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线粒体DNA D-loop区单核苷酸多态性及拷贝数与皮肌炎发病风险关系 被引量：1
1
作者 檀紫瑞 张晶晶 +2 位作者 贾园园 彭晨星 赵宇飞 《安徽医科大学学报》 北大核心 2025年第1期130-135,共6页
目的探究线粒体DNA(mtDNA)的D-loop区单核苷酸多态性(SNPs)和mtDNA拷贝数与皮肌炎(DM)发病风险的关系及其影响因素。方法收录74例DM患者和92例健康受试者,从外周血液中提取基因组DNA,利用PCR技术将mtDNA的D-loop区目的片段进行扩增,对... 目的探究线粒体DNA(mtDNA)的D-loop区单核苷酸多态性(SNPs)和mtDNA拷贝数与皮肌炎(DM)发病风险的关系及其影响因素。方法收录74例DM患者和92例健康受试者,从外周血液中提取基因组DNA,利用PCR技术将mtDNA的D-loop区目的片段进行扩增,对产物进行测序;应用高灵敏度活性氧(ROS)检测套件,测定血清ROS水平;采用流式免疫荧光微球技术测定细胞因子白细胞介素(IL)-5、IL-13、干扰素(IFN)-γ、IL-2、IL-6、IL-10、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、IL-4表达水平,使用Wilcoxon秩和检验评估细胞因子与DM风险相关SNPs的潜在相关性;进行实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)分析,测量mtDNA的相对拷贝数。结果DM患者组存在2个与其发病风险有关的多态性变异位点(16304T/C、16519T/C),线粒体D-loop区的等位基因16304C(χ^(2)=4.937,P=0.026)和16519C(χ^(2)=4.405,P=0.036)与DM患者发病风险有关;DM风险相关等位基因16304C与IL-4低表达相关(P=0.016)。DM患者中的mtDNA拷贝数高于对照组(P<0.001)。结论线粒体D-loop区SNPs可能是DM风险的潜在生物标志物,SNPs可能通过影响细胞因子参与DM的发生。DM的mtDNA拷贝数呈现高表达,mtDNA拷贝数的增加可能会导致线粒体功能障碍,从而引发DM的发病。 展开更多
关键词 皮肌炎 d-loop区 SNPS 细胞因子 ROS mtDNA拷贝数 发病风险
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基于D-loop区和cox1基因序列的江西9个地区草鱼养殖群体遗传多样性分析 被引量：1
2
作者 侯佳浩 刘文玉 +7 位作者 吴春林 张明辉 李琳洁 王子予 黄培荧 范洪祥 简少卿 赵大显 《南昌大学学报(理科版)》 2025年第2期198-207,共10页
为评估江西省草鱼(Ctenopharyngodon idellus)养殖群体的种质资源现状,本研究采用线粒体D-loop区(309 bp)与细胞色素C氧化酶I(cox1)基因(527 bp)部分序列,对江西省9个草鱼繁育场(新干XG、吉安JA、峡江XJ、大余DY、宁都ND、瑞昌RC、上栗S... 为评估江西省草鱼(Ctenopharyngodon idellus)养殖群体的种质资源现状,本研究采用线粒体D-loop区(309 bp)与细胞色素C氧化酶I(cox1)基因(527 bp)部分序列,对江西省9个草鱼繁育场(新干XG、吉安JA、峡江XJ、大余DY、宁都ND、瑞昌RC、上栗SL、万载WZ、南昌NC)草鱼养殖群体进行遗传多样性分析。结果显示:D-loop区检测到225个多态性位点,分离出27个单倍型;cox1基因检测到73个多态性位点,分离出9个单倍型。两个标记的遗传多样性参数均处于较低水平:D-loop区单倍型多样性(Hd)0.067~0.515,核苷酸多样性(π)0.00012~0.03138,cox1基因Hd=0~0.331,π=0~0.00797。群体结构分析表明,群体间发生了不同程度的分化。遗传分化系数:D-loop区0~0.04783、cox1基因0~0.18190。分子方差分析(AMOVA)表明遗传变异主要源于群体内(D-loop区98.82%,cox1基因97.87%)。单倍型网络图与邻接法系统发育树均未呈现地理聚类特征,表明江西9个地区草鱼养殖群体遗传多样性较低,群体间分化匮乏。本研究中9个地区草鱼养殖群体遗传多样性背景,可以为江西草鱼种质资源保护与利用提供参考依据。 展开更多
关键词 草鱼 d-loop区 cox1基因 遗传多样性
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甘肃滩羊体线粒体DNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析
3
作者 王燕燕 王珂 +5 位作者 徐建峰 石福岳 郭海龙 高登伟 顾玲荣 王胜明 《家畜生态学报》 北大核心 2025年第6期16-20,共5页
为了探讨甘肃滩羊的遗传多样性与母系起源,试验以甘肃环县、景泰县和靖远县的滩羊为研究对象,采用PCR扩增和直接测序法获得滩羊mtDNA D-loop区序列,分析其遗传多样性、遗传结构并构建系统发育树。结果显示,3个滩羊群体共存在7种不同长度... 为了探讨甘肃滩羊的遗传多样性与母系起源,试验以甘肃环县、景泰县和靖远县的滩羊为研究对象,采用PCR扩增和直接测序法获得滩羊mtDNA D-loop区序列,分析其遗传多样性、遗传结构并构建系统发育树。结果显示,3个滩羊群体共存在7种不同长度的mtDNA D-loop区序列,范围为1107~1183 bp,以1182 bp为主;3个群体的A、G、T、C、A+T、C+G平均含量分别为33.24%、14.29%、29.56%、22.88%、62.87%、37.18%,A+T含量明显高于C+G;共有154个变异位点,33种单倍型,3个滩羊群体mtDNA D-loop序列的Hd平均值为0.977,Pi平均值为0.035;系统发育分析显示,41只滩羊分为3个分支,表明甘肃滩羊可能存在3个母系起源。研究认为甘肃滩羊遗传多样性丰富,遗传稳定,存在3个母系起源。 展开更多
关键词 滩羊 mtDNA d-loop 遗传多样性 系统进化
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基于线粒体基因组D-loop区解析项城猪种质特征及遗传多样性
4
作者 张开源 王畅 +9 位作者 王冰洁 韩雪蕾 李新建 王腾飞 秦本源 李秀领 余彤 杨峰 柏峻 刘贤 《中国畜牧杂志》 北大核心 2025年第8期213-220,共8页
中国本土猪种质资源正面临外来商品猪种基因渗透导致的遗传资源流失危机。作为河南省重新被发现的地方猪种资源,项城猪的种质特性与遗传背景亟待阐明。本研究通过线粒体DNA D-loop区测序技术对项城猪进行遗传多样性分析,并采用邻接法(Ne... 中国本土猪种质资源正面临外来商品猪种基因渗透导致的遗传资源流失危机。作为河南省重新被发现的地方猪种资源,项城猪的种质特性与遗传背景亟待阐明。本研究通过线粒体DNA D-loop区测序技术对项城猪进行遗传多样性分析,并采用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)构建其与6个国内外代表性猪种之间的系统进化关系。结果显示,项城猪群体遗传多样性较高,单倍型多样性(Haplotype Diversity,Hd)为0.833,核苷酸多样性(Nucleotide Diversity,Pi)为0.00311,其遗传多样性水平高于淮南猪(Hd=0.788,Pi=0.00156)、藏猪(Hd=0.705,Pi=0.00283)、莱芜猪(Hd=0.589,Pi=0.00246),与南阳黑猪(Hd=0.815,Pi=0.00360)、五指山猪(Hd=0.838,Pi=0.00334)和保山猪(Hd=0.828,Pi=0.00371)等处于相近水平。项城猪群体共鉴定出14个单倍型,涉及29个多态位点(21个单一变异位点,8个简约信息位点)。其中,项城猪公猪群体展现出更高的单倍型分化(11个单倍型,21个多态位点),表明其公猪群体在维持群体遗传结构中可能发挥重要作用。系统进化树分析显示,项城猪形成一个独立分支,其与河南地方猪种间的遗传距离(Genetic Distance,GD)较近(GD为0.004~0.010),但仍存在一定差异;项城猪与西方外来猪种杜洛克、长白猪之间的遗传距离更远(GD为0.022~0.024),进一步说明项城猪的地方独立性。本研究首次系统揭示了项城猪独特的遗传结构和丰富的遗传多样性,研究成果为项城猪的遗传保护、资源评价及种质创新利用提供了坚实的分子遗传学基础。 展开更多
关键词 项城猪 线粒体DNA d-loop区 遗传多样性 系统发育分析 遗传距离
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基于mtDNA D-Loop片段的饶羊个体母系血统分子鉴定
5
作者 高程远 刘从 +2 位作者 彭宝松 田树军 陈晓勇 《中国畜牧杂志》 北大核心 2025年第11期144-150,共7页
本研究旨在从基因水平鉴别未知个体羊与饶湖后代个体(饶羊与湖羊杂交)、饶寒后代个体(饶羊与小尾寒羊杂交)、以及湖寒四元后代个体(湖羊和小尾寒羊为母本四元杂交)母系血统,建立一种准确简便高效的血统身份分子诊断方法,为绵羊亲缘关系... 本研究旨在从基因水平鉴别未知个体羊与饶湖后代个体(饶羊与湖羊杂交)、饶寒后代个体(饶羊与小尾寒羊杂交)、以及湖寒四元后代个体(湖羊和小尾寒羊为母本四元杂交)母系血统,建立一种准确简便高效的血统身份分子诊断方法,为绵羊亲缘关系、品种资源调查、品种保护提供技术支撑。以饶羊(湖羊、小尾寒羊为母本培育的新种群)、小尾寒羊、湖羊为研究对象,采用测序方法获得线粒体基因组D-Loop片段序列,通过两两比较方法分析上述每个品种内个体间D-Loop区序列变异范围,根据饶羊、小尾寒羊、湖羊3个种群个体间D-Loop区相似度范围,探索设计开发未知个体母系血统鉴别方法。结果表明,饶羊个体间D-Loop片段相似度为92.02%~96.88%,湖羊个体间D-Loop片段相似度为97.36%~99.66%,小尾寒羊个体间D-Loop片段相似度为97.01%~99.92%,饶羊与湖羊个体线粒体D-Loop序列相似度为93.01%~96.97%,饶羊与小尾寒羊个体线粒体D-Loop序列相似度为93.03%~96.85%。综上,当未知个体与饶羊群体D-Loop序列相似度大于92.02%,且未知个体与湖羊D-Loop序列相似度为93.01%~96.97%,与小尾寒羊D-Loop序列相似度为93.03%~96.85%时,即该未知个体既含有湖羊血统又含有小尾寒羊血统,该未知个体与饶羊有相同的母系血统。本研究建立了一种基于mtDNA D-Loop片段的饶羊个体母系血统的两步法分子诊断方法,该方法可以同时鉴别未知个体是否含有饶羊、湖羊、小尾寒羊母系血统。 展开更多
关键词 饶羊 母系血统 湖羊 小尾寒羊 MTDNA d-loop
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基于D-loop区多态性分析新疆地区7个哈萨克牛群体遗传结构和母系起源 被引量：1
6
作者 王盼盼 沙拉玛提·波代 +2 位作者 巴合提·博代 李振伟 吾热力哈孜·哈孜汗 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第3期1166-1179,共14页
【目的】利用线粒体DNA(mtNDA)D-loop区序列多态性作为标记,探究新疆7个哈萨克牛群体间遗传结构和母系起源,为新疆黄牛品种合理利用和生物多样性保护提供资料。【方法】采集哈萨克牛血液提取DNA,测定179头哈萨克牛个体mtDNA D-loop序列... 【目的】利用线粒体DNA(mtNDA)D-loop区序列多态性作为标记,探究新疆7个哈萨克牛群体间遗传结构和母系起源,为新疆黄牛品种合理利用和生物多样性保护提供资料。【方法】采集哈萨克牛血液提取DNA,测定179头哈萨克牛个体mtDNA D-loop序列,利用SnapGene软件对所获序列与参考序列进行比对、校正,确定mtDNA D-loop区序列的长度和位置,并统计碱基含量;利用DnaSP 5.10软件统计哈萨克牛种群单核苷酸多态性(SNP)位点,并计算单倍型数(H)、核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样度(Hd)等参数;利用Arlequin 3.0软件分析哈萨克牛种群的遗传结构;采用Mega 11.0软件计算mtDNA D-loop区哈萨克牛种群的遗传距离,并构建Neighbor-Joining(NJ)系统进化树。【结果】哈萨克牛群体mtDNA D-loop区全序列长909~911 bp,其A、G、T、C 4种碱基平均含量分别为32.8%、13.8%、28.8%和24.6%,AT含量高于GC含量,179个个体共检测到131个SNPs,其中变异位点占所测核苷酸全长的14.40%,定义了89种单倍型,Hd和Pi分别为0.974和0.01288,表明哈萨克牛群体的遗传多样性十分丰富。分子变异分析结果表明,97.13%的变异属于群体内,2.87%则来自群体间变异,遗传距离为0.0109~0.0186,群体间遗传分化指数(F st)为―0.0053~0.0782,且均无显著分化(P>0.05)。系统发生树显示,新疆地区7个哈萨克牛群体有普通牛和瘤牛两大母系起源。【结论】新疆地区哈萨克牛源于两个母系,遗传多样性丰富。尽管群体间存在遗传分化,但并未形成明显的地理隔离,且遗传结构差异正在缩小。本研究结果为保护和利用哈萨克牛遗传资源提供了理论依据。 展开更多
关键词 哈萨克牛 线粒体DNA d-loop区 遗传多样性 系统进化
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矮小芦花鸡线粒体DNA D-loop序列变异起源分化研究
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作者 栾祜 缪立生 +2 位作者 柳俭强 陈小辛 张立春 《中国畜牧杂志》 北大核心 2025年第9期227-233,共7页
本研究旨在探索吉林省矮小芦花鸡这一独特地方品种的遗传多样性和母系起源。通过对矮小芦花鸡线粒体DNA D-loop区序列的分析,揭示该品种的遗传结构及其历史演化路径,为有效保护和利用这一珍贵的遗传资源,以及未来的选育和遗传改良工作... 本研究旨在探索吉林省矮小芦花鸡这一独特地方品种的遗传多样性和母系起源。通过对矮小芦花鸡线粒体DNA D-loop区序列的分析,揭示该品种的遗传结构及其历史演化路径,为有效保护和利用这一珍贵的遗传资源,以及未来的选育和遗传改良工作提供坚实的理论基础。本研究以34只矮小芦花鸡为研究对象,针对其线粒体DNA D-loop区域开展PCR扩增、测序及比对分析,系统评估该品种的遗传多样性特征与母系起源。研究获得长度为1 052 bp的D-loop序列,碱基组成分析显示A+T含量(54.4%)显著高于G+C含量(45.6%),呈现出明显的碱基偏向性特征。通过序列比对共检测到21个变异位点,其中包含6个单一变异位点和15个简约信息位点。具体而言,变异类型包括3处单碱基插入事件,所有变异均表现为单碱基替换(20个转换+1个颠换),其中T-C转换14次(占比66.7%)、A-G转换6次(占比28.6%)、A-C颠换1次(占比4.7%)。遗传多样性分析显示:核苷酸多样性(Pi)为0.007 64±0.001 4,单倍型多样性(Hd)达0.872±0.027,平均核苷酸差异数(K)为6.067,表明该群体存在丰富的核苷酸变异。序列分析共鉴定出9种单倍型,单倍型间遗传距离范围为0.001~0.016。系统发育关系重建显示该群体分化为3个独立的线粒体谱系,不仅证实了其存在3个母系起源,更揭示了群体内部个体间遗传距离较近的特性。上述研究结果充分表明矮小芦花鸡具有较高的遗传多样性水平,亟需加强该珍贵地方品种的遗传资源保护与系统性保育工作。 展开更多
关键词 矮小芦花鸡 线粒体DNA d-loop 核苷酸多样性 单倍型多样性 平均核苷酸差异数
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基于线粒体DNA D-loop标记的华南地区4种鲤亚科鱼类遗传多样性分析 被引量：2
8
作者 姚东林 张涛 朱静璇 《渔业研究》 2025年第1期11-18,共8页
【目的】研究华南地区鲤亚科鱼类的遗传多样性,为开展淡水鱼类的遗传育种工作提供参考。【方法】本研究采集位于海南省、广东省、广西壮族自治区的华南鲤(Cyprinus car-piorubrofuscus Lacepede)、尖鳍鲤(Cyprinus acutidorsalis Wang)... 【目的】研究华南地区鲤亚科鱼类的遗传多样性,为开展淡水鱼类的遗传育种工作提供参考。【方法】本研究采集位于海南省、广东省、广西壮族自治区的华南鲤(Cyprinus car-piorubrofuscus Lacepede)、尖鳍鲤(Cyprinus acutidorsalis Wang)、三角鲤(Cyprinus multita-eniata Pellegrin et Chevey)和须鲫(Carassioides cantonensis Heincke)4种鲤亚科鱼类的6个种群共156个样本,采用线粒体D-loop标记分析其遗传多样性。【结果】研究结果表明,华南鲤的海南、珠江和榕江3个种群的遗传多样性相对较高,其线粒体控制区的单倍型多样性分别为0.814、0.895和0.879;须鲫、尖鳍鲤和三角鲤的单倍型多样性较低,分别为0.748、0.794和0.536。华南鲤的遗传多样性较高,其中海南种群略低于珠江种群和榕江种群,可能与历史上的冰期活动和琼州海峡的阻隔有关。须鲫、尖鳍鲤和三角鲤三者的遗传多样性相对较低,这可能与3个物种本身的分布范围较小、生存能力较差有关。【意义】本研究结果为进一步探明华南地区鲤亚科鱼类的自然资源状况和开展淡水鱼类的遗传育种工作提供了重要的参考。 展开更多
关键词 华南鲤 尖鳍鲤 三角鲤 须鲫 d-loop 遗传多样性
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鲫属鱼类线粒体D-loop区结构及其系统发育分析
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作者 周益成 邓彬华 +5 位作者 郑鹏 刘兰苑 陈锭娴 林胜跃 蔡国军 李强 《湖南农业科学》 2025年第9期77-82,共6页
鲫属鱼类广泛分布于亚欧地区,由于其外观形态复杂多变,且存在多种倍性和繁殖方式,其分类体系尚未达成共识。本研究采用PCR和基因测序技术,对金鱼、缩骨鲫、彭泽鲫鱼和鲫鱼4种鲫属鱼类线粒体D-loop区进行测序,并与NCBI上已发表的鱼类相... 鲫属鱼类广泛分布于亚欧地区,由于其外观形态复杂多变,且存在多种倍性和繁殖方式,其分类体系尚未达成共识。本研究采用PCR和基因测序技术,对金鱼、缩骨鲫、彭泽鲫鱼和鲫鱼4种鲫属鱼类线粒体D-loop区进行测序,并与NCBI上已发表的鱼类相关序列进行联合对比。结果表明:鲫属鱼类mtDNA D-loop序列长度为919~959 bp,A+T平均含量65.7%,呈现A+T碱基组成偏倚性;种间平均遗传距离为0.002~0.078,金鱼与缩骨鲫、彭泽鲫与方正银鲫D品系之间遗传距离最小,淇河鲫与黑鲫之间的遗传距离最大;基于邻接法构建的系统发育树显示,15种鲫属鱼类聚为4大支系,支系Ⅰ涵盖10种中国本土鲫鱼及选育种,支系Ⅱ为3种日本鲫鱼,支系Ⅲ为白鲫,支系Ⅳ为黑鲫;支系Ⅰ又可分为A、B和C 3个姐妹支系,其中金鱼与缩骨鲫存在较近的亲缘关系,彭泽鲫与银鲫存在较近的亲缘关系。 展开更多
关键词 鲫属鱼类 d-loop区 系统发育
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基于线粒体D-loop区和COI基因序列的毕节地区2种裂腹鱼遗传多样性分析
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作者 刘伟 王霞 +3 位作者 向燕 吕振宇 曾圣 詹会祥 《贵州农业科学》 2025年第7期81-89,共9页
【目的】探明贵州毕节地区昆明裂腹鱼(Schizothorax grahami)和四川裂腹鱼(Schizothorax kozlovi)的遗传多样性,为其种质资源保护及增殖放流提供参考。【方法】以线粒体D-loop区和COI基因为分子标记,分析2种裂腹鱼的遗传多样性。【结果... 【目的】探明贵州毕节地区昆明裂腹鱼(Schizothorax grahami)和四川裂腹鱼(Schizothorax kozlovi)的遗传多样性,为其种质资源保护及增殖放流提供参考。【方法】以线粒体D-loop区和COI基因为分子标记,分析2种裂腹鱼的遗传多样性。【结果】基于线粒体D-loop区和COI基因序列,38尾昆明裂腹鱼分别定义10种和9种单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.781、0.630和0.00644、0.00373;34尾四川裂腹鱼分别定义5种和4种单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.524、0.485和0.00262、0.00121。中性检测及核苷酸错配分布表明,2种裂腹鱼近期可能未经历大规模种群扩张事件。【结论】毕节地区昆明裂腹鱼的遗传多样性处于中等水平,而四川裂腹鱼的遗传多样性较低。 展开更多
关键词 昆明裂腹鱼 四川裂腹鱼 d-loop区 COI基因 遗传多样性
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早胜牛mtDNA D-loop区遗传多样性及起源分析
11
作者 梁永虎 梁万鹏 +7 位作者 贺怀刚 苏涛龙 李增录 袁婧 赵凤妮 宋敏 施海娜 刘雨田 《中国牛业科学》 2025年第4期20-27,32,共9页
为了有效保护早胜牛种质资源、提升其生产性能,对抗突变、漂变、近交等不良因素,试验采用PCR扩增、测序及生物信息学技术,对早胜牛线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop区)序列多态性与母系起源进行了研究。结果表明,从早胜牛98个样本中成功获... 为了有效保护早胜牛种质资源、提升其生产性能,对抗突变、漂变、近交等不良因素,试验采用PCR扩增、测序及生物信息学技术,对早胜牛线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop区)序列多态性与母系起源进行了研究。结果表明,从早胜牛98个样本中成功获取84条长度约为910 bp及1条长度953 bp的核苷酸序列。经分析发现,碱基组成中腺嘌呤(A)占比最高,平均达32.92%;胸腺嘧啶(T)次之,占28.75%;胞嘧啶(C)与鸟嘌呤(G)分别占24.57%和13.71%,这表明D-loop区长度在种群内具备较高一致性。进一步分析显示,早胜牛线粒体D-loop区存在60个有效多态位点,98个样本共鉴定出45种单倍型,单倍型多样性指数较高,为0.946±0.014。核苷酸多样性为0.017 84±0.002 15,意味着该区域序列变异适度,既不过于保守,也非极端变异。45种单倍型间遗传距离介于0.013~1.508,均值为0.088,其中最小遗传距离为0.013,暗示部分单倍型或源自共同祖先,分化时间较近。进化树分析结果揭示,早胜牛的45种单倍型与普通牛(Bos taurus)和瘤牛(Bos indicus)亲缘关系紧密,尤其多数单倍型(如Hap 17、Hap 39、Hap 43等)与普通牛遗传距离更近,说明普通牛大概率为早胜牛的主要遗传起源。 展开更多
关键词 早胜牛 种质资源 遗传多样性 d-loop区
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郧西马头山羊线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析
12
作者 程蕾 刘辰晖 +6 位作者 陈杨 向敏 余婕 钟朱夏 夏永春 杨务军 胡修忠 《湖北农业科学》 2025年第7期198-202,共5页
基于线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列的遗传变异分析,评估郧西马头山羊(Capra hircus)的遗传多样性。通过PCR扩增和测序获得184只郧西马头山羊mtDNA D-loop区全序列,系统分析其核苷酸多态性和单倍型多样性,开展中性检验(Tajima’s D、Fu’... 基于线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列的遗传变异分析,评估郧西马头山羊(Capra hircus)的遗传多样性。通过PCR扩增和测序获得184只郧西马头山羊mtDNA D-loop区全序列,系统分析其核苷酸多态性和单倍型多样性,开展中性检验(Tajima’s D、Fu’s Fs)和错配分布分析,并与不同山羊品种的mtDNA D-loop序列进行聚类分析。结果表明,郧西马头山羊mtDNA D-loop的A、G、C、T 4种碱基占比分别为30.77%、14.26%、26.26%、28.71%,A+T碱基的占比为59.48%,明显高于G+C(40.52%)。郧西马头山羊mtDNA D-loop共有52种单倍型,131个变异位点,其中单一多态位点51个,简约信息位点80个。Fu’s Fs检验结果显示,Fs为-2.48,显著偏离中性模型(P<0.05)。郧西马头山羊与其他5个山羊品种(川东白山羊、陕南白山羊、黄淮山羊、北川白山羊、波尔山羊)的系统发育树显示,184个个体被分为3个大分支,分别为2个本地支与1个波尔山羊杂交支。郧西马头山羊群体的多态程度高,遗传多样性丰富,具有较大的育种潜能,但存在周边多个地方山羊品种和波尔山羊的遗传渗入现象。 展开更多
关键词 郧西马头山羊(Capra hircus) 线粒体DNA d-loop区 遗传多样性
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贵州黄牛mtDNA D-loop遗传多样性研究 被引量：39
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作者 刘若余 夏先林 +3 位作者 雷初朝 张明忠 陈宏 杨公社 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期279-284,共6页
对贵州4个地方黄牛品种共计82个个体的线粒体DNA D-loop区全序列910bp进行分析，检测到31种单倍型，其核苷酸多态位点65个，约占所测核苷酸总长的7．14％，其中有62个转换，2个颠换，1个转换／颠换共存。贵州4个黄牛品种mtDNA D-loop区... 对贵州4个地方黄牛品种共计82个个体的线粒体DNA D-loop区全序列910bp进行分析，检测到31种单倍型，其核苷酸多态位点65个，约占所测核苷酸总长的7．14％，其中有62个转换，2个颠换，1个转换／颠换共存。贵州4个黄牛品种mtDNA D-loop区核苷酸多样度（π值）为2．16％～2．61％，单倍型多样度（H）为0．695～0．909，表明贵州黄牛mtDNA遗传多样性比较丰富。根据单倍型构建了贵州4个黄牛品种的NJ分子系统树。聚类表明，贵州黄牛有普通牛和瘤牛2大母系起源，其影响较为均一。并探讨了用核苷酸多样度π值的大小来衡量黄牛群体遗传分化程度的可行性。 展开更多
关键词 贵州黄牛 线粒体DNA d-loop 遗传多样性 起源
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赤眼鳟线粒体D-loop和Cyt b基因序列的对比分析 被引量：19
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作者 杨慧荣 赵会宏 +2 位作者 蒙子宁 刘丽 林权卓 《中山大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期100-106,136,共8页
研究了长江和珠江野生赤眼鳟Squaliobarbus curriculus共4个群体24个个体的线粒体控制区(D-loop)和细胞色素b(Cyt b)基因序列,通过PCR扩增与测序,分别获得了长度为598 bp和752 bp的D-loop和Cyt b基因片段。分析表明,D-loop序列共定义了1... 研究了长江和珠江野生赤眼鳟Squaliobarbus curriculus共4个群体24个个体的线粒体控制区(D-loop)和细胞色素b(Cyt b)基因序列,通过PCR扩增与测序,分别获得了长度为598 bp和752 bp的D-loop和Cyt b基因片段。分析表明,D-loop序列共定义了18个单倍型,存在34个简约信息位点,67个多态性位点,发生转换40次,颠换15次,插入/缺失14次。A、T、C、G平均含量分别为33.7%、35.1%、17.5%、13.7%。Cyt b序列共定义了18个单倍型,存在68个简约信息位点,72个多态性位点,发生转换60次,颠换15次,无插入/缺失位点。A、T、C、G平均含量分别为29.3%、26.4%、29.8%、14.5%。Cyt b除简约信息位点百分比大于D-loop外,多态位点百分比和单突变位点百分比均小于D-loop,说明D-loop具有较快的进化速率。D-loop序列的单倍型多样性(H)、平均核苷酸差异数(K)、核苷酸多样性(π)分别0.963 8、16.543 5和0.028 4,Cyt b的H、K和π分别为0.971 0、31.855 1和0.042 6,显示赤眼鳟具有较高的遗传多样性水平,且遗传变异主要存在于群体间。分析群体间的遗传距离和FST值,D-loop和Cyt b都一致表明:长江和珠江水系间存在明显的遗传分化,系统树和分子变异等级分析(AMOVA)也支持这一观点。同一水系群体间的遗传差异较小,Cyt b则更小;不同水系群体间的遗传差异较大,Cyt b则更大。故,Cyt b呈现出"小则越小,大则越大"的态势。分析其原因,可能与D-loop和Cyt b进化速率密切相关。 展开更多
关键词 赤眼鳟 线粒体 d-loop CYT b 遗传变异 对比分析
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牦牛线粒体DNA D-loop区序列测定及其在牛亚科中分类地位的研究 被引量：30
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作者 李齐发 李隐侠 +8 位作者 赵兴波 潘增祥 刘振山 张庆波 屈旭光 宋大伟 董丽艳 李宁 谢庄 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期1-6,共6页
根据普通牛线粒体DNA序列设计引物,获得了九龙牦牛线粒体D-loop区全序列,并以羊亚科绵羊属绵羊作为外类群利用D-loop区序列对牛亚科代表性物种（牦牛、野牦牛、普通牛、瘤牛、美洲野牛、欧洲野牛和亚洲水牛）进行了系统发育分析。结果... 根据普通牛线粒体DNA序列设计引物,获得了九龙牦牛线粒体D-loop区全序列,并以羊亚科绵羊属绵羊作为外类群利用D-loop区序列对牛亚科代表性物种（牦牛、野牦牛、普通牛、瘤牛、美洲野牛、欧洲野牛和亚洲水牛）进行了系统发育分析。结果发现：牦牛线粒体DNA D-loop区序列全长893 bp,与普通牛源序列的同源性为87.4%,其中有17个碱基的缺失;在牛亚科内,牦牛、野牦牛与美洲野牛（美洲野牛属）间的序列差异百分比最小,为6.2%～6.8%,而与牛属中普通牛、瘤牛间的序列差异百分比较大,为10.0%～11.3%;系统发育分析发现：牦牛、野牦牛首先与美洲野牛聚为一类,说明牦牛、野牦牛与美洲野牛属间的遗传相似性较高、亲缘关系较近,而与牛属间的遗传相似性较低、亲缘关系较远;结合古生物学、形态学、分子生物学的证据,支持将牦牛、野牦牛划分为牛亚科中一个独立属即牦牛属的观点。 展开更多
关键词 牛亚科 牦牛属 牦牛 d-loop 系统发育 分类地位
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西藏牦牛mtDNA D-loop区的遗传多样性及其遗传分化 被引量：32
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作者 张成福 徐利娟 +2 位作者 姬秋梅 信金伟 钟金城 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期1387-1395,共9页
通过测定和分析西藏11个牦牛类群114个个体的mtDNA D-loop区全序列,对西藏牦牛的遗传多样性、类群间的亲缘关系及其遗传分化进行了研究。结果表明:①西藏牦牛mtDNA D-loop区全序列长度为890—896 bp,4种核苷酸T、C、A、G的平均比例分别... 通过测定和分析西藏11个牦牛类群114个个体的mtDNA D-loop区全序列,对西藏牦牛的遗传多样性、类群间的亲缘关系及其遗传分化进行了研究。结果表明:①西藏牦牛mtDNA D-loop区全序列长度为890—896 bp,4种核苷酸T、C、A、G的平均比例分别为28.5%、25.3%、32.4%、13.8%,西藏牦牛mtDNA D-loop区富含碱基A+T,表现出一定的碱基偏好性。②共检测到130个变异位点,占分析总位点数的14.33%;其中单一多态位点85个,占多态位点总数的65.38%,简约信息位点45个,占多态位点总数的34.62%。序列变异中碱基缺失、插入和碱基替换等均有,其中碱基替换变异类型中转换114次,颠换12次,在转换变异类型中以A/G、T/C为主,占95.61%,在颠换变异类型中以A/T为主,占75%。③在114个个体中鉴定出90种单倍型,单倍型多样性为0.981±0.008,核苷酸多样性为0.01056±0.00701,均说明西藏牦牛具有丰富的单倍型类型。④90种单倍型分为2个聚类簇(Ⅰ、Ⅱ),聚类簇Ⅰ包含80种单倍型,占全部单倍型的88.89%,涵盖本研究中所有的西藏牦牛类群;聚类簇Ⅱ中有10种单倍型,占单倍型总数的11.11%,涉及的类群有工布江达、帕里、丁青、巴青、江达、类乌齐、桑桑、桑日、斯布,说明西藏牦牛可能有2个母系起源。⑤西藏牦牛类群间核苷酸分歧度(Dxy)在0.503%—1.416%之间,聚类分析和AMOVA分析显示西藏牦牛可分为两大类,康布牦牛、嘉黎牦牛为一类,其余的牦牛类群为另一类。 展开更多
关键词 西藏牦牛 MTDNA d-loop区 遗传多样性
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我国主要地方绵羊品种mtDNA D-loop区PCR-RFLP研究 被引量：25
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作者 李祥龙 张增利 +3 位作者 巩元芳 刘铮铸 贾青 王立泽 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期165-170,共6页
利用5种限制性内切酶(HinfⅠ,MspⅠ,Sau3AⅠ,XspⅠ,TaqⅠ),采用PCRRFLP技术研究了我国9个地方绵羊品种以及2个引入品种共计83只绵羊个体线粒体DNADloop区的多态性。结果表明,我国主要地方绵羊品种线粒体DNADloop区存在两种基本单体型,... 利用5种限制性内切酶(HinfⅠ,MspⅠ,Sau3AⅠ,XspⅠ,TaqⅠ),采用PCRRFLP技术研究了我国9个地方绵羊品种以及2个引入品种共计83只绵羊个体线粒体DNADloop区的多态性。结果表明,我国主要地方绵羊品种线粒体DNADloop区存在两种基本单体型,提示我国主要地方绵羊品种起源于两个母系祖先。线粒体DNADloop区多态度为0.0421%,说明我国地方绵羊品种线粒体DNA多态度较为贫乏。 展开更多
关键词 地方绵羊品种 线粒体DNA d-loop PCR-RFLP
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中国部分地方水牛品种mtDNA D-loop区遗传多样性与起源研究 被引量：24
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作者 齐国强 昝林森 +3 位作者 张桂香 王志刚 王均辉 韩旭 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期7-11,共5页
对我国10个地方水牛品种110个个体的mtDNA D-loop区序列(930 bp左右)进行分析,共检测到50种单倍型,107个核苷酸多态位点,其单倍型多样度(Haplotype diversity,Hd)为0.895 2±0.024 0,核苷酸多样度(Nucleotide diversity,π)为0.020 ... 对我国10个地方水牛品种110个个体的mtDNA D-loop区序列(930 bp左右)进行分析,共检测到50种单倍型,107个核苷酸多态位点,其单倍型多样度(Haplotype diversity,Hd)为0.895 2±0.024 0,核苷酸多样度(Nucleotide diversity,π)为0.020 0±0.005 6,平均核苷酸差异(Average number of nucleotide differences,k)为18.445 0,表明我国水牛的遗传多态性丰富。构建的NJ进化树显示这10个品种的水牛主要有两个母系起源。 展开更多
关键词 中国地方水牛 MTDNA d-loop 遗传多样性 起源
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应用线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析云南4个少数民族的遗传关系 被引量：15
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作者 钱亚屏 褚嘉佑 +3 位作者 初正韬 卫灿东 戴青 S Horai 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第4期291-300,共10页
对傣、佤、拉祜和藏族４个群体的９９名个体ｍｔＤＮＡ非编码区（Ｄ－ｌｏｏｐ）高变区I１６０４８～１６５６９及１～４１的５６３ｂｐ片段进行序列分析。计算了核酸多态度，并用Ｎｅｉｇｈｂｏｒ－Ｊｏｉｎｉｎｇ 法构建系统进化树，... 对傣、佤、拉祜和藏族４个群体的９９名个体ｍｔＤＮＡ非编码区（Ｄ－ｌｏｏｐ）高变区I１６０４８～１６５６９及１～４１的５６３ｂｐ片段进行序列分析。计算了核酸多态度，并用Ｎｅｉｇｈｂｏｒ－Ｊｏｉｎｉｎｇ 法构建系统进化树，在进化树中，９９个ｍｔＤＮＡ序列分别聚在４个群中。所有在ＣＯ Ⅱ ／ｔＲＡＮ Ｌｙｓ 基因间序列存在９ｂｐ缺失的个体均聚在Ｃ１群中，Ｃ２群由１个佤族个体和４个藏族个体组成，Ｃ３群中除２个藏族个体外均为其他３个民族个体，４个群体的大部分个体聚在Ｃ４群。根据核酸多态度计算的净遗传距离重建的进化树显示，傣族、佤族和拉祜族的亲缘关系较接近，与藏族距离较远。结果表明遗传距离与他们的地理分布是非常一致的。而拉祜族与相传同为氐羌后裔并有相近语言的藏族跗距离却较远，这一结果提示这两个民族可能具有不同的起源。 展开更多
关键词 MTDNA d-loop 多态性 云南少数民族 遗传关系 遗传多样性 线粒体
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我国部分黄牛品种线粒体D-loop区遗传多样性与起源分化 被引量：20
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作者 张桂香 郑友民 +3 位作者 王志刚 韩旭 贾善刚 陈宏 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期160-168,共9页
为了解我国地方黄牛品种线粒体DNA的遗传变异情况,文章测定了16个地方黄牛品种206个个体线粒体D-loop区的全序列,共检测到101个变异位点;99种单倍型,其中73种是普通牛单倍型,26种是瘤牛单倍型;平均核苷酸差异为22.6920,单倍型多样度为0.... 为了解我国地方黄牛品种线粒体DNA的遗传变异情况,文章测定了16个地方黄牛品种206个个体线粒体D-loop区的全序列,共检测到101个变异位点;99种单倍型,其中73种是普通牛单倍型,26种是瘤牛单倍型;平均核苷酸差异为22.6920,单倍型多样度为0.9320,核苷酸多样度为0.0227,表明我国黄牛品种遗传多样性非常丰富。构建的NJ进化树显示16个品种来源于两大母系:普通牛和瘤牛;构建的Network图表明73种普通牛单倍型可以分为3大单倍型群;26种瘤牛单倍型分为5种单倍型群,推测我国瘤牛在迁移过程中,至少经历了4次群体扩张事件。通过分析比较地方黄牛品种与内罗门牛共有的H3单倍型,发现其中只有16%的序列与内罗门牛的H3单倍型非常相似,其余84%的序列均发生了鸟嘌呤变异,推测这些变异很可能是我国瘤牛固有的变异。 展开更多
关键词 黄牛 d-loop区 遗传多样性 起源 分化
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