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Hospital-Adapted Clonal Complex 17 <i>Enterococcus Faecium</i>Found among Sand Enterococcal Isolates
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作者 Daniela Pinto Marta Ruivo +1 位作者 Peter Vandamme Maria de F. S. Lopes 《Journal of Environmental Protection》 2012年第1期74-82,共9页
Though poorly studied, sand is an environment with an extended degree of interaction with man. Enterococcal strains can be found in sand but we do not know to what extent these ubiquitous opportunistic nosocomial path... Though poorly studied, sand is an environment with an extended degree of interaction with man. Enterococcal strains can be found in sand but we do not know to what extent these ubiquitous opportunistic nosocomial pathogens isolated from sand carry antimicrobial resistances and virulence traits. In an attempt to fill in this knowledge gap, two distinct types of sand (beach and children playground) were examined concerning composition in enterococcal species, genetic diversity of isolates and abundance of resistance to antimicrobials and virulence traits. Five different species were found, namely Enterococcus faecium, Enterococcus faecalis, Enterococcus hirae, Enterococcus flavescens and Enterococcus casseliflavus. Although genetic diversity was evident, two different E. faecium clones, common to the two types of sand, were detected, suggesting the existence of clones well adapted to this specific environment or from a common source. E. faecium was associated with multiple antibiotic resistances, including to fluoroquinolones and tetracycline that are commonly used by veterinarians and clinicians. Among the multiresistant E. faecium strains from beach sand, two were from sequence type (ST) 442, which belongs to the wide-spread Hospital-adapted clade CC17. They both carried the esp gene and the genomic island associated with CC17. The other virulence factors screened were disseminated among E. faecalis strains, but seldom detected in the other species, evidencing the existence, in these environments, of E. faecalis strains carrying the same virulence factors as the clinical ones. The present work thus stresses the need to follow-up the presence and characterization of enterococcal strains from both beach and children playground sands and of including these environments in the epidemiological global analysis of enterococcal isolates. 展开更多
关键词 Antibiotic Resistance Beach SAND clonal complex 17 Enterococcus PLAYGROUND SAND Virulence Factors
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广西壮族自治区玉林市Y群脑膜炎奈瑟菌CC23感染病例病原学和流行病学分析
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作者 丘丹萍 覃美香 +6 位作者 薛野 梁婵 张勇昌 刘康海 王欣 梁炎 罗铭 《疾病监测》 北大核心 2025年第4期454-459,共6页
目的分析广西壮族自治区玉林市Y群脑膜炎奈瑟菌(Nm)感染病例的病原学特点和流行病学特征。方法玉林市疾病预防控制中心工作人员于2024年1月5日在疫情发生学校对密切接触者进行面对面的流行病调查,采集患者的血液、脑脊液和密切接触者的... 目的分析广西壮族自治区玉林市Y群脑膜炎奈瑟菌(Nm)感染病例的病原学特点和流行病学特征。方法玉林市疾病预防控制中心工作人员于2024年1月5日在疫情发生学校对密切接触者进行面对面的流行病调查,采集患者的血液、脑脊液和密切接触者的鼻咽拭子,进行Nm分离培养及鉴定、药物敏感性试验、荧光聚合酶链式反应、全基因组测序和单核苷酸多态性(SNP)分析。结果本次感染病例为2名15岁高中生,为双胞胎兄弟。分离自2例患者及53名密切接触者的Nm菌株共16株,其中15株Nm血清群为Y群,1株Nm血清群为B群。14株Y群Nm序列型(ST)均为ST-1655,属于ST-23克隆群(CC23),1株Y群Nm和1株B群Nm的序列型均为ST-7962,尚未归类到任何克隆群。Nm分离株的基因组大小均为2.07~2.08 Mbp,G+C含量为51.88%~51.91%。全基因组SNP进化树分析发现,16株Nm分离株聚类在2个分支。14株Y群Nm体外药物敏感性试验结果显示,复方新诺明敏感率为0.00%,左氧氟沙星敏感率为78.57%;其他9种抗菌药物均敏感,分别为青霉素、氨苄西林、美罗培南、头孢曲松、氯霉素、米诺环素、阿奇霉素、利福平和环丙沙星。结论本研究报道玉林市Y群Nm CC23克隆群引起的流行性脑膜炎病例,健康人群中也出现Y群Nm CC23克隆群的携带;Y群流脑在玉林市存在潜在的流行趋势。应加强Y群流脑的病原学监测,关注预防用药、治疗用药选择及疫苗接种的范畴。 展开更多
关键词 流行性脑脊髓膜炎 脑膜炎奈瑟菌 Y血清群 克隆群 基因型 药物敏感性试验
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北京首例输入性ST-11 complex C群流脑死亡病例流行病学及病原学分析 被引量:3
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作者 董梅 黄芳 +1 位作者 周建军 吴疆 《疾病监测》 CAS 2013年第12期969-971,共3页
目的了解北京首例输入性ST-11 complex C群流行性脑脊髓膜炎(流脑)死亡病例流行病学特征及分离的ST-11 complex C群脑膜炎奈瑟菌株病原学特征。方法采集疑似病例的血液标本,进行脑膜炎奈瑟菌的分离培养、细菌学鉴定,确定为脑膜炎奈瑟菌... 目的了解北京首例输入性ST-11 complex C群流行性脑脊髓膜炎(流脑)死亡病例流行病学特征及分离的ST-11 complex C群脑膜炎奈瑟菌株病原学特征。方法采集疑似病例的血液标本,进行脑膜炎奈瑟菌的分离培养、细菌学鉴定,确定为脑膜炎奈瑟菌;对分离菌株进行血清学分群、实时荧光定量PCR核酸鉴定,同时对鉴定的菌株进行多位点序列分型(MLST)分析、外膜蛋白PorA、fetA基因检测和体外药物敏感试验。结果经细菌学、血清学和实时荧光定量PCR鉴定,该菌株为脑膜炎奈瑟菌C血清群;porA为P1.5-1,10-8,fetA为F3-6;多位点序列分型分析表明,该菌株基因序列型(ST)为ST-2724,属于ST-11/ET-37克隆系;该菌株对氨苄西林和复方新诺明为中等耐药,对其他10种抗菌药物均敏感。结论该菌株为脑膜炎奈瑟菌C:P1.5-1,10-8:F3-6,序列型是ST-2724,属ST-11/ET-37克隆系,对常用抗菌药物尚未出现耐药现象。这是我国首次分离到的ST-11/ET-37克隆系C群脑膜炎奈瑟菌株,为输入性,提示应加强流脑病原学监测。 展开更多
关键词 脑膜炎奈瑟菌 C血清群 序列类型ST-2724 多位点序列分型 ST-11 ET-37克隆系
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铜绿假单胞菌耐药率与多位点序列分型研究 被引量:6
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作者 徐立群 吴立燕 +4 位作者 丁汀 魏霞 严倩 赖登攀 陈燕 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期501-504,共4页
目的研究铜绿假单胞菌的耐药率与分子流行病学规律,明确其进化特征,为临床抗菌药物的合理应用提供依据。方法2010年6月-2012年10月对168株铜绿假单胞菌开展体外药物敏感性试验与多位点序列分型(MLST)研究,并应用BioNumerics与START... 目的研究铜绿假单胞菌的耐药率与分子流行病学规律,明确其进化特征,为临床抗菌药物的合理应用提供依据。方法2010年6月-2012年10月对168株铜绿假单胞菌开展体外药物敏感性试验与多位点序列分型(MLST)研究,并应用BioNumerics与START2软件进行生物信息学分析,以揭示其流行趋势。结果MLST方案中选取的7个管家基因GC含量分布达60.0%~70.0%;各等位基因数分布于4~10个,aroE的等位基因数只有4个,而acsA的等位基因数有10个,trpE的多态性位点最多,为16个;168株铜绿假单胞菌对除多黏菌素外的抗菌药物耐药率为16.3%~35.2%;MLST结果显示,全部菌株共形成20个ST型,其中ST244有26株、ST986有22株、ST597有16株、ST441有13株,上述4个ST型均属于克隆复合体CC244,此外,研究还发现5个新ST型。结论铜绿假单胞菌对临床常用抗菌药物的耐药率较高,呈现多药耐药趋势;铜绿假单胞菌的传播趋势以散发为主,其进化速度较快,但在医院抗菌药物选择压力的作用下也易形成典型的克隆复合体,目前需要重点监控以CC244为代表的铜绿假单胞菌的流行,以防其在医院内大规模暴发与流行。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 多位点序列分型 管家基因 克隆复合体
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我国首例感染Y群脑膜炎奈瑟菌CC23病例的实验室分析 被引量:14
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作者 张莉萍 叶雪仪 +3 位作者 熊慧璋 黄勇 叶雪芬 张巧利 《疾病监测》 CAS 2020年第7期664-667,共4页
目的对广东省首例Y群流行性脑脊髓膜炎病例及其密切接触者进行病原学及分子分型分析。方法对分离自患者及171例密切接触者咽拭子的菌株,进行生化、血清鉴定、荧光聚合酶链式反应(PCR)及多位点序列分型(MLST)检测。结果生化、血清鉴定以... 目的对广东省首例Y群流行性脑脊髓膜炎病例及其密切接触者进行病原学及分子分型分析。方法对分离自患者及171例密切接触者咽拭子的菌株,进行生化、血清鉴定、荧光聚合酶链式反应(PCR)及多位点序列分型(MLST)检测。结果生化、血清鉴定以及PCR检测结果均显示,该分离自患者的菌株为Y群脑膜炎奈瑟菌(Nm)菌株,MLST结果分析其属于ST-23克隆群(CC23),从171份密切接触者咽拭子中分离到1株Y群Nm,4株B群Nm。Y群Nm属于CC23,4株B群Nm中1株为ST-11110型,无克隆群归类,2株可能属于ST-4821克隆群,1株为ST-5664,属于ST-4821克隆群。结论该病例为广东省首例Y群流脑病例,也是我国首例由Y群CC23引起的流脑病例,提示今后需进一步加强Y群流脑的病原学监测。 展开更多
关键词 流行性脑脊髓膜炎 脑膜炎奈瑟菌 ST-23克隆群 多位点序列分型
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中国汉赛巴尔通体分离株的多位点序列分型分析 被引量:3
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作者 赵帆 宋秀平 +3 位作者 栗冬梅 黄儒婷 李志芳 刘起勇 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期592-596,共5页
目的了解中国汉赛巴尔通体的遗传背景和流行的常见亚型。方法对分离到的汉赛巴尔通体应用多位点序列分型方法(multilocus sequence typing,MLST),分析它们的分子流行病学特征和系统发育情况。结果 80株汉赛巴尔通体一共分为3个序列型(se... 目的了解中国汉赛巴尔通体的遗传背景和流行的常见亚型。方法对分离到的汉赛巴尔通体应用多位点序列分型方法(multilocus sequence typing,MLST),分析它们的分子流行病学特征和系统发育情况。结果 80株汉赛巴尔通体一共分为3个序列型(sequence type,ST),其中ST1占90%(72/80),ST9占8.75%(7/80),另一个序列型为仅包含一株细菌的ST30;所有3个序列型均属于克隆群1(clonal complex 1)。结论与国外汉赛巴尔通体多位点序列分型结果相比,中国的序列型相对集中,说明中国汉赛巴尔通体的变异度和多样性较低,提示其进化相对缓慢。 展开更多
关键词 汉赛巴尔通体 多位点序列分型 序列型 克隆群
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铜绿假单胞菌耐药基因分析及多位点序列遗传分型 被引量:3
7
作者 袁梦 袁月明 +3 位作者 陈宏彬 罗锦雁 俞慕华 段永翔 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期957-962,共6页
目的了解2011-2012年深圳市南山区医院病人,各医院、诊所内环境台面涂抹样、医护人员手涂抹样分离的铜绿假单胞菌,抗生素耐药基因分布及基因的遗传多样性。方法采用聚合酶链反应技术检测铜绿假单胞菌的20种耐药基因:TEM、VEB、CARB、OXA... 目的了解2011-2012年深圳市南山区医院病人,各医院、诊所内环境台面涂抹样、医护人员手涂抹样分离的铜绿假单胞菌,抗生素耐药基因分布及基因的遗传多样性。方法采用聚合酶链反应技术检测铜绿假单胞菌的20种耐药基因:TEM、VEB、CARB、OXA、SHV、PER、GES、GTX、SPM、GIM、IMP、VIM、DHA、oprD、Aac(6′)-Ⅰ、Aac(6′)-Ⅱ、Aac(3′)-Ⅰ、Aac(2″)-Ⅰ、qacE1-sull及Ⅰ类整合子基因。采用多位点序列分子分型方法进行聚类和克隆分析。结果检出11种耐药基因:TEM、SHV、IMP、DHA、Aac(6’)-Ⅰ、Aac(6′)-Ⅱ、Aac(3′)-Ⅰ、Aac(2″)-Ⅰ、qacE1-sull、Ⅰ类整合子及oprD基因,检出率分别为8.1%、6.4%、4.8%、9.7%、4.8%、14.5%、4.8%、56.5%,8.1%,8.1%,oprD基因缺失率为61.2%。52株铜绿假单胞菌检出耐药基因,形成19种耐药基因谱。多位点序列分型方法将62株铜绿假单胞菌,分为39个ST型,5个克隆群,1个优势克隆群CC244,1个优势独特型ST856。结论不同类型样本分离菌株携带耐药基因存在差异,部分病人分离株携带多种耐药基因。本研究铜绿假单胞菌具有遗传多样性,存在优势克隆群。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 多重耐药 耐药基因 聚合酶链反应 多位点序列分子分型 克隆群
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鲍氏不动杆菌耐药率与多位点序列分型研究 被引量:2
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作者 严正松 陈燕 叶宝东 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第23期5644-5646,共3页
目的研究鲍氏不动杆菌的耐药率与分子流行病学规律,明确其进化特征,为临床抗菌药物的应用提供依据。方法2010年5月-2012年9月对187株鲍氏不动杆菌开展体外药物敏感性试验与多位点序列分型(MLST)研究。结果MLST方案中选取的7个管家基... 目的研究鲍氏不动杆菌的耐药率与分子流行病学规律,明确其进化特征,为临床抗菌药物的应用提供依据。方法2010年5月-2012年9月对187株鲍氏不动杆菌开展体外药物敏感性试验与多位点序列分型(MLST)研究。结果MLST方案中选取的7个管家基因GC含量分布约40.00%;各等位基因数分布于1-8,gltA、gyrB的等位基因数只有1个,gpi的等位基因数有8个;rpoD、gpi的多态性位点最多,分别为7个与9个;体外药物敏感性结果表明,187株鲍氏不动杆菌对8种抗菌药物的耐药率分布于23.6%~53.2%;MLST结果显示,所有菌株共形成4个已知ST型,其中ST92有83株、ST75有57株、ST90有38株、ST137有8株,并发现1株新ST型;上述5个ST型均属于克隆复合体CC92。结论鲍氏不动杆菌对临床常用抗菌药物的耐药率较高,呈多药耐药趋势;鲍氏不动杆菌的分子流行病学趋势相对比较集中,其进化速度较慢,目前需要重点监控以CC92为代表的鲍氏不动杆菌的流行情况,以防其在医院的大规模暴发与流行。 展开更多
关键词 鲍氏不动杆菌 多位点序列分型 管家基因 克隆复合体
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2011-2016年江苏省苏州市脑膜炎奈瑟菌分子流行特征分析 被引量:2
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作者 詹亚惠 栾琳 张梦寒 《疾病监测》 CAS 2018年第8期640-643,共4页
目的对2011–2016年江苏省苏州市分离于患者、健康人群和密切接触者的脑膜炎奈瑟菌(Nm)进行血清群鉴定,了解苏州市Nm的血清群及遗传进化关系。方法采用乳胶凝集和多位点序列分型方法,对分离到的33株Nm的7个管家基因序列进行测定,并与Pub... 目的对2011–2016年江苏省苏州市分离于患者、健康人群和密切接触者的脑膜炎奈瑟菌(Nm)进行血清群鉴定,了解苏州市Nm的血清群及遗传进化关系。方法采用乳胶凝集和多位点序列分型方法,对分离到的33株Nm的7个管家基因序列进行测定,并与PubMLST数据库中序列进行比对,确定等位基因谱型及序列型,采用Cluster 3.0分析菌株间的进化关系。结果 33株Nm中B群占66.67%(22/33),W135群占24.24%(8/33),C群、Y群和未分群各占3.03%(1/33);2011年分离的3株W135群属于高致病性克隆系ST-11 complex/ET-37 complex,2012–2013年分离的B群5株属于高致病性克隆系ST-4821 complex。结论 2011–2016年苏州市Nm主要以B群为主,W135群次之,基因型以多克隆系并存,出现高致病性克隆系ST-11 complex/ET-37 complex W135群和ST-4821 complex B群,提示应密切监测菌株型别,预防流行性脑脊髓膜炎的暴发流行。 展开更多
关键词 脑膜炎奈瑟菌 分子流行特征 高致病性克隆系 克隆系
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全球副溶血弧菌环境菌株的基于碱基序列和肽链序列的多位点序列分型 被引量:1
10
作者 徐嘉良 杜小莉 卢昕 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第21期95-99,共5页
为了了解来自全球的副溶血弧菌环境菌株的群组结构和克隆复合体构成,利用PubMLST公共数据的数据,筛选其中具有完整序列分型(sequence type,ST)及肽序列型(peptide sequence type,pST)的来自全球的副溶血弧菌环境菌株数据,进行亚群... 为了了解来自全球的副溶血弧菌环境菌株的群组结构和克隆复合体构成,利用PubMLST公共数据的数据,筛选其中具有完整序列分型(sequence type,ST)及肽序列型(peptide sequence type,pST)的来自全球的副溶血弧菌环境菌株数据,进行亚群分析和克隆复合体分析,并分别构建了基于ST型和pST型的最小生成树。结果表明,从数据库中共筛选到具有ST型及pST型的来自全球的副溶血弧菌环境菌株数据886条,共含有663个ST型,以ST3型为最多,但也仅含27条菌株信息。其中,有436条菌株数据来自中国(包括大陆、香港和台湾),覆盖了410个ST型,每个ST型含1~4条菌株数据,这436条菌株数据又可分为128个pST型,其中pST1型为最多,达116条菌株数据。利用eBURST软件对数据进行分析,共发现了73个组,483个单体。STRUCTURE软件分析显示来自全球的副溶血弧菌环境菌株的适宜亚群数为4,各亚群内的样品平均距离为0.981 7。综上结果表明,来自全球的副溶血弧菌环境菌株具有高度多态性,可更细分为4个亚群,MLST分型时以ST3型为多,AA-MLST分型时以pST1型为主。 展开更多
关键词 副溶血弧菌 基于碱基序列的多位点序列分型 基于肽链的多位点序列分型 克隆复合体
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基于改进克隆选择算法的复杂系统测试选择 被引量:2
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作者 吴杰长 刘海松 +1 位作者 陈国钧 刘树勇 《海军工程大学学报》 CAS 北大核心 2013年第2期14-18,共5页
为了解决复杂系统测试优化选择问题,提出了一种基于改进克隆选择算法的测试选择方法。该方法针对测试选择问题的具体特点,对基本克隆选择算法进行了以下改进:采用二进制编码方式进行抗体编码,选用加性分段函数形式构建亲和度函数,利用... 为了解决复杂系统测试优化选择问题,提出了一种基于改进克隆选择算法的测试选择方法。该方法针对测试选择问题的具体特点,对基本克隆选择算法进行了以下改进:采用二进制编码方式进行抗体编码,选用加性分段函数形式构建亲和度函数,利用混沌搜索优化初始种群的生成方式,并引入免疫网络的抗体抑制操作对抗体种群进行预处理。最后,以某实际系统为例进行了算法验证,实验结果表明:该方法搜索效率高,具有很强的全局和局部搜索能力,可有效解决复杂装备系统测试性设计中的测试优化选择问题。 展开更多
关键词 测试性设计 测试选择 克隆选择算法 复杂系统
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基于PubMLST数据库的克罗诺杆菌全球分离株多位点序列分型分析 被引量:3
12
作者 余欢 姜华 +1 位作者 陈凯 李远宏 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2017年第11期1042-1047,共6页
目的了解PubMLST数据库中克罗诺杆菌(Cronobacter spp.)全球分离株的分子流行病学特征,为克罗诺杆菌病的预防和控制提供理论依据。方法利用PubMLST数据库收录的数据,筛选其中具有完整序列分型(sequence type,ST)的来自全球的克罗诺杆菌... 目的了解PubMLST数据库中克罗诺杆菌(Cronobacter spp.)全球分离株的分子流行病学特征,为克罗诺杆菌病的预防和控制提供理论依据。方法利用PubMLST数据库收录的数据,筛选其中具有完整序列分型(sequence type,ST)的来自全球的克罗诺杆菌株数据,分别进行国别、来源、菌种构成、序列型及克隆复合体(Clonal complex,CC)的构成分析,并基于7个管家基因序列构建与人类致病密切相关的CC4和CC7型克罗诺杆菌分离株的系统发育树,进行遗传进化分析。结果从PubMLST数据库中筛选出1 603条菌株数据,共含有541个ST型和50个CC型,其中ST4型和CC4型居多,分别含有256和295条菌株数据。来自中国的克罗诺杆菌分离株数据有610条数据,包括315个ST型和40个CC型,其中ST4型和CC4型分别含有62条和75条菌株数据。1 603株克罗诺杆菌分离株中,来自中国的分离株数居多(610),其次为捷克(188)和美国(176);来源于食品的分离株数量居多(58.39%),其次为环境标本(21.83%)和临床标本(14.78%);菌种构成以阪崎克罗诺杆菌(C.sakazakii)数量居多(70.24%),其次为丙二酸盐阳性克罗诺杆菌(C.malonaticus,12.41%),都柏林克罗诺杆菌(C.dublinensis,8.98%),苏黎世克罗诺杆菌(C.turicensis,4.68%),穆汀斯克罗诺杆菌(C.muytjensii,2.5%),尤尼沃斯克罗诺杆菌(C.universalis,1.00%)和康迪蒙提克罗诺杆菌(C.condimenti,0.19%)。致病变种阪崎克罗诺杆菌、丙二酸盐阳性克罗诺杆菌和苏黎世克罗诺杆菌分别含有256、92,49个ST型以及27、10、5个CC型。与人类致病密切相关的CC4和CC7型分离株分别包括32和12个ST型,其中ST4型分离株在CC4型较多,ST7型分离株在CC7型较多。CC4和CC7型分离株分别分布在全球21和10个国家中,其中CC4和CC7型中国分离株分别占其总数的25.42%和36.00%。系统发育分析CC4和CC7型克罗诺杆菌分离株分布在两个不同的簇群,亲缘关系较远。结论克罗诺杆菌全球分离株具有高度遗传多样性,目前已分离出5种克罗诺杆菌临床分离株,且与致病相关的CC4和CC7型菌株占比较高,提示应加强对不同来源的克罗诺杆菌病的流行病学监测,以降低克罗诺杆菌爆发的风险。 展开更多
关键词 克罗诺杆菌 多位点序列分型 序列型 克隆复合体
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金黄色葡萄球菌耐药基因分析及多位点序列分子分型 被引量:3
13
作者 吴德群 巢国祥 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第7期513-518,共6页
目的对临床来源金黄色葡萄球菌(金葡菌)进行分子分型及溯源,研究耐药基因与克隆复合体(CC)关系。方法检测94株金葡菌中的耐甲氧西林金葡菌(MRSA)并分型,测定氨基糖苷类耐药基因[aac(6')/aph(2'')、aph(3')-Ⅲ、ant(4... 目的对临床来源金黄色葡萄球菌(金葡菌)进行分子分型及溯源,研究耐药基因与克隆复合体(CC)关系。方法检测94株金葡菌中的耐甲氧西林金葡菌(MRSA)并分型,测定氨基糖苷类耐药基因[aac(6')/aph(2'')、aph(3')-Ⅲ、ant(4',4'')]、大环内酯类耐药基因(ermA、ermC、msrA)、四环素类耐药基因(tetM、tetk)共8个耐药基因;用多位点序列分子分型(MLST)进行克隆分析。结果 94株菌株中共检出MRSA菌株36株,其中,医源MRSA(HA-MRSA)29株,包括Ⅲ型28株,Ⅰ型1株;社区源MRSA(CA-MRSA)7株,包括V型6株,Ⅳd型1株。94株菌株中,耐药基因aac(6')/aph(2'')、aph(3')-Ⅲ、ant(4',4'')、ermA、ermC、msrA、tetM、tetk的携带率分别为55.3%、58.5%、26.6%、37.2%、34.0%、19.1%、37.2%、25.5%;共84株菌株耐药基因阳性,共形成35种耐药基因谱;含3种以上耐药基因的菌株占48.9%(46/94)。MLST分型共得到27个ST型,6个同源复合体;有3个重要同源复合体CC239、CC630、CC5及1个重要ST398型。HA-MRSA均属于CC239,而多数CAMRSA属于CC630;HA-MRSA耐药基因携带率与CA-MRSA及所有甲氧西林敏感金葡菌(MSSA)携带率差异有统计学意义(P<0.01)。CC239克隆与所有其他克隆菌株耐药基因的携带率差异有统计学意义(P<0.01)。结论引起感染的MRSA主要是HA-MRSA-Ⅲ,其次为CA-MRSA-Ⅴ。CC630是国际上新出现的克隆;ST398主要是起源于人而非动物。MRSA主要存在于几类特定克隆中,主要来源于相同克隆的MSSA;金葡菌获得及携带耐药基因主要与CC克隆有关,推测此类复合体中含有相关分子构型,有利于耐药基因如SCCmec插入。 展开更多
关键词 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 耐药基因 多位点序列分子分型 克隆复合体
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基于DT-CWT的红外与可见光图像自适应融合 被引量:20
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作者 杨晓慧 金海燕 焦李成 《红外与毫米波学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2007年第6期419-424,共6页
针对低可见光图像和红外图像的特点,提出一种基于DT-CWT的自适应图像融合算法.该算法具有好的平移不变性和方向选择性,更适合于人类视觉.先对源图像作双树复小波变换,充分考虑各尺度分解层的系数特征,对低通子带引入免疫克隆选择,根据... 针对低可见光图像和红外图像的特点,提出一种基于DT-CWT的自适应图像融合算法.该算法具有好的平移不变性和方向选择性,更适合于人类视觉.先对源图像作双树复小波变换,充分考虑各尺度分解层的系数特征,对低通子带引入免疫克隆选择,根据统计评价准则定义亲和度函数,自适应获得最优融合权值;对高通子带则根据人类视觉特性定义局部方向对比度,并作为融合准则,突出和增强了各源图像的对比度与细节信息.实验结果表明:与基于小波的融合结果相比较,本文的融合算法自适应性和鲁棒性更强,较好地保护和显示了源图像中的边缘和细节信息,对比度和清晰度都有所提高. 展开更多
关键词 双树复小波变换 免疫克隆选择 局部方向对比度 红外图像 图像融合
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六十二株水貂源大肠杆菌分离株耐药表型与耐药基因及克隆菌群分析 被引量:5
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作者 蒋智宇 王凡 +6 位作者 杨溢 衣首静 杨杰 鞠孜敬 宋艳 朱国强 孙淑红 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期2498-2508,共11页
为了调查诸城地区某水貂养殖场粪便源大肠杆菌的表观及其分子特征,采集某个水貂养殖场的水貂粪便进行大肠杆菌分离鉴定,对分离鉴定的大肠杆菌进行血清型鉴定和对14种常见抗菌药物的耐药表型鉴定;使用PCR检测耐药基因以及Ⅰ整合子基因盒... 为了调查诸城地区某水貂养殖场粪便源大肠杆菌的表观及其分子特征,采集某个水貂养殖场的水貂粪便进行大肠杆菌分离鉴定,对分离鉴定的大肠杆菌进行血清型鉴定和对14种常见抗菌药物的耐药表型鉴定;使用PCR检测耐药基因以及Ⅰ整合子基因盒的携带情况,利用多位点序列分型(MLST)来分析菌株的克隆关系并构建系统发育树来分析相同克隆群菌株的遗传相似性。结果显示,自82份水貂粪便样品分离到62株大肠杆菌,分离率75.61%;大肠杆菌分离株对AMP和TET的耐药率超过90%,多重耐药菌株(MDR)占比为85.48%。PCR检测到5类耐药基因的存在,qnrS检出率最高,为61.29%(38/62);aaC2、aaC4、sul1和aac(6′)-Ib-cr耐药基因与菌株产生相应的耐药抗性存在一致性(P<0.01)。分离菌株中Ⅰ类整合子可变区域的优势结构为dfrA27-aadA2-qnrA。鉴定出致病性血清型的存在,且对应菌株都具有多重耐药性,优势血清型为O104:H4。分离株中存在33个STs,ST46为优势STs(16.13%),具有3个主要克隆群,依次为CC10、CC46和CC176;与致病性相关菌株的STs和人源大肠杆菌具有共同的遗传背景。本研究表明,养殖场的水貂受到致病性和多重耐药性大肠杆菌的污染,相同克隆群菌株的耐药基因分布具有多态性,表观特征差异明显。 展开更多
关键词 水貂源大肠杆菌 致病性血清型 耐药基因 克隆群 系统发育树
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中国脑膜炎奈瑟菌ST-4821克隆群荚膜基因簇分布特征 被引量:5
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作者 赵盼 朱兵清 +4 位作者 张艾煜 徐丽 高源 余建兴 邵祝军 《疾病监测》 CAS 2020年第6期508-512,共5页
目的了解中国脑膜炎奈瑟菌(Neisseria meningitidis,Nm)高致病性ST-4821克隆群(CC4821)荚膜基因簇分布特征,为流行性脑脊髓膜炎的传播扩散机制研究提供依据。方法使用Artemis、MEGA 6、SimPlot和RDP等软件分析41株Nm全基因组序列,分析... 目的了解中国脑膜炎奈瑟菌(Neisseria meningitidis,Nm)高致病性ST-4821克隆群(CC4821)荚膜基因簇分布特征,为流行性脑脊髓膜炎的传播扩散机制研究提供依据。方法使用Artemis、MEGA 6、SimPlot和RDP等软件分析41株Nm全基因组序列,分析荚膜基因簇序列差异性、序列重组和基因排布等特征。结果荚膜基因簇ACE区差异较大,重组现象多集中在AC区。D和D′区有明显差异序列,表明这2个区并非精准复制。荚膜基因簇存在基因反转现象。结论Nm高致病性CC4821荚膜基因簇呈现多态性、重组和基因反转等多种荚膜调节机制,可能有助于该克隆群菌株的传播扩散。 展开更多
关键词 脑膜炎奈瑟菌 CC4821 荚膜基因簇 分布特征
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褪色沙雷菌耐药率与多位点序列分析研究 被引量:1
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作者 赵瑞珂 顾国浩 +5 位作者 韩清珍 赵丽娜 钱雪峰 张险峰 史进方 徐杰 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第18期4084-4087,共4页
目的研究褪色沙雷菌的耐药率与分子流行病学规律,建立多位点序列分析方法,明确其进化特征,为临床针对性使用抗菌药物和防控此致病菌感染提供依据。方法对2013年9月-2014年12月分离的40株褪色沙雷菌进行体外药物敏感性试验与多位点序列... 目的研究褪色沙雷菌的耐药率与分子流行病学规律,建立多位点序列分析方法,明确其进化特征,为临床针对性使用抗菌药物和防控此致病菌感染提供依据。方法对2013年9月-2014年12月分离的40株褪色沙雷菌进行体外药物敏感性试验与多位点序列分析(MLSA),并用Splits tree与CLUSTALW软件进行生物信息学分析,揭示其流行趋势。结果体外药敏试验结果表明,40株褪色沙雷菌对13种抗菌药物的耐药率在10.0%~52.5%,对亚胺培南耐药率为32.5%;MLSA设计4个管家基因,GC含量约为60.0%;各等位基因数分布于14~16,各多态性位点数分布于33~74,gyrB的多态性位点数最多(74个);Splits tree软件分裂分解分析结果显示,大部分褪色沙雷菌聚在一起,形成一个克隆复合体;CLUSTALW软件聚类分析结果显示,40株褪色沙雷菌形成19个ST型,其中ST8型12株,且ST8型是耐碳青霉烯类抗菌药物褪色沙雷菌的流行与暴发型,ST8、ST9、ST10与ST11形成一个克隆复合体CC8。结论褪色沙雷菌对碳青霉烯类抗菌药物耐药率较高,且多为泛耐药菌株;褪色沙雷菌的分子流行病学趋势相对较慢,在基因组上高度保守,目前需要重点监测以ST8型为代表褪色沙雷菌CC8克隆复合体的流行,以防其在医院的大规模流行与暴发。 展开更多
关键词 褪色沙雷菌 多位点序列分析 管家基因 克隆复合体
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209株不同来源空肠弯曲菌分子特征分析 被引量:7
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作者 赵冰 黄红 +3 位作者 王闻卿 李彩云 崔琪奇 朱林英 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期865-869,874,共6页
目的应用多位点序列分型技术从分子水平分析不同来源的空肠弯曲菌的流行状况与特征,研究菌株间的亲缘关系和进化特征。方法本研究以2014-2015年分离自上海市浦东新区11个腹泻监测点的腹泻粪便、本辖区5个禽流感监测点的禽类养殖环境样... 目的应用多位点序列分型技术从分子水平分析不同来源的空肠弯曲菌的流行状况与特征,研究菌株间的亲缘关系和进化特征。方法本研究以2014-2015年分离自上海市浦东新区11个腹泻监测点的腹泻粪便、本辖区5个禽流感监测点的禽类养殖环境样本以及生禽肉食品中分离到的209株空肠弯曲菌为研究对象,选取7个管家基因进行测序分析,获得序列型(STs型),应用Bionumerics软件绘制进行溯源和遗传进化分析。结果209株分离株共分成了110种序列型,归属25种同源复合体,在144株人源株中,归属ST-353同源复合体菌株最多,占比16.7%,禽类养殖环境分离到的56株菌株归属ST-21同源复合体菌株最多,占比30.4%。遗传进化分析显示,209株菌株分为主要的5个彼此独立的聚类簇。结论上海市浦东新区的腹泻病人分离株与禽类株有着较为密切的关系,禽类是人感染空肠弯曲菌的重要传染源。 展开更多
关键词 空肠弯曲菌 多位点序列分型 管家基因 序列型 同源复合体
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我国脑膜炎奈瑟菌中nalP基因的分布特征
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作者 张艾煜 朱兵清 +3 位作者 赵盼 徐丽 高源 邵祝军 《疾病监测》 CAS 2018年第7期540-546,共7页
目的了解我国脑膜炎奈瑟菌(Nm)菌株的nal P基因分布特征,为其功能和作用机制研究提供依据。方法采用多位点序列分型方法对187株分离自我国的Nm菌株进行分子分型。利用菌株全基因组框架图获得nal P基因及其两侧序列,对基因序列进行同源... 目的了解我国脑膜炎奈瑟菌(Nm)菌株的nal P基因分布特征,为其功能和作用机制研究提供依据。方法采用多位点序列分型方法对187株分离自我国的Nm菌株进行分子分型。利用菌株全基因组框架图获得nal P基因及其两侧序列,对基因序列进行同源性比对及聚类分析。结果 178株Nm携带nal P基因;Nm中nal P基因与淋病奈瑟菌(Ng)中nal P基因的同源性为95%~96%,但系统进化分析明显分为两支,两侧间隔区同源性>85%。9株无nal P基因菌株中6株为?nal P2型,新发现3种排布方式。C群患者和健康携带者来源phase on菌株数差异有统计学意义。结论 Nm中nal P基因可能由Ng获得后各自独立进化,无nal P基因菌株可能是nal P基因丢失,能够表达Nal P的C群患者来源菌株可能缺失Nal P的补偿机制。 展开更多
关键词 脑膜炎奈瑟菌 nalP基因 自转运蛋白 克隆群 分布特征
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