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基于叶绿体DNAtrnT-trnF序列研究祁连圆柏的谱系地理学 被引量:15
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作者 张茜 杨瑞 +1 位作者 王钦 刘建全 《植物分类学报》 CSCD 北大核心 2005年第6期503-512,共10页
由于青藏高原的地貌效应,第四纪冰期气候的反复变化应对现今该地区生物的地理分布及其居群遗传结构产生重大影响。本文对这一地区特有分布物种祁连圆柏JuniperusprzewalskiiKom.整个分布区内20居群392个个体的trnT-trnF序列变化进行了研... 由于青藏高原的地貌效应,第四纪冰期气候的反复变化应对现今该地区生物的地理分布及其居群遗传结构产生重大影响。本文对这一地区特有分布物种祁连圆柏JuniperusprzewalskiiKom.整个分布区内20居群392个个体的trnT-trnF序列变化进行了研究;共发现3种单倍型(haplotype),构成两种地理区域:高原台面上的居群主要固定HapA,而HapA、HapB和HapC在高原边缘居群均有分布。所有居群总的遗传多样性HT=0.511,GST=0.847。在低海拔的高原边缘,HapA、HapB和HapC高频率固定在不同的居群中,表明可能存在多个不同的避难所,居群反复缩小和扩张的瓶颈效应造成了遗传多样性的丢失。而边缘的一个居群含有两种相似单倍型频率则可能是冰期后迁移融合而成或者该居群在冰期经受的瓶颈作用更弱。高原台面东部间断分布的居群只固定HapA,表明它们可能经历了冰期后共同的回迁过程和由此产生的奠基者效应。我们的研究结果表明祁连圆柏在冰期可能存在多个避难所,瓶颈效应和奠基者效应造成了这些居群现在的遗传多样性分布式样。 展开更多
关键词 青藏高原 祁连圆柏 叶绿体DNA trnt-trnF序列 谱系地理学 瓶颈效应 奠基者效应
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根据cpDNA trnT-trnF序列变异分析中国互花米草种群的遗传结构 被引量:7
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作者 吴娟子 王强 +1 位作者 钟小仙 陈建群 《草业学报》 CSCD 北大核心 2012年第4期134-140,共7页
采用直接测序法,测定了中国沿海互花米草8个种群80个样本的叶绿体trnT-trnF序列。结果显示,2个单碱基的插入/缺失将80个序列分为3种单倍型,3种单倍型在美国东海岸均有分布,且属于美国分布最广泛的C单倍型;中国种群的单倍型多样性Hd为0.3... 采用直接测序法,测定了中国沿海互花米草8个种群80个样本的叶绿体trnT-trnF序列。结果显示,2个单碱基的插入/缺失将80个序列分为3种单倍型,3种单倍型在美国东海岸均有分布,且属于美国分布最广泛的C单倍型;中国种群的单倍型多样性Hd为0.379,远低于美国原产地;种群间基因分化系数Gst为0.103、固定指数Fst为0.092;AMOVA分析揭示种群间仅有9%的遗传差异。研究结果表明,中国互花米草种群受瓶颈效应影响明显,种群间遗传变异较低,种群内多样性相对较高。 展开更多
关键词 互花米草 CPDNA trnt-trnF 单倍型 遗传结构
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基于核糖体DNA的ITS序列和叶绿体trnT-trnL及trnL-trnF基因间区的菊花起源与中国菊属植物分子系统学研究(英文) 被引量:7
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作者 赵惠恩 汪小全 +1 位作者 陈俊愉 洪德元 《分子植物育种》 CAS CSCD 2003年第5期597-604,共8页
Several sequences were applied to resolve phylogenetic relationships within Dendranthema and clarify the origin of garden chrysanthemums including sequences of nrDNA ITS, trnT-trnL and trnL-trnF intergenic spacer regi... Several sequences were applied to resolve phylogenetic relationships within Dendranthema and clarify the origin of garden chrysanthemums including sequences of nrDNA ITS, trnT-trnL and trnL-trnF intergenic spacer regions in cpDNA. The relationships among the species are so close that the three sequences could only provide limited information. From the evidence presented, we suggest that: ① D.rhmobifolium be the chloroplast donor of D.vestitum (HN) with the resembling morphology and the same trnT/L IGS sequence. ② D.vestitum, a putative ancestor, may be not the chloroplast donor of garden chrysanthemums. D.lavand-ulifolium might be the chloroplast donor of the type population of D.indicum (HN) or the direct chloroplast donor of the ancient garden chrysanthemum cultivar. ③ D.zawaskii might be not the ancestor of garden chrysanthemums. 展开更多
关键词 核糖体DNA ITS序列 叶绿体 trnt-trnL基因 trnL—trnF基因 菊花 中国菊属植物 分子系统学
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羌活不同地理种群cpDNA trnT-trnL多态性分析 被引量:4
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作者 杨路存 刘何春 +2 位作者 周学丽 徐文华 周国英 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2015年第22期3390-3395,共6页
目的对245份不同产地羌活Notopterygium incisum样品的遗传多样性和遗传结构进行研究。方法采用叶绿体cpDNA trnT-trnL直接测序的方法和邻接法(NJ)对245份羌活样品进行遗传多样性和遗传结构分析。结果物种水平上单倍型多样性(Hd)指... 目的对245份不同产地羌活Notopterygium incisum样品的遗传多样性和遗传结构进行研究。方法采用叶绿体cpDNA trnT-trnL直接测序的方法和邻接法(NJ)对245份羌活样品进行遗传多样性和遗传结构分析。结果物种水平上单倍型多样性(Hd)指数为0.873,核苷酸多样性(Pi)指数为0.004 07;种群水平上Hd介于0~0.900,Pi指数介于0~0.054 4,与同属的宽叶羌活Notopterygium franchetii相比,遗传多样性水平居中;分子方差分析表明,羌活大部分遗传变异(77.55%)发生在居群间,居群间的基因流(Nm=0.145)较低,群体间变异是羌活的主要变异来源;NJ树表明,受试的31个野生种群可分为2大类群。结论羌活的遗传多样性处于中等水平,居群间遗传分化较大。 展开更多
关键词 羌活 CPDNA trnt-trnL 遗传多样性 遗传结构 种群
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基于叶绿体基因trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的甘薯种质遗传多样性分析 被引量:7
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作者 王崇 焦春海 +5 位作者 杨新笋 张文英 雷剑 柴沙沙 王连军 田小海 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1536-1544,共9页
【目的】利用叶绿体基因组(cpDNA)的间隔区序列(trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL)对甘薯种质进行遗传多样性分析,为其种质保护及开发利用提供理论依据。【方法】以从我国12个省份收集的52份甘薯种质为材料,从10个cpDNA间隔区序列的引... 【目的】利用叶绿体基因组(cpDNA)的间隔区序列(trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL)对甘薯种质进行遗传多样性分析,为其种质保护及开发利用提供理论依据。【方法】以从我国12个省份收集的52份甘薯种质为材料,从10个cpDNA间隔区序列的引物中筛选出能扩增单一、清晰明亮且稳定的序列引物,利用其PCR扩增筛选出间隔区序列,并进行测序及序列拼接。利用DnaSP 5.0进行序列特征分析,采用MEGA X计算52份甘薯种质材料的遗传距离,并构建系统发育进化树。【结果】筛选获得7对扩增结果较理想的引物,其PCR扩增产物经测序分析,共获得3个有效标记(trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL)。三者的拼接序列长度为2239 bp,共有7个变异位点,2个单一突变位点,5个简约信息位点,11个插入/缺失位点。在52份甘薯种质材料中,trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的变异位点数量(Vs)分别为1、1和5个,单倍型数目(H)分别为2、4和5个,拼接序列的单倍型数目为10个;核苷酸多样性(π)和单倍型多样性(Hd)最高的序列分别为trnT-trnL(π=0.00052)和trnH-psbA(Hd=0.535)。trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的Tajima’s D、Fu and Li’s D*和Fu and Li’s F*均无显著差异(P>0.05),符合中性进化模式。基于拼接序列构建的系统发育进化树显示,52份甘薯种质材料的遗传距离为0~1.1848,平均遗传距离0.1018,其分为五大类,其中第Ⅰ类~Ⅳ类仅含有少量种质,其余41份种质归为第Ⅴ类。【结论】52份甘薯种质材料的遗传变异较为丰富,但种质材料间的遗传多样性低,与cpDNA特性和甘薯遗传背景狭窄有关。基于trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL的拼接序列更能准确分析甘薯种质的遗传多样性,且有效划分不同类群,为甘薯集团育种提供候选材料。 展开更多
关键词 甘薯 叶绿体基因组(cpDNA) TRNL-TRNF TRNH-PSBA trnt-trnL 遗传多样性 系统发育进化树
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TRNT1基因突变致SIFD 2例临床特征分析及文献复习
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作者 陈香元 符芳 +4 位作者 莫小兰 李茹 张松 程苏云 曾华松 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期823-827,共5页
目的分析2例父母无亲缘关系的同胞TRNT1基因突变致铁粒幼细胞贫血、B细胞免疫缺陷、周期性发热和发育迟缓(SIFD)的临床特征及基因表型,为临床医师对SIFD的认识提供参考。方法收集广州市妇女儿童医疗中心过敏免疫风湿科确诊的2例姐弟SIF... 目的分析2例父母无亲缘关系的同胞TRNT1基因突变致铁粒幼细胞贫血、B细胞免疫缺陷、周期性发热和发育迟缓(SIFD)的临床特征及基因表型,为临床医师对SIFD的认识提供参考。方法收集广州市妇女儿童医疗中心过敏免疫风湿科确诊的2例姐弟SIFD患儿的临床资料,抽取患儿及其父母外周血进行全基因组测序分析。检索PubMed、中国知网及万方数据库,总结55例患者的临床特征及基因分析结果。结果先证者,女,15岁,自生后8个月起出现反复发热、炎性标志物升高;1岁以后渐出现右膝关节肿痛继发屈曲畸形、双眼白内障并失明,发育迟缓,生长停滞,至今不会说话,不能行走,无月经来潮。先证者同胞弟弟,男,7岁,生后3个月左右体检发现低免疫球蛋白血症,B细胞计数正常;4个月起出现腹泻,8个月左右因发热、支气管肺炎、腹泻住院,此后易反复发热、腹泻;生后19个月时出现双膝关节炎,2岁出现双眼白内障,复查免疫球蛋白A低于正常,B淋巴细胞计数正常,自27个月起不定期输注免疫球蛋白,关节肿痛渐有好转,发热次数减少;发育迟缓,生长停滞,能说简单的3~7字的短句,发音欠清晰,能理解并执行父母的命令;能独走,稳定性欠佳。对患儿及其父母外周血进行全基因组测序发现,两例患儿均携带TNRT1基因c.1056+1G>A及c.1246A>G(p.K416E)复合杂合突变。文献共报道病例55例,男21例,女30例,另4例文献中未提及性别;临床表现为反复发热、不同程度的铁粒幼细胞贫血和免疫学异常、关节炎、发育迟缓、听力异常、白内障、反复感染、皮疹等;静脉输注免疫球蛋白、肿瘤坏死因子-α拮抗剂、造血干细胞移植及积极的对症处理可改善预后。结论TRNT1基因突变致SIFD为常染色体隐性遗传性疾病,其临床表现多样;临床诊断依据为基因检测,明确TRNT1基因致病性突变;临床医师应提高对该病的认识,早期诊断及干预治疗可提高患儿的生活质量。 展开更多
关键词 SIFD 基因 trnt1 免疫缺陷综合征 白内障 发育障碍
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一例TRNT1基因复合杂合新变异导致儿童SIFD综合征 被引量:1
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作者 王娟娟 何孝亮 +6 位作者 陈登环 杭守伟 高雨彤 李旭 胡克非 白传卿 陈雨青 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2021年第10期977-980,共4页
目的对1例铁粒幼红细胞性贫血伴B细胞免疫缺乏、周期性发烧和发育迟缓患儿进行TRNT1基因变异分析,明确其可能的遗传学病因。方法应用外显子组检测对患儿及父母进行基因分析,对与临床表型相关的可疑变异位点进行Sanger验证及相关生物信... 目的对1例铁粒幼红细胞性贫血伴B细胞免疫缺乏、周期性发烧和发育迟缓患儿进行TRNT1基因变异分析,明确其可能的遗传学病因。方法应用外显子组检测对患儿及父母进行基因分析,对与临床表型相关的可疑变异位点进行Sanger验证及相关生物信息学预测分析其生物危害性,并通过同源结构预测变异危害性。结果基因检测结果显示患儿TRNT1基因存在c.88A>G(p.Met30Val)和c.363G>T(p.Glu121Asp)复合杂合变异,经Sanger测序验证父亲携带c.88A>G(p.Met30Val)杂合变异,母亲携带c.363G>T(p.Glu121Asp)杂合变异。检索PubMed等数据库两个变异均未见报道。通过对p.Glu121Asp蛋白结构预测分析变异可能会影响TRNT1蛋白与tRNA的结合稳定性。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,TRNT1基因c.88A>G和c.363G>T变异分别判定为意义不明确(PM2+PP3+PP4)和可能致病性变异(PM1+PM2+PP3+PP4)。结论TRNT1基因c.88A>G(p.Met30Val)和c.363G>T(p.Glu121Asp)复合杂合变异可能为该患儿发病原因,新变异的检出拓展了TRNT1基因的变异谱。 展开更多
关键词 SIFD综合征 铁粒幼红细胞性贫血 trnt1基因 新变异
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Novel biallelic TRNT1 mutations lead to atypical SIFD and multiple immune defects 被引量:3
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作者 Lu Yang Xiuhong Xue +6 位作者 Ting Zeng Xuemei Chen Qin Zhao Xuemei Tang Jun Yang Yunfei An Xiaodong Zhao 《Genes & Diseases》 SCIE 2020年第1期128-137,共10页
Mutations in the gene encoding transfer RNA(tRNA)nucleotidyltransferase,CCAadding 1(TRNT1),an enzyme essential for the synthesis of the 30-terminal CCA sequence in tRNA molecules,are associated with a rare syndrome of... Mutations in the gene encoding transfer RNA(tRNA)nucleotidyltransferase,CCAadding 1(TRNT1),an enzyme essential for the synthesis of the 30-terminal CCA sequence in tRNA molecules,are associated with a rare syndrome of congenital sideroblastic anemia,B cell immunodeficiency,periodic fevers,and developmental delay(SIFD).Clinical manifestations and immunological phenotypes were assessed in a Chinese patient with novel compound heterozygous mutations in TRNT1.The patient required multiple hospitalizations starting at the age of 2 years for recurrent fevers without an infective cause.During the febrile episode,the patient was found to have microcytic hypochromic anemia,B cell lymphopenia,and hypogammaglobulinemia.Targeted gene sequencing identified novel compound heterozygous mutations in the TRNT1 gene(c.525delT,p.Leu176X;c.938T>C,p.Leu313Ser).Immunophenotyping revealed increased CD8^+T cells,CD4^+ terminally differentiated effector memory helper T lymphocytes(CD4 TEMRA),and CD4^+ effector memory lymphocytes(CD4 EM).Analysis of CD4^+T subsets identified decreased T follicular helper cells(Tfh)with a biased phenotype to Th2-like cells.The patient also showed a lower percentage of switched memory B(smB)cells.Additionally,defects in the cytotoxicity of the patient’s NK andγτT cells were shown by CD107alpha expression.In conclusion,TRNT1 mutations may lead to multiple immune abnormality especially humoral and cytotoxicity defects,which indicate that SIFD is not only suffered‘Predominantly antibody deficiencies’in IUIS classification system,and further studies are needed to understand the pathogenesis of immunodeficiency in these patients. 展开更多
关键词 Mild phenotype Multiple immune defects Novel mutations SIFD trnt1
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不含花序的禾本科植物样品的鉴定 被引量:2
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作者 张红侠 纪燕玲 +3 位作者 陆涛 王永 刘宝虎 王志伟 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期60-67,共8页
2011年9月,从内蒙古科尔沁地区采集长有真菌子座、却不长花序的禾本科植物26株。提取植物基因组DNA,合成引物扩增植物叶绿体DNA中的trnT-trnL基因间间隔序列。结果表明:内蒙古带子座植物样品与羊草的目的片段长度均为740 bp,仅4个碱基... 2011年9月,从内蒙古科尔沁地区采集长有真菌子座、却不长花序的禾本科植物26株。提取植物基因组DNA,合成引物扩增植物叶绿体DNA中的trnT-trnL基因间间隔序列。结果表明:内蒙古带子座植物样品与羊草的目的片段长度均为740 bp,仅4个碱基的差异;而新麦草属的Psathyrostachys fragilis目的片段长度为1 750 bp,与带子座样品及羊草的碱基差异较大。系统发育树分析表明带子座植物样品与羊草聚为一支,自展值95%。利用组织透明法观察植物的叶表皮微形态,内蒙古带子座植物样品同样与羊草叶表皮微形态一致。结合植物学形态特征、trnT-trnL基因片段分析及叶表皮微形态,内蒙古带子座禾本科植物被鉴定为羊草(Leymus chinensis Trin.)。野外条件下,具有宿主特异性的内生真菌能在羊草植株上形成子座,国际上还未见相关报道,也显示羊草植株的特异性。 展开更多
关键词 羊草 鉴定 子座 trnt-trnL 组织透明
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基于cpDNA和ITS序列对庭藤复合群的居群遗传学研究 被引量:1
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作者 彭春巧 赵雪利 高信芬 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期425-437,共13页
采用2个叶绿体基因组片段(ndh J-trn F和trn D-trn T)和核基因组ITS序列对分布于中国东部和相邻地区的庭藤复合群(Indigofera decora complex)的24个居群进行分析,探讨该复合群的遗传多样性、单倍型分布、遗传结构和居群历史动态。cp DN... 采用2个叶绿体基因组片段(ndh J-trn F和trn D-trn T)和核基因组ITS序列对分布于中国东部和相邻地区的庭藤复合群(Indigofera decora complex)的24个居群进行分析,探讨该复合群的遗传多样性、单倍型分布、遗传结构和居群历史动态。cp DNA和ITS序列分析表明,庭藤复合群的单倍型多样性较高,而总体遗传多样性偏低(cp DNA片段:Hd=0.778,π=0.00123;ITS:Hd=0.909,π=0.01290);皖浙地区居群的遗传多样性相对较高,推测其可能是该复合群遗传多样性的分布中心。遗传变异主要存在于复合群居群间,种内居群间遗传分化较大(cp DNA片段:FST=0.848;ITS:FST=0.787);基因流较小(cp DNA片段:Nm=0.228;ITS:Nm=0.241),主要是地理隔离(遗传漂变)或生境片段化促进了物种形成;复合群的不同物种间存在由基因渐渗引起的单倍型共享现象,可能是种间不完全的生殖隔离所致。花木蓝的居群单独聚为一枝,且与其他种无共享单倍型,因此应保留花木蓝种的分类地位,而其他种的分类地位有待进一步研究。 展开更多
关键词 庭藤复合群 ndhJ-trnF trnD-trnt ITS 居群遗传
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F-22战斗机数据链现状及发展 被引量:7
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作者 吕建民 《指挥信息系统与技术》 2010年第3期14-17,共4页
F-22战斗机是美国生产的世界上第一种第4代超音速隐身战斗机,战机虽已投入使用,但其机载数据链体制仍未确定。文中综合分析了美军关于F-22战斗机数据链的论证情况和可能的装备形态,以期对新一带战机数据链选择论证有所裨益。
关键词 第4代战机 F-22 数据链 LINK16 多用途先进数据链 战术目标瞄准网络
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横断山地区海仙报春的谱系地理学研究 被引量:11
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作者 宋敏舒 乐霁培 +1 位作者 孙航 李志敏 《植物分类与资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期91-100,共10页
由于横断山地区特殊的地理效应,第四纪冰期气候的反复变化对该地区植物的地理分布和居群遗传结构产生重要影响。为了揭示该地区分布的物种的谱系地理结构,检测了该地区特有的、生于湿地环境的植物海仙报春(Primula poissonii)的叶绿体tr... 由于横断山地区特殊的地理效应,第四纪冰期气候的反复变化对该地区植物的地理分布和居群遗传结构产生重要影响。为了揭示该地区分布的物种的谱系地理结构,检测了该地区特有的、生于湿地环境的植物海仙报春(Primula poissonii)的叶绿体trnL-F和trnT-L两个序列变异。共对13个居群167个个体的两个叶绿体片段进行测序,共发现11个单倍型。三种单倍型被共享,其他单倍型都只存在于单个居群内。分子变异分析(AMOVA)结果表明分布区内海仙报春的遗传变异主要存在于居群间(99.08%),且居群间的遗传分化很高(GST=0.916,FST=0.99077,NST=0.973),有着极显著的谱系地理学结构(NST>GST,P<0.01)和较低的居群间平均基因流(Nm=0.08)。结合嵌套分支分析(NCA),本文的研究结果推测该物种在冰期可能存在多个避难所,并没有表现出大多数温带植物在第四纪冰期所经历过的种群集体扩张和迁移的现象,异域片段化被认为是该物种现有单倍型分布格局形成的主要原因。海仙报春的谱系地理结构是气候的反复波动和横断山特殊的地理环境互相作用的结果。 展开更多
关键词 横断山 海仙报春 谱系地理学 叶绿体DNA TRNL-F trnt-L
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