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基于MAFFT的多序列比对最优参数的确定
被引量：
4
1
作者
李满枝
龙海侠
+1 位作者
王洪涛
付海艳
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第7期1668-1674,共7页
多序列比对是生物信息学的一个重要研究内容,比对结果高度依赖于比对工具的参数设置,包括空位罚分(GOP和GEP)以及替换矩阵。本研究基于BAli BASE3.0数据库,应用MAFFT工具(MAFFT-7.220-WIN64 version)进行多序列比对,得出替换矩阵和空位...
多序列比对是生物信息学的一个重要研究内容,比对结果高度依赖于比对工具的参数设置,包括空位罚分(GOP和GEP)以及替换矩阵。本研究基于BAli BASE3.0数据库,应用MAFFT工具(MAFFT-7.220-WIN64 version)进行多序列比对,得出替换矩阵和空位罚分的最优参数组合,从而得到更好的比对结果。实验结果表明,通过与MAFFT(MAFFT-7.220-WIN64 version)、CLUSTALW(CLUSTALW-2.1-WIN)的默认参数比较,根据本研究得出的最优参数组合可以得到比默认参数更优的比对结果。本研究给出的最优参数组合优化了多序列比对结果,具有可行性和高效性。
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关键词
多序列比对
替换矩阵
空位罚分
mafft
比对工具
原文传递
遗传算法模拟生物多序列比对之初始化的改进
被引量：
1
2
作者
李满枝
王凯华
+1 位作者
王洪涛
修兴强
《辽宁工程技术大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2017年第6期662-667,共6页
针对应用遗传算法求解生物多序列比对问题的初始化进行了改进.初始种群是遗传算法构造的一个关键部分,本文根据多序列比对的生物特性,在初始种群中的个体中插入连续空位,优化初始种群的个体质量;并在初始种群中加入一定比例的在线比对工...
针对应用遗传算法求解生物多序列比对问题的初始化进行了改进.初始种群是遗传算法构造的一个关键部分,本文根据多序列比对的生物特性,在初始种群中的个体中插入连续空位,优化初始种群的个体质量;并在初始种群中加入一定比例的在线比对工具MAFFT优质种子,优化初始种群的整体质量.通过数值模拟实例结果显示,经过这两个优化处理可以生成更高质量的初始种群,得到更好的比对结果,提高多序列比对的计算效率.
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关键词
多序列比对
遗传算法
初始化
连续空位
mafft
种子
原文传递
多序列比对的两种新方法
被引量：
1
3
作者
陈莹
王能超
《河海大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第2期239-242,共4页
对两种用于多序列比对的新方法———T COFFEE和MAFFT进行了研究,结果表明:T COFFEE是迄今为止准确性最高的方法,但此方法速度较慢;而MAFFT则将FFT运用于比对中,使速度大大提高,并且与T COFFEE的准确程度相当.
关键词
多序列比对
T—COFFEE
mafft
T
BAliBASE比对数据库
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职称材料
题名
基于MAFFT的多序列比对最优参数的确定
被引量：
4
1
作者
李满枝
龙海侠
王洪涛
付海艳
机构
海南师范大学数学与统计学院
海南师范大学信息与科学学院
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第7期1668-1674,共7页
基金
国家自然科学基金项目(71361008)
海南省自然科学基金项目(20151003
614235)共同资助
文摘
多序列比对是生物信息学的一个重要研究内容,比对结果高度依赖于比对工具的参数设置,包括空位罚分(GOP和GEP)以及替换矩阵。本研究基于BAli BASE3.0数据库,应用MAFFT工具(MAFFT-7.220-WIN64 version)进行多序列比对,得出替换矩阵和空位罚分的最优参数组合,从而得到更好的比对结果。实验结果表明,通过与MAFFT(MAFFT-7.220-WIN64 version)、CLUSTALW(CLUSTALW-2.1-WIN)的默认参数比较,根据本研究得出的最优参数组合可以得到比默认参数更优的比对结果。本研究给出的最优参数组合优化了多序列比对结果,具有可行性和高效性。
关键词
多序列比对
替换矩阵
空位罚分
mafft
比对工具
Keywords
Multiple sequence alignment
Substitution matrix
Gap penalty
mafft
program
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
原文传递
题名
遗传算法模拟生物多序列比对之初始化的改进
被引量：
1
2
作者
李满枝
王凯华
王洪涛
修兴强
机构
海南师范大学数学与统计学院
出处
《辽宁工程技术大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2017年第6期662-667,共6页
基金
海南省自然科学基金(20151003)
国家自然科学基金(71361008)
海南省重点项目(ZDXM20130080)
文摘
针对应用遗传算法求解生物多序列比对问题的初始化进行了改进.初始种群是遗传算法构造的一个关键部分,本文根据多序列比对的生物特性,在初始种群中的个体中插入连续空位,优化初始种群的个体质量;并在初始种群中加入一定比例的在线比对工具MAFFT优质种子,优化初始种群的整体质量.通过数值模拟实例结果显示,经过这两个优化处理可以生成更高质量的初始种群,得到更好的比对结果,提高多序列比对的计算效率.
关键词
多序列比对
遗传算法
初始化
连续空位
mafft
种子
Keywords
multiple sequence alignment
genetic algorithm
initialization
continuous gaps
mafft
seed
分类号
O242.1 [理学—计算数学]
原文传递
题名
多序列比对的两种新方法
被引量：
1
3
作者
陈莹
王能超
机构
华中科技大学数学系
出处
《河海大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第2期239-242,共4页
文摘
对两种用于多序列比对的新方法———T COFFEE和MAFFT进行了研究,结果表明:T COFFEE是迄今为止准确性最高的方法,但此方法速度较慢;而MAFFT则将FFT运用于比对中,使速度大大提高,并且与T COFFEE的准确程度相当.
关键词
多序列比对
T—COFFEE
mafft
T
BAliBASE比对数据库
Keywords
multiple sequence alignment
T-COFFEE
mafft
BAliBASE alignment database
分类号
TP301.6 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
在线阅读
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于MAFFT的多序列比对最优参数的确定
李满枝
龙海侠
王洪涛
付海艳
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2016
4
原文传递
2
遗传算法模拟生物多序列比对之初始化的改进
李满枝
王凯华
王洪涛
修兴强
《辽宁工程技术大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2017
1
原文传递
3
多序列比对的两种新方法
陈莹
王能超
《河海大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2004
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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