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Recent progress in stimuli-responsive DNA-based logic gates:Design,working principles and biological applications
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作者 Ling Sum Liu Hoi Man Leung +1 位作者 Yuzhen Cai Pik Kwan Lo 《Smart Molecules》 2024年第1期25-43,共19页
Stimuli-responsive DNA-based logic gates have emerged as a promising field at the intersection of synthetic biology and nanotechnology.These gates exploit the unique properties of DNA molecules to perform programmable... Stimuli-responsive DNA-based logic gates have emerged as a promising field at the intersection of synthetic biology and nanotechnology.These gates exploit the unique properties of DNA molecules to perform programmable computational operations in response to specific stimuli.This review provides a comprehensive overview of recent advancements in the design,working principles,and applications of stimuli-responsive DNA-based logic gates.The progress made in developing various types of logic gates triggered by metal ions,pH,oligonucleotides,small molecules,proteins,and light is highlighted.The applications of these logic gates in imaging and biosensing,drug delivery,synthetic biology and molecular computing are discussed.This review underscores the significant contributions and future prospects of stimuli-responsive DNA-based logic gates in advancing the field of nanotechnology. 展开更多
关键词 dna logic gates drug delivery IMAGING molecular computation STIMULI-RESPONSIVE
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基于DNA逻辑门的SP-ICP-MS细胞外囊泡分析平台用于肝细胞癌的早期诊断
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作者 吕政贤 杨剑鑫 +2 位作者 刘平果 严晓文 王秋泉 《环境化学》 北大核心 2025年第10期3576-3587,共12页
细胞外囊泡(EVs)因承载多种疾病相关蛋白而被认为是提升诊断效能的重要标志物.本文提出了一种基于DNA逻辑门的EVs表面多蛋白联合分析策略,通过单颗粒电感耦合等离子体质谱(SP-ICPMS)对EVs的精准定量分析,实现肝细胞癌(HCC)的早期诊断.... 细胞外囊泡(EVs)因承载多种疾病相关蛋白而被认为是提升诊断效能的重要标志物.本文提出了一种基于DNA逻辑门的EVs表面多蛋白联合分析策略,通过单颗粒电感耦合等离子体质谱(SP-ICPMS)对EVs的精准定量分析,实现肝细胞癌(HCC)的早期诊断.本方法设计了可识别EpCAM(上皮细胞黏附分子)、GPC3(硫酸乙酰肝素蛋白聚糖3)和CD63(分化簇63)3种蛋白的适配体-DNA逻辑回路,利用多标志物共定位的方式对EVs进行特异性识别,进而触发滚环扩增反应,生成特征DNA序列并与纳米金探针杂交,实现SP-ICP-MS信号放大检测.该策略显著提升了肿瘤EVs识别的特异性,有效克服了传统方法灵敏度不足及血清基质干扰等难题,检测限可达950 particles·μL^(−1).应用于50例临床样本检测结果显示,EpCAM/GPC3/CD63三阳性表达的EVs亚群可用于区分HCC与肝硬化患者,诊断敏感度为82.4%,特异性为91.3%,优于常规血清甲胎蛋白检测.本研究所提出的SPICP-MS血清EVs分析策略为HCC的早期诊断提供了新思路,同时也推动了SP-ICP-MS技术在精准医学中的进一步应用. 展开更多
关键词 肝细胞癌 细胞外囊泡 dna 逻辑回路 SP-ICP-MS 早期诊断.
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DNA链置换反应在可视化键盘锁安全系统中的应用
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作者 赵鑫月 殷志祥 刘娟 《宿州学院学报》 2024年第9期17-21,共5页
利用DNA链置换反应设计了输入模块、反应模块和检测模块等三个模块。输入模块,将不同顺序的单链加入反应模块中;反应模块,只有输入正确顺序的DNA链才能完全与反应模块的组合底物发生链置换反应,置换出DNA单链;检测模块,设计两种链置换反... 利用DNA链置换反应设计了输入模块、反应模块和检测模块等三个模块。输入模块,将不同顺序的单链加入反应模块中;反应模块,只有输入正确顺序的DNA链才能完全与反应模块的组合底物发生链置换反应,置换出DNA单链;检测模块,设计两种链置换反应,利用阈值比较,确定输入正确顺序DNA链的次数。通过荧光检测判定是否解锁成功,实现结果的可视化。该系统采用模块化结构,检测方法简单直观,只有输入DNA链顺序和次数都正确,才能精准地完成键盘锁的解锁,增大了密钥空间,具有优异的稳定性与安全性,为构建更复杂的信息安全系统提供了可能性。 展开更多
关键词 dna链置换 可视化键盘锁 逻辑门 阈值比较
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Ag^+与Hg^(2+)对G-四链体DNA结构的破坏及其对构筑DNA逻辑门的应用(英文) 被引量:2
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作者 朱莉娜 王海仙 +3 位作者 孙润丰 李平 孔德明 李孝增 《无机化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第10期2215-2224,共10页
本工作利用圆二色光谱研究了Ag+与Hg2+对4种代表性G-四链体DNA结构的破坏作用。结果表明Ag+可能通过与碱基G螯合从而破坏G-四链体结构;Hg2+能通过形成T-Hg2+-T碱基对,及其他方式破坏G-四链体结构。含巯基(-SH)的半胱氨酸与Ag+与Hg2+可... 本工作利用圆二色光谱研究了Ag+与Hg2+对4种代表性G-四链体DNA结构的破坏作用。结果表明Ag+可能通过与碱基G螯合从而破坏G-四链体结构;Hg2+能通过形成T-Hg2+-T碱基对,及其他方式破坏G-四链体结构。含巯基(-SH)的半胱氨酸与Ag+与Hg2+可以发生较强的配位作用,从而使被Ag+与Hg2+破坏后的G-四链体DNA结构得以回复。基于此,一个新颖的Ag+/Hg2+-半胱氨酸-DNA逻辑门得以构筑。 展开更多
关键词 G-四链体 dna逻辑门 银离子 汞离子 半胱氨酸 圆二色光谱
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基于DNA分子的逻辑门与计算机 被引量:5
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作者 俞洋 宋世平 樊春海 《世界科技研究与发展》 CSCD 2006年第1期23-26,共4页
本文对基于DNA分子的逻辑门与计算机研究进行了综述。DNA逻辑门与DNA计算机是目前非常活跃的研究领域,有可能解决电子计算机发展的瓶颈问题。本文从DNA逻辑门的分子基础、DNA逻辑门和DNA计算机等几个方面进行了介绍,并且对可能的发展方... 本文对基于DNA分子的逻辑门与计算机研究进行了综述。DNA逻辑门与DNA计算机是目前非常活跃的研究领域,有可能解决电子计算机发展的瓶颈问题。本文从DNA逻辑门的分子基础、DNA逻辑门和DNA计算机等几个方面进行了介绍,并且对可能的发展方向作了一些预期。 展开更多
关键词 dna 逻辑门 计算机 核酶 分子杂交
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基于DNA链置换反应的圆环形逻辑门设计 被引量:4
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作者 崔光照 王茜 +3 位作者 张俊亚 张勋才 王子成 王延峰 《轻工学报》 CAS 2016年第1期55-60,共6页
利用DNA链置换技术反应进程的可编程性和DNA链动力学特征的可预测性,基于DNA链置换反应,以圆环形DNA为基本单元,构造出与非门和或非门逻辑计算模型.该模型以单链DNA分子为输入信号,利用圆环形DNA分子包含的多个DNA识别区域和小支点区域... 利用DNA链置换技术反应进程的可编程性和DNA链动力学特征的可预测性,基于DNA链置换反应,以圆环形DNA为基本单元,构造出与非门和或非门逻辑计算模型.该模型以单链DNA分子为输入信号,利用圆环形DNA分子包含的多个DNA识别区域和小支点区域,通过探测荧光信号精确识别其输出信号,来确保DNA分子逻辑门输出结果的正确性与广泛适用性. 展开更多
关键词 dna链置换反应 圆环形dna 逻辑门
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DNA链置换技术的研究现状与展望 被引量:1
7
作者 姚莉娜 田桂花 +3 位作者 叶盟盟 赵涛涛 崔光照 王延峰 《郑州轻工业学院学报(自然科学版)》 CAS 2014年第1期15-21,共7页
综述了利用DNA分子元件构造人工逻辑生化电路的新技术——DNA链置换技术在构造逻辑门运算模型、生化逻辑电路与神经网络、DNA纳米机器人、DNA反应网络等领域的研究进展,并通过对半加器/全加器逻辑运算模型和编码器逻辑运算模型的设计及... 综述了利用DNA分子元件构造人工逻辑生化电路的新技术——DNA链置换技术在构造逻辑门运算模型、生化逻辑电路与神经网络、DNA纳米机器人、DNA反应网络等领域的研究进展,并通过对半加器/全加器逻辑运算模型和编码器逻辑运算模型的设计及仿真,对DNA链置换技术的相关应用进行了实验验证.在此基础上提出:构建运动及功能型DNA纳米机器,整合DNA逻辑门、自底向上地构建DNA计算机体系结构,将是DNA链置换技术应用的发展方向. 展开更多
关键词 dna链置换 逻辑门运算模型 生化逻辑电路 dna纳米机器人 dna反应网络
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基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑与门的实现 被引量:2
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作者 黄布毅 王延峰 崔光照 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2005年第24期112-114,159,共4页
理论上来说,基于DNA的分子逻辑门是DNA计算机体系结构的产生基础和DNA计算机实现技术的硬件基础。文章提出了一种新的基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑与门的实现方法。在此方法中,逻辑门、输入信号和输出信号是DNA分子。可以实现DNA类型... 理论上来说,基于DNA的分子逻辑门是DNA计算机体系结构的产生基础和DNA计算机实现技术的硬件基础。文章提出了一种新的基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑与门的实现方法。在此方法中,逻辑门、输入信号和输出信号是DNA分子。可以实现DNA类型的逻辑门操作。需要使用包括聚合酶链反应(DNA)、琼脂糖凝胶电泳、探针的标记与检测等标准的生物工程技术。这些技术集成于DNA芯片中可用于DNA计算机的研制。 展开更多
关键词 计算 粘贴模型 分子逻辑与门
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粘贴DNA计算模型的几种分子逻辑门的实现 被引量:2
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作者 王延峰 崔光照 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2006年第1期31-33,46,共4页
理论上来说,基于DNA的分子逻辑门是DNA计算机体系结构的产生基础和DNA计算机实现技术的硬件基础。在这篇论文中,我们在先前提出的基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑与门的实现方法的基础上,进一步提出了基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑或门... 理论上来说,基于DNA的分子逻辑门是DNA计算机体系结构的产生基础和DNA计算机实现技术的硬件基础。在这篇论文中,我们在先前提出的基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑与门的实现方法的基础上,进一步提出了基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑或门和与非门的实现方法。与先前方法类似,逻辑门、输入信号和输出信号是DNA分子。可以实现OR,NOT和NAND类型的逻辑门操作。需要使用包括聚合酶链反应(PCR),琼脂糖凝胶电泳,探针的标记与检测等生物工程技术。这些技术集成于DNA芯片中可用于DNA计算机的研制。 展开更多
关键词 dna计算 粘贴模型 分子逻辑或门 分子逻辑非门 分子逻辑与非门
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与非门(NAND)的DNA计算模型 被引量:2
10
作者 刘文斌 《生物数学学报》 CSCD 北大核心 2008年第2期357-363,共7页
近年来,随着DNA计算研究的深入,基于DNA的布尔电路的模拟成为其中一个热门的研究方向.分子信标是一种特殊的探针分子,广泛应用于各种生物技术的检测方面,具有结果稳定,特异性强的优点,本文提出了一种基于诱导"发夹"形式的DNA... 近年来,随着DNA计算研究的深入,基于DNA的布尔电路的模拟成为其中一个热门的研究方向.分子信标是一种特殊的探针分子,广泛应用于各种生物技术的检测方面,具有结果稳定,特异性强的优点,本文提出了一种基于诱导"发夹"形式的DNA与非门模型,和已有的模型相比,该模型具有简单,可靠性更高且可以重复使用等优点. 展开更多
关键词 dna计算 发夹结构 逻辑与非门
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两种DNA分子同时检测的逻辑门及半加器的构建
11
作者 晋晓勇 张笛 +3 位作者 蒙丽君 许凯歌 雷杰 彭娟 《分析科学学报》 CSCD 北大核心 2017年第6期763-768,共6页
本研究利用滴涂法和电沉积法构建了氧化石墨烯/金纳米粒子复合膜修饰电极(GCE/GO/AuNPs),基于目标DNA和探针结合前后探针在电极表面构型的变化导致电化学信号变化,实现对大肠杆菌(E.coli)DNA和沙门氏菌(Sal)DNA的智能识别。以目标物为... 本研究利用滴涂法和电沉积法构建了氧化石墨烯/金纳米粒子复合膜修饰电极(GCE/GO/AuNPs),基于目标DNA和探针结合前后探针在电极表面构型的变化导致电化学信号变化,实现对大肠杆菌(E.coli)DNA和沙门氏菌(Sal)DNA的智能识别。以目标物为输入信号,分别以Σ|ΔI|和|ΔIMB/ΔIFc|为输出,构建了"AND"型和"XOR"型DNA分子逻辑门,提出了一种新型的可用于逻辑运算的半加器模型。采用方波伏安法(SWV)检测两种标记探针电流变化值Σ|ΔI|,其与E.coli DNA和Sal DNA浓度的对数值在1.0×10^(-13)~1.0×10^(-8) mol·L^(-1)范围内呈现良好的线性关系,检出限(S/N=3)分别为3.2×10^(-14) mol·L^(-1)和1.7×10^(-14) mol·L^(-1)。 展开更多
关键词 dna分子逻辑门 电化学检测 半加器 生物传感器
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发夹结构在建立DNA计算机中的应用
12
作者 陈瑞 林兆骥 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2005年第5期40-41,134,共3页
文章在分子信标作为底物的情况下,用含有发夹茎环结构的核酶建构非门、与门和异或门。
关键词 发夹结构 分子信标 dna计算机 逻辑门
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DNA计算的研究现状与展望
13
作者 石强 王燕 +2 位作者 肖玮 石晓龙 薛志东 《广州大学学报(自然科学版)》 CAS 2019年第2期56-64,共9页
基于硅材料的微电子技术由于工艺技术和基本理论上的局限,使得现有电子计算机无法满足科技发展对计算能力的需求.由于具有超强的并行运算能力和巨大的数据存储能力,DNA计算始终是新型计算机领域研究的热门.DNA计算的研究已经涉及到DNA... 基于硅材料的微电子技术由于工艺技术和基本理论上的局限,使得现有电子计算机无法满足科技发展对计算能力的需求.由于具有超强的并行运算能力和巨大的数据存储能力,DNA计算始终是新型计算机领域研究的热门.DNA计算的研究已经涉及到DNA计算模型、DNA计算机系统、DNA计算的应用等诸多方面.文章从DNA计算流程、DNA计算模型、DNA计算机、DNA计算应用研究等几个方面,综述了DNA计算研究的现状.同时,也指出了DNA计算存在的问题,并从DNA编码设计、DNA计算噪声控制等方面阐述了未来研究方向.相信随着生物技术、纳米技术等的进一步发展,DNA计算一定能够发挥出自身的优势和潜力,能够为国防建设、信息安全、基础科学研究、生命科学研究等方面提供更好的服务. 展开更多
关键词 dna计算模型 生物计算机 生物逻辑门 NP-完全问题
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基于变构设计的可编程分子逻辑计算电路研究
14
作者 叶帕莉 许智榜 石晓龙 《广州大学学报(自然科学版)》 2025年第4期37-47,共11页
计算机技术发展面临硅基芯片物理极限与冯·诺依曼架构能效瓶颈的双重挑战,推动计算范式向生物分子计算等新兴领域延伸。脱氧核酶(DNAzyme)作为生物计算的重要工具,其应用目前局限于单层逻辑运算。文章提出模块化分子电路设计策略,... 计算机技术发展面临硅基芯片物理极限与冯·诺依曼架构能效瓶颈的双重挑战,推动计算范式向生物分子计算等新兴领域延伸。脱氧核酶(DNAzyme)作为生物计算的重要工具,其应用目前局限于单层逻辑运算。文章提出模块化分子电路设计策略,在DNAzyme动态催化机制基础上引入变构调节链,构建了可编程的加权求和门、阈值门和减法门等逻辑门,并通过级联实现了分子神经元和分子分类器。该研究通过NUPACK仿真和生化实验验证表明,所设计的逻辑门能稳定实现特定运算;进一步通过VisualDSD仿真和实验证实了分子神经元和分类器的功能。该研究为发展复杂生物计算系统提供了新的技术路径。 展开更多
关键词 dna计算 dnaZYME dna链置换 逻辑门 神经元
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基于核酸适体和胶体金技术构建凝血酶的DNA逻辑门 被引量:1
15
作者 曹青锋 闫舒雅 +1 位作者 龙佳宝 孟祥贤 《生命科学研究》 CAS CSCD 2015年第3期210-212,223,共4页
DNA逻辑门在分子计算机和分子水平上的计算技术中具有重要作用。我们通过设计核酸适体与凝血酶特异结合导致胶体金团聚的方法,构建了凝血酶的DNA逻辑门。凝血酶作为输入信号与其核酸适体结合,将监测探针上的胶体金结合位点释放,两个核... DNA逻辑门在分子计算机和分子水平上的计算技术中具有重要作用。我们通过设计核酸适体与凝血酶特异结合导致胶体金团聚的方法,构建了凝血酶的DNA逻辑门。凝血酶作为输入信号与其核酸适体结合,将监测探针上的胶体金结合位点释放,两个核酸功能化修饰的胶体金同时结合到监测探针上,引起胶体金团聚,实现信号输出。根据这个设计原理,成功构建了蛋白质凝血酶的YES逻辑门。 展开更多
关键词 dna逻辑门 凝血酶 胶体金 核酸适体
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以DNA为模板的银纳米簇荧光检测及逻辑门的构建 被引量:3
16
作者 肖周锐 黄东华 +2 位作者 边孟孟 袁亚利 聂瑾芳 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2020年第1期102-110,共9页
以DNA为模板,合成了具有荧光性质的银纳米簇(DNA-Ag NCs),利用荧光光谱、紫外光谱和红外光谱等手段对其进行了表征.基于DNA-Ag NCs与离子相互作用时产生的荧光变化可实现对离子浓度的检测.实验结果表明,在最佳实验条件下,Ni^2+及Hg^2+... 以DNA为模板,合成了具有荧光性质的银纳米簇(DNA-Ag NCs),利用荧光光谱、紫外光谱和红外光谱等手段对其进行了表征.基于DNA-Ag NCs与离子相互作用时产生的荧光变化可实现对离子浓度的检测.实验结果表明,在最佳实验条件下,Ni^2+及Hg^2+的浓度与DNA⁃Ag NCs荧光强度呈线性关系;并验证了该荧光探针用于检测自来水样品中汞离子和镍离子的实用性.由于以DNA为模板的DNA⁃Ag NCs能够响应多种刺激,如Ni^2+,S^2-,Hg^2+和pH等,利用相应的荧光强度可构建多输入的DNA⁃Ag NCs逻辑门及其组合逻辑门.当荧光输出强度(Ioutput)>初始荧光强度(Iorigin)时,设定输出为1,采用各种刺激及其组合作为输入,构建了YES,INH和组合的NOR与INH逻辑门.而只有当Ioutput≥Iorigin时定义为输出为1,可建立NOT,NOR,组合的IMP加上NOR与AND逻辑门.基于DNA⁃Ag NCs可以构建响应多元输入的复杂逻辑门,实现化学信息的转变和传输,在构建新的分子器件方面有较大应用前景. 展开更多
关键词 荧光检测 dna模板 银纳米簇 逻辑门
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DNA光学逻辑门研究进展 被引量:1
17
作者 刘翼振 伍子同 +1 位作者 周晓东 胡继明 《激光生物学报》 CAS 2015年第1期8-16,共9页
DNA逻辑门是一种重要的新型计算单元,为下一代计算机的研发提供了新的思路。光学检测器拥有快速简便的优势,因此在DNA逻辑门的研究中显得十分重要。本文综述了近些年来DNA光学逻辑门的研究进展,对荧光、比色和表面增强拉曼光谱为基础的... DNA逻辑门是一种重要的新型计算单元,为下一代计算机的研发提供了新的思路。光学检测器拥有快速简便的优势,因此在DNA逻辑门的研究中显得十分重要。本文综述了近些年来DNA光学逻辑门的研究进展,对荧光、比色和表面增强拉曼光谱为基础的逻辑门的研究进行了阐述和评价,并对DNA光学逻辑门的发展前景进行了展望。 展开更多
关键词 dna 逻辑门 逻辑计算 综述
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基于DNA链置换的分子逻辑门计算模型 被引量:6
18
作者 张文逸 殷志祥 《安徽理工大学学报(自然科学版)》 CAS 2015年第1期7-10,34,共5页
DNA计算是近年来的研究热点,分子逻辑门是DNA计算机体系结构和运算实现的重要基础。将DNA自组装与链置换技术和荧光标记相结合,在现有的链置换逻辑计算模型的基础上,构造了非门,与门,与非门,或门和或非门。可在室温下进行,减少了因复杂... DNA计算是近年来的研究热点,分子逻辑门是DNA计算机体系结构和运算实现的重要基础。将DNA自组装与链置换技术和荧光标记相结合,在现有的链置换逻辑计算模型的基础上,构造了非门,与门,与非门,或门和或非门。可在室温下进行,减少了因复杂的生物操作步骤带来的误差。使用荧光检测来判断逻辑结果,操作简单,容易检测,且灵敏度高。 展开更多
关键词 dna计算 自组装 链置换 荧光标记 逻辑门
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DNA计算与DNA纳米技术 被引量:6
19
作者 王君珂 印珏 +2 位作者 牛人杰 任少康 晁洁 《电子与信息学报》 EI CSCD 北大核心 2020年第6期1313-1325,共13页
随着后摩尔时代的到来,传统硅基计算机的发展已经濒临极限,人们迫切需要发展新的计算技术满足科技与生活的需要。由于具有超强的并行运算能力和杰出的数据存储能力,DNA计算成为新型计算机技术的一个重要分支和热门研究对象。蓬勃发展的... 随着后摩尔时代的到来,传统硅基计算机的发展已经濒临极限,人们迫切需要发展新的计算技术满足科技与生活的需要。由于具有超强的并行运算能力和杰出的数据存储能力,DNA计算成为新型计算机技术的一个重要分支和热门研究对象。蓬勃发展的DNA纳米技术为DNA计算提供了新的发展平台。该文首先对DNA纳米技术进行简要介绍,然后按照DNA逻辑门、DNA级联逻辑回路、智能DNA分子机器的顺序对DNA计算的发展进行论述和展望。 展开更多
关键词 dna计算 dna纳米技术 dna折纸 dna逻辑门
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DNA自组装模型的几种分子逻辑门的计算
20
作者 单静怡 唐静静 殷志祥 《合肥工业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期176-179,共4页
分子逻辑门是DNA计算机的重要单元,也是实现运算法则的基本条件。文章以DNA自组装模型为基础,构造了特殊的环状DNA序列。通过将分子信标作为输入信号,或者对输入信号进行相应的标记,实现了与非门、或非门和异或门3种常见复合逻辑门的构... 分子逻辑门是DNA计算机的重要单元,也是实现运算法则的基本条件。文章以DNA自组装模型为基础,构造了特殊的环状DNA序列。通过将分子信标作为输入信号,或者对输入信号进行相应的标记,实现了与非门、或非门和异或门3种常见复合逻辑门的构造。在结果读取中,用检测荧光强度的方法来判断逻辑真值。反应后溶液中有荧光出现时,表示逻辑值为1;反应溶液中没有荧光出现时,表示逻辑值为0。在整个实验过程中,只需要对DNA序列进行相应的设计,可减少因为反应复杂、反应步骤繁多引起的误差。该模型操作简单,灵敏度高,为分子逻辑计算的实现提供了新的思路。 展开更多
关键词 dna自组装模型 环状dna结构 逻辑门 分子信标 dna计算
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