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排序距离矩阵蛋白质结构比对算法
被引量：
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作者
许海洋
周春光
+1 位作者
郎美娜
邹淑雪
《吉林大学学报（理学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第4期670-674,共5页
提出一种改进的SortMatAlign算法,通过快速排序预处理距离矩阵,使MatAlign算法的时间复杂度由O(N4)降为O(N3).结果表明,SortMatAlign算法计算出的RMSD值平均是MatAlign算法的1.098倍,使用残基个数和RMSD综合衡量标准的S值平均是MatAlig...
提出一种改进的SortMatAlign算法,通过快速排序预处理距离矩阵,使MatAlign算法的时间复杂度由O(N4)降为O(N3).结果表明,SortMatAlign算法计算出的RMSD值平均是MatAlign算法的1.098倍,使用残基个数和RMSD综合衡量标准的S值平均是MatAlign算法的0.968倍,在同等条件下,运行速度比MatAlign提高18.276倍.
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关键词
蛋白质结构
结构比对
快速排序
sortmatalign
算法
时间复杂度
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职称材料
题名
排序距离矩阵蛋白质结构比对算法
被引量：
2
1
作者
许海洋
周春光
郎美娜
邹淑雪
机构
吉林大学计算机科学与技术学院
出处
《吉林大学学报（理学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第4期670-674,共5页
基金
国家自然科学基金(批准号:6043302060673099)
吉林大学"985工程"项目基金
文摘
提出一种改进的SortMatAlign算法,通过快速排序预处理距离矩阵,使MatAlign算法的时间复杂度由O(N4)降为O(N3).结果表明,SortMatAlign算法计算出的RMSD值平均是MatAlign算法的1.098倍,使用残基个数和RMSD综合衡量标准的S值平均是MatAlign算法的0.968倍,在同等条件下,运行速度比MatAlign提高18.276倍.
关键词
蛋白质结构
结构比对
快速排序
sortmatalign
算法
时间复杂度
Keywords
protein structure
structural comparison
quick sort
sortmatalign method
time complexity
分类号
TP18 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
排序距离矩阵蛋白质结构比对算法
许海洋
周春光
郎美娜
邹淑雪
《吉林大学学报（理学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2008
2
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参考文献
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