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云南部分地区猪流行性腹泻病毒M和ORF3基因的遗传进化分析 被引量：1
1
作者 冉李燕 赵筱 +5 位作者 张梅 张文 朱培英 罗林宝 李文贵 彭洁 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2024年第6期59-65,共7页
【目的】了解2022—2023年云南部分地区猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株变异及遗传进化情况。【方法】从云南多个地区的9家猪场采集125份疑似感染PEDV的猪小肠组织、粪便和肛拭子,提取病毒核酸后,采用RT-PC... 【目的】了解2022—2023年云南部分地区猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株变异及遗传进化情况。【方法】从云南多个地区的9家猪场采集125份疑似感染PEDV的猪小肠组织、粪便和肛拭子,提取病毒核酸后,采用RT-PCR方法进行病原检测,扩增PEDV阳性样品M和ORF3基因并测序,与GenBank中PEDV参考毒株进行比对分析,利用生物信息学软件构建遗传进化树,分析核苷酸序列和氨基酸序列的同源性。【结果】来自5家猪场的49份样品呈PEDV阳性,阳性率为39.2%(49/125);猪轮状病毒(porcine rotavirus,PoRV)阳性率为11.2%(14/125);PoRV与PEDV混合感染率为10.4%(13/125);未检测出猪传染性胃肠炎病毒(porcine infectious gastroenteritis virus,TGEV)和猪德尔塔冠状病毒(porcine delta coronavirus,PDCoV)。与经典疫苗株CV777相比,10株PEDV毒株的M基因和ORF3基因均出现核苷酸和氨基酸突变。M基因同源性分析结果显示:10株毒株均为GⅡ型,其中YNQJF4-6和YNQJF4-7与中国的AJ1102、GD-A、LC株亲缘关系较近,其余8株与GD S07亲缘关系较近;M基因株间核苷酸同源性为96.9%~100.0%,存在多处碱基突变。ORF3基因同源性分析结果显示:株间核苷酸同源性为95.6%~100.0%,氨基酸序列主要有5个氨基酸突变位点,无氨基酸插入或缺失现象。与DR13和JS2008的ORF3蛋白氨基酸序列进行比对发现:10株毒株未出现氨基酸连续大片段缺失的现象,流行的PEDV多为强毒株,M基因和ORF3基因均出现不同程度的突变,提示这些毒株在流行过程中不断出现变异。【结论】云南猪群出现GⅡ型为主的强毒株,急需研制针对变异株的疫苗,降低其带来的经济损失。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒(PEDV) M基因 orf3基因 遗传进化分析
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禽戊型肝炎病毒CaHEV-GDSZ01株ORF3蛋白的原核表达及其多克隆抗体的制备
2
作者 张玉倩 李长乐 +2 位作者 吕志航 姚鑫炎 张雪莲 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第3期224-229,共6页
旨在对禽戊型肝炎病毒的ORF3蛋白进行原核表达,并制备其多克隆抗体,为进一步研究aHEV ORF3蛋白生物学功能新型疫苗提供生物材料。通过RT-PCR方法扩增CaHEV-GDSZ01株ORF3基因,连接pET-32a(+)表达载体以构建重组原核表达质粒,并转化BL21(D... 旨在对禽戊型肝炎病毒的ORF3蛋白进行原核表达,并制备其多克隆抗体,为进一步研究aHEV ORF3蛋白生物学功能新型疫苗提供生物材料。通过RT-PCR方法扩增CaHEV-GDSZ01株ORF3基因,连接pET-32a(+)表达载体以构建重组原核表达质粒,并转化BL21(DE3)感受态细胞进行诱导表达;利用SDS-PAGE凝胶电泳分析ORF3蛋白的表达形式后进行纯化,并免疫新西兰白兔以获得兔抗ORF3蛋白多克隆抗体,利用间接ELISA试验检测多克隆抗体的效价,利用Western Blot试验和间接免疫荧光试验(IFA)检测多克隆抗体特异性。结果显示,成功构建了pET-32a-ORF3重组原核表达质粒,并通过原核表达系统成功诱导表达了27 ku不可溶性的aHEV ORF3重组蛋白;Western Blot试验和IFA试验结果显示,制备的多克隆抗体可以特异性识别ORF3蛋白,ELISA结果显示,多克隆抗体效价为1∶51 200。成功表达CaHEV-GDSZ01株的ORF3蛋白,并制备了其多克隆抗体。 展开更多
关键词 禽戊型肝炎病毒 多克隆抗体 原核表达 免疫 orf3蛋白
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猪流行性腹泻病毒RT-PCR检测与ORF3基因分子流行病学调查 被引量：15
3
作者 董彦鹏 白娟 +2 位作者 范宝超 李玉峰 姜平 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期555-558,561,共5页
为调查乳仔猪腹泻引起疫情的病原,本研究自2011年2月至2012年3月收集华东地区47个规模猪场共153份腹泻病料样品,采用RT-PCR检测猪流行性腹泻病毒(PEDV),并进行ORF3基因序列分析。结果显示:26个猪场的88份样品为PEDV阳性,猪场阳性率达到5... 为调查乳仔猪腹泻引起疫情的病原,本研究自2011年2月至2012年3月收集华东地区47个规模猪场共153份腹泻病料样品,采用RT-PCR检测猪流行性腹泻病毒(PEDV),并进行ORF3基因序列分析。结果显示:26个猪场的88份样品为PEDV阳性,猪场阳性率达到55.32%,病料阳性率达到57.52%。ORF3基因测序分析显示:11个流行病毒株ORF3全基因序列大小均为675 bp,编码224个氨基酸。11个流行株ORF3基因同源性为95.9%～99.9%,编码氨基酸同源性为96.4%～100%。与欧洲代表性强毒株CV777基因同源性为96.3%～97.0%,编码氨基酸同源性为95.1%～96.4%,与CV777弱毒疫苗株基因同源性为96.8%～97.6%,编码氨基酸同源性为92.3%～93.4%,并且无疫苗病毒株ORF3基因的49个碱基缺失。与韩国病毒株比较,其基因同源性为95.0%～98.5%,编码氨基酸同源性为95.5%～99.6%。基因遗传进化树分析表明,国内外PEDV株可分为4群。我国主要流行病毒株属于第1群,与韩国病毒株亲缘关系较近,而与我国疫苗病毒株存在较大差异。该研究表明,PEDV可能是目前我国仔猪腹泻的主要病原之一,我国PEDV流行病毒株存在明显基因变异。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 RT-PCR orf3 流行病学
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2012-2014年河南省猪流行性腹泻病毒M基因和ORF3基因的遗传变异分析 被引量：13
4
作者 周兵强 吴志明 +4 位作者 闫若潜 赵雪丽 赵明军 陈慧娟 李宁 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1236-1243,共8页
为了解河南省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,对2012-2014年河南省不同猪场的150份腹泻样品进行了PEDV检测,并对其中14株PEDV的M基因和ORF3基因进行克隆测序和遗传进化分析。结果显示,这14个流行毒株M基因编码的氨基酸序列的同... 为了解河南省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,对2012-2014年河南省不同猪场的150份腹泻样品进行了PEDV检测,并对其中14株PEDV的M基因和ORF3基因进行克隆测序和遗传进化分析。结果显示,这14个流行毒株M基因编码的氨基酸序列的同源性为96.9%~99.6%,与CV777经典毒株、韩国毒株及2010年以后国内流行的大多数毒株的氨基酸序列的同源性分别为97.4%~99.1%、96.9%~99.6%和97.8%~99.6%。这14个毒株中有2株ORF3基因与CV777疫苗株核苷酸序列的同源性为100%,存在49个核苷酸缺失;其余12株之间氨基酸序列的同源性为98.8%~100%,与CV777经典毒株、CV777疫苗株和韩国毒株氨基酸序列的同源性分别为95.1%~96.0%、90.2%~91.1%和97.3%~99.1%,与2010年以后国内流行的大多数毒株氨基酸序列的同源性为97.3%~99.6%。进化树分析显示,M基因可分为4个群,河南PEDV流行毒株主要以基因3群为主,其中CHHeN ZZ-2012毒株属于基因2群;ORF3基因分为3个群,CHHeN DF2-2012毒株和CHHeN ZZ-2012毒株分布于基因2群,其余12个毒株属于基因3群。结果表明,当前河南省主要流行的PEDV毒株M基因和ORF3基因与2010年以后国内流行的大多数毒株的同源性较高,与韩国毒株的亲缘关系较近;与经典毒株和疫苗株相比,其M基因和ORF3基因发生了变异,且临床出现或与疫苗株相似或与变异株相似的流行毒株。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 M基因 orf3基因 遗传变异分析
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猪流行性腹泻病毒FJ-11A株的分离与ORF3基因序列分析 被引量：27
5
作者 陈如敬 吴学敏 +5 位作者 车勇良 王隆柏 魏宏 庄向生 严山 周伦江 《福建农业学报》 CAS 2011年第6期947-951,共5页
从福建省某疑似流行性腹泻病毒感染的猪场采集腹泻粪便样品和小肠组织,利用Vero细胞连续传代后,分离到猪流行性腹泻病毒福建株(FJ-11A株)。根据GenBank中登录的猪流行性腹泻病毒ORF3基因特征设计特异性引物,采用RT-PCR方法对猪流行性腹... 从福建省某疑似流行性腹泻病毒感染的猪场采集腹泻粪便样品和小肠组织,利用Vero细胞连续传代后,分离到猪流行性腹泻病毒福建株(FJ-11A株)。根据GenBank中登录的猪流行性腹泻病毒ORF3基因特征设计特异性引物,采用RT-PCR方法对猪流行性腹泻病毒福建株ORF3基因进行扩增,将扩增目的片段经胶回收后进行克隆测序。结果表明,所扩增的目的片段基因编码有完整的ORF3开放阅读框,全长为675bp,编码有224个氨基酸。运用DNAStar软件,将获得的ORF3基因序列和GenBan中登录的猪流行性腹泻病毒株ORF3基因序列进行分析比较和遗传进化分析,猪流行性腹泻病毒福建株ORF3基因和韩国分离株CPF1074和PFF513该基因核苷酸同源性最高,均为99.3%,与疫苗株CV777核苷酸同源性为97.8%。从遗传进化上看,我国PEDV分离株ORF3基因处在同一个分支,而弱毒株则处在相对独立的分支。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 orf3基因 序列分析
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山东省2012年～2016年猪流行性腹泻病毒分子流行病学调查及对其ORF3基因分析 被引量：12
6
作者 张月 李玉杰 +7 位作者 马慧玲 王贵升 蔺晓月 孙圣福 孔祥华 王苗利 陈静 田夫林 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期447-450,共4页
为了解山东省猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行情况,本研究采用RT-PCR的方法对2012年1月~2016年12月山东省13个地市采集的258份疑似PEDV感染样品进行检测,并设计引物扩增PEDV ORF3基因片段,通过生物信息学软件对26个具有代表性的完整的PEDV O... 为了解山东省猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行情况,本研究采用RT-PCR的方法对2012年1月~2016年12月山东省13个地市采集的258份疑似PEDV感染样品进行检测,并设计引物扩增PEDV ORF3基因片段,通过生物信息学软件对26个具有代表性的完整的PEDV ORF3基因序列进行遗传进化分析。结果显示PEDV平均每年检出率达72.1%,表明PEDV是当前山东地区仔猪腹泻的主要致病病原。遗传进化分析显示,26株PEDV ORF3基因序列属于G2基因型,与其它参考PEDV病毒株同源性较高(93.8%~100%),相对保守。其中3株PEDV流行株位于2a亚型中,这在华北地区属首次报道。PEDV 2a亚型基因序列具有特异位点突变,可作为鉴别2a亚型与其它亚型的分子标记。本研究揭示了山东省PEDV流行株ORF3基因的主要基因型,为该省PEDV的防控提供依据。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 orf3基因 突变 2a亚型
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猪流行性腹泻病毒S、N和ORF3基因的遗传变异分析 被引量：30
7
作者 王隆柏 林裕胜 +4 位作者 车勇良 吴学敏 陈如敬 邵良平 周伦江 《畜牧兽医学报》 CSCD 北大核心 2014年第11期1830-1836,共7页
为探明2012—2013年在福建省流行猪流行性腹泻病毒（PEDV）结构蛋白的遗传变异情况,对7株PEDV流行毒株的S、N及ORF3基因进行克隆、测序及分析。结果表明:7株PEDV S基因之间的核苷酸相似性为98.6%<sup>9</sup>9.4%,与attenua... 为探明2012—2013年在福建省流行猪流行性腹泻病毒（PEDV）结构蛋白的遗传变异情况,对7株PEDV流行毒株的S、N及ORF3基因进行克隆、测序及分析。结果表明:7株PEDV S基因之间的核苷酸相似性为98.6%<sup>9</sup>9.4%,与attenuated DR13弱毒株和CV777标准株的相似性分别为93.7%<sup>9</sup>4.1%和93.8%<sup>9</sup>4.1%;同CV777标准株比较,存在64个氨基酸突变,其中有3个氨基酸较以往国内外流行毒株的变异不一样,为新变异氨基酸,氨基酸的插入和缺失与2008年泰国NPPED2008<sub>2</sub>株相似;7株PEDV毒株的N基因和ORF3基因之间核苷酸的相似性分别为96.5%<sup>9</sup>9.7%和99.7%<sup>1</sup>00%,与CV777标准株的相似性分别为96.6%<sup>9</sup>8.0%和96.6%<sup>9</sup>6.9%。遗传进化树表明:7株PEDV毒株的S基因和ORF3基因与泰国流行毒株的亲缘关系较近,N基因与CV777标准株亲缘关系较近。7株PEDV毒株的S基因和ORF3基因变异程度较大,可能源于泰国及韩国的变异株。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 S基因 N基因 orf3基因 变异分析
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山东省PRRS血清学调查及PRRSV分离株ORF3-7基因的克隆及序列分析 被引量：9
8
作者 王金宝 韩先杰 +4 位作者 朱新产 张祯涛 李俊 周顺 邹玲 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期422-425,共4页
应用荧光抗体技术对山东省猪场PRRS的流行情况进行了血清学调查并分离到一株PRRSV。用 5对引物分别扩增了PRRSV山东分离株ORF3_ORF7,将其克隆入PMDl8_TVector并进行了序列测定。结果表明 ,山东分离株与美洲疫苗株ATCCVR_2 332 0RF3_ORF... 应用荧光抗体技术对山东省猪场PRRS的流行情况进行了血清学调查并分离到一株PRRSV。用 5对引物分别扩增了PRRSV山东分离株ORF3_ORF7,将其克隆入PMDl8_TVector并进行了序列测定。结果表明 ,山东分离株与美洲疫苗株ATCCVR_2 332 0RF3_ORF7各读码框核苷酸同源性分别为 98%、99%、99%、10 0 % ,氨基酸同源性分别为97%、98%、98%、98%、10 0 %。 展开更多
关键词 PRRSV orf3-7 序列测定 山东分离株
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PRRSV SC-GY变异株Nsp2、ORF5、ORF3基因遗传变异分析 被引量：9
9
作者 陈希文 李莲 +6 位作者 尹苗 赖守勋 汪谦 罗文涛 叶兆美 王雄清 周杰珑 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期1433-1441,共9页
为了监测PRRSV流行毒株的基因变异情况,采用RT-PCR方法对四川省广元市某疑似猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)发病猪场病料进行分子鉴定,获得1株PRRSV命名为SC-GY株,并对SC-GY株的Nsp2、ORF5及ORF3基因进行测序比对和系统进化树构建。结... 为了监测PRRSV流行毒株的基因变异情况,采用RT-PCR方法对四川省广元市某疑似猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)发病猪场病料进行分子鉴定,获得1株PRRSV命名为SC-GY株,并对SC-GY株的Nsp2、ORF5及ORF3基因进行测序比对和系统进化树构建。结果表明,SC-GY株为Nsp2基因发生30个氨基酸不连续缺失、ORF3基因第17位插入1个丝氨酸(S)的美洲型高致病性PRRSV变异毒株,其Nsp2、ORF5、ORF3基因与VR2332、SC2012、CH-1a、JXA1、HUN4、NADC30、HENAN-XINX等国内外代表毒株的核苷酸同源性分别为70.3%~97.9%,82.4%~97.6%,83.1%~98.2%,编码氨基酸同源性分别为62.3%~96.3%,78.0%~95.7%,81.6%~96.5%;而与LV等欧洲型毒株的核苷酸同源性分别为18.9%,60.8%,63.7%,编码氨基酸同源性分别为14.0%,54.9%,57.2%。基因遗传进化树分析表明,SC-GY株与JXA1、TJ、HUN4等前期分离的毒株以及近期在四川周边分离的SC2012、SCwhn09CD、SCwhn14DY等毒株都相距较远。由此表明,该地区PRRSV在当前高频度活疫苗免疫下,流行毒株基因仍在不断变异,猪场应减少PRRSV活疫苗的免疫并加强对临床PRRSV流行毒株的监测。 展开更多
关键词 PRRSV NSP2 ORF5 orf3 遗传变异
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猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒河南分离株ORF3-7基因克隆与序列分析 被引量：12
10
作者 尹彦涛 夏平安 +5 位作者 崔保安 王建举 党占国 柴春霞 陈红英 李新生 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期496-500,共5页
参照GenBank中公布的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）美洲株ATCC VR2332的ORF3～7基因序列,利用Pri mer软件分别设计合成了针对PRRSV ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7基因的特异性引物,利用RT-PCR从河南分离株Hn-1/06株分别扩增得到了大... 参照GenBank中公布的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）美洲株ATCC VR2332的ORF3～7基因序列,利用Pri mer软件分别设计合成了针对PRRSV ORF3、ORF4、ORF5、ORF6和ORF7基因的特异性引物,利用RT-PCR从河南分离株Hn-1/06株分别扩增得到了大小约964、675、718、566和501 bp的片段,并将扩增的片段插入PGEM-T-easy载体进行测序。利用DNAStar软件进行序列分析表明,河南分离株Hn-1/06株属于美洲型,同时将Hn-1/06株ORF3～7基因的核苷酸序列和推导氨基酸序列与ATCC VR2332、LV、Resp、CH-1a、BJ-4、S1、CC-1、HB-1、JX0612、HUB1等分离株进行了同源性分析。 展开更多
关键词 PRRSV 河南分离株Hn-1/06株 orf3-7基因 克隆与序列分析
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PCV2a-ORF3基因缺失株感染性克隆的构建 被引量：7
11
作者 湛洋 胡意 +2 位作者 王东亮 蔡杰 邓治邦 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期351-355,共5页
为构建猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2)的感染性克隆及其ORF3缺失的感染性克隆,本研究通过比较分析Gen Bank中8种亚型的PCV2基因组序列(各3株),设计了PCV2基因全长克隆引物,以从江西省萍乡市某猪场疑似感染断奶仔猪多系统衰竭综合征病死猪的病料... 为构建猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2)的感染性克隆及其ORF3缺失的感染性克隆,本研究通过比较分析Gen Bank中8种亚型的PCV2基因组序列(各3株),设计了PCV2基因全长克隆引物,以从江西省萍乡市某猪场疑似感染断奶仔猪多系统衰竭综合征病死猪的病料中提取的DNA为模板,利用PCR方法扩增PCV2全长基因序列并进行测序。利用分子生物学软件对测序结果分析,结果表明所获得的克隆为PCV2a-2A基因型。采用重叠延伸PCR(SOE-PCR)方法扩增病毒全长基因组DNA,克隆于p SP72载体中构建野生型PCV2a病毒株感染性克隆。此外,采用SOE-PCR方法,缺失野生型PCV2a感染性克隆中的阅读框3(ORF3),并将这两种重组质粒分别转染PK15细胞,盲传6代后经PCR和间接免疫荧光方法检测显示,构建的PCV2a病毒株与PCV2a-ORF3突变株克隆均具有感染性。本研究为进一步探究ORF3基因对PCV2致病机理和免疫原性的影响奠定了基础。 展开更多
关键词 PCV2 orf3基因 基因缺失 重叠延伸PCR
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猪圆环病毒Ⅱ型ORF3基因缺失突变毒株对仔猪的致病性及免疫原性研究 被引量：7
12
作者 杨晓农 郭万柱 +4 位作者 徐志文 朱玲 王新 曾秀 王小玉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第8期1094-1099,共6页
15头28～30日龄健康仔猪分成A、B、C3组（5头／组），分别肌注接种PCV2ORF3基因缺失突变毒株mPCV2-C、亲本毒株PCV2-CD以及生理盐水。用PCR-RFLP和PCR方法，分别从A组和B组屠宰仔猪的腹股沟淋巴结中特异性检测到mPCV2-C和PCV2-CDDNA，发... 15头28～30日龄健康仔猪分成A、B、C3组（5头／组），分别肌注接种PCV2ORF3基因缺失突变毒株mPCV2-C、亲本毒株PCV2-CD以及生理盐水。用PCR-RFLP和PCR方法，分别从A组和B组屠宰仔猪的腹股沟淋巴结中特异性检测到mPCV2-C和PCV2-CDDNA，发现mPCV2-C能够在仔猪体内复制增殖。组织病理学结果表明；A组和B组腹股沟淋巴结、肝细胞及肺泡壁上皮细胞呈现病变，其中B组病变较严重，证实ORF3基因缺失未改变PCV2的组织嗜性。外周血T淋巴细胞亚群含量动态检测结果表明：与C组相比，A组、B组外周血CD3^＋、CD4^＋细胞百分含量降低，而A组CD8^＋细胞于免疫后第14天回升，高于B组和C组，表明ORF3基因缺失使病毒对T淋巴细胞亚群的影响有所减弱，并有诱导仔猪细胞免疫应答的趋势。上述结果提示ORF3缺失致使病毒的致病力有降低的趋势。PCV2抗体动态检测发现：mPCV2-C明显诱导了仔猪的体液免疫，具有良好的免疫原性。mPCV2-C可作为PCV2基因缺失疫苗候选毒株。 展开更多
关键词 猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2) orf3基因 基因缺失 致病性 免疫原性
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粤北地区新生仔猪腹泻病原学调查及PEDV ORF3基因分子特征和遗传变异分析 被引量：9
13
作者 南文金 胡鸿惠 +3 位作者 吴静波 黄健强 彭国良 肖正中 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第6期1769-1777,共9页
为了解粤北地区新生仔猪腹泻病的主要病原,本试验采用实时荧光定量RT-PCR方法对2015年粤北地区6个规模化猪场31份新生仔猪腹泻样品进行了猪流行腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)检测,并对5株PEDV流行毒株ORF... 为了解粤北地区新生仔猪腹泻病的主要病原,本试验采用实时荧光定量RT-PCR方法对2015年粤北地区6个规模化猪场31份新生仔猪腹泻样品进行了猪流行腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)检测,并对5株PEDV流行毒株ORF3基因进行测序分析。病原检测结果显示,83.87%(26/31)样品为PEDV阳性,没有检测到TGEV和PoRV阳性样品。对PEDV ORF3基因序列分析结果显示,5个流行毒株ORF3基因全长均为675bp,相互之间核苷酸同源性为98.7%~100.0%,与参考序列同源性为94.5%~100.0%,多个核苷酸位点发生了共同突变。系统进化树分析结果表明,PEDV可分为两个基因群,粤北地区流行的PEDV与2013-2015年间在中国部分地区、东南亚、北美洲和欧洲流行的PEDV遗传关系较近,位于基因1群中的同一个亚群,而2011-2012年中国流行的PEDV主要毒株及疫苗毒株则归类于另外两个基因亚群。结果表明,粤北地区新生仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,PEDV基因随着时间推移呈现不断进化和变异趋势。 展开更多
关键词 新生仔猪腹泻 病原学 猪流行性腹泻病毒 orf3基因 遗传变异
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猪流行性腹泻病毒ORF3和M基因的克隆与序列分析 被引量：14
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作者 王隆柏 吴学敏 +5 位作者 车勇良 陈如敬 魏宏 刘玉涛 庄向生 周伦江 《中国动物传染病学报》 CAS 2012年第3期67-72,共6页
为了解福建省猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株ORF3和M基因变异情况,本研究从4个不同规模猪场发生仔猪"顽固性腹泻"疾病的病料中扩增到4株PEDV的ORF3和M基因,并进行了序列分析。结果表明:4株PEDV ... 为了解福建省猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株ORF3和M基因变异情况,本研究从4个不同规模猪场发生仔猪"顽固性腹泻"疾病的病料中扩增到4株PEDV的ORF3和M基因,并进行了序列分析。结果表明:4株PEDV ORF3基因均含有675个碱基,编码224个氨基酸,与GenBank中登录的代表性PEDV核苷酸的同源性为89.7%～100.0%,氨基酸的同源性为94.7%～99.6%,其中FJPT毒株核苷酸的同源性与CV777 truncated毒株最低,仅为89.7%,FJNP毒株核苷酸的同源性与中国北方流行的CH ZKFG 11毒株最高,达100.0%。M基因含有681个碱基,编码226个氨基酸,与GenBank中登录的代表性PEDV核苷酸的同源性为94.8%～100.0%,氨基酸的同源性为94.8%～99.6%,其中FJPT毒株核苷酸的同源性与日本D89752毒株最低,仅为94.8%,FJNP毒株核苷酸的同源性与韩国CPF193、泰国毒株最高,达100.0%。4株PEDV毒株均与国内外流行强毒株的亲缘关系较近,与attenuate DR13弱毒株的亲缘关系较远。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 orf3基因 M基因 序列分析
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基因Ⅳ型猪戊型肝炎病毒重组ORF3蛋白抗原间接ELISA诊断方法的建立 被引量：6
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作者 刘涛 杜丽 +7 位作者 王凤阳 雷明 崔克 成鹰 陈品林 王轶 林杰材 满初日嘎 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期310-315,共6页
为建立检测猪戊型肝炎病毒(HEV)抗体的间接ELISA诊断方法,将HEV ORF3片段克隆至大肠杆菌表达载体pET42a(+)中,构建了原核表达载体pET42a-ORF3,将其转化大肠杆菌BL21(DE3),以IPTG诱导表达,并对表达的融合蛋白进行Ni2+-NTA柱纯化及SDS-PAG... 为建立检测猪戊型肝炎病毒(HEV)抗体的间接ELISA诊断方法,将HEV ORF3片段克隆至大肠杆菌表达载体pET42a(+)中,构建了原核表达载体pET42a-ORF3,将其转化大肠杆菌BL21(DE3),以IPTG诱导表达,并对表达的融合蛋白进行Ni2+-NTA柱纯化及SDS-PAGE、Western-blot鉴定,用纯化的融合蛋白作为包被抗原建立了间接ELISA检测方法。结果显示,GST-ORF3在大肠杆菌BL21(DE3)中获得了高效表达,表达的蛋白质分子质量约为45.5 ku,具有良好的抗原性。用建立的间接ELISA检测190份猪血清样品,阳性率为84.7%,与试剂盒检测结果相比,阳性符合率为91.5%。表明,建立的间接ELISA方法具有较好的特异性和灵敏性,可用于猪血清HEV抗体的检测。 展开更多
关键词 猪戊型肝炎病毒 orf3 原核表达 间接酶联免疫吸附试验
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ORF3基因缺失对猪圆环病毒Ⅱ型感染复制能力的影响 被引量：9
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作者 杨晓农 郭万柱 +4 位作者 徐志文 王新 殷华平 王小玉 龙虎 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第9期991-995,共5页
设计1对特异性引物AF-P1/AF-P2,从疑似PCV2感染的病料中扩增获得1 767 bp的PCV2全基因组(命名为PCV2-CD),克隆至pMD18-T Simple载体构建重组质粒pTS-PCV2-CD。序列分析表明:PCV2-CD与GenBank中公布的12个PCV2毒株间的同源性高达95.0%~1... 设计1对特异性引物AF-P1/AF-P2,从疑似PCV2感染的病料中扩增获得1 767 bp的PCV2全基因组(命名为PCV2-CD),克隆至pMD18-T Simple载体构建重组质粒pTS-PCV2-CD。序列分析表明:PCV2-CD与GenBank中公布的12个PCV2毒株间的同源性高达95.0%~100%。用NcoⅠ酶切pTS-PCV2-CD获得4 459 bp线性目的DNA片段,补平CATG 4个碱基、连接环化构建ORF3基因插入缺失重组质粒pTS-PCV2-CD-C并测序。用SacⅡ酶切pTS-PCV2-CD-C,回收1 771 bp线性目的片段,体外连接环化构建了ORF3基因缺失突变毒株mPCV2-C。PCR-RFLP检测表明,在脂质体转染法转染mPCV2-C、培养并盲传4代的IBRS-2细胞中(PCV1阴性),特异性检测到mPCV2-C的DNA;电镜观察发现,在盲传6代的IBRS-2细胞胞核内观察到突变毒株的病毒颗粒。试验结果表明:ORF3基因缺失突变毒株mPCV2-C具有感染性,能够在IBRS-2细胞中复制增殖,证实ORF3基因不是PCV2复制的必需基因。 展开更多
关键词 猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2) orf3基因 基因功能
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猪流行性腹泻病毒河南株ORF3基因分子流行病学分析 被引量：6
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作者 乔涵 赵丽 +5 位作者 张宇 徐朋丽 杨兴武 韩昊莹 杨明凡 陈红英 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期1451-1456,1467,共7页
为了解猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)河南株的起源和遗传变异,本试验对2014年8月—2015年5月,来自河南省16个规模猪场仔猪表现为严重腹泻、食欲下降和脱水等临床特征的22份病料样品,利用RT-PCR方法,扩增PEDVO... 为了解猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)河南株的起源和遗传变异,本试验对2014年8月—2015年5月,来自河南省16个规模猪场仔猪表现为严重腹泻、食欲下降和脱水等临床特征的22份病料样品,利用RT-PCR方法,扩增PEDVORF3基因,回收PCR产物克隆至pMD18-T载体,并进行测序分析。结果显示,22份病料样品均能扩增出PEDVORF3基因,其序列长度均为849bp,包含一个完整阅读框(675bp),编码224个氨基酸残基。22个河南株之间核苷酸同源性为95.9%~100%,与欧洲经典毒株CV777同源性介于97.1%~97.9%,存在8个位点发生相同的氨基酸置换,与Truncated CV777株同源性介于94.8%~95.4%。基因遗传进化树分析表明,PEDV毒株可分为2大群,河南株属于第Ⅱ群,整体独立成支,与河南往年流行株、国内分离株、日本、美国及韩国毒株亲缘关系较近,而与CV777株、Truncated CV777株亲缘关系较远。结果表明PEDV河南株ORF3基因存在变异,为PEDVORF3基因的蛋白功能研究和河南省PED的防控提供技术支持。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 orf3基因 同源性 变异 分子流行病学
原文传递
猪流行性腹泻病毒ORF3蛋白40-91 aa是其细胞质定位的关键结构域 被引量：5
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作者 陈冰清 沈媚 +4 位作者 司伏生 董世娟 于瑞嵩 谢春芳 李震 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1113-1125,共13页
ORF3蛋白是猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)基因组编码的唯一的辅助蛋白,与病毒毒力相关。为确定PEDV ORF3细胞质定位信号,文中构建了系列PEDV DR13wt ORF3蛋白全长或截短肽重组表达载体,转染Vero细胞并利用激... ORF3蛋白是猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)基因组编码的唯一的辅助蛋白,与病毒毒力相关。为确定PEDV ORF3细胞质定位信号,文中构建了系列PEDV DR13wt ORF3蛋白全长或截短肽重组表达载体,转染Vero细胞并利用激光共聚焦显微镜分析与EGFP融合表达的全长ORF3蛋白和其系列截短肽在细胞内的分布。结果表明,全长ORF3蛋白或所有包含2个跨膜域的40–91 aa基序的ORF3截短肽均只定位于细胞质中,而不包含40–91aa基序的ORF3截短肽分布于整个细胞中(细胞质和细胞核均有分布)。这表明40–91 aa是猪流行性腹泻病毒ORF3蛋白细胞质定位的关键结构域。PEDVORF3蛋白细胞质定位结构域的明确为进一步研究其细胞内转运和生物学功能提供了参考。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 orf3蛋白 细胞质定位 定位信号 跨膜域
原文传递
贵州省猪流行性腹泻病毒ORF3、M基因克隆及序列分析 被引量：7
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作者 冯旭芳 周碧君 +5 位作者 张双翔 王跃章 文明 程振涛 毛黎红 王开功 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第2期356-362,共7页
为了解贵州省猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）毒株ORF3及M基因的遗传变异情况,试验于2014年4月-2015年3月从贵州省5个地区采集105份腹泻仔猪的粪便,应用RT-PCR方法进行PEDV检测,从中选择8份PEDV阳性样本,扩增... 为了解贵州省猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）毒株ORF3及M基因的遗传变异情况,试验于2014年4月-2015年3月从贵州省5个地区采集105份腹泻仔猪的粪便,应用RT-PCR方法进行PEDV检测,从中选择8份PEDV阳性样本,扩增其ORF3及M基因,测序并进行序列比对分析。结果显示,从采集的105份粪便样本中可检出75份PEDV阳性样本,阳性率为71.43%;8株PEDV贵州株ORF3及M基因序列均无碱基缺失或插入;ORF3基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在95.1%-100.0%与95.1%-99.6%之间,M基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在98.4%-100.0%与98.7%-100.0%之间;氨基酸系统进化树分析结果显示,2014-2015年贵州流行株与近年来中国毒株、韩国毒株及泰国毒株亲缘关系较近,与疫苗株Attenuated DR13及CV777株亲缘关系较远。提示目前贵州省仔猪腹泻病原主要是PEDV,且为PEDV强毒株。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 orf3基因 M基因 克隆 序列分析
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PRRSV兰州分离株ORF3和ORF5基因的克隆与序列分析及其杆状病毒表达载体的构建 被引量：4
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作者 赵娜 田宏 +5 位作者 吴锦艳 祁燕蓉 满自萍 尚佑军 何生虎 刘湘涛 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期189-195,共7页
根据GenBank中猪生殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）中国代表株CH-1a的基因组序列，设计包含完整ORF3、ORF5基因序列的2对特异引物，利用RT-PCR技术扩增PRRSV兰州分离株（Lanzhou株）的ORF3和ORF5基因，并对其进行序列测定，同时与已发表的1... 根据GenBank中猪生殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）中国代表株CH-1a的基因组序列，设计包含完整ORF3、ORF5基因序列的2对特异引物，利用RT-PCR技术扩增PRRSV兰州分离株（Lanzhou株）的ORF3和ORF5基因，并对其进行序列测定，同时与已发表的13株PRRSV进行同源性比较。将扩增的PRRSV Lanzhou株ORF3、ORF5基因分别克隆到杆状病毒表达载体pFastBacHTA上，将经酶切及测序鉴定的阳性重组质粒pFastBacHTA-ORF3、pFastBacHTA-ORF5分别转化到DH10Bac感受态细胞。结果显示，ORF3、ORF5基因长度分别为765bp、603bp，发现核苷酸的同源性分别为88.0％—99.2％、87.3％—99.0％，获得了重组转座子rBacmid-ORF3、rBacmid-ORF5。 展开更多
关键词 猪生殖与呼吸综合征病毒 orf3基因 ORF5基因 克隆 杆状病毒表达载体
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