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整合Meta分析、转录组数据挖掘和计算生物学揭示白藜芦醇对猪肉品质的影响及机制
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作者 黄腾腾 陈小玲 黄志清 《动物营养学报》 北大核心 2026年第1期706-715,共10页
本研究旨在通过Meta分析探究饲粮添加白藜芦醇对猪肉品质的影响,并整合转录组数据挖掘与计算生物学方法揭示其潜在调控机制。系统检索2000年1月至2025年1月期间在中国知网、万方、Web of Science和Science Direct数据库中发表的白藜芦... 本研究旨在通过Meta分析探究饲粮添加白藜芦醇对猪肉品质的影响,并整合转录组数据挖掘与计算生物学方法揭示其潜在调控机制。系统检索2000年1月至2025年1月期间在中国知网、万方、Web of Science和Science Direct数据库中发表的白藜芦醇对猪肉品质影响的相关文献,依据纳入与排除标准进行筛选后,最终纳入5项研究用于Meta分析。Meta分析结果表明,与对照组相比,饲粮添加白藜芦醇可显著提高屠宰后45 min猪肉红度值(P<0.05),显著降低屠宰后24 h猪肉亮度值(P<0.05),并显著降低猪肉滴水损失(P<0.05)。进一步通过转录组数据挖掘,筛选出与猪肉红度值和滴水损失相关的潜在基因,并与白藜芦醇的预测靶点进行交集分析,结果表明,白藜芦醇可能通过调控碳酸酐酶2(CA2)、膜联蛋白A5(ANXA5)、半胱氨酸-天冬氨酸蛋白酶7(CASP7)、11β-羟类固醇脱氢酶1(HSD11B1)和热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)的表达影响猪肉滴水损失;同时,可能通过调控雌激素受体1(ESR1)和CASP7的表达影响猪肉红度值。分子对接与分子动力学模拟进一步证实,白藜芦醇与上述基因编码的蛋白存在潜在结合作用。综上所述,饲粮添加白藜芦醇对猪肉品质的改善作用主要为提高红度值、降低亮度值和滴水损失,其调控猪肉滴水损失的潜在靶点为CA2、ANXA5、CASP7、HSD11B1和HSP90AA1,调控猪肉红度值的潜在靶点为ESR1和CASP7。这些发现可为后续基于上述潜在靶点解析白藜芦醇调控猪肉品质的机制研究提供依据。 展开更多
关键词 白藜芦醇 猪肉品质 META分析 转录组数据挖掘 分子对接 分子动力学模拟
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肢体淋巴水肿:中药治疗核心药物作用机制的网络药理学和分子对接分析
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作者 宓宝来 刘羽飞 +3 位作者 杨俏丽 康砚澜 袁梁 曹建春 《中国组织工程研究》 北大核心 2026年第18期4814-4824,共11页
背景:肢体淋巴水肿尚缺乏现代医学特效疗法,现有药物疗效有限。中医药在消肿领域积淀深厚,古籍蕴藏丰富方剂经验,但各学派观点差异导致组方分散,作用机制未明。尤其缺乏对古籍所载中药组方治疗肢体淋巴水肿规律的系统梳理。目的:基于古... 背景:肢体淋巴水肿尚缺乏现代医学特效疗法,现有药物疗效有限。中医药在消肿领域积淀深厚,古籍蕴藏丰富方剂经验,但各学派观点差异导致组方分散,作用机制未明。尤其缺乏对古籍所载中药组方治疗肢体淋巴水肿规律的系统梳理。目的:基于古今医案云平台和Cytoscape分析中医典籍治疗肢体淋巴水肿的用药规律,并通过网络药理学与分子对接探讨核心药物的作用机制。方法:收集“博览医书”数据库中截至2024-05-01收录的能治疗肢体淋巴水肿的消肿中药组方,筛选符合标准的核心药物。通过TCMSP数据库获取核心药物的成分与靶点,联合GeneCards、TTD、OMIM数据库筛选疾病靶点;构建药物-成分-靶点网络和蛋白互作网络,利用Metascape进行基因本体/京都基因与基因组百科全书富集分析,并通过分子对接验证。结果与结论:最终纳入223首方剂(含355味中药),经配伍与复杂网络分析确定核心药物组合:陈皮-茯苓-槟榔-白术-木香。网络药理学分析显示核心靶点(如TP53、SRC、AKT1)富集于磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B、丝裂原活化蛋白激酶、缺氧诱导因子1及癌症相关等通路。分子对接验证了3′,5,7-三羟基-4-甲氧基黄酮、啤酒甾醇与SRC、AKT1的强结合活性。研究表明,该核心药物组合可能通过调控SRC、AKT1及上述通路治疗肢体淋巴水肿。 展开更多
关键词 肢体淋巴水肿 数据挖掘 网络药理学 分子对接 博览医书 古今医案云平台 陈皮 茯苓
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基于数据挖掘、网络药理、分子对接及动物实验分析中医药改善动脉粥样硬化脂质代谢的作用机制
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作者 聂莎 梁韬 +4 位作者 冯兰栓 陈钰璘 王永利 陈星宇 唐耀平 《广西医学》 2026年第2期232-243,共12页
目的基于数据挖掘、网络药理学、分子对接及动物实验探讨中医药改善动脉粥样硬化(AS)脂质代谢的作用机制。方法利用数据挖掘方法筛选中医药干预AS脂质代谢的文献,对纳入文献的处方药物的使用频次和高频药物的性、味、归经进行统计分析,... 目的基于数据挖掘、网络药理学、分子对接及动物实验探讨中医药改善动脉粥样硬化(AS)脂质代谢的作用机制。方法利用数据挖掘方法筛选中医药干预AS脂质代谢的文献,对纳入文献的处方药物的使用频次和高频药物的性、味、归经进行统计分析,并基于Apriori算法分析高频药物的关联规则,确定使用频次最高的药物组合。通过TCMSP、BATMAN-TCM数据库收集使用频次最高药物组合的化学成分及作用靶点,通过GeneCard^(®)和OMIM^(®)数据库检索AS脂质代谢相关靶点,通过R语言软件获取药物作用靶点与疾病相关靶点的交集,获得核心靶点。将活性成分及核心靶点数据导入Cytoscape软件,构建“中药活性成分-核心靶点”网络。通过STRING数据库构建核心靶点的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络图。通过R语言软件和Perl程序对核心靶点进行富集分析,使用AutoDock软件进行分子对接。将27只小鼠随机分为空白组、模型组、半夏陈皮组,各9只。空白组小鼠以普通饲料喂养,模型组、半夏陈皮组小鼠以高脂饲料喂养,持续喂养16周。喂养8周时,半夏陈皮组小鼠给予半夏陈皮药液200μL/d灌胃,空白组与模型组小鼠给予等体积无菌0.9%氯化钠溶液灌胃,连续给药8周。末次给药2 h后,检测小鼠血脂水平变化,通过油红O染色和HE染色观察小鼠心脏主动脉组织斑块情况,采用Western blot检测小鼠主动脉组织中过氧化物酶体增殖激活受体γ(PPARγ)、肝脏X受体α(LXRα)、三磷酸腺苷结合盒转运体A1(ABCA1)蛋白相对表达水平。结果共检索获得125个中医临床处方,处方药物的药性以温性、寒性为主,药味以苦味、甘味、辛味为主,主要归属于肝经、脾经、心经,半夏-陈皮药对为使用频次最高的药物组合。半夏-陈皮改善AS脂质代谢的核心靶点共96个。“中药活性成分-核心靶点”网络拓扑分析度值排名前5的活性成分为豆甾醇、黄芩素、环阿屯醇、顺式-11-二十碳烯酸、川陈皮素。PPI网络拓扑分析度值排名前10的靶点包括AKT1、TP53、PPARγ、CASP3、VEGFA、ESR1、FOS、MAPK3、HIF1α、CREB1。富集分析结果显示,核心靶点主要涉及对不同营养水平的反应、对类固醇激素的反应、对金属离子的反应等生物过程,膜筏、膜微区和突触膜等细胞结构,DNA-结合转录因子结合、核受体活性、配体激活的转录因子活性等分子功能,脂质与动脉粥样硬化、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路等信号通路。分子对接结果表明,半夏-陈皮药对的核心活性成分黄芩素与PPARγ的结合最为稳定。动物实验结果显示,与模型组相比,半夏陈皮组、空白组小鼠的TG、TC、LDL-C水平降低,HDL-C水平升高,主动脉粥样硬化斑块相对面积减少,主动脉组织中的PPARγ、LXRα和ABCA1蛋白相对表达水平升高(P<0.05)。结论半夏-陈皮药对可通过调控PPARγ-LXRα-ABCA1信号通路,有效改善AS的脂质代谢。 展开更多
关键词 动脉粥样硬化 脂质代谢 中医药 数据挖掘 网络药理学 分子对接 动物实验
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基于数据挖掘、网络药理与分子对接探讨中药治疗绝经后乳腺癌患者骨丢失的用药规律与作用机制
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作者 周子扬 王琦苑 《中国民族医药杂志》 2026年第2期105-112,共8页
目的:以数据挖掘分析中药治疗绝经后乳腺癌患者骨丢失的核心中药与用药规律,借助网络药理学分析其核心成分及靶点,采用分子对接验证并探究机制。方法:在CNKI、SinoMed、维普及万方数据库中检索自创刊至2023年8月治疗绝经后乳腺癌患者骨... 目的:以数据挖掘分析中药治疗绝经后乳腺癌患者骨丢失的核心中药与用药规律,借助网络药理学分析其核心成分及靶点,采用分子对接验证并探究机制。方法:在CNKI、SinoMed、维普及万方数据库中检索自创刊至2023年8月治疗绝经后乳腺癌患者骨丢失的中药复方,规范符合标准的复方,开展频次、四气五味、归经、功效以及聚类分析等统计,并得出中药网络贡献图。确定核心中药后获取有效成分,对其靶点予以预估。使用OMIM,Genecards和TTD数据库获取绝经后乳腺癌患者骨丢失的疾病靶点,取交集后绘制Venn图。使用STRING数据库绘制PPI网络图,确定核心成分与靶点并构建药物-有效成分-共同靶点-疾病网络图,开展富集分析。最后运用Autodock Vina等进行分子对接。结果:经检索共获取1364篇文献,41篇符合标准,获取47组复方,含95味中药。四气以温平为主;五味苦甘占比居多;归经趋向于肝脾肾经;功效分析显示补阳药数量居首。核心中药为补骨脂、杜仲、骨碎补、山药、淫羊藿、熟地黄、白术。7味中药共83个有效成分与818个靶点;疾病靶点共2193个,交集靶点共355个。获得TP53、EGFR、SRC、CTNNB1、AKT1等共11个核心靶点,14-acetyl-12-senecioyl-2E,8E,10E-atractylentriol、14-acetyl-12-senecioyl-2E,8Z,10E-atractylentriol、Genistein、Naringenin等共9个核心成分。主要关联癌症通路、PI3K-Akt信号通路、乙型肝炎通路以及脂质和动脉粥样硬化通路等。分子对接结合能≤-8.5kcal/mol的有6组,总体良好。结论:淫羊藿-骨碎补等核心中药其有效成分多从肝脾肾论治,其有效成分多通过癌症通路,其下游通路Wnt/β-catenin通路可促进骨髓间充质干细胞向前成骨细胞分化;PI3K-Akt信号通路,可以调节骨骼内皮组织中血管内皮生长因子活性;脂质与动脉粥样硬化通路,调节骨-血管轴等,作用于TP53、EGFR、SRC等靶点而发挥抗骨质疏松效应。 展开更多
关键词 绝经后乳腺癌 骨质疏松 数据挖掘 网络药理 分子对接
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基于数据挖掘、网络药理学及分子动力学模拟探讨中药治疗肿瘤相关性睡眠障碍的用药规律及作用机制
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作者 焦琮涵 程妍妍 +3 位作者 贺佳雨 阮玉河 李子欣 张莹 《中国现代医生》 2026年第1期55-61,68,共8页
目的探讨中药治疗肿瘤相关性睡眠障碍(cancer-related insomnia,CRI)的用药规律及作用机制。方法筛选数据库中符合纳入、排除标准的治疗CRI的中药处方,统计药物频次及属性,并进行关联规则分析和聚类分析;利用网络药理学筛选有效成分、... 目的探讨中药治疗肿瘤相关性睡眠障碍(cancer-related insomnia,CRI)的用药规律及作用机制。方法筛选数据库中符合纳入、排除标准的治疗CRI的中药处方,统计药物频次及属性,并进行关联规则分析和聚类分析;利用网络药理学筛选有效成分、核心靶点和通路,通过分子对接、分子动力学模拟加以验证。结果筛选后共获得中药181味,高频中药依次为甘草、酸枣仁、龙骨、茯苓,共包含活性成分122个、靶点254个,药物–疾病共同靶点108个;主要活性成分有槲皮素、山柰酚、柚皮素、4-氧-甲基光甘草定等,核心靶点包括肿瘤坏死因子、白细胞介素-1β、基质金属蛋白酶9等,涉及脂质与动脉粥样硬化、癌症通路等信号通路。分子对接和分子动力学模拟显示核心靶点与其活性成分之间能形成稳定结构。结论基于多维数据分析证实治疗CRI多采用补虚泻实、标本兼治之法,并可通过多成分、多靶点、多通路达到治疗CRI的目的。 展开更多
关键词 肿瘤相关性失眠障碍 数据挖掘 网络药理学 分子对接 分子动力学模拟
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基于数据挖掘与网络药理学探讨李建生治疗慢性阻塞性肺疾病的用药规律及作用机制
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作者 赵川 冯贞贞 +1 位作者 李彬 王明航 《中药新药与临床药理》 北大核心 2026年第2期343-354,共12页
目的采用数据挖掘方法分析李建生教授治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的用药规律,并采用网络药理学方法探讨筛选出的核心中药组合治疗COPD的潜在作用机制。方法收集2014年11月至2024年3月李建生教授门诊治疗COPD的有效医案;采用频次分析、... 目的采用数据挖掘方法分析李建生教授治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的用药规律,并采用网络药理学方法探讨筛选出的核心中药组合治疗COPD的潜在作用机制。方法收集2014年11月至2024年3月李建生教授门诊治疗COPD的有效医案;采用频次分析、关联规则和层次聚类分析方法分析李建生教授治疗COPD的用药规律,并筛选出核心中药组合。采用网络药理学和分子对接技术探讨核心中药组合治疗COPD的潜在作用机制。结果(1)共筛选出375首处方,涉及179味中药。李建生教授治疗COPD常用的中药有人参、茯苓、半夏、浙贝母和厚朴等,药性以温、寒性为主;中药以苦、辛、甘味居多;多归于肺、脾、胃和肾经。关联规则分析得到茯苓-人参、浙贝母-人参、茯苓-半夏-人参等药物组合;层次聚类分析得到人参-茯苓-半夏-浙贝母-厚朴、陈皮-紫苏子-紫苏梗-款冬花-射干-紫菀等5个组方;筛选出核心中药组合为人参-茯苓-半夏-浙贝母-厚朴。(2)网络药理学分析获得核心中药组合治疗COPD的潜在靶点84个,其中核心靶点为细胞肿瘤抗原p53(TP53)、转录因子Jun(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)、RAC丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶α(AKT1)、雌激素受体(ESR1)、转录因子p65(RELA)、蛋白激酶催化亚基C-α(PRKACA)、白细胞介素1β(IL-1β)、热休克蛋白90β(HSP90AB1)等10个靶点;主要活性成分有β-谷甾醇、山柰酚、豆甾醇等10个成分。核心中药组合治疗COPD的作用机制与脂质与动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路和化学致癌-受体激活等信号通路有关。分子对接结果显示,核心靶点与主要活性成分的结合活性良好。结论李建生教授治疗COPD以“正虚积损”为主要病机,形成了“调补肺肾、清化宣降”的特色疗法。核心中药组合(人参-茯苓-半夏-浙贝母-厚朴)的主要活性成分黄芩素、蓝堇碱等可以作用于HSP90AB1、PRKACA等靶点,通过抗炎、抗氧化应激等途径发挥治疗COPD的作用。 展开更多
关键词 慢性阻塞性肺疾病 数据挖掘 网络药理学 用药规律 分子对接 作用机制 人参-茯苓-半夏-浙贝母-厚朴 调补肺肾 清化宣降 抗炎 抗氧化应激
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基于数据挖掘、网络药理学、分子模拟和实验验证探究治疗肝纤维化中药复方专利的用药规律及作用机制
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作者 张展浩 王佳慧 +3 位作者 赵铁建 段雪琳 郑洋 肖华业 《药物评价研究》 北大核心 2026年第1期176-190,共15页
目的 基于国家知识产权局专利数据库,归纳分析治疗肝纤维化(HF)中药专利的用药规律、性质及其作用机制,并通过实验验证相关结果。方法 检索国家知识产权局专利数据库中治疗HF的中药复方专利,根据纳入和排除标准进行筛选,去重后构建HF中... 目的 基于国家知识产权局专利数据库,归纳分析治疗肝纤维化(HF)中药专利的用药规律、性质及其作用机制,并通过实验验证相关结果。方法 检索国家知识产权局专利数据库中治疗HF的中药复方专利,根据纳入和排除标准进行筛选,去重后构建HF中药复方专利集,对其进行频数、性味归经、关联规则及聚类分析,得到治疗HF的核心中药数据集;通过共有靶点建立蛋白质-蛋白质互相作用(PPI)网络,通过DAVID平台进行基因本体(GO)注释及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,进一步建立疾病-疾病通路-核心中药-活性成分-共有靶点网络模型;以分子对接及分子动力学模拟评估潜在关键靶标与活性成分之间的结合能力与稳定性。同时借助CCK-8实验检测活性成分对细胞增殖的影响;流式细胞仪检测活性成分对细胞凋亡的影响;Western blotting检测活性成分对关键靶点表达的作用;实时荧光定量PCR法(qRT-PCR)检测活性成分对细胞外基质分子表达的影响。结果 共收集专利70剂,包含中药339味。其中:性味以寒、苦最多,归经主归为肝经,其次为脾经。统计各中药出现频次前3位的核心中药为黄芪、赤芍和丹参,利用相关数据库筛选得到活性成分113种,对应841个活性靶点;与969个HF靶点取交集后得到140个交集靶点,通过PPI细化分析后确定了Akt丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)等11个核心靶点。GO和KEGG通路富集分析证实,核心中药活性成分主要作用于细胞增殖及炎症反应等相关靶点。分子对接和分子动力学模拟显示关键靶点与其对应的核心成分之间具有良好的结合能力及稳定性。实验研究表明,黄芩苷通过抑制p-Akt蛋白的表达,抑制肝星状细胞增殖促进其凋亡,同时减少细胞外基质的表达。结论 通过数据挖掘得到的治疗HF的方剂大多具有疏肝理气、活血化瘀的特性,筛选得到的核心活性成分熊竹素、黄芩苷主要作用于AKT1、TNF-α等HF靶点,进一步实验表明黄芩苷是防治HF的潜在候选化合物。 展开更多
关键词 肝纤维化 数据挖掘 网络药理学 分子对接 分子动力学模拟 实验验证 黄芩苷
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基于数据挖掘和网络药理学分析中药治疗房颤用药规律及其作用机制
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作者 张泽宇 夏裕 《新中医》 2026年第5期181-189,共9页
目的:基于数据挖掘技术分析中药治疗房颤的用药规律,并结合网络药理学分析核心中药组合治疗房颤的作用机制。方法:在中国知网(CNKI)等公开数据库中,获取中药治疗房颤的临床随机对照试验(RCT)文献,对纳入处方中药进行聚类、关联规则和复... 目的:基于数据挖掘技术分析中药治疗房颤的用药规律,并结合网络药理学分析核心中药组合治疗房颤的作用机制。方法:在中国知网(CNKI)等公开数据库中,获取中药治疗房颤的临床随机对照试验(RCT)文献,对纳入处方中药进行聚类、关联规则和复杂网络分析,并预测核心中药组合。在TCMSP、ETCM和BATMAN-TCM数据库获取核心中药组合成分及对应靶点,在GeneCards、OMIM和DisGeNET中获取疾病靶点,二者取交集后于String网站构建蛋白质互作(PPI)网络,用Cytoscape筛选核心靶点,对交集靶点于OmicShare进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后进行分子对接验证。结果:用药频次分析获得麦冬、丹参、炙甘草、五味子、生地黄等高频药物。关联规则显示补虚药组合较多,聚类分析得到5类。复杂网络预测核心中药组合为麦冬、五味子、炙甘草、丹参、生地黄、桂枝、人参。核心中药组合主要活性成分为丹参酮Ⅱa、梓醇、甘草苷、肉桂醛、山奈酚等。筛选获得药物靶点1049个,疾病靶点4657个,交集靶点520个。关键靶点为钙调蛋白3(CALM3)、利钠肽A(NPPA)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK)、蛋白激酶B(AKT1)、白细胞介素(IL)-6等。GO分析生物过程主要涉及对含氧化合物的反应、脂质代谢的调节等。KEGG分析主要富集到晚期糖基化终末产物与其受体(AGE-RAGE)、IL-17、Ras等信号通路。分子对接的5个主要活性成分与5个核心靶点结合均稳定。结论:中医药治疗房颤常选补益药,补阴益气,清热凉血为遣方重点。核心中药组合可能通过丹参酮Ⅱa、梓醇、甘草苷、肉桂醛、山奈酚等成分,作用于CALM3、NPPA、MAPK1、AKT1、IL-6等靶点,调节AGE-RAGE、IL-17、Ras等信号通路,参与调节炎症反应、抗心肌纤维化、抗心脏重构等过程治疗房颤。 展开更多
关键词 房颤 中药 数据挖掘 用药规律 网络药理学 分子对接 作用机制
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基于专病数据库建设的临床诊疗数据抽取与对接平台的建设与应用 被引量:1
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作者 司超增 胡宇 +4 位作者 张晟 田艳彬 张伟硕 李琳 夏杰峰 《中国医疗设备》 2025年第3期64-69,90,共7页
目的构建一套高效稳定的临床多源异构数据抽取与对接方法,实现专病数据库建设的数据整合及应用。方法通过增量累加模型和自拉链模型等数据抽取算法获取临床数据资源,应用数据引擎技术实现与专病数据库的数据对接和整合,并建立规范的数... 目的构建一套高效稳定的临床多源异构数据抽取与对接方法,实现专病数据库建设的数据整合及应用。方法通过增量累加模型和自拉链模型等数据抽取算法获取临床数据资源,应用数据引擎技术实现与专病数据库的数据对接和整合,并建立规范的数据质量和数据安全管理体系。结果截至2023年底,数据抽取与对接平台已成功实现31个专病数据库的临床数据对接。平台应用后,专病数据库功能模块数量、平均建设周期、入组样本量、纳入指标数量和指标缺失情况等指标较平台应用前均有显著改善(P<0.05)。结论临床诊疗数据对接方法实现了专病数据库建设中数据内容的准确提取、转换和整合应用,提高了专病数据库的建设效率和数据质量,为临床科研提供数据支撑,进而推动了临床科研成果转化。 展开更多
关键词 数据抽取 数据对接 专病数据库 临床诊疗数据 医院信息系统 电子病历
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基于数据挖掘和网络药理学探讨中医药治疗复发性流产用药规律和作用机制 被引量:1
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作者 刘畅 周小月 +1 位作者 姚睿婷 冯晓玲 《中药新药与临床药理》 北大核心 2025年第6期1010-1021,共12页
目的中医药在治疗复发性流产中显示了充分的优势,但中药多重组分与疾病复杂病理机制之间的作用模式是中药现代研究亟需解决的关键问题。该研究采用数据挖掘、网络药理学、分子对接方法相结合,分析中医药治疗复发性流产的用药规律及潜在... 目的中医药在治疗复发性流产中显示了充分的优势,但中药多重组分与疾病复杂病理机制之间的作用模式是中药现代研究亟需解决的关键问题。该研究采用数据挖掘、网络药理学、分子对接方法相结合,分析中医药治疗复发性流产的用药规律及潜在作用机制。方法检索知网、万方、维普、PubMed、Web of Science等数据库自建库以来至2024年3月的中医药治疗复发性流产的文献,建立方药数据库,运用IBM SPSS Modeler 18、IBM SPSS Statistics 26统计软件进行关联规则和系统聚类分析。利用TCMSP获得核心药物的活性成分及靶点信息,通过GeneCards、OMIM、DrugBank等数据库获得疾病靶点,将药物靶点与疾病靶点的交集作为潜在作用靶点。进行PPI网络分析、GO和KEGG富集分析,以阐明其潜在的机制,并进行分子对接。结果最终纳入文献208篇,得到有效处方183个,挖掘出高频核心药物为菟丝子、续断、白术、白芍、桑寄生、党参、当归,得到交集靶点共144个,筛选出的核心活性成分为槲皮素、木犀草素、山柰酚、β-谷甾醇和7-甲氧基-2-甲基异黄酮。治疗复发性流产的关键靶点涉及AKT1、IL-6、TNF、TP53和IL-1B。KEGG富集分析表明靶点可能通过TNF、p53、PI3K-AKT信号通路等调控发挥作用。分子对接结果表明核心活性成分与关键靶点的对接能量均小于0 kcal·mol^(-1),对接构象稳定。结论通过数据挖掘获得中医药治疗复发性流产的核心药物包括菟丝子、续断、白术等,发挥补益肝肾,益气健脾,行气化痰之效。网络药理学分析显示其作用机制主要参与炎症反应、免疫调节等生物学过程,通过多靶点、多通路、多途径的治疗特点发挥治疗作用,可为中医药治疗复发性流产提供理论依据,为进一步发掘其潜在作用机制提供研究方向。 展开更多
关键词 复发性流产 中医药 数据挖掘 网络药理学 分子对接
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基于数据挖掘、网络药理学和分子对接技术的中藏药干预高原红细胞增多症作用机制探讨
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作者 张彬 孙佑佳 +5 位作者 才太吉 贾蔷 吉先才让 杜连平 高燕 赵渤年 《中国现代中药》 2025年第7期1312-1320,共9页
目的:通过数据挖掘、网络药理学、分子对接技术探讨中藏药干预高原红细胞增多症组方规律及潜在作用机制。方法:以“高原红细胞增多症”“High Altitude Polycythemia”为主题词,在中国知网、万方医学、PubMed等国内外数据库中检索相关文... 目的:通过数据挖掘、网络药理学、分子对接技术探讨中藏药干预高原红细胞增多症组方规律及潜在作用机制。方法:以“高原红细胞增多症”“High Altitude Polycythemia”为主题词,在中国知网、万方医学、PubMed等国内外数据库中检索相关文献,收集汇总药方并对方中使用药物进行频次、聚类、关联分析,选取核心组方;使用网络药理学构建核心组方-活性成分-交集靶点网络图,利用拓扑结构特征值筛选出关键成分和核心靶点,进行分子对接,预测成分与靶点之间相互作用强度;采用基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,探讨组方的潜在作用机制。结果:最终纳入131篇文献,筛选出73首方剂,涉及180味中药。在干预高原红细胞增多症方剂中,红花、丹参、黄芪为高频使用药物,药性多温、平,药味多苦、甘,归经多为心经、脾经、肝经,功效多为补虚、活血化瘀;常用配伍是丹参与黄芪、红花与诃子、红花与木香;关联规则分析得到核心组方为木香-红花-肉豆蔻-诃子-余甘子。核心处方的关键成分为山柰酚、槲皮素、诃子次酸、leucodelphinidin、lappadilactone等,核心靶点为白蛋白(ALB)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝氨酸/苏氨酸激酶1(Akt1)、缺氧诱导因子-1α(HIF-1α)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)等,涉及信号通路为晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路等。分子对接结果表明,lappadilactone与TNF、诃子次酸与ALB、槲皮素与MMP9结合稳定。结论:中藏药通过多成分、多靶点、多通路发挥干预高原红细胞增多症的作用,为临床合理用药提供科学依据,为创新药物研发提供数据参考。 展开更多
关键词 数据挖掘 网络药理学 分子对接 高原红细胞增多症
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益肾清利活血方抑制HIF1-α改善肾纤维化的研究 被引量:1
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作者 程萌 张纹清 +4 位作者 谢金丽 顾丽娜 赵静 孙伟 陶静 《南京中医药大学学报》 北大核心 2025年第12期1691-1701,共11页
目的运用数据挖掘及分子对接技术,结合体内外实验探究益肾清利活血方(Yishen Qingli Huoxue Formula,YQHF)通过抑制HIF1-α改善肾纤维化的机制。方法分析GEO数据库中HIF1-α在慢性肾脏病(CKD)患者肾活检组织中的表达变化;利用分子对接,... 目的运用数据挖掘及分子对接技术,结合体内外实验探究益肾清利活血方(Yishen Qingli Huoxue Formula,YQHF)通过抑制HIF1-α改善肾纤维化的机制。方法分析GEO数据库中HIF1-α在慢性肾脏病(CKD)患者肾活检组织中的表达变化;利用分子对接,探究YQHF有效单体与HIF1-α可能的作用模式;将30只SD大鼠随机分为假手术组、模型组、YQHF低剂量组、YQHF高剂量组、氯沙坦钾组,每组6只采用单侧输尿管结扎法(UUO)制备肾纤维化模型,检测各组大鼠的血清肌酐(Scr)及尿素氮(BUN),通过HE染色和Masson染色观察肾脏病理状态及纤维化程度,通过Western blot检测肾脏组织中HIF1-α蛋白表达;使用TGF-β1诱导NRK-52E细胞建立肾纤维化细胞模型,分为对照组、模型组、YQHF组、HIF1-α抑制剂组、HIF1-α抑制剂+YQHF组、HIF1-α激动剂组、HIF1-α激动剂+YQHF组,采用Western blot检测HIF1-α、COL-1和α-SMA的蛋白表达水平,观察YQHF含药血清保护肾小管上皮细胞的作用机制。结果数据挖掘显示,CKD组HIF1-α表达显著高于对照组(P<0.01);分子对接表明,YQHF核心成分与HIF1-α具有良好结合亲和力。动物实验中,与假手术组相比较,HE染色显示模型组大鼠肾小管萎缩、炎性细胞浸润,Masson染色显示胶原沉积增加(P<0.01),模型组大鼠Scr和BUN升高(P<0.05),肾组织COL-1、α-SMA、HIF1-α蛋白表达水平升高(P<0.01)。与模型组相比,YQHF高、低剂量组和氯沙坦钾组干预后肾脏病理损伤减轻,Masson染色显示胶原沉积减少(P<0.01),Scr和BUN存在不同程度的降低(P<0.05),降低COL-1、α-SMA、HIF1-α表达水平(P<0.01),免疫组化显示UUO大鼠肾脏组织中HIF1-α的表达减少(P<0.01)。细胞实验结果显示,TGF-β1刺激后,NRK-52E细胞COL-1、α-SMA及HIF-1α蛋白水平显著升高(P<0.01)。YQHF和氯霉素单用均可下调上述3种蛋白(P<0.05,P<0.01);二者联用后对HIF-1α的抑制优于YQHF单用(P<0.05)。相反,HIF-1α激动剂芬苯达唑-d3可逆转YQHF的抗纤维化效应,使COL-1、α-SMA、HIF-1α再度升高(P<0.01),且联合组与激动剂单用组差异无统计学意义。结论YQHF可能通过抑制HIF1-α的蓄积抑制细胞外基质沉积,延缓肾纤维化进程,为肾纤维化的中医药治疗提供了新的理论依据和思路。 展开更多
关键词 益肾清利活血方 肾纤维化 HIF1-α 数据挖掘 分子对接 UUO大鼠 NRK-52E细胞
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基于数据挖掘、网络药理学及分子动力学模拟探究中药治疗阿尔茨海默病的用药规律及作用机制 被引量:3
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作者 赵书洋 赵健和 +3 位作者 刘志红 吴君 刘艾林 方坚松 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2025年第6期1766-1779,共14页
目的基于古今医案云平台V2.3.7,分析名家医案中常用中药治疗阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)的用药规律及作用机制。方法根据纳入和排除标准检索平台中治疗AD的名家医案,筛选治疗AD的核心中药;进一步建立疾病-核心中药-活性成分... 目的基于古今医案云平台V2.3.7,分析名家医案中常用中药治疗阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)的用药规律及作用机制。方法根据纳入和排除标准检索平台中治疗AD的名家医案,筛选治疗AD的核心中药;进一步建立疾病-核心中药-活性成分-共有靶点网络模型。通过共有靶点建立蛋白-蛋白互作网络,利用David平台进行基因本体富集分析与京都基因与基因组百科全书通路分析;通过分子对接及分子动力学模拟评估潜在关键靶标与活性成分之间的结合能力与稳定性。结果从建库起至的2023年10月所有名家医案进行数据挖掘。获得核心中药理气药有陈皮、枳实;补气药有人参、大枣、党参、黄芪、白术、山药、甘草。进一步筛选得出核心中药包含活性成分778种,对应靶点377个,疾病靶点1986个;与AD靶点取交集后得到79个共有靶点,通过PPI网络拓扑分析,确定了包括TNF、AKT1、TP53、PPARG等7个核心靶点。GO和KEGG通路富集分析证实,核心中药的活性成分的靶点涉及138条通路,通过调控化学致癌-受体激活、血清素能突触、化学致癌物-活性氧等通路治疗AD。分子对接和分子动力学模拟结果表明关键靶点与核心成分之间具有良好的结合能力及稳定性。结论通过数据挖掘分析治疗AD的核心中药,从分子层面对其关键活性成分12-O-烟酸单烯酮、香豆亭治疗AD作用机制进行初步探讨,揭示潜在的生物学机制,为其应用提供理论依据。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 名家医案 数据挖掘 网络药理学 分子对接 动力学模拟
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基于多模式生物信息学探讨防治动脉粥样硬化核心中药及潜在作用机制 被引量:2
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作者 冯露 邵瑞洁 +4 位作者 王添钰 王霄 李佳彦 吴爱明 聂波 《药物评价研究》 北大核心 2025年第4期875-886,共12页
目的 采用数据挖掘、网络药理学和分子对接技术,探讨中药抗动脉粥样硬化(AS)的用药规律、核心靶点及潜在作用机制。方法 以中国学术期刊全文数据库(CNKI)、万方数据库(Wanfang Data)、维普生物医学数据库(VIP)3大数据库近10年治疗AS的... 目的 采用数据挖掘、网络药理学和分子对接技术,探讨中药抗动脉粥样硬化(AS)的用药规律、核心靶点及潜在作用机制。方法 以中国学术期刊全文数据库(CNKI)、万方数据库(Wanfang Data)、维普生物医学数据库(VIP)3大数据库近10年治疗AS的文献为数据来源,借助古今医案云平台及Apriori关联规则函数等进行数据挖掘,以确定治疗AS的核心药物;通过TCMSP、Swiss Target Prediction数据库得到核心中药活性成分及潜在靶点,与Genecards数据库得到的疾病靶点取交集,利用Cytoscape3.10.0构建核心中药-活性成分-交集靶点网络以及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通过DAVID数据库进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;对中药的核心活性成分及AS的核心靶点进行分子对接以验证其有效性。结果 从数据库中共筛选出143首方剂,涉及201味中药,药物的性味以甘、苦、辛为主,归肝、脾、心经居多。Apriori算法结果表明,“红花-桃仁-赤芍”为支持度和置信度较高的组合;通过筛选获得该组合靶点有332个,AS靶点1 663个,交集靶点228个;核心成分为黄芩素、β-谷甾醇、没食子酸120(GA120)、豆甾醇;核心靶点为肿瘤蛋白p53(TP53)、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src(SRC)、AKT丝氨酸/苏氨酸激酶(AKT1)、信号转导及转录活化因子3(STAT3);GO分析条目共1 275个,KEGG通路富集分析共162条通路,根据KEGG分析,预测主要通过癌症通路、AGE-RAGE信号通路、脂质与动脉粥样硬化等信号通路发挥治疗作用;分子对接结果显示,药物核心成分与核心靶点都有一定的结合亲和力,其中SRC、AKT1靶点与分子结合较好。结论 “红花-桃仁-赤芍”通过多成分、多靶点、多通路发挥抗AS的作用,其靶点可能与TP53、SRC、AKT1、STAT3有关。 展开更多
关键词 动脉粥样硬化 核心中药 数据挖掘 网络药理学 分子对接 红花 桃仁 赤芍
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基于数据挖掘、网络药理和分子对接分析中药组方治疗梅尼埃病的作用机制 被引量:3
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作者 王胜男 孔智谦 +2 位作者 周智慧 何念财 黄海燕 《中草药》 北大核心 2025年第6期2066-2078,共13页
目的基于“无痰不作眩”的理论,分析中药组方治疗梅尼埃病的用药规律及作用机制。方法通过计算机检索中国知网(CNKI)、中国学术期刊数据库(万方)、中文期刊数据库(维普)和中国生物医学文献数据库(CBM),根据筛选标准获取文献,对中药频次... 目的基于“无痰不作眩”的理论,分析中药组方治疗梅尼埃病的用药规律及作用机制。方法通过计算机检索中国知网(CNKI)、中国学术期刊数据库(万方)、中文期刊数据库(维普)和中国生物医学文献数据库(CBM),根据筛选标准获取文献,对中药频次、性味、归经进行挖掘,并通过SPSS Modeler 18.0和SPSS Statistics 25.0进行关联规则分析和聚类分析,得到核心方;通过中药系统药理学数据库(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database,TCMSP)检索活性成分和作用靶点,通过GeneCards、OMIM和CTD数据库检索疾病靶点,使用Veeny 2.1.0在线平台获取药物与梅尼埃病的交集靶点,利用String数据库搭建蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,通过Cytoscape 3.7.0软件建立“药物-活性成分-交集靶点-疾病”可视化网络图,使用DAVID数据平台进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,并使用AutoDockVina1.1.2、PyMol 2.3.0和DiscoveryStudio软件进行分子对接及可视化处理。根据分子对接的结果进行实验验证。结果共纳入处方130个,中药123味,性平、温,味甘、苦,归肝、脾经的药物最多,通过关联规则得到半夏→茯苓、半夏→白术等药物组合,聚类分析得到核心方半夏、茯苓、白术、泽泻、陈皮。筛选出活性成分49个,疾病靶点8342个,交集靶点61个,核心靶点有雌激素受体1(estrogen receptor 1,ESR1)、肿瘤蛋白53(tumor protein 53,TP53)、缺氧诱导因子1α(hypoxia inducible factor 1 alpha,HIF1A)等,核心成分有黄芩素、β-谷甾醇、卡维丁等,主要作用于环磷酸腺苷(cyclic adenosine monophosphate,cAMP)、磷脂酰肌醇-3-羟激酶(phosphatidylinositol-3-hydroxykinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)等信号通路。分子对接发现主要成分与靶点对接活性良好,HIF1A与卡维丁的结合能最低。验证实验发现,黄芩素、卡维丁可以明显降低梅尼埃病大鼠耳蜗组织中ESR1、TP53、HIF1A基因的表达。结论多维数据挖掘分析证实基于“无痰不作眩”理论治疗梅尼埃病的中药处方大多具有健脾燥湿、息风豁痰开窍的特性,其关键活性成分黄芩素、β-谷甾醇、卡维丁主要作用于ESR1、TP53和HIF1A等梅尼埃病靶点;其中黄芩素可下调cAMP信号通路相关蛋白发挥治疗梅尼埃病的效果。 展开更多
关键词 无痰不作眩 梅尼埃病 数据挖掘 网络药理学 分子对接 黄芩素 卡维丁
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海洋中药治疗骨质疏松的用药规律及作用机制 被引量:1
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作者 赖越 林轩 +3 位作者 徐淼 刘欢 沈剑粦 黄文华 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第17期3713-3723,共11页
背景:海洋中药为治疗骨质疏松提供了一种潜在有效且不易产生不良反应的方法。目的:应用数据挖掘和网络药理学方法分析并探讨中医临床治疗骨质疏松的用药规律及作用机制。方法:采用数据挖掘和网络药理学方法,对国家知识产权局批准的治疗... 背景:海洋中药为治疗骨质疏松提供了一种潜在有效且不易产生不良反应的方法。目的:应用数据挖掘和网络药理学方法分析并探讨中医临床治疗骨质疏松的用药规律及作用机制。方法:采用数据挖掘和网络药理学方法,对国家知识产权局批准的治疗骨质疏松的海洋中药专利处方进行用药模式和作用机制研究,并特别关注这些处方中的核心中药成分,利用超高效液相色谱串联质谱对牡蛎-续断-淫羊藿组成的复方药组核心成分进行全面的鉴定分析。结果与结论:①从国家知识产权局(SIPO)网站建立到2024-04-01,检索发现381项骨质疏松治疗的授权专利,共鉴定出48首含有海洋中药的中成药处方,这些处方包含183味中药,其中13种海洋中药用药频次共574次,单首专利组方中用药味数2-41种不等;②牡蛎是最常用的海洋中药,续断、淫羊藿、地黄、杜仲是最常用的非海洋中药;关联规则分析确定了牡蛎、续断和淫羊藿为核心药物群;网络药理学分析显示该核心药组治疗骨质疏松的核心靶点包括ALB、AKT1、TP53、PPARG和SRC;核心药组发挥疗效的核心成分为谷甾醇、甘草素、臭山羊碱、木犀草素、山奈酚;③GO与KEGG富集分析显示,Rap1/丝裂原活化蛋白激酶信号通路在核心药物组的骨质疏松作用机制中起着重要作用;④分子对接结果显示核心成分与核心靶点之间存在良好的相互作用;⑤超高效液相色谱串联质谱检测复方药组核心成分为木犀草素、谷甾醇、山奈酚等,与网络药理学鉴定的药物成分相符合;对复方药组成分进行定量分析得出,黄酮类化合物、萜类化合物以及生物碱这3类物质在药物成分占比中较大。 展开更多
关键词 骨质疏松 海洋中药 数据挖掘 网络药理学 分子对接
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基于超高效液相色谱-串联质谱技术结合网络药理学研究四土汤的抗炎机制 被引量:1
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作者 郭奥奥 周贤 +5 位作者 何丽姗 田代志 李娟 胡俊杰 陈新 刘松林 《世界中医药》 北大核心 2025年第2期198-210,共13页
目的:探讨四土汤中的抗炎活性成分及其作用机制。方法:采用超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS)技术检测四土汤中的化学成分。利用网络药理学筛选活性成分与核心靶点,预测四土汤抗炎作用机制。运用分子对接技术验证活性成分与核心... 目的:探讨四土汤中的抗炎活性成分及其作用机制。方法:采用超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS)技术检测四土汤中的化学成分。利用网络药理学筛选活性成分与核心靶点,预测四土汤抗炎作用机制。运用分子对接技术验证活性成分与核心靶点的结合活性,结合基因表达综合数据库(GEO)验证数据集绘制受试者工作特征曲线(ROC)评估核心靶点与炎症性疾病的相关性,进一步制备角叉菜胶致炎大鼠模型进行结果验证。结果:UPLC-Q-TOF-MS共鉴定出85个化学成分,主要包括黄酮类、蒽醌类和酚酸类等。网络药理学结果显示,四土汤能够通过槲皮素、木犀草素、大黄素、落新妇苷等活性成分作用于肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-1β(IL-1β)、白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-10(IL-10)等炎症靶点,调节磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、Toll样受体(Toll-like)等信号通路发挥抗炎作用。分子对接结果显示,13种活性成分与10个核心靶点的结合能均<-5 kcal/mol。GEO数据挖掘结果显示,核心靶点在3个炎症疾病数据集中均具有较高的ROC值。动物实验结果显示,与模型组比较,四土汤给药组大鼠足肿胀度显著性降低(P<0.05),足跖皮下组织病理损伤有所改善,足肿胀组织髓过氧化物酶(MPO)、一氧化氮(NO)含量显著性降低(P<0.01),大鼠血清中TNF-α、IL-1β、IL-6显著性降低(P<0.05),IL-10显著性升高(P<0.05)。结论:本研究初步验证了四土汤的抗炎药理活性,并揭示了可能的分子机制,为进一步全面阐释四土汤的药效物质基础及其药物开发提供了实验依据。 展开更多
关键词 四土汤 抗炎 超高效液相色谱-串联质谱 药效物质基础 网络药理学 分子对接 基因表达综合数据库数据挖掘 大鼠足肿胀模型
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中药调周法治疗排卵障碍性不孕症的用药规律及核心药对的作用机制研究 被引量:1
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作者 李薇懿 孟鑫婉 +2 位作者 焦雨帆 何东杰 韩永梅 《国际生殖健康/计划生育杂志》 2025年第2期100-109,115,共11页
目的:基于数据挖掘、网络药理学及分子对接研究中药调周法治疗排卵障碍性不孕症(ovulatory dysfunction infertility,ODI)的用药规律及潜在作用机制。方法:检索中国知网、万方数据库、维普中文期刊和中国生物医学文献服务系统内中药调... 目的:基于数据挖掘、网络药理学及分子对接研究中药调周法治疗排卵障碍性不孕症(ovulatory dysfunction infertility,ODI)的用药规律及潜在作用机制。方法:检索中国知网、万方数据库、维普中文期刊和中国生物医学文献服务系统内中药调周法治疗ODI的文献,归纳方药规律,网络药理学分析核心药对,并以分子对接技术加以验证。结果:纳入133篇文献,共464个处方,涉及154味中药,功效共有19类。月经期主要为性温、味辛、归肝经的活血化瘀药、补血药以及理气药等,高频中药为当归、川芎及香附等,常用药对为当归、赤芍、香附。卵泡期主要是性温、味甘、归经的补阳药、补血药以及活血化瘀药等,高频中药为菟丝子、当归及熟地黄等,常用药对为菟丝子、何首乌。排卵期主要是性温、味辛、归肝经的活血化瘀药、补阳药以及补血药等,高频中药为当归、香附及菟丝子等,常用药对为当归、牛膝及川芎。以上3期的主要成分包括木犀草素、槲皮素和大黄素等,其治疗ODI的核心基因为蛋白激酶Bα(protein kinase B alpha,PKBα,又称AKT1)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)和肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)等,主要通路均为癌症信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路及糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物(advanced glycation end product,AGE)/晚期糖基化终末产物受体(receptor for advanced glycation end product,RAGE)信号通路等。黄体期主要是性温、味甘、归肝经的补阳药、补血药以及补气药等,高频中药为菟丝子、熟地黄及当归等,常用药对为当归、川芎,主要成分为谷固醇、亚油酸乙酯、杨梅酮等,核心基因为雌激素受体1(estrogen receptor 1,ESR1)、胱天蛋白酶3(caspase 3,CASP3)、前列腺素-内过氧化物合酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)等,主要通路为癌症通路、雌激素信号通路及化学致癌-受体活化作用通路等。分子对接验证了主要活性成分与关键靶点有较好的结合能力,其中月经期木犀草素与TNF、卵泡期大黄素与TP53、排卵期槲皮素与TNF、黄体期川芎哚与PTGS2结合能最小。结论:中药调周法各分期核心药对通过调控关键靶点影响相应信号通路,干预ODI的治疗机制。 展开更多
关键词 数据挖掘 分子对接模拟 排卵障碍性不孕症 中药调周法 用药规律分析 网络药理学分析
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基于网络药理学、SMR及分子对接探讨昆仙胶囊治疗强直性脊柱炎的作用机制 被引量:1
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作者 廖威权 李禹莹 +3 位作者 李志岭 郭盈澳 谢静静 张剑勇 《中药新药与临床药理》 北大核心 2025年第3期405-415,共11页
目的基于网络药理学、SMR及分子对接分析昆仙胶囊治疗强直性脊柱炎的作用机制。方法通过TCMSP、BATMAN-TCM、SwissTargetPrediction数据库收集昆仙胶囊的活性成分及作用靶点;检索GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGeNet及TTD数据库获得强... 目的基于网络药理学、SMR及分子对接分析昆仙胶囊治疗强直性脊柱炎的作用机制。方法通过TCMSP、BATMAN-TCM、SwissTargetPrediction数据库收集昆仙胶囊的活性成分及作用靶点;检索GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGeNet及TTD数据库获得强直性脊柱炎的相关靶点,使用Venny 2.1.0绘制韦恩图,得到昆仙胶囊治疗强直性脊柱炎的潜在作用靶点;利用Cytoscape 3.7.1构建“昆仙胶囊-活性成分-作用靶点-强直性脊柱炎”网络,根据拓扑参数筛选关键活性成分;将昆仙胶囊治疗强直性脊柱炎的潜在作用靶点上传至STRING平台构建蛋白互作网络,并导入Cytoscape 3.7.1筛选核心靶点;以核心靶点的表达数量性状位点(eQTL)作为工具变量、强直性脊柱炎为结局,使用基于汇总数据的孟德尔随机化分析(SMR)评估核心靶点表达水平与强直性脊柱炎发病风险的因果关系,探索强直性脊柱炎治疗的新靶点;使用Metascape进行GO及KEGG通路富集分析;使用AutoDockTools 1.5.7及QuickVina-W软件进行分子对接,并使用PyMOL 2.6.0软件进行可视化。结果昆仙胶囊治疗强直性脊柱炎的活性成分共179种,关键活性成分包括槲皮素(quercetin)、山柰酚(kaempferol)、胆固醇(CLR)、β-谷甾醇(beta-sitosterol)、甘草素(DFV)等;核心靶点包括TNF、IL1B、GAPDH、STAT3、EGFR等;SMR分析提示TNF、JAK2、ABHD16A与强直性脊柱炎显著关联,但TNF存在连锁效应;GO富集结果涉及炎症反应、细胞对氮化合物的反应、外源性刺激反应等,KEGG富集分析主要涉及Th17细胞分化、趋化因子信号通路、PI3K/Akt等信号通路;分子对接显示,核心靶点与关键活性成分对接活性良好。结论昆仙胶囊可能通过其所含的槲皮素、山柰酚、胆固醇、β-谷甾醇、甘草素等关键活性成分,作用于TNF、IL1B、GAPDH、STAT3、EGFR等核心靶点,调控Th17细胞分化、趋化因子、PI3K/Akt等信号通路治疗强直性脊柱炎,JAK2、ABHD16A基因表达水平与强直性脊柱炎发病风险存在因果关联,ABHD16A可能是强直性脊柱炎的潜在治疗靶点。 展开更多
关键词 昆仙胶囊 强直性脊柱炎 网络药理学 孟德尔随机化分析 分子对接
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基于真实世界数据与网络药理学方法探讨高尿酸血症的中药治疗规律与机制 被引量:1
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作者 金珈竹 崔丹阳 +5 位作者 马小霞 韩旭 郭洪涛 喻金龙 张磊 姜淼 《河南中医》 2025年第6期890-899,共10页
目的:基于真实世界数据与网络药理学方法探讨高尿酸血症(hyperuricemia,HUA)的中药治疗规律与机制。方法:收集2019年11月至2024年6月河南中医药大学第一附属医院接诊的高尿酸血症患者临床信息,总计收集3007位HUA患者(6040条就诊记录),... 目的:基于真实世界数据与网络药理学方法探讨高尿酸血症(hyperuricemia,HUA)的中药治疗规律与机制。方法:收集2019年11月至2024年6月河南中医药大学第一附属医院接诊的高尿酸血症患者临床信息,总计收集3007位HUA患者(6040条就诊记录),经纳排筛选后获得处方数据,古今医案云平台标准化处理后,通过数据挖掘分析用药规律,提取核心中药。进一步检索核心药物活性成分及靶点,整合GeneCards等数据库获取的疾病靶点,构建“药物-成分-靶点”网络模型,结合STRING数据库、基因本体(Gene Ontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析及分子对接验证作用机制。结果:本研究最终纳入高尿酸血症患者247例,处方615首,含363种药味,总使用频次11550次。其中,前10位高频药物占比达21.65%,使用频次位居前10位的中药依次为:白芍、当归、茯苓、炙甘草、白术、薏苡仁、生地黄、黄芪、黄芩、甘草。共现度>400的药对组合有7对,分别是“白芍-当归”“白芍-甘草”“白芍-生地黄”“白芍-薏苡仁”“白芍-桂枝”“白芍-茯苓”“白芍-白术”。聚类分析出5组核心中药组合:第1组为当归、白芍、白术、茯苓;第2组包含柴胡、黄芩、炙甘草;第3组由连翘、陈皮、甘草、薏苡仁组成;第4组为牡丹皮、生地黄;第5组则包括党参、黄芪、桂枝、川芎、山药、熟地黄、知母。通过构建复杂网络模型,最终筛选出白芍、生地黄、当归、薏苡仁、白术、茯苓、甘草、陈皮八个核心中药节点。度值前10的活性成分中,白藜芦醇度值最高,其次为槲皮素、乙酸等。茯苓的活性成分在度值前10中占比最高,表明其在核心药物中起关键作用。筛选出Degree值前6的核心靶点,即胰岛素、白细胞介素-6、白蛋白、肿瘤蛋白p53、过氧化物酶体增殖物激活受体γ、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3。靶点基因主要富集的信号通路有脂质与动脉粥样硬化、细胞凋亡、胰岛素抵抗、脂肪细胞因子及胰高血糖素通路。分子对接结果显示,熊果酸和山柰酚可能是核心中药干预HUA的关键药效成分。结论:中药治疗HUA以“健脾泄浊、养血活血”为核心,聚类分析得到核心组合当归、白芍、白术、茯苓,“白芍-甘草”配伍的有效性获分子层面验证,熊果酸和山柰酚可能是核心中药干预HUA的关键药效成分。 展开更多
关键词 高尿酸血症 中医药 真实世界 数据挖掘 网络药理学 分子对接
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