山海域带鱼种群遗传结构 被引量:13
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作者 郑文娟 杜一超 +3 位作者 林洁 蒋晨华 丁沃娜 朱世华 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期408-413,共6页
带鱼(Trichiurus lepturus Linnaeus),俗称刀鱼、白带鱼,隶属鲈形目(Perciformes),带鱼科(Trichiuridae),带鱼属(Trichiurus),广泛分布于世界各温热带海域,在我国主要分布在东海、南海、黄海和渤海[1]。带鱼为我国最重要的捕捞... 带鱼(Trichiurus lepturus Linnaeus),俗称刀鱼、白带鱼,隶属鲈形目(Perciformes),带鱼科(Trichiuridae),带鱼属(Trichiurus),广泛分布于世界各温热带海域,在我国主要分布在东海、南海、黄海和渤海[1]。带鱼为我国最重要的捕捞对象,其产量多年来一直位居我国海洋捕捞鱼类产量的首位,占有十分重要的渔业经济地位。舟山带鱼是全国首批海鲜类地理标志证明商标海鲜,曾与大黄鱼、小黄鱼、墨鱼并称为我国"四大渔业"。自20世纪70年代后,由于受过度捕捞和环境变化等影响,舟山海域的带鱼资源出现了严重衰退; 展开更多
关键词 带鱼 线粒体dna d-loop 遗传多样性 舟山
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中国部分山羊品种线粒体DNAD-loop序列遗传多样性分析 被引量:11
16
作者 刘益平 曹少先 +2 位作者 傅泽红 徐敏 刘铁铮 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期313-320,共8页
分析了中国部分本地山羊品种(18个品种200个体)以及在中国饲养的引入品种(4个品种25个体)线粒体DNA控制区(D-loop)的全序列,结合已报道的世界其它地方的山羊(15个品种77个体)以及2只野山羊的线粒体DNA控制区(D-loop)全序列共304个体,研... 分析了中国部分本地山羊品种(18个品种200个体)以及在中国饲养的引入品种(4个品种25个体)线粒体DNA控制区(D-loop)的全序列,结合已报道的世界其它地方的山羊(15个品种77个体)以及2只野山羊的线粒体DNA控制区(D-loop)全序列共304个体,研究结果表明:山羊线粒体DNA控制区约为1 212 bp,检测到228个变异位点,203种单倍型,单倍型多样度为0.993±0.001;核苷酸多样度0.018±0.001。中国部分山羊的变异类型主要为类型A和B,而在巴基斯坦山羊中还检测到类型C和D。比较分析结果表明中国山羊遗传多样性和基因交流比中国黄牛品种要高。 展开更多
关键词 山羊 线粒体dna d-loop 遗传多样性
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根据mtDNAD-loop序列分析东海银鲳群体遗传多样性 被引量:15
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作者 彭士明 施兆鸿 +1 位作者 陈超 侯俊利 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期28-32,共5页
根据线粒体D-loop序列对舟山群岛附近海域的银鲳(Pampus argenteus)群体(n=24)的遗传多样性进行了研究。通过PCR技术对线粒体D-loop序列进行扩增,获得大小约为500bp的扩增产物。PCR产物经纯化并进行序列测定后,得到了357bp的核苷酸片段... 根据线粒体D-loop序列对舟山群岛附近海域的银鲳(Pampus argenteus)群体(n=24)的遗传多样性进行了研究。通过PCR技术对线粒体D-loop序列进行扩增,获得大小约为500bp的扩增产物。PCR产物经纯化并进行序列测定后,得到了357bp的核苷酸片段。在24个个体中,共检测到14个变异位点,其中8个转换位点,5个颠换位点,1个转换与颠换同时存在的位点。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离,并根据其遗传距离构建了UPGMA和NJ系统树。DNASP软件计算出的单倍型多样性(h)、核苷酸多样性(π)及平均核苷酸差异数(k)分别为0.89、0.007与2.57。此外,岐点分布及中性检验显示,东海银鲳群体在历史上可能经历过种群扩张。研究结果表明,线粒体D-loop基因可用于银鲳群体内及群体间遗传多样性的分析。 展开更多
关键词 银鲳(Pampus argenteus) 东海 线粒体dna d-loop序列
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基于线粒体DNA D-loop序列的黄斑篮子鱼群体遗传多样性分析 被引量:16
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作者 黄小林 李文俊 +4 位作者 林黑着 杨育凯 李涛 虞为 黄忠 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期45-51,共7页
对中国华南沿海不同地理群体的黄斑篮子鱼(Siganus oramin)进行遗传多样性分析,测定了漳州东山湾(DS)、深圳大亚湾(DY)、深圳大鹏湾(DP)、阳江沙扒湾(SB)4个群体共计100尾黄斑篮子鱼线粒体DNA D-loop序列。结果显示:序列长度约828bp,包... 对中国华南沿海不同地理群体的黄斑篮子鱼(Siganus oramin)进行遗传多样性分析,测定了漳州东山湾(DS)、深圳大亚湾(DY)、深圳大鹏湾(DP)、阳江沙扒湾(SB)4个群体共计100尾黄斑篮子鱼线粒体DNA D-loop序列。结果显示:序列长度约828bp,包含72个变异位点,50个单倍型,A、T、C、G含量平均为31.2%、31.1%、20.8%和16.9%;单倍型多样性指数为0.893±0.053~0.957±0.030,核苷酸多样性指数为0.0105±0.0031~0.0179±0.0031,表现为高单倍型多样性而低核苷酸多样性的特点;群体内的遗传距离0.0107~0.0184,群体间的遗传距离0.0112~0.0172,AMOVA分析显示群体间的分子变异占0.66%,群体内占99.34%;中性检验结果表明Fu’s Fs检验值为显著的负值(-16.7079,p<0.01);核苷酸不配对分布图呈单峰,表明黄斑篮子鱼演化过程中经历过种群扩张事件,推测扩张时间约在1.38~4.60万年前。综上,华南沿海岸4个黄斑篮子鱼群体间不存在显著的遗传分化,可划归一个管理单元,而沙扒湾(SB)群体遗传多样性水平相对较高,应优先加以保护。 展开更多
关键词 线粒体dna d-loop 黄斑篮子鱼 群体遗传多样性
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基于线粒体DNAD-loop区全序列分析大围山微型鸡遗传多样性及其起源进化关系的研究 被引量:15
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作者 贾晓旭 唐修君 +4 位作者 陆俊贤 顾荣 葛庆联 高玉时 苏一军 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期656-660,共5页
[目的]探究大围山微型鸡的遗传多样性和起源。[方法]对30只大围山微型鸡线粒体DNA(mitochondrial genome,mt DNA)D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,并结合GenBank已登录红色原鸡的D-loop区全序列,运用现代生物信息学方法进行数据处理... [目的]探究大围山微型鸡的遗传多样性和起源。[方法]对30只大围山微型鸡线粒体DNA(mitochondrial genome,mt DNA)D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,并结合GenBank已登录红色原鸡的D-loop区全序列,运用现代生物信息学方法进行数据处理。[结果]试验结果表明:大围山微型鸡mt DNA D-loop区全长1 231~1 232 bp,1 231 bp单倍型在859 bp处存在C碱基缺失。核苷酸多样性(Pi)为0.004 43±0.000 14,单倍型多样性(Hd)为0.685±0.079,核苷酸平均差异数(K)为5.448。在30只个体中,共发现18处单核苷酸多态位点,6种单倍型。系统发育分析发现,6种单倍型可以分为A、B、D和E 4个分支,其中A和B为主要分支。A和B分支各有2种单倍型,D和E分支均只有1种单倍型。A和B分支与红色原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类。[结论]大围山微型鸡mt DNA D-loop区有丰富的多态性,并且有多个母系起源,红色原鸡滇南亚种在大围山微型鸡形成过程中贡献最大。 展开更多
关键词 大围山微型鸡 线粒体dna d-loop 系统发育关系 起源
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基于线粒体DNAD-loop区全序列分析藏鸡遗传多样性及其起源进化关系的研究 被引量:14
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作者 贾晓旭 唐修君 +4 位作者 陆俊贤 顾荣 葛庆联 高玉时 苏一军 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期32-36,共5页
通过对藏鸡线粒体DNA(mt DNA)Dloop区全序列的测序和比对,结合Gen Bank已经测出Dloop区全序列的部分品种鸡的序列,探讨藏鸡的遗传多样性和母系起源。结果表明,藏鸡DNA(mt DNA)Dloop区全长1 231-1 232 bp、1 231 bp单倍型在859 bp处... 通过对藏鸡线粒体DNA(mt DNA)Dloop区全序列的测序和比对,结合Gen Bank已经测出Dloop区全序列的部分品种鸡的序列,探讨藏鸡的遗传多样性和母系起源。结果表明,藏鸡DNA(mt DNA)Dloop区全长1 231-1 232 bp、1 231 bp单倍型在859 bp处存在C碱基缺失。在20只个体中,共发现20处单核苷酸多态位点,7种单倍型。系统发育分析发现,藏鸡7种单倍型可以分为A、B、E三个分支。A分支与红色原鸡(Gallus gallus murghi)聚为一类,推测可能起源于红色原鸡的印度亚种分支,B和E与红色原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,推测这两个分支可能起源于云南、缅甸附近地区的红色原鸡滇南亚种。研究从分子水平上为藏鸡的遗传资源保护和开发利用提供参考。 展开更多
关键词 藏鸡 线粒体dna d-loop 系统发育关系 起源
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