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miR-144/451基因簇调控网络的生物信息学分析 被引量：11
1
作者 聂伟伟 唐林 +5 位作者 韦凤 陈龙邦 张辰宇 朱琳 李冬海 管晓翔 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2012年第3期229-233,共5页
目的生物信息学方法是预测miRNA二级结构及miRNA靶基因的有用工具。miRNA、转录因子和靶基因之间的调控网络参与多种生理、病理活动的分子机制。文中用生物信息学方法预测mir-144/451基因簇的调控网络结构。方法运用多个在线数据库,研究... 目的生物信息学方法是预测miRNA二级结构及miRNA靶基因的有用工具。miRNA、转录因子和靶基因之间的调控网络参与多种生理、病理活动的分子机制。文中用生物信息学方法预测mir-144/451基因簇的调控网络结构。方法运用多个在线数据库,研究miR-144/451基因簇的上游转录因子及下游靶基因间的多个反馈和前反馈环路,对参与miR-144/451基因簇调控环路的基因进行功能聚类分析,绘制miR-144/451基因簇的核心调控网络图。结果 miR-144/451基因簇与其上游转录因子GATA1有17个共调控的靶基因,与生物体蛋白磷酸化、性腺发育、上皮细胞分化、葡萄糖代谢等生化学过程密切相关,并参与胰岛素信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)信号通路、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒作用、Toll样受体信号通路、ErbB信号通路及黄体酮调节卵细胞成熟等体内重要生理过程。结论对miR-144/451基因簇调控网络的生物信息学分析有助于理解其在细胞发育、细胞周期调控和肿瘤发生过程中的作用机制,为后续实验提供了理论依据。 展开更多
关键词 微小RNA miR-144/451基因簇 生物信息学 反馈环路 基因功能
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乳腺癌中hsa-miR-17-92基因簇及其旁系同源体的共调控作用
2
作者 武成艳 李前忠 +1 位作者 靳文 曹艳妮 《内蒙古大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2016年第4期390-399,共10页
hsa-miR-17-92基因簇高度保守,可以作为抑癌基因抑制乳腺癌细胞的增殖.包括2个旁系同源体:miR-106a-363和miR-106b-25基因簇,其序列高度相似,可能通过调控共同靶基因而具有相似的功能.探讨3个基因簇转录的15条microRNA的序列特征,以及... hsa-miR-17-92基因簇高度保守,可以作为抑癌基因抑制乳腺癌细胞的增殖.包括2个旁系同源体:miR-106a-363和miR-106b-25基因簇,其序列高度相似,可能通过调控共同靶基因而具有相似的功能.探讨3个基因簇转录的15条microRNA的序列特征,以及共调控靶基因在人类乳腺正常和癌细胞系中的表达;并进一步就显著差异表达基因进行GO和Pathway(KEGG)分析.结果表明,超过75%(178/236)的共调控靶基因表达具有显著差异性,这些基因可能与生物体的细胞代谢、转录后调控、生物合成等多种生物学过程有关,参与细胞周期,癌症等信号通路.分析发现乳腺特异基因PTPN4在乳腺癌中的低表达影响蛋白磷酸化水平和细胞周期,SMAD4、CCND1和E2F1作为与细胞周期相关基因在细胞的G1期起重要作用,它们的低表达阻止细胞从G1期进入S期,从而抑制癌细胞的生长,起到抑癌作用.特别是,一方面基因簇调控CCND1和E2F1使其低表达,另一方面它们作为转录因子结合到基因簇的启动子区诱导基因簇表达,从而形成负反馈调控循环调控下游基因表达. 展开更多
关键词 microrna基因簇 旁系同源体 靶基因 功能和通路富集分析 反馈网络
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马归液靶向转录因子-miRNA反馈环抗膀胱癌的机制研究
3
作者 赵太玉 刘起立 +6 位作者 毛璟弢 黄丽玲 张慧娟 钟预蛟 陈楠 王静雅 蔡蔚 《中医学报》 2026年第1期164-175,共12页
目的:探讨马归液通过靶向转录因子激活蛋白2A(Transcription Factor Activating Protein 2 Alpha,TFAP2A)-微小RNA(microRNA,miRNA)反馈环抑制膀胱癌的作用机制。方法:制备不同浓度马归液含药血清。以人膀胱癌T24细胞为研究对象,设空白... 目的:探讨马归液通过靶向转录因子激活蛋白2A(Transcription Factor Activating Protein 2 Alpha,TFAP2A)-微小RNA(microRNA,miRNA)反馈环抑制膀胱癌的作用机制。方法:制备不同浓度马归液含药血清。以人膀胱癌T24细胞为研究对象,设空白血清对照组、不同浓度马归液含药血清组及TFAP2A过表达组。采用CCK-8法、Transwell实验和Annexin VAPC/PI流式细胞术检测细胞增殖、迁移与凋亡;采用基因芯片技术筛选差异表达基因并进行基因本体(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析;基于TCGA数据库筛选膀胱癌差异表达miRNA,通过FunRich、TransmiR等数据库构建并验证TF-miRNA反馈调控网络;采用蛋白质免疫印迹(Western blot)法和实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)法检测关键分子表达。结果:与空白对照组对比,马归液含药血清能显著抑制T24细胞增殖与迁移,并促进其凋亡(均P<0.05),且呈浓度依赖性。基因芯片筛选出1856个差异表达mRNA,KEGG富集于MAPK、PI3K-Akt等信号通路。生物信息学分析构建出以TFAP2A为核心,包含miR-135b、miR-455的反馈环;临床数据分析显示TFAP2A在膀胱癌组织中高表达且与不良预后相关(P<0.05)。功能实验证实,过表达TFAP2A可促进膀胱癌细胞增殖并抑制凋亡(P<0.05)。与模型组对比,马归液含药血清可显著下调TFAP2A的mRNA和蛋白表达水平(P<0.05),且抑制作用呈浓度依赖性。结论:马归液可能通过靶向TFAP2A-miRNA(miR-135b、miR-455)反馈环,抑制膀胱癌细胞增殖与迁移,并诱导其凋亡,从而发挥抗膀胱癌作用。 展开更多
关键词 膀胱癌 马归液 转录因子 微小RNA 反馈环 TFAP2A
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