In this paper, the sticker based DNA computing was used for solving the independent set problem. At first, solution space was constructed by using appropriate DNA memory complexes. We defined a new operation called “...In this paper, the sticker based DNA computing was used for solving the independent set problem. At first, solution space was constructed by using appropriate DNA memory complexes. We defined a new operation called “divide” and applied it in construction of solution space. Then, by application of a sticker based parallel algorithm using biological operations, independent set problem was resolved in polynomial time.展开更多
目的运用meta分析方法系统评价补肾方剂治疗男性不育症患者精子DNA损伤(SDF)的有效性和安全性。方法从中国知网、维普、万方、PubMed、Cochrane Library、Embase、Web of Science数据库中检索补肾方剂改善SDF的随机对照试验(RCT)研究,...目的运用meta分析方法系统评价补肾方剂治疗男性不育症患者精子DNA损伤(SDF)的有效性和安全性。方法从中国知网、维普、万方、PubMed、Cochrane Library、Embase、Web of Science数据库中检索补肾方剂改善SDF的随机对照试验(RCT)研究,对文献进行方法学质量评价,运用RevMan5.3.5软件进行meta分析,并对结局指标进行GRADE质量分级。结果共纳入17项RCT研究,涉及2164例男性患者。与西医常规治疗相比,补肾方剂能够显著改善男性不育症患者DNA碎片指数(DFI)(MD=-6.50,95%CI:-7.88~-5.11,P<0.01),提高配偶妊娠率(RR=2.11,95%CI:1.12~4.00,P=0.87)、精子总活率(MD=5.56,95%CI:4.39~6.74,P<0.01)、前向运动精子百分率(MD=6.82,95%CI:5.62~8.03,P<0.01)、精子浓度(MD=6.51,95%CI:3.81~9.21,P<0.01)和正常形态精子百分率(MD=1.26,95%CI:0.45~2.06,P<0.01),且补肾方剂不会增加不良反应的发生。结论低到中等质量证据表明,与西医常规治疗相比,补肾方剂在改善男性不育症患者DFI、精液参数、配偶妊娠率等方面具有一定优势,且安全性较好。展开更多
目的探究基因甲基化改变在矽肺病及煤工尘肺(coal workers’pneumoconiosis,CWP)中的生物过程和调控机制。方法2023年10月至2024年3月招募矽肺患者5例,煤工尘肺患者16例,对照组56例,经问卷调查了解人口学信息、职业病、既往病史、生活...目的探究基因甲基化改变在矽肺病及煤工尘肺(coal workers’pneumoconiosis,CWP)中的生物过程和调控机制。方法2023年10月至2024年3月招募矽肺患者5例,煤工尘肺患者16例,对照组56例,经问卷调查了解人口学信息、职业病、既往病史、生活史等内容;采用DNA甲基化高通量基因芯片对矽肺、煤工尘肺患者和对照组血样进行检测,分析CpG点位甲基化差异DNA,采用R软件ggplot2包用于绘制差异甲基化基因(differentially methylated genes,DMGs)火山图,pheatmap包用于构建热图;使用sesame(SEnsible Step-wise Analysis of DNA MEthylation BeadChips)软件混合线性模型对每两组样本进行分析,获得检测的差异甲基化点位(differentially methylated CpG,DMC),再进行FDR校正,得到校正后P值,采用P<0.05和Δβ绝对值>0.05进行筛选;对甲基化差异基因进行GO(gene ontology)富集分析找到其主要参与的生物过程,使用KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路分析寻找参与的相关细胞通路,并根据Venn图的重叠和独特DMGs结果进一步鉴定潜在的生物标志物。结果矽肺患者组男性4人,女性1人,年龄(54.60±2.70)岁,接害工龄(12.80±8.01)年。煤工尘肺患者组男性15人,女性1人,年龄(74.80±8.14)岁,接害工龄(31.38±10.11)年。对照组男性49人,女性7人,年龄(64.91±12.29)岁。年龄(F=7.78,P<0.01)、工龄(t=4.67,P<0.01)、吸烟(χ^(2)=16.41,P<0.01)在不同组间的差异有统计学意义,性别(χ^(2)=0.88,P>0.05)在不同组间的差异无统计学意义。基因测序结果显示,矽肺组与对照组比较有1128个显著差异的DMGs(包括720个上调和408个下调的DMGs),CWP组共发现423个显著差异DMGs(139个上调和284个下调的DMGs)。矽肺组与CWP组相比发现711个显著差异DMGs(440个上调和271个下调的DMGs)。GO富集分析显示,矽肺与CWP差异基因涉及276种生物过程、45种细胞组分及64种分子功能。KEGG分析显示差异基因显著富集于30条信号通路。结论矽肺和CWP患者血样中的DMGs分布和其涉及的生物过程与调控机制存在差异。展开更多
文摘In this paper, the sticker based DNA computing was used for solving the independent set problem. At first, solution space was constructed by using appropriate DNA memory complexes. We defined a new operation called “divide” and applied it in construction of solution space. Then, by application of a sticker based parallel algorithm using biological operations, independent set problem was resolved in polynomial time.
文摘目的运用meta分析方法系统评价补肾方剂治疗男性不育症患者精子DNA损伤(SDF)的有效性和安全性。方法从中国知网、维普、万方、PubMed、Cochrane Library、Embase、Web of Science数据库中检索补肾方剂改善SDF的随机对照试验(RCT)研究,对文献进行方法学质量评价,运用RevMan5.3.5软件进行meta分析,并对结局指标进行GRADE质量分级。结果共纳入17项RCT研究,涉及2164例男性患者。与西医常规治疗相比,补肾方剂能够显著改善男性不育症患者DNA碎片指数(DFI)(MD=-6.50,95%CI:-7.88~-5.11,P<0.01),提高配偶妊娠率(RR=2.11,95%CI:1.12~4.00,P=0.87)、精子总活率(MD=5.56,95%CI:4.39~6.74,P<0.01)、前向运动精子百分率(MD=6.82,95%CI:5.62~8.03,P<0.01)、精子浓度(MD=6.51,95%CI:3.81~9.21,P<0.01)和正常形态精子百分率(MD=1.26,95%CI:0.45~2.06,P<0.01),且补肾方剂不会增加不良反应的发生。结论低到中等质量证据表明,与西医常规治疗相比,补肾方剂在改善男性不育症患者DFI、精液参数、配偶妊娠率等方面具有一定优势,且安全性较好。
文摘目的探究基因甲基化改变在矽肺病及煤工尘肺(coal workers’pneumoconiosis,CWP)中的生物过程和调控机制。方法2023年10月至2024年3月招募矽肺患者5例,煤工尘肺患者16例,对照组56例,经问卷调查了解人口学信息、职业病、既往病史、生活史等内容;采用DNA甲基化高通量基因芯片对矽肺、煤工尘肺患者和对照组血样进行检测,分析CpG点位甲基化差异DNA,采用R软件ggplot2包用于绘制差异甲基化基因(differentially methylated genes,DMGs)火山图,pheatmap包用于构建热图;使用sesame(SEnsible Step-wise Analysis of DNA MEthylation BeadChips)软件混合线性模型对每两组样本进行分析,获得检测的差异甲基化点位(differentially methylated CpG,DMC),再进行FDR校正,得到校正后P值,采用P<0.05和Δβ绝对值>0.05进行筛选;对甲基化差异基因进行GO(gene ontology)富集分析找到其主要参与的生物过程,使用KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路分析寻找参与的相关细胞通路,并根据Venn图的重叠和独特DMGs结果进一步鉴定潜在的生物标志物。结果矽肺患者组男性4人,女性1人,年龄(54.60±2.70)岁,接害工龄(12.80±8.01)年。煤工尘肺患者组男性15人,女性1人,年龄(74.80±8.14)岁,接害工龄(31.38±10.11)年。对照组男性49人,女性7人,年龄(64.91±12.29)岁。年龄(F=7.78,P<0.01)、工龄(t=4.67,P<0.01)、吸烟(χ^(2)=16.41,P<0.01)在不同组间的差异有统计学意义,性别(χ^(2)=0.88,P>0.05)在不同组间的差异无统计学意义。基因测序结果显示,矽肺组与对照组比较有1128个显著差异的DMGs(包括720个上调和408个下调的DMGs),CWP组共发现423个显著差异DMGs(139个上调和284个下调的DMGs)。矽肺组与CWP组相比发现711个显著差异DMGs(440个上调和271个下调的DMGs)。GO富集分析显示,矽肺与CWP差异基因涉及276种生物过程、45种细胞组分及64种分子功能。KEGG分析显示差异基因显著富集于30条信号通路。结论矽肺和CWP患者血样中的DMGs分布和其涉及的生物过程与调控机制存在差异。
