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基于炎症反应的阿尔茨海默症功能模块构建
1
作者
孔薇
张娜
+1 位作者
杨旸
牟晓阳
《安徽大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2015年第1期97-103,共7页
整合阿尔茨海默症患者6个脑区的基因表达数据和蛋白质相互作用数据,较好地避免了基因表达数据高噪声、高变异等不足对构建基因调控网络精度和准确性的影响.考虑到脑部神经炎症是AD发病的重要原因之一,以及钙平衡失调可能是AD几个致病因...
整合阿尔茨海默症患者6个脑区的基因表达数据和蛋白质相互作用数据,较好地避免了基因表达数据高噪声、高变异等不足对构建基因调控网络精度和准确性的影响.考虑到脑部神经炎症是AD发病的重要原因之一,以及钙平衡失调可能是AD几个致病因素联系的纽带,结合蛋白质网络挖掘与AD发病密切相关的基因及炎症和钙离子功能网络,采用最大权重诱导子图(Heinz)算法实现两种高通量数据的结合并提取显著扰动子网,在此基础上利用基于边权的模拟退火算法预测和优化扰动网络,去除网络中较弱的相互作用,添加预测的较强的相互作用,提高网络的精度.实验共提取206个特征基因,并且提取了脑部炎症及钙离子作用机制的功能模块子网.结果证明,使用基于边权的模拟退火算法进一步加强了功能网络的模块性.经生物学分析证明炎症和钙离子机制在AD致病机制中起着很大的作用.这些数据在不同方面为系统地认识基因的复杂调控机制提供了必要的信息.
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关键词
阿尔茨海默病
加权子网络
炎症反应
ppi
网络
基因功能模块子网
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职称材料
人类干细胞线粒体外膜蛋白PPI网络构建与分析
2
作者
罗天龙
钟扬
《复旦学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第4期491-497,共7页
线粒体上多种膜蛋白既在细胞能量代谢中起关键作用,同时也参与细胞凋亡的调节,其功能障碍将直接或间接引起多种疾病.本研究从公共数据库MitoMiner,SwissProt和MitoP2中的线粒体外膜蛋白数据,同时获取了15个人类干细胞不同条件下的转录...
线粒体上多种膜蛋白既在细胞能量代谢中起关键作用,同时也参与细胞凋亡的调节,其功能障碍将直接或间接引起多种疾病.本研究从公共数据库MitoMiner,SwissProt和MitoP2中的线粒体外膜蛋白数据,同时获取了15个人类干细胞不同条件下的转录组数据集,利用生物信息学方法筛选并除去冗余数据,获得具有文献支持的高可信度的干细胞线粒体外膜蛋白清单.进一步利用BioGRID数据库找出对应PPI关系数据,采用Cytoscape绘制出直观的PPI网络图.分析结果表明,hub节点蛋白ATF2、DDX3X和BCL2的链接数均超过90,半数以上的外膜蛋白链接数超过10.GO和KEGG分析结果表明,与线粒体外膜蛋白相关的蛋白富集的功能为细胞凋亡和代谢途径.分析结果提示了线粒体外膜蛋白相关蛋白参与的主要生物学途径,为后续线粒体的深入研究提供有价值信息.
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关键词
线粒体外膜蛋白
干细胞
hub节点蛋白
ppi
子网络
数据挖掘
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职称材料
题名
基于炎症反应的阿尔茨海默症功能模块构建
1
作者
孔薇
张娜
杨旸
牟晓阳
机构
上海海事大学信息工程学院
美国罗文大学医药研究中心
出处
《安徽大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2015年第1期97-103,共7页
基金
国家自然科学基金资助项目(61271446
61003093)
文摘
整合阿尔茨海默症患者6个脑区的基因表达数据和蛋白质相互作用数据,较好地避免了基因表达数据高噪声、高变异等不足对构建基因调控网络精度和准确性的影响.考虑到脑部神经炎症是AD发病的重要原因之一,以及钙平衡失调可能是AD几个致病因素联系的纽带,结合蛋白质网络挖掘与AD发病密切相关的基因及炎症和钙离子功能网络,采用最大权重诱导子图(Heinz)算法实现两种高通量数据的结合并提取显著扰动子网,在此基础上利用基于边权的模拟退火算法预测和优化扰动网络,去除网络中较弱的相互作用,添加预测的较强的相互作用,提高网络的精度.实验共提取206个特征基因,并且提取了脑部炎症及钙离子作用机制的功能模块子网.结果证明,使用基于边权的模拟退火算法进一步加强了功能网络的模块性.经生物学分析证明炎症和钙离子机制在AD致病机制中起着很大的作用.这些数据在不同方面为系统地认识基因的复杂调控机制提供了必要的信息.
关键词
阿尔茨海默病
加权子网络
炎症反应
ppi
网络
基因功能模块子网
Keywords
Alzheimer＇s disease
weighted
sub
-
network
inflammation
ppi
network
gene function module
sub
net
分类号
Q343.1 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
人类干细胞线粒体外膜蛋白PPI网络构建与分析
2
作者
罗天龙
钟扬
机构
复旦大学生命科学学院
出处
《复旦学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第4期491-497,共7页
文摘
线粒体上多种膜蛋白既在细胞能量代谢中起关键作用,同时也参与细胞凋亡的调节,其功能障碍将直接或间接引起多种疾病.本研究从公共数据库MitoMiner,SwissProt和MitoP2中的线粒体外膜蛋白数据,同时获取了15个人类干细胞不同条件下的转录组数据集,利用生物信息学方法筛选并除去冗余数据,获得具有文献支持的高可信度的干细胞线粒体外膜蛋白清单.进一步利用BioGRID数据库找出对应PPI关系数据,采用Cytoscape绘制出直观的PPI网络图.分析结果表明,hub节点蛋白ATF2、DDX3X和BCL2的链接数均超过90,半数以上的外膜蛋白链接数超过10.GO和KEGG分析结果表明,与线粒体外膜蛋白相关的蛋白富集的功能为细胞凋亡和代谢途径.分析结果提示了线粒体外膜蛋白相关蛋白参与的主要生物学途径,为后续线粒体的深入研究提供有价值信息.
关键词
线粒体外膜蛋白
干细胞
hub节点蛋白
ppi
子网络
数据挖掘
Keywords
The mitochondrial outer membrane protein
stem cell
hub node protein
ppi sub network
datamining
分类号
TP311 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于炎症反应的阿尔茨海默症功能模块构建
孔薇
张娜
杨旸
牟晓阳
《安徽大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2015
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
人类干细胞线粒体外膜蛋白PPI网络构建与分析
罗天龙
钟扬
《复旦学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2015
0
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职称材料
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