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基于全转录组测序的2个不同品种绵羊卵巢ceRNA网络构建及关键miRNA的筛选
1
作者 谷博 王安琪 +4 位作者 于鑫淼 郭俊彤 杨一 邓祎婕 姜怀志 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第6期2765-2777,共13页
旨在解析非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)对绵羊卵巢发育过程的分子调控机制,筛选提高绵羊繁殖力的关键基因。本研究以多胎型(小尾寒羊)和单胎型(乌珠穆沁羊)绵羊为材料,选取健康成年母羊各3只,构建卵巢组织ncRNA及mRNA表达谱,筛选差... 旨在解析非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)对绵羊卵巢发育过程的分子调控机制,筛选提高绵羊繁殖力的关键基因。本研究以多胎型(小尾寒羊)和单胎型(乌珠穆沁羊)绵羊为材料,选取健康成年母羊各3只,构建卵巢组织ncRNA及mRNA表达谱,筛选差异表达(differentially expressed,DE)lncRNAs、circRNAs、miRNAs及mRNAs,并对其进行靶基因预测以及功能和信号通路的富集分析,筛选出繁殖相关通路进一步构建ceRNA(lncRNA-miRNA-mRNA和circRNA-miRNA-mRNA)调控网络,最后总结调控网络中的关键miRNA。结果显示,乌珠穆沁羊和小尾寒羊卵巢组织共筛选出差异表达lncRNAs共1579个,circRNA共561个,miRNAs共175个及mRNAs共3095个。GO和KEGG富集分析结果显示,差异表达的靶基因显著富集于胚胎的形态发生、减数分裂的激活等生物过程及粘蛋白型O-聚糖生物合成、鞘糖脂生物合成、精氨酸鸟氨酸代谢等信号通路。筛选繁殖相关通路上富集到的差异表达基因,构建1个ceRNA网络(包含87个lncRNA,27个circiRNA,3个miRNA和3个mRNA),获得3个关键miRNAs(miR-140、miR-338及miR-423-5p)及对应的靶向调控ceRNA网络。采用qRT-PCR方法对随机选取的9个差异表达lncRNAs、circRNAs、miRNAs、mRNAs进行验证,结果证实了RNA-seq测序的准确性。本研究对DE ncRNAs与对应靶基因的协调调控机制进行分析,为阐明调控绵羊卵巢发育的关键基因及分子机制提供有效理论依据,进而充分了解绵羊的繁殖生物学特性,对于提高繁殖效率具有重要指导意义。 展开更多
关键词 乌珠穆沁羊 小尾寒羊 卵巢 lncRNA circRNA MIRNA cerna网络
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基于ceRNA网络与分子对接的别嘌醇肾脏损伤标志物预测研究
2
作者 高福君 张晓朦 +4 位作者 陈莉娟 蔡海丽 刘鑫龙 朱春胜 张冰 《中国药物警戒》 2025年第11期1211-1216,1235,I0001,共8页
目的预测别嘌醇(Allopurinol)肾脏损伤标志物,讨论别嘌醇联用中药的作用,为别嘌醇药物警戒提供新策略。方法从GEO数据库芯片GSE214358获取大鼠肾小管细胞正常组与别嘌醇处理转录组数据,使用R语言分析差异表达基因(DEGs),进行Gene Ontolo... 目的预测别嘌醇(Allopurinol)肾脏损伤标志物,讨论别嘌醇联用中药的作用,为别嘌醇药物警戒提供新策略。方法从GEO数据库芯片GSE214358获取大鼠肾小管细胞正常组与别嘌醇处理转录组数据,使用R语言分析差异表达基因(DEGs),进行Gene Ontology(GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)富集分析及Protein-Protein Interaction Networks(PPI)蛋白互作分析,筛选关键DEGs。通过miRwalk、TargetScan、Starbase和miRDB数据库预测关键DEGs的靶向微小RNA(microRNA,miRNA),使用Lncbase和Starbase数据库预测miRNA靶向的长链非编码RNA(Long Non-Coding RNA,LncRNA),通过Cytoscape构建mRNA-miRNAlncRNA竞争性内源RNA(Competing Endogenouse RNA,ceRNA)调控网络,并结合分子对接验证别嘌醇及其活性代谢产物与关键DEGs的结合特性。结果研究发现GSE214358数据芯片共1649个DEGs,主要参与代谢缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解以及β-丙氨酸代谢等信号通路。经过PPI分析并使用CytoHubba得到10个关键DEGs,发现其中7个关键DEGs参与ceRNA网络,分别为BCKDHB、ALDH6A1、ACADM、HWGCL、ACAT1、IVD、OXCT1,靶向miRNA 128个,且均与lncRNA OIP5-AS1对应。通过分子对接验证发现BCKDHB与别嘌醇及氧嘌呤醇的结合特性最好,BCKDHB-miR-654-3p/miR-766-5p-OIP5-AS1轴在别嘌醇肾损伤中可能被显著激活。结论BCKDHB-miR-654-3p/miR-766-5p-OIP5-AS1轴可能在别嘌醇肾脏损伤中发挥了重要作用,可作为早期诊断生物标志物,在处方前或用药早期发出预警,为别嘌醇的安全使用提供参考。 展开更多
关键词 别嘌醇 药物性肾损伤 BCKDHB ALDH6A1 ACADM cerna网络 分子对接 中西药联用 药物警戒
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基于数据库构建乳腺癌耐药相关ceRNA网络及预后生物标志物筛选
3
作者 陈星宇 耿昌婕 +2 位作者 耿雪娜 符德元 蔡凤林 《医学理论与实践》 2025年第8期1268-1271,1291,共5页
目的:基于数据库构建乳腺癌耐药相关ceRNA网络,筛选预后生物标志物。方法:在GEO数据库中下载乳腺癌耐药相关的circRNA、miRNA、mRNA转录组芯片数据。使用R包筛选出具有差异表达的circRNA、miRNA、mRNA。从TCGA数据库中下载乳腺癌患者的... 目的:基于数据库构建乳腺癌耐药相关ceRNA网络,筛选预后生物标志物。方法:在GEO数据库中下载乳腺癌耐药相关的circRNA、miRNA、mRNA转录组芯片数据。使用R包筛选出具有差异表达的circRNA、miRNA、mRNA。从TCGA数据库中下载乳腺癌患者的临床数据,与差异表达的mRNA数据整合并进行单因素Cox分析、Lasso回归分析、多因素COX回归分析,创建出关乳腺癌耐药相关的预后风险模型。结果:利用多种数据库构建网络中差异最显著的12个circRNA、9个miRNA、15个mRNA组成ceRNA,构建出关于乳腺癌耐药的预后风险模型。最后得到乳腺癌耐药的ceRNA预后子网络,其中3个mRNA有望作为乳腺癌耐药相关的新型预后标志物。结论:本研究组建起了一个乳腺癌耐药相关的circRNA-miRNA-mRNA调控ceRNA网络体系。GNG4、NDRG1、CHAC1有望成为乳腺癌耐药的预测相关预后的一种新型生物标志物。 展开更多
关键词 乳腺癌 耐药 circRNA cerna网络
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藏绵羊瘤胃上皮ceRNA介导GPCR-cAMP-PKA信号通路调控SCFAs
4
作者 沙玉柱 刘秀 +5 位作者 赵生国 邵鹏阳 王翻兄 杨文鑫 陈小伟 谢转回 《西北农业学报》 北大核心 2025年第4期581-591,共11页
旨在探究藏绵羊瘤胃上皮对短链脂肪酸(SCFAs)的吸收转运分子机制。选择1周岁(±1月龄)健康的放牧藏绵羊母羊12只,分别对其暖季(8月份)和冷季(12月份)的瘤胃上皮组织进行全转录组(RNAseq)测序,筛选差异ceRNA调控网络,检测cAMP-PKA信... 旨在探究藏绵羊瘤胃上皮对短链脂肪酸(SCFAs)的吸收转运分子机制。选择1周岁(±1月龄)健康的放牧藏绵羊母羊12只,分别对其暖季(8月份)和冷季(12月份)的瘤胃上皮组织进行全转录组(RNAseq)测序,筛选差异ceRNA调控网络,检测cAMP-PKA信号通路基因的表达量,并分析其与瘤胃微生物菌群及其代谢物SCFAs的相关性。结果表明:冷、暖季藏绵羊瘤胃上皮mRNA和非编码RNA(miRNA/circRNA)表达量存在差异,筛选到差异ceRNA调控网络AKAP9-circRNA(NC_040269.1:68309959|68364662)-miR-370-3p;靶基因AKAP9的GO功能富集分析(Gene Ontology Enrichment Analysis)发现主要富集在钾离子跨膜转运蛋白活性的正调控、信号转导和细胞对cAMP的反应等通路中。分析cAMP-PKA信号通路相关基因的表达特征,发现PKA表达量在冷、暖季差异不显著(P>0.05),与PKA锚定的AKAP9在冷季表达量显著升高(P<0.05),而G蛋白偶联受体GPR41在冷季表达量显著降低(P<0.05)。相关性分析发现,乙酸、丙酸与AKAP9和GPR41呈极显著性正相关(P<0.01),异丁酸与CREB1呈显著性负相关(P<0.05),瘤胃微生物菌群与SCFAs存在显著相关性(P<0.05)。在冷季营养胁迫下,藏绵羊瘤胃上皮非编码RNA通过ceRNA网络参与调控cAMP-PKA信号通路,进而影响瘤胃上皮SCFAs的吸收转运。 展开更多
关键词 冷季 藏绵羊 SCFAs 瘤胃上皮 cerna cAMP
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食管鳞癌中circRNA介导的糖酵解相关ceRNA轴对免疫细胞浸润和预后的影响
5
作者 牟文博 晏孜 +4 位作者 赵国旭 张妍 杨佳霖 杨旭芳 崔荣军 《牡丹江医科大学学报》 2025年第2期36-40,共5页
目的通过构建与糖酵解相关的circRNA介导的ceRNA网络,探索ESCC中的关键基因及其潜在的治疗靶点,为预后标志物的筛选和免疫治疗提供新线索。方法本研究综合分析了GEO、TCGA和GTEx数据库的数据,鉴定了差异表达的circRNA、miRNA和mRNA,并... 目的通过构建与糖酵解相关的circRNA介导的ceRNA网络,探索ESCC中的关键基因及其潜在的治疗靶点,为预后标志物的筛选和免疫治疗提供新线索。方法本研究综合分析了GEO、TCGA和GTEx数据库的数据,鉴定了差异表达的circRNA、miRNA和mRNA,并构建了circRNA-miRNA-mRNA的ceRNA网络。使用生存分析确定与ESCC预后密切相关的基因,并通过免疫细胞浸润分析探索这些基因与免疫治疗潜在关系。结果ceRNA网络中的糖酵解相关基因HOMER1的高表达与ESCC患者的高生存率相关,且HOMER1表达与CD4^(+)T细胞的负相关性提示了其在免疫治疗中的潜力。结论本研究揭示了糖酵解相关ceRNA网络在ESCC发病机制中的重要作用,为预后标志物的鉴定和免疫治疗策略的发展提供了新的见解和潜在的研究方向。 展开更多
关键词 食管鳞癌 cerna网络 糖酵解 生存分析 免疫分析 治疗靶点
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骨髓间充质干细胞成骨分化中ceRNA网络调控机制的研究进展 被引量：2
6
作者 夏楉榴 刘仕卿 +5 位作者 孟祥睿 王荣 豆银楠 铁锋 安方玉 颜春鲁 《中国现代应用药学》 北大核心 2025年第3期491-499,共9页
骨髓间充质干细胞(bone marrow mesenchymal stem cells,BMSCs)是一种具有自我更新和多向分化潜能的骨组织工程来源细胞。非编码RNA如长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和微小RNA(microRNA,miRNA)能在转录后水平控制基因表达,... 骨髓间充质干细胞(bone marrow mesenchymal stem cells,BMSCs)是一种具有自我更新和多向分化潜能的骨组织工程来源细胞。非编码RNA如长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和微小RNA(microRNA,miRNA)能在转录后水平控制基因表达,在BMSCs的成骨分化过程中起重要作用。lncRNA是一类无蛋白质翻译功能的RNA,参与骨骼的增殖、凋亡以及炎症反应,而miRNA作为一种小型非编码RNA,可参与调节成骨细胞相关的骨形成与破骨细胞相关的骨重塑过程。lncRNA作为竞争性内源性RNA,可以竞争性地与miRNA结合,从而间接调控miRNA靶基因的表达,影响BMSCs的成骨分化。本文主要介绍lncRNA通过靶向不同的miRNAs来调控BMSCs成骨分化的分子机制,以期初步揭示慢性骨病的发病机制,同时为慢性骨病的药物研发提供临床参考。 展开更多
关键词 骨髓间充质干细胞 长链非编码RNA 微小RNA 竞争性内源性RNA 成骨分化
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ceRNA在肿瘤中的研究进展 被引量：10
7
作者 钱傅燕雯 冯凡 许文林 《现代肿瘤医学》 CAS 2019年第7期1237-1240,共4页
竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)是一类能与miRNA结合位点(miRNA response element,MRE)结合从而抑制miRISC形成,并能进一步增加相应mRNA的表达来达到RNA间相互沟通及转录后调控基因表达的一类非编码RNA。ceRNA主要包括... 竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)是一类能与miRNA结合位点(miRNA response element,MRE)结合从而抑制miRISC形成,并能进一步增加相应mRNA的表达来达到RNA间相互沟通及转录后调控基因表达的一类非编码RNA。ceRNA主要包括长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、环状RNA(circular RNA,circRNA)、假基因、人工合成miRNA抑制剂及病毒miRNA抑制剂等。目前越来越多的研究表明ceRNA在肿瘤的基因调控及肿瘤细胞增殖、凋亡、细胞周期、侵袭和转移等各种生物过程中发挥重要作用。本文从ceRNA分类、调控网络及ceRNA在不同肿瘤中的研究进展作一综述。 展开更多
关键词 cerna MIRNA lncRNA circRNA 假基因 cerna调控网络 肿瘤 转录后调控
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基于生物信息学分析炎性肠病差异基因表达及ceRNA调控网络
8
作者 郝帅 贺娜 +2 位作者 冯巩 张粉娜 杨永勤 《河北医药》 2025年第4期533-539,共7页
目的炎症性肠病(inflammatory bowel disease,IBD)是一种慢性肠道炎症性疾病,因其发病机制复杂、病因不明等因素,严重影响患者的生活质量。竞争性内源性RNA(ceRNA)在免疫调节中具有重要作用,构建1个ceRNA免疫调节网络,探讨其在IBD机制... 目的炎症性肠病(inflammatory bowel disease,IBD)是一种慢性肠道炎症性疾病,因其发病机制复杂、病因不明等因素,严重影响患者的生活质量。竞争性内源性RNA(ceRNA)在免疫调节中具有重要作用,构建1个ceRNA免疫调节网络,探讨其在IBD机制研究、临床诊断和治疗中的潜在作用。方法检索GEO数据库与IBD相关的数据集GSE59071、GSE36807和GSE75214,使用R语言分析差异表达基因(DEGs),并通过starBase数据库、miRTarBase数据库和miRDB数据库预测DEGs的miRNA,LncRNADisease数据库预测IBD相关的lncRNA,使用Cytoscape软件构建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络。使用DSigDB数据库预测关键基因的药物分子。结果纳入炎症性肠病样本305例和健康样本40例,共筛选出150个共表达DEGs。功能富集分析(GO)显示多数DEGs参与对脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应和细胞对生物刺激的反应的生物过程。KEGG通路富集分析显示,DEGs主要集中在IL-17信号通路、补体和凝血级联与TNF信号通路等多个信号通路。通过starBase数据库、miRTarBase数据库和miRDB数据库预测的靶向miRNA和LncRNADisease数据库预测的lncRNA构建1个包含2种lncRNA、104种miRNA和133种mRNA的ceRNA调控网络。同时预测了黄体酮CTD 00006624等关键基因的药物分子。结论研究分析了IBD差异表达基因的生物学功能,并构建了1个与IBD相关的ceRNA调控网络,为IBD发病机制的研究提供了新方法和思路,以及为IBD的诊断和有效治疗提供潜在分子靶点。 展开更多
关键词 IBD 生物信息学分析 竞争性内源性RNA
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胰腺癌特异性差异表达lncRNA相关的ceRNA调控网络的构建 被引量：5
9
作者 何江洋 李奉喜 +1 位作者 黄垂国 牛跃平 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2018年第4期457-462,共6页
目的:构建胰腺癌特异性长链非编码RNA(lncRNA)相关的竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络。方法:从TCGA数据库下载178个胰腺癌及4个正常胰腺样本的RNA表达谱数据及相应的临床资料,对比分析差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA,基于lncRNA-miRNA... 目的:构建胰腺癌特异性长链非编码RNA(lncRNA)相关的竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络。方法:从TCGA数据库下载178个胰腺癌及4个正常胰腺样本的RNA表达谱数据及相应的临床资料,对比分析差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA,基于lncRNA-miRNA在线预测工具miRcode数据库以及miRNA靶基因预测数据库(miRDB、miRTar Base、Target Scan)筛选,构建差异表达lncRNA相关的ceRNA调控网络。针对网络中的关键lncRNA和相应的靶基因进行生存分析。结果:成功构建了胰腺癌特异性lncRNA相关的ceRNA调控网络,该网络包括12个lncRNA,5个miRNA,54个mRNA。KEGG信号通路和GO功能分析结果表明,靶基因主要富集在"TNF signaling pathway""Jak-STAT signaling pathway""Apoptosis multiple species""MAPK signaling pathway"等通路,与"cellular process""biological regulation""regulation of cellular process"等功能关系密切。生存分析结果表明,lncRNA MIR600HR、C9orf139、RP11-796E2.4、AC104809.2,以及靶基因CDHR1、CYFIP2、IL10RA、MAP3K1、SSH2、TSPAN1、VAMP1,与胰腺癌预后关系密切。结论:成功构建了胰腺癌特异性lncRNA相关的ceRNA调控网络,为胰腺癌的诊断、治疗和预后评估提供了潜在靶点。 展开更多
关键词 胰腺癌 cerna lncRNA 生物标志物
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类风湿关节炎铁死亡特征基因CeRNA网络构建及免疫表现 被引量：2
10
作者 夏天 李炳霖 +2 位作者 肖发源 郑恩泽 陈跃平 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2024年第16期2561-2567,共7页
背景:研究发现铁死亡相关基因在类风湿关节炎的发病机制中占据重要地位,但目前尚缺乏关于类风湿关节炎铁死亡特征基因的免疫表现及CeRNA互作网络的构建,而机器学习作为生物信息学中强大的特征基因选择算法能更精确地筛选出在类风湿关节... 背景:研究发现铁死亡相关基因在类风湿关节炎的发病机制中占据重要地位,但目前尚缺乏关于类风湿关节炎铁死亡特征基因的免疫表现及CeRNA互作网络的构建,而机器学习作为生物信息学中强大的特征基因选择算法能更精确地筛选出在类风湿关节炎发病机制中占主导地位的铁死亡特征基因。目的:利用生物信息学与机器学习方法筛选类风湿关节炎铁死亡特征基因,并分析铁死亡特征基因与免疫浸润的相关性及铁死亡特征基因CeRNA的网络构建。方法:从GEO数据库获取与类风湿关节炎相关的芯片,利用R语言提取铁死亡相关基因及其差异基因表达;使用机器学习方法对差异基因进行筛选,即运用LASSO回归与SVM-RFE方法进行特征基因筛选,对两者过滤后的基因进行再次交集,最终得到类风湿关节炎的特征基因,运用ROC曲线评估筛选后的疾病特征基因诊断疾病的准确性;利用CIBERSORT算法分析类风湿关节炎与正常滑膜组织的免疫浸润情况,并分析铁死亡特征基因与免疫细胞的相关性,最后构建类风湿关节炎铁死亡疾病特征基因的CeRNA网络并对疾病特征基因进行验证。结果与结论:①得到与类风湿关节炎相关铁死亡基因150个,其中55个上调基因,95个下调基因;②GO与KEGG富集分析分别得到18个GO显著相关条目与30个KEGG条目,主要涉及金属离子稳态、有铁离子稳态与氧化应激反应等;③机器学习分析最终获得疾病特征基因GABARAPL1、SAT1;④GSEA分析发现脂肪细胞因子信号通路、药物代谢细胞色素P450、脂肪酸代谢、PPAR信号通路、酪氨酸代谢主要集中在GABARAPL1高表达时,趋化因子信号通路、肠道免疫网络对IGA产生的影响主要集中在SAT1高表达时;⑤免疫浸润分析发现类风湿关节炎与9种免疫细胞与正常组织存在明显差异,其中浆细胞、T细胞CD8、T细胞滤泡辅助器在疾病组中为高表达状态,其余为低表达。单基因与免疫细胞相关性分析发现GABARAPL1在树突状静息细胞、激活的NK细胞、巨噬细胞M1等为正相关,其中与树突状静息细胞的相关性最为显著,SAT1与T细胞CD4与γδT细胞为正相关,与NK静息细胞为负相关;⑥GSVA分析发现抗坏血酸和醛酸代谢在SAT1表现为上调的基因高表达水平时候为上调,而B细胞受体信号通路、TOLL样受体信号通路、T细胞受体信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等表现为下调,PPAR信号通路、烟酸盐和烟酰胺的代谢、色氨酸代谢、脂肪酸代谢、类固醇生物合成等在GABARAPL1表现为下调趋势;⑦60种长链非编码RNA可能在导致类风湿关节炎发展过程中发挥关键作用。提示:类风湿关节炎的发生与类风湿关节炎铁死亡疾病特征基因的异常表达显著相关,特征基因通过影响相关信号通路诱导疾病的发生发展,并通过对类风湿关节炎相关长链非编码RNA介导的ceRNA网络进行分析,识别出潜在的治疗靶点及信号通路,为进一步阐明其发病机制,并为后续的实验研究提供参考依据。 展开更多
关键词 类风湿关节炎 生物信息学 机器学习 铁死亡 cerna网络构建
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海南人咀嚼槟榔引起的口腔鳞状细胞癌ceRNA网络分析 被引量：1
11
作者 朱乔 邵小钧 +1 位作者 甯超学 赵亚力 《现代肿瘤医学》 CAS 北大核心 2021年第4期573-579,共7页
目的:构建咀嚼槟榔引起的口腔鳞状细胞癌(OSCC)的ceRNA网络,探究其表达异常可能影响的调节通路改变。方法:对咀嚼槟榔的OSCC及癌旁组织进行miRNA测序和lncRNA微阵列分析,并建立了ceRNA网络。结果:lncRNA-miRNA-mRNA网络由308个lncRNA,41... 目的:构建咀嚼槟榔引起的口腔鳞状细胞癌(OSCC)的ceRNA网络,探究其表达异常可能影响的调节通路改变。方法:对咀嚼槟榔的OSCC及癌旁组织进行miRNA测序和lncRNA微阵列分析,并建立了ceRNA网络。结果:lncRNA-miRNA-mRNA网络由308个lncRNA,41个miRNA和115个mRNA组成。结论:GO和KEGG分析表明,ceRNA网络参与了MAPK、凋亡、p53和PI3K/Akt等不同的信号通路。 展开更多
关键词 槟榔 口腔鳞状细胞癌 cerna 海南
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广西麻鸡卵巢组织中差异lncRNA筛选及ceRNA网络构建 被引量：1
12
作者 张珂 张敏 +3 位作者 李添宝 张杰 卢晟盛 江明生 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期2739-2750,共12页
【目的】筛选广西麻鸡卵巢中差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、信使RNA(messenger RNA,mRNA)以及微RNA(microRNAs,miRNA),并进一步筛选出与鸡产蛋性状相关的lncRNA,为后期研究lncRNA对鸡产蛋性状的调控提供理论支... 【目的】筛选广西麻鸡卵巢中差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、信使RNA(messenger RNA,mRNA)以及微RNA(microRNAs,miRNA),并进一步筛选出与鸡产蛋性状相关的lncRNA,为后期研究lncRNA对鸡产蛋性状的调控提供理论支持。【方法】根据广西麻鸡从开产到41周龄的产蛋情况筛选出高产和低产的广西麻鸡各3只,并以其卵巢组织为材料,进行转录组测序,使用edgeR和DEseq2软件从测序得到的数据中筛选出差异表达的lncRNA、mRNA以及miRNA,利用miRanda软件和lncRNA的顺式作用分别预测miRNA和lncRNA的靶基因,对差异lncRNA的靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析后,利用Cytoscape(v 3.8.2)软件构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络图。利用实时荧光定量PCR验证转录组测序结果。【结果】本研究共获得广西麻鸡卵巢组织中438个差异表达的lncRNAs、18个差异表达的miRNAs以及301个差异表达的mRNAs。对上述差异表达的lncRNA的靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析后发现,其显著富集于激素分泌调节、中胚层形成、中胚层发育以及中胚层形态发生等与产蛋有关的生物过程,以及MARK、甘露糖O-聚糖的生物合成、卵母细胞减数分裂、孕激素介导的卵母细胞成熟以及促性腺激素释放激素等信号通路。通过GO功能和KEGG通路富集分析获得6个与产蛋性状相关的lncRNAs,分别是TCONS_00091814、TCONS_00051866、XR_006939520.1、XR_005839807.1、TCONS_00088588、TCONS_00037324。根据测序结果成功构建出包含9个miRNAs、60个lncRNAs和3个mRNAs的ceRNA网络图,且网络中所有的基因均在低、高产组中差异表达。所选差异表达基因实时荧光定量PCR结果与转录组测序的基因表达水平一致,说明转录组测序结果可靠。【结论】通过RNA测序技术从广西麻鸡卵巢中筛选到了一系列差异表达的lncRNA,并筛选出了6个可能与产蛋性状相关联的lncRNAs,为进一步提高鸡的产蛋性能提供了理论支持。 展开更多
关键词 广西麻鸡 lncRNA 差异表达 产蛋性状 cerna
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MALAT1对胶质瘤细胞增殖迁移的作用及其ceRNA机制研究 被引量：1
13
作者 赵志新 朱雪琴 +1 位作者 陈素云 胡小铭 《浙江创伤外科》 2018年第3期431-434,共4页
目的探讨lncRNA MALAT1在胶质瘤细胞增殖侵袭过程的作用及其与miRNA124和CREB的作用机制。方法培养C_6胶质瘤细胞,设计lncRNA MALAT1的siRNA序列和scramble序列,以50nM浓度干预C_6细胞48小时,并设定空白对照组,使用CCK8法检测各组细胞... 目的探讨lncRNA MALAT1在胶质瘤细胞增殖侵袭过程的作用及其与miRNA124和CREB的作用机制。方法培养C_6胶质瘤细胞,设计lncRNA MALAT1的siRNA序列和scramble序列,以50nM浓度干预C_6细胞48小时,并设定空白对照组,使用CCK8法检测各组细胞增殖活力;Transwell检测各组细胞侵袭力;QPCR实验检测各组lnc RNA-MALAT1、miRNA124、CREB基因的表达情况;Western Blot实验检测CREB蛋白的表达情况。结果与正常C_6细胞相比,MALAT1 siRNA干预后,C_6细胞活力减弱(P<0.05),侵袭力降低(P<0.05);MALAT1基因表达降低,miRNA124表达升高,同时CREB mRNA表达降低。Western Blot实验结果显示,各组细胞中CREB蛋白表达与mRNA表达一致。结论在胶质瘤细胞中,lnc-MALAT1发挥关键作用,其可通过调控miRNA124的表达,引起CREB基因转录和蛋白表达升高,从而促进C_6胶质瘤细胞增殖。 展开更多
关键词 胶质瘤 cerna MALAT1 miRNA124 CREB
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消化系统恶性肿瘤中ceRNA的研究进展 被引量：1
14
作者 曹金玉 张德元 刘繁荣 《临床与实验病理学杂志》 CSCD 北大核心 2017年第11期1238-1240,共3页
消化系统肿瘤是最常见的恶性肿瘤之一,其发生、发展机制尚不清楚是影响肿瘤治疗的重要原因。研究表明RNA在消化系统肿瘤的转录后调控机制中发挥重要的作用,lncRNA、mRNA、假基因转录物、环状RNA等各类RNA分子,仅需相同的miRNA应答元件,... 消化系统肿瘤是最常见的恶性肿瘤之一,其发生、发展机制尚不清楚是影响肿瘤治疗的重要原因。研究表明RNA在消化系统肿瘤的转录后调控机制中发挥重要的作用,lncRNA、mRNA、假基因转录物、环状RNA等各类RNA分子,仅需相同的miRNA应答元件,就可竞争性结合相同的miRNA调控靶基因,从而调节各自的表达。这些RNA分子互为竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)。该文着重探讨ceRNA假说及其在消化系统恶性肿瘤中的研究进展,并展望其研究前景。 展开更多
关键词 食管肿瘤 胃肿瘤 肝细胞肿瘤 结肠直肠肿瘤 竞争性内源性RNA cerna假说 文献综述
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LncRNA RSU1P2在宫颈癌肿瘤细胞中作为ceRNA拮抗let-7a促进肿瘤发生的影响研究 被引量：2
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作者 蒋琼 《河北医药》 CAS 2017年第20期3045-3050,共6页
目的观察lncRNA RSU1P2对宫颈癌肿瘤细胞的影响。方法在Caski、He La和C33A细胞中通过转染质粒使RSU1P2过表达,通过MTT试验和集落形成测定法检测RSU1P2对细胞活力的影响,用Transwell测定RSU1P2对细胞的转移和侵袭能力的影响,通过流式细... 目的观察lncRNA RSU1P2对宫颈癌肿瘤细胞的影响。方法在Caski、He La和C33A细胞中通过转染质粒使RSU1P2过表达,通过MTT试验和集落形成测定法检测RSU1P2对细胞活力的影响,用Transwell测定RSU1P2对细胞的转移和侵袭能力的影响,通过流式细胞仪测定RSU1P2对细胞周期和细胞凋亡的影响通过蛋白(质)印迹法(Western blot)检测EMT相关蛋白的变化,通过动物实验测定RSU1P2在体内对宫颈癌组织的影响等。结果在Hela和C33A等细胞中RSU1P2过表达后,细胞增殖能力、转移侵袭能力和VM均增强(P<0.05),细胞G1期与S期比例和细胞凋亡数减少(P<0.05)。与对照组相比,RSU1P2-A组裸鼠的平均体重和肿瘤体积的中分别提高了约110%(P<0.05)。结论 lncRNA RSU1P2在宫颈癌组织中通过调节let-7A与其靶基因的分配从而促进癌细胞的发生发展。 展开更多
关键词 长链非编码RNA 宫颈癌 cerna Let-7a
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联合TCGA和GEO数据库构建和分析胃癌中circRNA相关的ceRNA网络 被引量：4
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作者 李让 廖苑君 +4 位作者 孙胜南 蓝树金 赵小蕾 覃继恒 饶绍奇 《生命科学研究》 CAS CSCD 2020年第4期275-283,共9页
环状RNA (circular RNA, circRNA)是一类呈闭环状结构的竞争性内源RNA (competing endogenous RNA, ceRNA),其通过竞争性地吸附微RNA (microRNA, mi RNA)来调节基因表达。circRNA失调与癌细胞的增殖、分化和侵袭等密切相关。本研究基于... 环状RNA (circular RNA, circRNA)是一类呈闭环状结构的竞争性内源RNA (competing endogenous RNA, ceRNA),其通过竞争性地吸附微RNA (microRNA, mi RNA)来调节基因表达。circRNA失调与癌细胞的增殖、分化和侵袭等密切相关。本研究基于生物信息学分析和多数据库的联合应用,以ceRNA为切入点探析胃癌中circRNA潜在的致病机制,以期为胃癌提供潜在的临床诊疗靶点,并为胃癌的科学研究提供新思路。首先,通过挖掘胃癌差异表达的circRNA、mi RNA和m RNA构建circRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络;随后,利用网络拓扑属性分析确定核心的节点,并根据这些核心的节点从原始的ceRNA网络中提取子网;最后,对子网进行功能学分析和生存分析,分析网络行使的生物学功能并挖掘预后相关的基因。结果显示:共挖掘了6个核心节点(hsacirc0008468、hsacirc0005822、hsacirc0025842、hsa-miR-940、hsa-miR-944及hsa-miR-515-5p);从原始的ceRNA网络中提取了包含8对circRNA-miRNA和539个mi RNA-m RNA关系对的子网络。功能富集结果表明子网涉及癌症相关的多个生物学过程,包括代谢途径、cAMP信号通路、pathways in cancer信号通路等,生存分析发现子网中ACO2、E2F8、GHR、ITIH5等14基因与预后显著相关,这表明3个核心circRNA介导的ceRNA网络与胃癌的发生发展及预后密切相关。 展开更多
关键词 竞争性内源RNA(cerna) 胃癌 cerna网络 环状RNA(circRNA) 生物信息学分析
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膀胱癌ceRNA网络的构建和相关lncRNAs的筛选 被引量：1
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作者 田虹 陈颖 +1 位作者 唐力 顾昊 《中国科技论文在线精品论文》 2024年第2期213-223,共11页
目的:探讨膀胱癌差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)、微小RNA(microRNAs,miRNAs)和竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)之间的相互作用机制,筛选潜在的lncRNA生物标志物。方法:使用生物信息学方法对多... 目的:探讨膀胱癌差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)、微小RNA(microRNAs,miRNAs)和竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)之间的相互作用机制,筛选潜在的lncRNA生物标志物。方法:使用生物信息学方法对多种数据库进行数据挖掘,得到膀胱癌差异表达的lncRNAs、miRNAs和mRNAs,并构建lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络。为了分析ceRNA网络行使的生物学功能,对ceRNA网络中的mRNAs进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析并构建蛋白质相互作用(protein-protein interactions,PPI)网络。对ceRNA网络中的lncRNAs进行Kaplan-Meier生存曲线分析,筛选出与膀胱癌患者预后存在显著相关性的lncRNAs。结果:ceRNA网络中包括了17个lncRNAs、32个miRNAs和78个mRNAs。GO功能分析发现相关失调基因主要集中在蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶途径、酪氨酸激酶途径等方面。KEGG通路富集分析结果显示这些基因集中在MAPK信号途径、脂质和动脉粥样硬化通路等方面。PPI网络中可以看出核心蛋白质主要围绕在MAPK1、HSPA8和HNRNPD等方面。通过Kaplan-Meier生存曲线分析发现共有6个lncRNAs与膀胱癌患者预后存在显著相关性,分别为C3orf35、ZBTB20-AS1、LINC00112、ARHGAP5-AS1、ARAP1-AS2和CYB561D2。结论:不同的lncRNAs参与了膀胱癌的发病机制;构建的ceRNA调控网络有助于增加对膀胱癌发病分子机制的认识;筛选的lncRNAs为后续的实验研究提供了基础。 展开更多
关键词 肿瘤学 膀胱癌 cerna lncRNAs 生物标志物
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肝细胞癌铁死亡特征基因的ceRNA调控网络构建及分析
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作者 朱亚玲 方杉杉 +2 位作者 黎祎杰 徐先祥 刁勇 《华侨大学学报（自然科学版）》 CAS 2024年第6期746-755,共10页
通过构建肝细胞癌(HCC)铁死亡特征基因的ceRNA调控网络,探讨特征基因在HCC中的预后价值。筛选差异表达铁死亡相关基因(DE-FRGs),构建DE-FRGs的预后风险模型。采用生存分析、独立预后分析、ROC曲线及C指数分析评价模型的准确性。比较高... 通过构建肝细胞癌(HCC)铁死亡特征基因的ceRNA调控网络,探讨特征基因在HCC中的预后价值。筛选差异表达铁死亡相关基因(DE-FRGs),构建DE-FRGs的预后风险模型。采用生存分析、独立预后分析、ROC曲线及C指数分析评价模型的准确性。比较高、低风险组间免疫细胞浸润、肿瘤微环境及免疫治疗反应的差异。构建并分析铁死亡特征基因的ceRNA调控网络。结果表明:高风险组HCC患者总生存期和无进展生存期显著低于低风险组;风险评分和肿瘤分期为HCC患者的独立预后因素;与其他临床特征相比,预后风险模型具有更好的预测能力;高、低风险组HCC患者在免疫细胞浸润、肿瘤微环境及免疫治疗反应等方面的差异具有统计学意义;ceRNA调控网络中,SLC7A11的高表达与HCC患者预后不良密切相关。 展开更多
关键词 肝细胞癌 铁死亡 cerna 预后 免疫细胞浸润
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宫颈癌中免疫相关基因功能鉴定及ceRNA网络的构建
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作者 王辉 魏子萌 +1 位作者 臧林楠 赵旻 《武汉大学学报（医学版）》 CAS 2023年第2期185-191,共7页
目的:利用生物信息分析技术,寻找宫颈癌中参与调节免疫反应的竞争性内源RNA(ceRNA)调节通路,及鉴定宫颈癌免疫相关基因和信号通路。方法:从GEO数据库和ImmPort数据库分别获取宫颈癌基因表达芯片数据、宫颈癌miRNA表达芯片数据和免疫相... 目的:利用生物信息分析技术,寻找宫颈癌中参与调节免疫反应的竞争性内源RNA(ceRNA)调节通路,及鉴定宫颈癌免疫相关基因和信号通路。方法:从GEO数据库和ImmPort数据库分别获取宫颈癌基因表达芯片数据、宫颈癌miRNA表达芯片数据和免疫相关基因群,通过软件预测相关的miRNAs和lncRNAs,并构建ceRNAs网络。将筛选所得的免疫相关基因和miRNA,进行宫颈癌临床样本中的表达分析,同时进行不同病理分期各候选基因表达分析、总体生存期和无病生存期分析。结果:鉴定2个参与宫颈癌组织中的免疫调控作用ceRNA调控通路:CCDC18-AS1—miR-106b-3p—CXCR4和HCG18—miR-193b-3p—TLR2。在宫颈癌组织中,lncRNA CCDC18-AS1对应的CCDC18的表达显著高于对照组织,而lncRNA HCG18的表达显著低于对照组织(P<0.05);CXCL8和IL18基因的表达显著高于对照组织;而癌组织中TLR2/4的表达显著低于对照组织(P<0.05)。对宫颈癌不同病理分期组织分析发现,早期癌组织中CXCR4的表达高于进展期(P<0.05),而CXCR2的表达趋势则是在晚期癌组织中显著高于早期阶段(P<0.01)。对宫颈癌患者的生存率分析中发现,CXCL8高表达的宫颈癌组总体生存期显著低于低表达组(P<0.05);而高表达TLR2宫颈癌组的无病生存期显著高于低表达组(P<0.05)。miR-193b的高表达组总体生存期显著低于低表达患者组(P<0.05);CCDC18与CXCR4的表达存在相关性(P<0.05)。结论:lncRNAs可能作为关键的ceRNA,通过调控miRNA和相关靶基因,介导了宫颈癌病毒感染微环境及机体免疫反应之间的相互作用。 展开更多
关键词 宫颈癌 cerna lncRNAs MIRNA 免疫调控
原文传递
CTHRC1基因在胃癌中ceRNA调控网络构建及免疫相关性分析
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作者 李丹 胡仁旺 +1 位作者 闫一洋 兰奥峰 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2023年第10期1101-1111,共11页
目的构建CTHRC1基因在胃癌中的ceRNA调控网络,并进行免疫相关性分析。方法利用TCGA数据库,下载胃癌患者肿瘤组织和癌旁组织全基因组测序信息和临床信息,通过R软件分析CTHRC1基因的表达与患者预后的临床相关性,同时进行多数据库和PCR实... 目的构建CTHRC1基因在胃癌中的ceRNA调控网络,并进行免疫相关性分析。方法利用TCGA数据库,下载胃癌患者肿瘤组织和癌旁组织全基因组测序信息和临床信息,通过R软件分析CTHRC1基因的表达与患者预后的临床相关性,同时进行多数据库和PCR实验进行相互验证。通过starBase数据库寻找与CTHRC1基因结合的靶向miRNA、lncRNA,从而筛选出对患者总体生存率有影响的关键miRNA和lncRNA,并构建ceRNA调控网络。对CTHRC1基因的表达情况与免疫细胞的浸润量、肿瘤微环境、甲基化、肿瘤干细胞指数等多组学的相关性进行探讨。构建CTHRC1基因的PPI网络,并进行基因通路富集分析。结果胃癌患者肿瘤组织中CTHRC1基因表达量明显高于正常组织,高表达CTHRC1基因组患者总体生存时间明显短于低表达组。Cox回归分析发现CTHRC1基因表达量是影响胃癌患者总体生存时间的独立危险因素。共筛选到3个关键miRNA(hsa-let-7g-5p、hsa-let-7f-5p、hsa-miR-30b-5p)和3个关键lncRNA(MIR99AHG、CARMN、PWAR5),构建了3条ceRNA网络图。CTHRC1基因高低表达组的胃癌患者,免疫细胞浸润量明显不同,且CTHRC1基因表达与免疫检查点基因表达均呈正相关。PPI网络发现CTHRC1基因与DVL3、DVL1、DVL2、ROR2、WNT3A、FZD5、FZD6基因表达明显具有相关性,相关系数>0.9。多组学分析发现,CTHRC1基因表达与肿瘤干细胞指数、肿瘤微环境、甲基化程度均具有统计学意义上的相关性。富集分析发现CTHRC1基因在多条通路上高富集。结论MIR99AHG/CARMN-hsa-let-7g-5p-CTHRC1和PWAR5-hsa-miR-30b-5p-CTHRC1组成的3条ceRNA网络中的基因,可能是影响胃癌患者预后的关键基因,且与免疫细胞具有明显的相关性。 展开更多
关键词 胃癌 CTHRC1 免疫 cerna 预后
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