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Vector cleaner:一种新的去除测序目的基因载体序列的方法 被引量：2
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作者 赵汀 周宝良 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期9-14,共6页
Sanger测序法测序目的基因常包含有目的基因和载体序列,为了快速去除测序目的基因载体序列,提出了一种新的目的基因载体序列去除方法并开发了程序Vector cleaner。首先利用该程序批量读取引物信息和目的基因测序序列;其次,程序在所读取... Sanger测序法测序目的基因常包含有目的基因和载体序列,为了快速去除测序目的基因载体序列,提出了一种新的目的基因载体序列去除方法并开发了程序Vector cleaner。首先利用该程序批量读取引物信息和目的基因测序序列;其次,程序在所读取的引物序列上建立引物半长的滑动窗口来产生种子,通过计数种子与测序序列的匹配次数,定位引物位置和删除引物两侧的载体序列;最后,程序通过比较上游引物序列和其反向互补序列分别与测序序列匹配种子数,判断和转换正义链。使用Vector cleaner对12条GhVIN1基因测序序列进行去载体测试,并与Seqclean和SeqMan软件相比较。结果表明:Vector cleaner能有效去除棉花GhVIN1基因测序载体序列,识别并翻译反义链序列。与Seqclean和SeqMan软件相比较,Vector cleaner正确率高,敏感性强。Vector cleaner、SeqMan和Seqclean所测试序列的总序列数正确率分别为100%、100%和91.6%,总碱基正确率分别为99.90%、99.00%和94.33%。与同类软件比较,Vector cleaner更适合实验人员批量去除测序目的基因载体序列,具有准确率高、敏感性强、自动翻译反义链的特点。 展开更多
关键词 目的基因测序序列 载体序列去除 vector cleaner PERL语言
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基于改进支持向量机的石煤提钒行业清洁生产评价研究 被引量：4
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作者 李佳 张一敏 +2 位作者 刘振宇 包申旭 刘涛 《环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期1113-1120,共8页
采用遗传算法(GA)对支持向量机(SVM)进行改进,并将其应用于石煤提钒行业清洁生产评价.在系统研究石煤提钒工艺类型的基础上,根据前期已建立的石煤提钒行业清洁生产评价指标体系,提出GA改进SVM的应用思路,通过对3种工艺类型企业的现场数... 采用遗传算法(GA)对支持向量机(SVM)进行改进,并将其应用于石煤提钒行业清洁生产评价.在系统研究石煤提钒工艺类型的基础上,根据前期已建立的石煤提钒行业清洁生产评价指标体系,提出GA改进SVM的应用思路,通过对3种工艺类型企业的现场数据采集,形成训练和测试样本,并利用GA算法确定出各类参数(惩罚参数C和核函数参数g),分别为强酸浸工艺C=2.1049,g=5.2184;弱酸浸工艺C=0.0035286,g=1.9947;水浸工艺C=0.39587,g=1.4105.GA-SVM模型测试结果表明,分类精度达到100%.通过与其他评价方法对比表明,训练好的GA-SVM方法针对小样本数据在分类精度和可操作性上都较其他方法有明显优势,实现了对石煤提钒行业清洁生产水平的定量评价. 展开更多
关键词 石煤提钒 清洁生产 支持向量机 遗传算法 评价方法
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