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广东省自然保护区DCA排序与UPGMA聚类研究 被引量:10
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作者 贾小容 苏志尧 +1 位作者 陈北光 周毅 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期75-79,共5页
选取广东省已进行过深入调查的20个自然保护区为样本,以稀有濒危物种分布、维管植物数量、稀有濒危动植物的种数、保护区面积、年平均降雨量等属性数据作为变量,建立数据库,进行DCA排序和UPGMA聚类研究.DCA排序结果显示,各自然保护区在... 选取广东省已进行过深入调查的20个自然保护区为样本,以稀有濒危物种分布、维管植物数量、稀有濒危动植物的种数、保护区面积、年平均降雨量等属性数据作为变量,建立数据库,进行DCA排序和UPGMA聚类研究.DCA排序结果显示,各自然保护区在排序空间中基本上聚集在一起,表明它们的β多样性即样本间的梯度很低,具有很强的同质性.各个保护区的聚类结果基本上反映了省内生境的地带性分异.60种稀有濒危植物的聚类结果则反映出它们在各个保护区分布情况的相似程度,这就间接地表明了它们的分布与相关自然保护区生境条件的密切关系.本项研究的结果提示,在做好行政及管理协调的基础上,从自然保护的角度着眼,可把地理相近、梯度相差较少的保护区合并,组成更大面积的自然保护区.本项研究还表明,采用排序结合聚类的方法对于所选样本的分类是行之有效的. 展开更多
关键词 广东 自然保护区 DCA排序 upgma聚类 生境条件 稀有濒危物种
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基于UPGMA的恶意代码系统发生树构建方法
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作者 江志雄 王宝生 +2 位作者 孙志峰 唐勇 田朔玮 《信息安全与技术》 2015年第3期19-22 58,58,共5页
借鉴生物信息学中的物种系统发生树构建方法,提出了基于恶意代码函数调用图和非加权组平均法(UPGMA)的恶意代码系统发生树构建方法,并利用恶意代码函数调用图的相似性距离数据对本方法进行了实验。此方法能够为恶意代码的同源及演化特... 借鉴生物信息学中的物种系统发生树构建方法,提出了基于恶意代码函数调用图和非加权组平均法(UPGMA)的恶意代码系统发生树构建方法,并利用恶意代码函数调用图的相似性距离数据对本方法进行了实验。此方法能够为恶意代码的同源及演化特性分析研究与恶意代码的检测和防范提供有力的支撑和参考。 展开更多
关键词 恶意代码 函数调用图 upgma 系统发生树构建
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基于UPGMA的优化初始中心K-means算法研究 被引量:3
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作者 张锐 王义武 +3 位作者 朱啸龙 殷俊 韩晨 杨余旺 《计算机技术与发展》 2018年第2期50-53,58,共5页
为了弥补传统K-means算法聚类效果严重依赖于初始聚类中心这一不足,提出了OICC K-means算法。将不加权算术平均组对法(UPGMA)进行改进,通过该算法将密集区域的数据合并得到可以反映数据分布的若干数据点,再由最大最小距离算法从中选出... 为了弥补传统K-means算法聚类效果严重依赖于初始聚类中心这一不足,提出了OICC K-means算法。将不加权算术平均组对法(UPGMA)进行改进,通过该算法将密集区域的数据合并得到可以反映数据分布的若干数据点,再由最大最小距离算法从中选出彼此相距较远的点,作为传统K-means算法的初始聚类中心,从而使K-means算法有一个可以反映数据分布特征的输入。在典型数据集上进行的实验发现,相较于传统K-means算法,OICC K-means算法拥有更强的聚类能力,在准确率、召回率和F-测量值方面均有明显提高。在OICC K-means算法的前两个阶段(即UPGMA算法和最大最小距离算法)产生了较理想的初始聚类中心,这些中心点选自于数据密集的区域,因此避免了噪声数据、边缘数据带来的不良影响,使得K-means算法没有陷入局部最优解而达到了整体良好的聚类效果,同时聚类中心的个数在算法中自动确定而不需要手动设置。 展开更多
关键词 聚类 初始中心 不加权算术平均组对法 最大最小距离算法 K-MEANS算法
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濒危植物独花兰的形态变异及其适应意义 被引量:46
4
作者 孙海芹 李昂 +2 位作者 班玮 郑晓明 葛颂 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期376-386,共11页
采用ANOVA和UPGMA等方法对濒危植物独花兰(Changnieniaamoena)分布于庐山、新宁和神农架3个地点的12个自然居群的形态变异进行了研究,探讨其形态多样性水平和地理变异式样及其可能的适应机制。结果表明,庐山居群13个性状的平均观测值均... 采用ANOVA和UPGMA等方法对濒危植物独花兰(Changnieniaamoena)分布于庐山、新宁和神农架3个地点的12个自然居群的形态变异进行了研究,探讨其形态多样性水平和地理变异式样及其可能的适应机制。结果表明,庐山居群13个性状的平均观测值均高于新宁和神农架居群。在物种水平上各个性状存在较丰富的变异,变异系数(CV值)为0.02–0.30。尽管同一性状在不同居群中的变异程度较大,但总体而言,花部器官的变异性比营养器官低。单因素方差分析显示3个地区间多个形态性状存在极显著差异(P<0.01);UPGMA聚类分析也表明这3个地区分别形成明显不同的分支。值得注意的是,神农架地区龙门河和关门山两个地点间存在明显的形态分化,而这种形态分化是以传粉者为媒介自然选择的结果。相关性分析显示,营养器官之间、花部器官之间,以及营养器官与花部器官之间均存在较高的相关性。上述结果对进一步了解独花兰的适应机制以及制定科学的保护策略提供了有益的资料。 展开更多
关键词 形态变异 地理分化 单因素方差分析 upgma聚类分析 自然选择 濒危植物 独花兰 神农架地区 营养器官 自然居群
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基于SCoT标记的栽培栀子种质资源遗传多样性研究 被引量:17
5
作者 潘媛 陈大霞 +2 位作者 宋旭红 王钰 李隆云 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2018年第14期3376-3381,共6页
目的利用SCoT标记对47份栀子种质资源的亲缘关系及遗传多样性进行了研究。方法采用NTSYS version 2.1软件计算遗传相似性系数,利用UPGMA法构建聚类树状图。结果从36条引物中筛选出20条多态性丰富的引物对供试材料进行PCR扩增,共获得154... 目的利用SCoT标记对47份栀子种质资源的亲缘关系及遗传多样性进行了研究。方法采用NTSYS version 2.1软件计算遗传相似性系数,利用UPGMA法构建聚类树状图。结果从36条引物中筛选出20条多态性丰富的引物对供试材料进行PCR扩增,共获得154条谱带,其中多态性条带120条,多态性条带所占的比率(PPL)达78.14%,Nei-Li相似系数(GS)在0.655 8~0.980 5,平均值为0.784 1;聚类结果显示栀子遗传多样性丰富且亲缘关系复杂。结论研究表明SCoT标记技术可以很好地应用于栀子种质资源的遗传多样性分析,研究结果可为栀子育种、分类、保存和利用提供可靠的理论依据。 展开更多
关键词 SCoT 栀子 遗传多样性 PCR扩增 upgma
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部分柚类品种数值分类研究 被引量:26
6
作者 刘勇 孙中海 +2 位作者 刘德春 吴波 江东 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期35-40,共6页
利用NTSYS软件对柚类33个品种65个形态学性状进行了品种Q型聚类及其性状R型聚类,采用Mantel相关性检测优化出29个性状为核心性状。结果表明,29个性状对33个柚类品种的聚类,可分成6个组群;29个性状聚类也可分成6组。主成分分析,前9个主... 利用NTSYS软件对柚类33个品种65个形态学性状进行了品种Q型聚类及其性状R型聚类,采用Mantel相关性检测优化出29个性状为核心性状。结果表明,29个性状对33个柚类品种的聚类,可分成6个组群;29个性状聚类也可分成6组。主成分分析,前9个主成分累积贡献率达75%,根据前9个主成分与性状间的相关性,选出影响力较大18个性状,综合了柚类特有的果实因子、花器官因子、枝条因子、叶片因子,说明这些因子是柚类品种重要特征。试验结果将有利于今后更好地利用形态学指标评定柚类品种及根据分类结果更好地利用这些丰富育种材料的遗传背景。 展开更多
关键词 数值分类 性状指标筛选 upgma聚类分析
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菊花起源的RAPD分析 被引量:90
7
作者 戴思兰 陈俊愉 李文彬 《Acta Botanica Sinica》 SCIE CAS CSCD 1998年第11期1053-1059,共7页
利用RAPD分析技术,选取22个20个碱基长度的随机引物,对7种野生菊花、14种栽培菊花和5个种间杂种进行了随机扩增。通过实验建立了PCR随机扩增实验体系。在观察到的224个扩增条带中,34条(15%)表现多态性。利... 利用RAPD分析技术,选取22个20个碱基长度的随机引物,对7种野生菊花、14种栽培菊花和5个种间杂种进行了随机扩增。通过实验建立了PCR随机扩增实验体系。在观察到的224个扩增条带中,34条(15%)表现多态性。利用UPGMA法对扩增数据进行分析,结果表明:在7种野生种中,Dendranthemaindicum、D.vestitum和D.nankingense与栽培菊花亲缘关系最近,而D.zawadski与栽培菊花亲缘关系最远。前3种野菊与栽培菊花间的遗传距离小于0.40,而D.zawadski与栽培菊花间的遗传距离大于0.50。根据上述数据及以往研究结果,使用RAPD数据对菊花起源问题进行了探讨,提出栽培菊花主要起源于D.indicum、D.vestitum和D.nankingense. 展开更多
关键词 RAPD分析 upgma 菊花 起源
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利用SRAP标记分析河南小麦栽培品种的遗传多样性 被引量:34
8
作者 王凤涛 蔺瑞明 +1 位作者 欧阳宏雨 徐世昌 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期517-521,共5页
利用小麦SRAP标记对22个河南省小麦品种进行了遗传多样性分析,10对引物组合扩增获得169个条带,其中70个条带具有多态性,多态条带百分率为41.42%,每对引物平均产生7个多态性条带。22个供试材料的带型按照条带的有、无分别记录为1、0后,采... 利用小麦SRAP标记对22个河南省小麦品种进行了遗传多样性分析,10对引物组合扩增获得169个条带,其中70个条带具有多态性,多态条带百分率为41.42%,每对引物平均产生7个多态性条带。22个供试材料的带型按照条带的有、无分别记录为1、0后,采用Ne i 72方法计算不同品种的遗传距离,利用NTSYS软件进行非加权组法(UPGMA)聚类分析。结果表明SRAP标记技术能较真实地反映小麦品种间的亲缘关系,可以用于小麦品种遗传多样性研究。 展开更多
关键词 小麦 SRAP 正交设计 遗传多样性 upgma
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江西柑橘地方品种资源及野生近缘种SSR分子标记 被引量:21
9
作者 刘勇 吴波 +1 位作者 刘德春 孙中海 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期486-490,共5页
利用SSR分子标记方法研究了63个江西柑橘地方品种资源及野生近缘种的遗传多样性,用30对SSR引物,检测到374条等位基因,平均每对引物检测到等位基因3~28个,平均12.47个,平均信息量为0.805.用UPGMA方法可将63个试材划分为8个类群,聚类结... 利用SSR分子标记方法研究了63个江西柑橘地方品种资源及野生近缘种的遗传多样性,用30对SSR引物,检测到374条等位基因,平均每对引物检测到等位基因3~28个,平均12.47个,平均信息量为0.805.用UPGMA方法可将63个试材划分为8个类群,聚类结果可以推断出崇义野生橘可能是江西柑橘的始祖,井冈野生橙可能是橘类和橙类的杂交种. 展开更多
关键词 江西柑橘 种质资源 遗传多样性 SSR分子标记 upgma聚类分析
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39个樱花品种亲缘关系的ISSR分析 被引量:20
10
作者 林立 王志龙 +1 位作者 付涛 林乐静 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期297-304,共8页
樱花为世界著名的早春观赏花木之一,品种繁多、来源复杂,造成了樱花品种在分类、鉴定上的困难。为探讨ISSR分子标记方法在樱花品种分类上应用的可行性,对引自Et本的39个樱花品种进行ISSR亲缘关系分析。选用14条扩增带型清晰且重复性... 樱花为世界著名的早春观赏花木之一,品种繁多、来源复杂,造成了樱花品种在分类、鉴定上的困难。为探讨ISSR分子标记方法在樱花品种分类上应用的可行性,对引自Et本的39个樱花品种进行ISSR亲缘关系分析。选用14条扩增带型清晰且重复性好的引物共获得109条谱带,其中102条呈多态性,多态性比例(PPB)为93.58%,表明樱花品种遗传多样性较高。39个樱花品种的Nei’s遗传相似性系数介于0.493~0.942,平均值为0.727,表明品种问亲缘关系较近。根据Nei’s遗传相似性系数在0.697处,UPGMA聚类结果显示39个品种分为两个类群,在0.738处可进一步分为4个亚类群,聚类结果较好地支持了川崎哲也的樱花7组分类标准,也表明ISSR分子标记方法适用于樱花品种的分类。聚类结果还表明樱花的花序、花型和花色也可作为品种分类的重要指标。 展开更多
关键词 樱花 ISSR 亲缘关系 upgma
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白芨属种质资源的SRAP标记分析 被引量:17
11
作者 朱英 刘永翔 +3 位作者 黄永会 陶刚 杨琳 刘作易 《贵州农业科学》 CAS 北大核心 2012年第9期10-13,共4页
为验证相关序列扩增多态性(SRAP)技术研究中药资源多样性的可行性,并对白芨属的育种研究工作提供分子理论依据,采用SRAP技术对兰科植物白芨属(Bletilla Rchb.f.)种类的17份材料进行了遗传多样性分析。结果表明:从72个引物组合中筛选出1... 为验证相关序列扩增多态性(SRAP)技术研究中药资源多样性的可行性,并对白芨属的育种研究工作提供分子理论依据,采用SRAP技术对兰科植物白芨属(Bletilla Rchb.f.)种类的17份材料进行了遗传多样性分析。结果表明:从72个引物组合中筛选出18个多态性好的引物组合,经扩增共产生417个多态性条带;UPGMA聚类分析表明,17份材料可以分为3大类,供试材料间的遗传距离变幅为0.288 1~1.095 6,平均值为0.610 9。 展开更多
关键词 白芨属 兰科植物 遗传多样性 序列扩增多态性(SRAP)标记 upgma
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应用微卫星标记分析不同桔小实蝇种群的遗传多样性 被引量:11
12
作者 吴仲真 李红梅 +5 位作者 宾淑英 申建梅 贺华良 罗梅 马骏 林进添 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期149-156,共8页
为探究不同桔小实蝇Bactrocera dorsalis(Hendel)地理种群的遗传变异、入侵来源和扩散情况,利用13对引物对中国南方10省区、泰国、夏威夷、菲律宾和老挝的30个桔小实蝇种群共180个个体的遗传多样性水平进行了研究。Popgene32和NTSYS-p... 为探究不同桔小实蝇Bactrocera dorsalis(Hendel)地理种群的遗传变异、入侵来源和扩散情况,利用13对引物对中国南方10省区、泰国、夏威夷、菲律宾和老挝的30个桔小实蝇种群共180个个体的遗传多样性水平进行了研究。Popgene32和NTSYS-pc2.10e软件分析结果表明:30个不同桔小实蝇种群的遗传相似度在0.3599~0.9153范围内。种群的Nei氏基因多样性指数平均为0.6464±0.1026,Shannon信息指数I平均为1.2845±0.2632,提示桔小实蝇种群具有较丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析显示,福建地区和海南地区分别独立一支,广东地区和台湾地区种群聚成一支,而广西、泰国、湖南、云南、老挝、四川、重庆和贵州地区聚为一大支系。据此提出泰国种群和老挝种群是最早入侵我国的种群,云南地区是最早的入侵地,广西地区可能为又一较早入侵地。 展开更多
关键词 桔小实蝇 地理种群 遗传多样性 遗传距离 微卫星 upgma聚类分析
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盾叶薯蓣叶片形态多样性研究 被引量:24
13
作者 杭悦宇 黄春洪 +1 位作者 穆森 徐珞珊 《云南植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期398-404,共7页
盾叶薯蓣不同单株、同株不同部位叶片形态变异较大。利用数量分类和统计的方法 ,以 11个居群的 82个盾叶薯蓣单株为材料 ,对各居群叶片的 7个形态特征值进行了测量 ,并以此计算出 5个导出值。统计表明 ,各个特征值变异很大 ,相对标准误... 盾叶薯蓣不同单株、同株不同部位叶片形态变异较大。利用数量分类和统计的方法 ,以 11个居群的 82个盾叶薯蓣单株为材料 ,对各居群叶片的 7个形态特征值进行了测量 ,并以此计算出 5个导出值。统计表明 ,各个特征值变异很大 ,相对标准误差均超过了 0 2 ;UP GMA法将 82份单株聚为 3个大类群 ,第一组为长叶型 ,第二组为宽叶型 ,第三组为普通型 ,大部分叶片属于第三组。同株不同部位叶片形态差异比较结果表明 ,基部和中部叶片差异较大 ,而中部和上部叶片形状接近。同一单株不同部位叶斑纹和叶尖类型相同。 展开更多
关键词 盾叶薯蓣 叶片形态 upgma 薯蓣皂苷元含量
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20个黑麦草品系的SRAP遗传多样性分析 被引量:18
14
作者 李杰勤 王丽华 +3 位作者 詹秋文 朱奎 刘井良 李万祥 《草业学报》 CSCD 北大核心 2013年第2期158-164,共7页
利用SRAP分子标记技术对20个黑麦草品系的遗传多样性进行了分析。结果发现,53个引物组合共扩增出765条带,其中多态性带共597条,多态性比率为78.95%。平均每对引物扩增出的带数和多态性条带数分别为14.4和11.2条。各黑麦草品系间的遗传... 利用SRAP分子标记技术对20个黑麦草品系的遗传多样性进行了分析。结果发现,53个引物组合共扩增出765条带,其中多态性带共597条,多态性比率为78.95%。平均每对引物扩增出的带数和多态性条带数分别为14.4和11.2条。各黑麦草品系间的遗传相似系数在0.485~0.727,平均为0.627。从UPGMA聚类分析的结果来看,以阈值0.63可将这20个品系分为4类。2个多花黑麦草品系并不聚在一类,而是分散在18个多年生黑麦草品系中。另外,UPGMA聚类结果与这些品系的来源基本一致,这说明SRAP标记适用于黑麦草品系间的遗传多样性研究。 展开更多
关键词 黑麦草 SRAP 遗传多样性 upgma
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沙田柚系列遗传关系的RAPD标记研究 被引量:11
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作者 张太平 彭少麟 +2 位作者 凌定厚 李丹 甘廉生 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2001年第3期247-251,共5页
采用 RAPD标记技术分析了沙田柚系列 1 2个样品的遗传关系。利用经筛选具多态性的 1 4个 1 0碱基随机引物对 1 2个样品进行 DNA随机扩增 ,获得清晰可重复的位点 99个 ,其中多态性位点 5 8个 ,占 5 8.89% ;在部分样品中检出了特异性 RAP... 采用 RAPD标记技术分析了沙田柚系列 1 2个样品的遗传关系。利用经筛选具多态性的 1 4个 1 0碱基随机引物对 1 2个样品进行 DNA随机扩增 ,获得清晰可重复的位点 99个 ,其中多态性位点 5 8个 ,占 5 8.89% ;在部分样品中检出了特异性 RAPD标记 1 9个 ,占 1 9.1 9% ;通过样品间遗传相似性系数比较与 UPGMA聚类分析 ,并根据历史事实可知 ,广西沙田柚、梅州金柚为沙田柚的无性繁殖系 ,软枝系沙田柚、沙田柚早熟单株为沙田柚的芽变后代 ,梅花早柚、菊花心沙田柚、冬瓜圈沙田柚、段氏柚、垫江沙田柚、古老钱沙田柚为沙田柚的实生变异品系。 展开更多
关键词 沙田柚系列 RAPD标记 遗传相似性 upgma聚类分析
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柚类品种遗传相互关系的RAPD标记研究 被引量:23
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作者 张太平 彭少麟 +2 位作者 王峥峰 凌定厚 甘廉生 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第4期322-328,共7页
利用22个经筛选在样品间具多态性的10碱基随机引物,对柚[Citrusmaxima(Burm.)Merr.] 的主要品种及柚的一个野生近缘种云南红河橙(C.hongheensisY.M.etal.)、一个栽培近缘种葡萄柚(C.×paradisiMacfad) 共79个样品的总DNA进行PCR扩... 利用22个经筛选在样品间具多态性的10碱基随机引物,对柚[Citrusmaxima(Burm.)Merr.] 的主要品种及柚的一个野生近缘种云南红河橙(C.hongheensisY.M.etal.)、一个栽培近缘种葡萄柚(C.×paradisiMacfad) 共79个样品的总DNA进行PCR扩增。在样品间共产生164条RAPD标记带,其中多态性带134条,多态性百分率为81.71%;以NTSYS-pc(Version1.80)软件计算样品间的Jaccard遗传相似系数,并进行UPGMA聚类分析。结果表明野生近缘种云南红河橙及栽培近缘种葡萄柚与柚三个种种内聚合良好,种间分异明显,为柚分类上的地位奠定了遗传学基础。特异性RAPD分子标记的研究为柚类品种的鉴定提供了重要指标。 展开更多
关键词 遗传分化 RAPD分子标记 upgma聚类分析 品种
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滇杨优树遗传多样性的AFLP分析 被引量:11
17
作者 纵丹 员涛 +4 位作者 周安佩 刘东玉 郑元 段安安 何承忠 《西北林学院学报》 CSCD 北大核心 2014年第4期103-108,213,共7页
以收集于云南和四川的52株滇杨优树为试验材料,并以1株大叶杨、1株北京杨和2株黑杨做类外对照,采用AFLP分子标记技术进行基因组DNA水平检测。结果表明,筛选出的8对EcoRⅠ+3/MseⅠ+3引物组合对52株滇杨优树共扩增出264条带,其中多态性条... 以收集于云南和四川的52株滇杨优树为试验材料,并以1株大叶杨、1株北京杨和2株黑杨做类外对照,采用AFLP分子标记技术进行基因组DNA水平检测。结果表明,筛选出的8对EcoRⅠ+3/MseⅠ+3引物组合对52株滇杨优树共扩增出264条带,其中多态性条带174条,多态带百分率为64.52%,检测到有效等位基因数(Ne)为1.184,基因多样度(H)为0.121,Shannon信息指数为0.201,平均遗传相似系数为0.877;对56份杨树样本共扩增出325条带,其中多态性条带共247条,多态带百分率为75.21%,检测出有效等位基因数(Ne)为1.185,基因多样度(H)为0.122,Shannon信息指数为0.209,平均遗传相似系数为0.876。UPGMA聚类分析结果显示,除滇杨优树QXB007与QXJ030外,其余杨树分析样本均能够被鉴别。基于采集地和遗传相似系数的模糊聚类分析表明,52株滇杨优树除开远采集地外,丽江采集地样本与其他采集地样本之间均有交集,说明丽江可能是滇杨的分布中心和起源中心。该研究结果为滇杨人工选择育种、遗传改良、种质资源收集与保存等提供了理论依据。 展开更多
关键词 滇杨优树 AFLP 遗传多态性 遗传相似系数 upgma聚类分析
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基于IRAP技术的磨盘柿变异单株鉴定 被引量:8
18
作者 杜晓云 张青林 +4 位作者 李宝 冷平 张明德 黄建民 罗正荣 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期257-262,共6页
以已知亲子关系的柿品种、柿近缘种和磨盘柿标准品种为对照,对采自北京市房山区磨盘柿产区的部分变异单株进行了IRAP分析。结果表明,19条逆转座子引物中的4个(rtdk13-f5,rtdk16-r10,rtdk4-p3和rtdk2-p6)可将供试11份变异单株完全区分;... 以已知亲子关系的柿品种、柿近缘种和磨盘柿标准品种为对照,对采自北京市房山区磨盘柿产区的部分变异单株进行了IRAP分析。结果表明,19条逆转座子引物中的4个(rtdk13-f5,rtdk16-r10,rtdk4-p3和rtdk2-p6)可将供试11份变异单株完全区分;供试变异单株间的相似系数在0.90~0.98(平均0.94),与磨盘柿标准品种的相似系数为0.91,大于种间和品种间相似系数,与芽变类型及其母株间的相似系数接近;聚类分析结果表明,变异单株与磨盘柿标准品种紧密相聚,分支模式与种间及品种间明显有别。因此,供试11份变异单株已发生部分遗传物质改变,且可能为磨盘柿芽变。IRAP可区分遗传背景高度相似的种质间的微小变异,可望在果树芽变鉴定中应用。 展开更多
关键词 品种鉴定 亲缘关系 芽变 逆转座子分子标记 upgma
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基于SSR标记的荷花品种遗传多样性及群体结构分析 被引量:9
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作者 杜凤凤 刘晓静 +3 位作者 常雅军 李乃伟 李丕睿 姚东瑞 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期9-16,共8页
采用SSR标记技术对42个荷花品种(Nelumbo spp.)的基因组DNA进行扩增,在此基础上,对供试品种进行UPGMA聚类分析、群体结构分析和主坐标分析(PCo A)。结果表明:采用17对SSR引物从42个荷花品种的基因组DNA中扩增出77个位点,多态性位... 采用SSR标记技术对42个荷花品种(Nelumbo spp.)的基因组DNA进行扩增,在此基础上,对供试品种进行UPGMA聚类分析、群体结构分析和主坐标分析(PCo A)。结果表明:采用17对SSR引物从42个荷花品种的基因组DNA中扩增出77个位点,多态性位点百分率为88.31%;每对引物可扩增出1~9个多态性位点。根据Nei’s遗传距离,供试的42个荷花品种可被分成Ⅰ和Ⅱ两组,分别包含3和39个品种;在Nei’s遗传距离0.150处,Ⅱ组被进一步分成Ⅱa、Ⅱb和Ⅱc 3个亚组,分别包含3、16和20个品种。群体结构分析结果表明:组分概率高于等于0.80时,供试的42个荷花品种被分成Pop1、Pop2和混合群3个亚群,分别包含17、16和9个品种。PCo A分析结果表明:在F1水平上,供试的42个荷花品种被分成2个部分;其中,Pop1亚群的品种均分布在第二和第三象限,而Pop2亚群的品种则分布在第一和第四象限。总体来看,聚类分析、群体结构分析和PCo A分析的结果基本一致。综合分析结果表明:Ⅰ组包含美洲黄莲(N.lutea Pers.)品种‘艾江南’,且与传统中国莲(N.nucifera Gaertn.)品种的亲缘关系最远,故认为该组为美洲黄莲;Ⅱ组为中国莲,其中,Ⅱc亚组以传统中国莲品种为主,而Ⅱb亚组则偏重于美洲黄莲。总体上看,供试的42个荷花品种主要被分为中国莲和美洲黄莲两组,而中美杂交莲并没有独立成组,其成因有待进一步研究。 展开更多
关键词 荷花品种 SSR标记 遗传多样性 upgma聚类分析 群体结构分析 主坐标分析(PCo A)
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四川主栽茶品种亲缘关系的RAPD分析 被引量:9
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作者 王雪萍 马炳田 +4 位作者 齐桂年 田鸿 方倡友 张泽岑 尹旭敏 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期242-244,共3页
利用RAPD标记对四川主要产茶区具代表性的36份茶树栽培品种的亲缘关系进行分析。从50条引物中筛选出扩增效果良好的16条,共扩增出167条谱带,其中,多态性带为158条(占94.61%),遗传距离的变异范围在0.149-0.679之间。UPGMA聚类... 利用RAPD标记对四川主要产茶区具代表性的36份茶树栽培品种的亲缘关系进行分析。从50条引物中筛选出扩增效果良好的16条,共扩增出167条谱带,其中,多态性带为158条(占94.61%),遗传距离的变异范围在0.149-0.679之间。UPGMA聚类结果将36份茶树栽培品种分为3个复合组和2个独立组,聚类结果与茶树品种的来源有关。 展开更多
关键词 茶树 RAPD 亲缘关系 upgma
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