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线粒体DNA D-loop区单核苷酸多态性及拷贝数与皮肌炎发病风险关系 被引量:1
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作者 檀紫瑞 张晶晶 +2 位作者 贾园园 彭晨星 赵宇飞 《安徽医科大学学报》 北大核心 2025年第1期130-135,共6页
目的探究线粒体DNA(mtDNA)的D-loop区单核苷酸多态性(SNPs)和mtDNA拷贝数与皮肌炎(DM)发病风险的关系及其影响因素。方法收录74例DM患者和92例健康受试者,从外周血液中提取基因组DNA,利用PCR技术将mtDNA的D-loop区目的片段进行扩增,对... 目的探究线粒体DNA(mtDNA)的D-loop区单核苷酸多态性(SNPs)和mtDNA拷贝数与皮肌炎(DM)发病风险的关系及其影响因素。方法收录74例DM患者和92例健康受试者,从外周血液中提取基因组DNA,利用PCR技术将mtDNA的D-loop区目的片段进行扩增,对产物进行测序;应用高灵敏度活性氧(ROS)检测套件,测定血清ROS水平;采用流式免疫荧光微球技术测定细胞因子白细胞介素(IL)-5、IL-13、干扰素(IFN)-γ、IL-2、IL-6、IL-10、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、IL-4表达水平,使用Wilcoxon秩和检验评估细胞因子与DM风险相关SNPs的潜在相关性;进行实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)分析,测量mtDNA的相对拷贝数。结果DM患者组存在2个与其发病风险有关的多态性变异位点(16304T/C、16519T/C),线粒体D-loop区的等位基因16304C(χ^(2)=4.937,P=0.026)和16519C(χ^(2)=4.405,P=0.036)与DM患者发病风险有关;DM风险相关等位基因16304C与IL-4低表达相关(P=0.016)。DM患者中的mtDNA拷贝数高于对照组(P<0.001)。结论线粒体D-loop区SNPs可能是DM风险的潜在生物标志物,SNPs可能通过影响细胞因子参与DM的发生。DM的mtDNA拷贝数呈现高表达,mtDNA拷贝数的增加可能会导致线粒体功能障碍,从而引发DM的发病。 展开更多
关键词 皮肌炎 d-loop SNPS 细胞因子 ROS mtDNA拷贝数 发病风险
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基于D-loop区和cox1基因序列的江西9个地区草鱼养殖群体遗传多样性分析 被引量:1
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作者 侯佳浩 刘文玉 +7 位作者 吴春林 张明辉 李琳洁 王子予 黄培荧 范洪祥 简少卿 赵大显 《南昌大学学报(理科版)》 2025年第2期198-207,共10页
为评估江西省草鱼(Ctenopharyngodon idellus)养殖群体的种质资源现状,本研究采用线粒体D-loop区(309 bp)与细胞色素C氧化酶I(cox1)基因(527 bp)部分序列,对江西省9个草鱼繁育场(新干XG、吉安JA、峡江XJ、大余DY、宁都ND、瑞昌RC、上栗S... 为评估江西省草鱼(Ctenopharyngodon idellus)养殖群体的种质资源现状,本研究采用线粒体D-loop区(309 bp)与细胞色素C氧化酶I(cox1)基因(527 bp)部分序列,对江西省9个草鱼繁育场(新干XG、吉安JA、峡江XJ、大余DY、宁都ND、瑞昌RC、上栗SL、万载WZ、南昌NC)草鱼养殖群体进行遗传多样性分析。结果显示:D-loop区检测到225个多态性位点,分离出27个单倍型;cox1基因检测到73个多态性位点,分离出9个单倍型。两个标记的遗传多样性参数均处于较低水平:D-loop区单倍型多样性(Hd)0.067~0.515,核苷酸多样性(π)0.00012~0.03138,cox1基因Hd=0~0.331,π=0~0.00797。群体结构分析表明,群体间发生了不同程度的分化。遗传分化系数:D-loop区0~0.04783、cox1基因0~0.18190。分子方差分析(AMOVA)表明遗传变异主要源于群体内(D-loop区98.82%,cox1基因97.87%)。单倍型网络图与邻接法系统发育树均未呈现地理聚类特征,表明江西9个地区草鱼养殖群体遗传多样性较低,群体间分化匮乏。本研究中9个地区草鱼养殖群体遗传多样性背景,可以为江西草鱼种质资源保护与利用提供参考依据。 展开更多
关键词 草鱼 d-loop cox1基因 遗传多样性
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甘肃滩羊体线粒体DNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析
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作者 王燕燕 王珂 +5 位作者 徐建峰 石福岳 郭海龙 高登伟 顾玲荣 王胜明 《家畜生态学报》 北大核心 2025年第6期16-20,共5页
为了探讨甘肃滩羊的遗传多样性与母系起源,试验以甘肃环县、景泰县和靖远县的滩羊为研究对象,采用PCR扩增和直接测序法获得滩羊mtDNA D-loop区序列,分析其遗传多样性、遗传结构并构建系统发育树。结果显示,3个滩羊群体共存在7种不同长度... 为了探讨甘肃滩羊的遗传多样性与母系起源,试验以甘肃环县、景泰县和靖远县的滩羊为研究对象,采用PCR扩增和直接测序法获得滩羊mtDNA D-loop区序列,分析其遗传多样性、遗传结构并构建系统发育树。结果显示,3个滩羊群体共存在7种不同长度的mtDNA D-loop区序列,范围为1107~1183 bp,以1182 bp为主;3个群体的A、G、T、C、A+T、C+G平均含量分别为33.24%、14.29%、29.56%、22.88%、62.87%、37.18%,A+T含量明显高于C+G;共有154个变异位点,33种单倍型,3个滩羊群体mtDNA D-loop序列的Hd平均值为0.977,Pi平均值为0.035;系统发育分析显示,41只滩羊分为3个分支,表明甘肃滩羊可能存在3个母系起源。研究认为甘肃滩羊遗传多样性丰富,遗传稳定,存在3个母系起源。 展开更多
关键词 滩羊 mtDNA d-loop 遗传多样性 系统进化
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基于线粒体基因组D-loop区解析项城猪种质特征及遗传多样性
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作者 张开源 王畅 +9 位作者 王冰洁 韩雪蕾 李新建 王腾飞 秦本源 李秀领 余彤 杨峰 柏峻 刘贤 《中国畜牧杂志》 北大核心 2025年第8期213-220,共8页
中国本土猪种质资源正面临外来商品猪种基因渗透导致的遗传资源流失危机。作为河南省重新被发现的地方猪种资源,项城猪的种质特性与遗传背景亟待阐明。本研究通过线粒体DNA D-loop区测序技术对项城猪进行遗传多样性分析,并采用邻接法(Ne... 中国本土猪种质资源正面临外来商品猪种基因渗透导致的遗传资源流失危机。作为河南省重新被发现的地方猪种资源,项城猪的种质特性与遗传背景亟待阐明。本研究通过线粒体DNA D-loop区测序技术对项城猪进行遗传多样性分析,并采用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)构建其与6个国内外代表性猪种之间的系统进化关系。结果显示,项城猪群体遗传多样性较高,单倍型多样性(Haplotype Diversity,Hd)为0.833,核苷酸多样性(Nucleotide Diversity,Pi)为0.00311,其遗传多样性水平高于淮南猪(Hd=0.788,Pi=0.00156)、藏猪(Hd=0.705,Pi=0.00283)、莱芜猪(Hd=0.589,Pi=0.00246),与南阳黑猪(Hd=0.815,Pi=0.00360)、五指山猪(Hd=0.838,Pi=0.00334)和保山猪(Hd=0.828,Pi=0.00371)等处于相近水平。项城猪群体共鉴定出14个单倍型,涉及29个多态位点(21个单一变异位点,8个简约信息位点)。其中,项城猪公猪群体展现出更高的单倍型分化(11个单倍型,21个多态位点),表明其公猪群体在维持群体遗传结构中可能发挥重要作用。系统进化树分析显示,项城猪形成一个独立分支,其与河南地方猪种间的遗传距离(Genetic Distance,GD)较近(GD为0.004~0.010),但仍存在一定差异;项城猪与西方外来猪种杜洛克、长白猪之间的遗传距离更远(GD为0.022~0.024),进一步说明项城猪的地方独立性。本研究首次系统揭示了项城猪独特的遗传结构和丰富的遗传多样性,研究成果为项城猪的遗传保护、资源评价及种质创新利用提供了坚实的分子遗传学基础。 展开更多
关键词 项城猪 线粒体DNA d-loop 遗传多样性 系统发育分析 遗传距离
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基于mtDNA D-Loop片段的饶羊个体母系血统分子鉴定
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作者 高程远 刘从 +2 位作者 彭宝松 田树军 陈晓勇 《中国畜牧杂志》 北大核心 2025年第11期144-150,共7页
本研究旨在从基因水平鉴别未知个体羊与饶湖后代个体(饶羊与湖羊杂交)、饶寒后代个体(饶羊与小尾寒羊杂交)、以及湖寒四元后代个体(湖羊和小尾寒羊为母本四元杂交)母系血统,建立一种准确简便高效的血统身份分子诊断方法,为绵羊亲缘关系... 本研究旨在从基因水平鉴别未知个体羊与饶湖后代个体(饶羊与湖羊杂交)、饶寒后代个体(饶羊与小尾寒羊杂交)、以及湖寒四元后代个体(湖羊和小尾寒羊为母本四元杂交)母系血统,建立一种准确简便高效的血统身份分子诊断方法,为绵羊亲缘关系、品种资源调查、品种保护提供技术支撑。以饶羊(湖羊、小尾寒羊为母本培育的新种群)、小尾寒羊、湖羊为研究对象,采用测序方法获得线粒体基因组D-Loop片段序列,通过两两比较方法分析上述每个品种内个体间D-Loop区序列变异范围,根据饶羊、小尾寒羊、湖羊3个种群个体间D-Loop区相似度范围,探索设计开发未知个体母系血统鉴别方法。结果表明,饶羊个体间D-Loop片段相似度为92.02%~96.88%,湖羊个体间D-Loop片段相似度为97.36%~99.66%,小尾寒羊个体间D-Loop片段相似度为97.01%~99.92%,饶羊与湖羊个体线粒体D-Loop序列相似度为93.01%~96.97%,饶羊与小尾寒羊个体线粒体D-Loop序列相似度为93.03%~96.85%。综上,当未知个体与饶羊群体D-Loop序列相似度大于92.02%,且未知个体与湖羊D-Loop序列相似度为93.01%~96.97%,与小尾寒羊D-Loop序列相似度为93.03%~96.85%时,即该未知个体既含有湖羊血统又含有小尾寒羊血统,该未知个体与饶羊有相同的母系血统。本研究建立了一种基于mtDNA D-Loop片段的饶羊个体母系血统的两步法分子诊断方法,该方法可以同时鉴别未知个体是否含有饶羊、湖羊、小尾寒羊母系血统。 展开更多
关键词 饶羊 母系血统 湖羊 小尾寒羊 MTDNA d-loop
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基于D-loop区多态性分析新疆地区7个哈萨克牛群体遗传结构和母系起源 被引量:1
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作者 王盼盼 沙拉玛提·波代 +2 位作者 巴合提·博代 李振伟 吾热力哈孜·哈孜汗 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第3期1166-1179,共14页
【目的】利用线粒体DNA(mtNDA)D-loop区序列多态性作为标记,探究新疆7个哈萨克牛群体间遗传结构和母系起源,为新疆黄牛品种合理利用和生物多样性保护提供资料。【方法】采集哈萨克牛血液提取DNA,测定179头哈萨克牛个体mtDNA D-loop序列... 【目的】利用线粒体DNA(mtNDA)D-loop区序列多态性作为标记,探究新疆7个哈萨克牛群体间遗传结构和母系起源,为新疆黄牛品种合理利用和生物多样性保护提供资料。【方法】采集哈萨克牛血液提取DNA,测定179头哈萨克牛个体mtDNA D-loop序列,利用SnapGene软件对所获序列与参考序列进行比对、校正,确定mtDNA D-loop区序列的长度和位置,并统计碱基含量;利用DnaSP 5.10软件统计哈萨克牛种群单核苷酸多态性(SNP)位点,并计算单倍型数(H)、核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样度(Hd)等参数;利用Arlequin 3.0软件分析哈萨克牛种群的遗传结构;采用Mega 11.0软件计算mtDNA D-loop区哈萨克牛种群的遗传距离,并构建Neighbor-Joining(NJ)系统进化树。【结果】哈萨克牛群体mtDNA D-loop区全序列长909~911 bp,其A、G、T、C 4种碱基平均含量分别为32.8%、13.8%、28.8%和24.6%,AT含量高于GC含量,179个个体共检测到131个SNPs,其中变异位点占所测核苷酸全长的14.40%,定义了89种单倍型,Hd和Pi分别为0.974和0.01288,表明哈萨克牛群体的遗传多样性十分丰富。分子变异分析结果表明,97.13%的变异属于群体内,2.87%则来自群体间变异,遗传距离为0.0109~0.0186,群体间遗传分化指数(F st)为―0.0053~0.0782,且均无显著分化(P>0.05)。系统发生树显示,新疆地区7个哈萨克牛群体有普通牛和瘤牛两大母系起源。【结论】新疆地区哈萨克牛源于两个母系,遗传多样性丰富。尽管群体间存在遗传分化,但并未形成明显的地理隔离,且遗传结构差异正在缩小。本研究结果为保护和利用哈萨克牛遗传资源提供了理论依据。 展开更多
关键词 哈萨克牛 线粒体DNA d-loop 遗传多样性 系统进化
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矮小芦花鸡线粒体DNA D-loop序列变异起源分化研究
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作者 栾祜 缪立生 +2 位作者 柳俭强 陈小辛 张立春 《中国畜牧杂志》 北大核心 2025年第9期227-233,共7页
本研究旨在探索吉林省矮小芦花鸡这一独特地方品种的遗传多样性和母系起源。通过对矮小芦花鸡线粒体DNA D-loop区序列的分析,揭示该品种的遗传结构及其历史演化路径,为有效保护和利用这一珍贵的遗传资源,以及未来的选育和遗传改良工作... 本研究旨在探索吉林省矮小芦花鸡这一独特地方品种的遗传多样性和母系起源。通过对矮小芦花鸡线粒体DNA D-loop区序列的分析,揭示该品种的遗传结构及其历史演化路径,为有效保护和利用这一珍贵的遗传资源,以及未来的选育和遗传改良工作提供坚实的理论基础。本研究以34只矮小芦花鸡为研究对象,针对其线粒体DNA D-loop区域开展PCR扩增、测序及比对分析,系统评估该品种的遗传多样性特征与母系起源。研究获得长度为1 052 bp的D-loop序列,碱基组成分析显示A+T含量(54.4%)显著高于G+C含量(45.6%),呈现出明显的碱基偏向性特征。通过序列比对共检测到21个变异位点,其中包含6个单一变异位点和15个简约信息位点。具体而言,变异类型包括3处单碱基插入事件,所有变异均表现为单碱基替换(20个转换+1个颠换),其中T-C转换14次(占比66.7%)、A-G转换6次(占比28.6%)、A-C颠换1次(占比4.7%)。遗传多样性分析显示:核苷酸多样性(Pi)为0.007 64±0.001 4,单倍型多样性(Hd)达0.872±0.027,平均核苷酸差异数(K)为6.067,表明该群体存在丰富的核苷酸变异。序列分析共鉴定出9种单倍型,单倍型间遗传距离范围为0.001~0.016。系统发育关系重建显示该群体分化为3个独立的线粒体谱系,不仅证实了其存在3个母系起源,更揭示了群体内部个体间遗传距离较近的特性。上述研究结果充分表明矮小芦花鸡具有较高的遗传多样性水平,亟需加强该珍贵地方品种的遗传资源保护与系统性保育工作。 展开更多
关键词 矮小芦花鸡 线粒体DNA d-loop 核苷酸多样性 单倍型多样性 平均核苷酸差异数
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基于线粒体DNA D-loop标记的华南地区4种鲤亚科鱼类遗传多样性分析 被引量:2
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作者 姚东林 张涛 朱静璇 《渔业研究》 2025年第1期11-18,共8页
【目的】研究华南地区鲤亚科鱼类的遗传多样性,为开展淡水鱼类的遗传育种工作提供参考。【方法】本研究采集位于海南省、广东省、广西壮族自治区的华南鲤(Cyprinus car-piorubrofuscus Lacepede)、尖鳍鲤(Cyprinus acutidorsalis Wang)... 【目的】研究华南地区鲤亚科鱼类的遗传多样性,为开展淡水鱼类的遗传育种工作提供参考。【方法】本研究采集位于海南省、广东省、广西壮族自治区的华南鲤(Cyprinus car-piorubrofuscus Lacepede)、尖鳍鲤(Cyprinus acutidorsalis Wang)、三角鲤(Cyprinus multita-eniata Pellegrin et Chevey)和须鲫(Carassioides cantonensis Heincke)4种鲤亚科鱼类的6个种群共156个样本,采用线粒体D-loop标记分析其遗传多样性。【结果】研究结果表明,华南鲤的海南、珠江和榕江3个种群的遗传多样性相对较高,其线粒体控制区的单倍型多样性分别为0.814、0.895和0.879;须鲫、尖鳍鲤和三角鲤的单倍型多样性较低,分别为0.748、0.794和0.536。华南鲤的遗传多样性较高,其中海南种群略低于珠江种群和榕江种群,可能与历史上的冰期活动和琼州海峡的阻隔有关。须鲫、尖鳍鲤和三角鲤三者的遗传多样性相对较低,这可能与3个物种本身的分布范围较小、生存能力较差有关。【意义】本研究结果为进一步探明华南地区鲤亚科鱼类的自然资源状况和开展淡水鱼类的遗传育种工作提供了重要的参考。 展开更多
关键词 华南鲤 尖鳍鲤 三角鲤 须鲫 d-loop 遗传多样性
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鲫属鱼类线粒体D-loop区结构及其系统发育分析
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作者 周益成 邓彬华 +5 位作者 郑鹏 刘兰苑 陈锭娴 林胜跃 蔡国军 李强 《湖南农业科学》 2025年第9期77-82,共6页
鲫属鱼类广泛分布于亚欧地区,由于其外观形态复杂多变,且存在多种倍性和繁殖方式,其分类体系尚未达成共识。本研究采用PCR和基因测序技术,对金鱼、缩骨鲫、彭泽鲫鱼和鲫鱼4种鲫属鱼类线粒体D-loop区进行测序,并与NCBI上已发表的鱼类相... 鲫属鱼类广泛分布于亚欧地区,由于其外观形态复杂多变,且存在多种倍性和繁殖方式,其分类体系尚未达成共识。本研究采用PCR和基因测序技术,对金鱼、缩骨鲫、彭泽鲫鱼和鲫鱼4种鲫属鱼类线粒体D-loop区进行测序,并与NCBI上已发表的鱼类相关序列进行联合对比。结果表明:鲫属鱼类mtDNA D-loop序列长度为919~959 bp,A+T平均含量65.7%,呈现A+T碱基组成偏倚性;种间平均遗传距离为0.002~0.078,金鱼与缩骨鲫、彭泽鲫与方正银鲫D品系之间遗传距离最小,淇河鲫与黑鲫之间的遗传距离最大;基于邻接法构建的系统发育树显示,15种鲫属鱼类聚为4大支系,支系Ⅰ涵盖10种中国本土鲫鱼及选育种,支系Ⅱ为3种日本鲫鱼,支系Ⅲ为白鲫,支系Ⅳ为黑鲫;支系Ⅰ又可分为A、B和C 3个姐妹支系,其中金鱼与缩骨鲫存在较近的亲缘关系,彭泽鲫与银鲫存在较近的亲缘关系。 展开更多
关键词 鲫属鱼类 d-loop 系统发育
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基于线粒体D-loop区和COI基因序列的毕节地区2种裂腹鱼遗传多样性分析
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作者 刘伟 王霞 +3 位作者 向燕 吕振宇 曾圣 詹会祥 《贵州农业科学》 2025年第7期81-89,共9页
【目的】探明贵州毕节地区昆明裂腹鱼(Schizothorax grahami)和四川裂腹鱼(Schizothorax kozlovi)的遗传多样性,为其种质资源保护及增殖放流提供参考。【方法】以线粒体D-loop区和COI基因为分子标记,分析2种裂腹鱼的遗传多样性。【结果... 【目的】探明贵州毕节地区昆明裂腹鱼(Schizothorax grahami)和四川裂腹鱼(Schizothorax kozlovi)的遗传多样性,为其种质资源保护及增殖放流提供参考。【方法】以线粒体D-loop区和COI基因为分子标记,分析2种裂腹鱼的遗传多样性。【结果】基于线粒体D-loop区和COI基因序列,38尾昆明裂腹鱼分别定义10种和9种单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.781、0.630和0.00644、0.00373;34尾四川裂腹鱼分别定义5种和4种单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.524、0.485和0.00262、0.00121。中性检测及核苷酸错配分布表明,2种裂腹鱼近期可能未经历大规模种群扩张事件。【结论】毕节地区昆明裂腹鱼的遗传多样性处于中等水平,而四川裂腹鱼的遗传多样性较低。 展开更多
关键词 昆明裂腹鱼 四川裂腹鱼 d-loop COI基因 遗传多样性
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早胜牛mtDNA D-loop区遗传多样性及起源分析
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作者 梁永虎 梁万鹏 +7 位作者 贺怀刚 苏涛龙 李增录 袁婧 赵凤妮 宋敏 施海娜 刘雨田 《中国牛业科学》 2025年第4期20-27,32,共9页
为了有效保护早胜牛种质资源、提升其生产性能,对抗突变、漂变、近交等不良因素,试验采用PCR扩增、测序及生物信息学技术,对早胜牛线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop区)序列多态性与母系起源进行了研究。结果表明,从早胜牛98个样本中成功获... 为了有效保护早胜牛种质资源、提升其生产性能,对抗突变、漂变、近交等不良因素,试验采用PCR扩增、测序及生物信息学技术,对早胜牛线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop区)序列多态性与母系起源进行了研究。结果表明,从早胜牛98个样本中成功获取84条长度约为910 bp及1条长度953 bp的核苷酸序列。经分析发现,碱基组成中腺嘌呤(A)占比最高,平均达32.92%;胸腺嘧啶(T)次之,占28.75%;胞嘧啶(C)与鸟嘌呤(G)分别占24.57%和13.71%,这表明D-loop区长度在种群内具备较高一致性。进一步分析显示,早胜牛线粒体D-loop区存在60个有效多态位点,98个样本共鉴定出45种单倍型,单倍型多样性指数较高,为0.946±0.014。核苷酸多样性为0.017 84±0.002 15,意味着该区域序列变异适度,既不过于保守,也非极端变异。45种单倍型间遗传距离介于0.013~1.508,均值为0.088,其中最小遗传距离为0.013,暗示部分单倍型或源自共同祖先,分化时间较近。进化树分析结果揭示,早胜牛的45种单倍型与普通牛(Bos taurus)和瘤牛(Bos indicus)亲缘关系紧密,尤其多数单倍型(如Hap 17、Hap 39、Hap 43等)与普通牛遗传距离更近,说明普通牛大概率为早胜牛的主要遗传起源。 展开更多
关键词 早胜牛 种质资源 遗传多样性 d-loop
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郧西马头山羊线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析
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作者 程蕾 刘辰晖 +6 位作者 陈杨 向敏 余婕 钟朱夏 夏永春 杨务军 胡修忠 《湖北农业科学》 2025年第7期198-202,共5页
基于线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列的遗传变异分析,评估郧西马头山羊(Capra hircus)的遗传多样性。通过PCR扩增和测序获得184只郧西马头山羊mtDNA D-loop区全序列,系统分析其核苷酸多态性和单倍型多样性,开展中性检验(Tajima’s D、Fu’... 基于线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列的遗传变异分析,评估郧西马头山羊(Capra hircus)的遗传多样性。通过PCR扩增和测序获得184只郧西马头山羊mtDNA D-loop区全序列,系统分析其核苷酸多态性和单倍型多样性,开展中性检验(Tajima’s D、Fu’s Fs)和错配分布分析,并与不同山羊品种的mtDNA D-loop序列进行聚类分析。结果表明,郧西马头山羊mtDNA D-loop的A、G、C、T 4种碱基占比分别为30.77%、14.26%、26.26%、28.71%,A+T碱基的占比为59.48%,明显高于G+C(40.52%)。郧西马头山羊mtDNA D-loop共有52种单倍型,131个变异位点,其中单一多态位点51个,简约信息位点80个。Fu’s Fs检验结果显示,Fs为-2.48,显著偏离中性模型(P<0.05)。郧西马头山羊与其他5个山羊品种(川东白山羊、陕南白山羊、黄淮山羊、北川白山羊、波尔山羊)的系统发育树显示,184个个体被分为3个大分支,分别为2个本地支与1个波尔山羊杂交支。郧西马头山羊群体的多态程度高,遗传多样性丰富,具有较大的育种潜能,但存在周边多个地方山羊品种和波尔山羊的遗传渗入现象。 展开更多
关键词 郧西马头山羊(Capra hircus) 线粒体DNA d-loop 遗传多样性
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鳙长江中下游群体的D-loop序列遗传分析
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作者 傅建军 朱文彬 +2 位作者 罗明坤 王兰梅 董在杰 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期521-532,共12页
为了探究长江中下游鳙的种质遗传现状,该研究收集了石首(SS)、长沙(CS)、瑞昌(RC)、扬州(YZ)和张家港(ZJG)的长江种群(YR,219尾),对其D-loop序列进行检测分析,并结合NCBI下载整理的珠江种群(PR,213尾)和北美种群(NA,33尾)开展比较研究... 为了探究长江中下游鳙的种质遗传现状,该研究收集了石首(SS)、长沙(CS)、瑞昌(RC)、扬州(YZ)和张家港(ZJG)的长江种群(YR,219尾),对其D-loop序列进行检测分析,并结合NCBI下载整理的珠江种群(PR,213尾)和北美种群(NA,33尾)开展比较研究。结果显示,在YR、PR和NA的D-loop序列中分别检测到35、96和11个变异位点,并分别界定37、62和3个单倍型。在长江中下游的5个鳙群体中,单倍型多样性(H_(d))为0.798~0.897,核苷酸多样性(π)为0.00338~0.00653。长江中下游5个鳙群体间,RC与ZJG(F_(ST)=0.012)和CS与YZ(F_(ST)=0.018)的遗传分化不显著,其余群体间均存在显著遗传分化(F_(ST)为0.031~0.125);群体间检测到不同程度的基因流(N_(m)为3.509~39.993)。基于单倍型网络分析,长江中下游的鳙D-loop序列单倍型存在多个分支,并在群体间存在明显的共享;YR和PR的中心单倍型存在广泛共享,PR的特有单倍型均为外围单倍型,并推测NA的形成存在不同的遗传来源。基于中性检验结果,推测PR在历史上经历过种群扩张。研究表明,长江和珠江的鳙种群维持了较高的遗传多样性,可为其种质资源保护和利用奠定物质基础。 展开更多
关键词 线粒体DNA d-loop序列 种群多样性 遗传分化
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基于mtDNA D-loop序列分析青海省果洛州牦牛遗传资源的母系遗传多样性及群体遗传结构 被引量:6
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作者 曹萍 梅萨 +12 位作者 陈生梅 李鸿康 郭卫兴 李瑞哲 达桑 才加 莫延新 官却扎西 忠尕 李文浩 刘书杰 崔宏伟 马志杰 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期134-146,共13页
为从分子水平上对青海省果洛藏族自治州牦牛遗传资源进行系统评估,分析其母系遗传多样性、群体遗传结构和群体遗传分化,本研究对甘德、班玛、久治和玛多牦牛群体共152头个体进行线粒体DNA(mtDNA)D-loop区测序,并从GenBank下载已公布的3... 为从分子水平上对青海省果洛藏族自治州牦牛遗传资源进行系统评估,分析其母系遗传多样性、群体遗传结构和群体遗传分化,本研究对甘德、班玛、久治和玛多牦牛群体共152头个体进行线粒体DNA(mtDNA)D-loop区测序,并从GenBank下载已公布的37条达日牦牛和32条玛沁牦牛的相应序列,对这6个牦牛群体mtDNA D-loop序列进行综合分析。结果表明:(1)221条牦牛mtDNA D-loop序列(636~638 bp)比对分析共检测出57个变异位点,包括8个单一多态位点和49个简约信息位点。根据D-loop序列间核苷酸变异共确定了45种单倍型,其中班玛、达日、甘德、久治、玛多、玛沁牦牛群体分别拥有1、6、5、4、7、6种特有单倍型。(2)6个牦牛群体总的单倍型多样度和核苷酸多样度为0.901和0.014,表明其母系遗传多样性丰富。其中,甘德牦牛的单倍型多样度最高(Hd=0.951),久治牦牛的单倍型多样度最低(Hd=0.818)。(3)遗传分化和基因流分析表明,除久治牦牛与班玛、甘德、玛沁牦牛群体间分化程度均呈中等遗传分化水平(0.05≤FST<0.15),基因交流相对贫乏外,其他牦牛群体间FST值较小(0<FST<0.05),分化程度弱,基因交流相对频繁。(4)聚类分析表明久治、甘德、班玛3个牦牛群体间亲缘关系较近,而玛多、玛沁、达日3个牦牛群体间亲缘关系较近。(5)系统发育分析显示6个牦牛群体中除久治牦牛由3个母系遗传支系(即Mt-Ⅰ、Mt-Ⅱ和Mt-Ⅲ)组成外,其他群体均由Mt-Ⅰ和Mt-Ⅱ2个母系支系组成,推测果洛藏族自治州中久治牦牛群体有3个母系起源,其他牦牛群体均有2个母系起源。综上,青海省果洛藏族自治州6个牦牛群体均拥有特殊的母系遗传信息且母系遗传多样性较为丰富;各牦牛群体间遗传分化程度整体较弱;久治、甘德和班玛3个牦牛群体间亲缘关系较近,而玛多、玛沁和达日3个牦牛群体间亲缘关系较近;除久治牦牛群体有3个母系起源外,其他牦牛群体均有2个母系起源。本研究为青海省果洛藏族自治州牦牛遗传资源的合理保护和开发利用提供了理论基础。 展开更多
关键词 牦牛 mtDNA d-loop 遗传多样性 遗传分化 群体结构 系统发育
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基于D-loop序列和微卫星标记的4个黄颡鱼群体的遗传变异分析 被引量:1
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作者 李兵部 傅建军 +2 位作者 陶易凡 强俊 徐跑 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2024年第4期115-127,共13页
为探究广东珠江、广西漓江、四川金沙江和云南西江4个水系黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)群体的遗传变异情况,本研究分别基于上述水系共108尾黄颡鱼的线粒体D-loop序列和12个微卫星标记对4个黄颡鱼群体进行群体内遗传多样性、群体间... 为探究广东珠江、广西漓江、四川金沙江和云南西江4个水系黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)群体的遗传变异情况,本研究分别基于上述水系共108尾黄颡鱼的线粒体D-loop序列和12个微卫星标记对4个黄颡鱼群体进行群体内遗传多样性、群体间遗传距离和变异及群体结构分析。结果表明:共得到105个D-loop序列,其核苷酸组成中A+T含量占比为56.22%,G+C含量占比为43.78%。在105个有效序列中,多态位点数为746个(含缺和无效多态位点),单倍型数为51个。Hap2、Hap25、Hap15分别是广东珠江、广西漓江、四川金沙江群体的优势单倍型。4个黄颡鱼群体的单倍型多样性(H_(d))介于0.842~0.940,核苷酸多样性(π)介于0.002~0.083;四川金沙江群体Hd的最低,π也处于较低水平;而云南西江群体的Hd和π均最高;4个群体的Tajima′s D值均小于0。等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)均为广西漓江群体最高,广东珠江群体次之,云南西江群体较低,四川金沙江群体最低。4个黄颡鱼群体的K2P遗传距离介于0.008~0.115之间,其中广西漓江与云南西江群体间的K2P遗传距离最近;广东珠江群体与其他3个群体的K2P遗传距离较远,与四川金沙江群体的K2P遗传距离最远。4个黄颡鱼群体间均存在极显著的遗传分化(P<0.01),群体间遗传分化指数(F_(st))介于0.114~0.959之间。4个黄颡鱼群体间Nei’s遗传距离和遗传一致性分别介于0.117~1.114之间和0.328~0.890之间,其中,广西漓江群体与云南西江群体的Nei’s遗传距离最近、遗传一致性最高,广东珠江与四川金沙江群体的Nei’s遗传距离最远、遗传一致性最低。在UPGMA系统聚类树中,4个黄颡鱼群体主要分为两支,其中广西漓江群体、云南西江群体最先聚为一支,然后与四川金沙江群体聚为一支,最后与广东珠江群体聚类。在NJ聚类树中,4个群体黄颡鱼的明显分为4个分支,广西漓江群体与云南西江群体呈镶嵌式分布。4个黄颡鱼群体中共享单倍型较少,但特有单倍型较多,其中云南西江和广西漓江群体相邻较近且共有单倍型较多。在基于Nei’s遗传距离进行的主坐标分析中,广西漓江群体和云南西江群体的个体之间遗传差异较小,广东珠江和四川金沙江群体的个体之间遗传差异较大。说明四川金沙江群体遗传多样性水平较低,云南西江群体遗传多样性水平较高,广西漓江群体与云南西江群体存在一定的基因交流。 展开更多
关键词 黄颡鱼 微卫星标记 d-loop序列 遗传多样性 群体结构
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基于线粒体Cyt b基因和D-loop区分析元江鲤和杞麓鲤群体遗传结构 被引量:2
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作者 张铭枭 赵玉姣 +6 位作者 姚创 刘霄 黄松茂 李红涛 代忠礼 武祥伟 孔令富 《水产学杂志》 CAS 2024年第3期13-21,共9页
本文利用线粒体Cyt b基因和D-loop区部分序列,分析元江鲤(Cyprinus carpio yuankiang)和杞麓鲤(Cyprinus carpio chilia)群体的遗传结构。结果表明,在两个鲤群体中均获得929 bp的Cyt b基因序列和650 bp的D-Loop区序列。两个群体间平均... 本文利用线粒体Cyt b基因和D-loop区部分序列,分析元江鲤(Cyprinus carpio yuankiang)和杞麓鲤(Cyprinus carpio chilia)群体的遗传结构。结果表明,在两个鲤群体中均获得929 bp的Cyt b基因序列和650 bp的D-Loop区序列。两个群体间平均遗传距离为0.00595(Cyt b)、0.00852(D-loop)。Cyt b基因共检测出元江鲤3种、杞麓鲤15种单倍型,两个群体共享两个单倍型(C-Hap1和C-Hap3);D-loop区序列共检测出元江鲤3种、杞麓鲤6种单倍型,两个群体共享两个单倍型(D-Hap1和D-Hap2)。元江鲤和杞麓鲤群体单倍型多样性(Hd)分别为0.30±0.10(Cyt b)、0.25±0.10(D-loop)和0.89±0.04(Cyt b)、0.73±0.05(D-loop)。元江鲤和杞麓鲤群体核苷酸多样性(π)分别为0.12±0.04(Cyt b)、0.12±0.09(D-loop)和0.77±0.09(Cyt b)、0.87±0.07(D-loop),杞麓鲤遗传多样性水平明显高于元江鲤群体。分子方差分析(AMOVA)显示,两个群体间有明显的遗传分化,且遗传变异主要来源于群体间。系统发育分析显示,元江鲤群体单倍型较少,类型较单一,与杞麓鲤群体差异大,多数元江鲤样本单倍型属于华南鲤(Cyprinus carpio rubrofuscus)类型;多数杞麓鲤样本具特有单倍型,部分属于华南鲤、远东鲤(Cyprinus carpio haematopterus)类型。结果表明,杞麓鲤与元江鲤群体遗传分化明显,元江鲤线粒体遗传多样性较低。 展开更多
关键词 元江鲤 杞麓鲤 Cyt b基因 d-loop 群体遗传结构 遗传多样性
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庆阳驴mtDNA D-loop区遗传多样性及起源分析 被引量:1
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作者 施海娜 王永杰 +5 位作者 梁万鹏 耿智广 李世恩 徐振飞 刘刚 刘哲 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期601-613,共13页
[目的]研究庆阳驴养殖群体的遗传多样性与母系起源,了解其遗传信息,为保护庆阳驴种质资源、选育和遗传改良工作提供理论依据。[方法]随机选取133头庆阳驴,对其线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区序列进行PCR扩增、测序及比对,... [目的]研究庆阳驴养殖群体的遗传多样性与母系起源,了解其遗传信息,为保护庆阳驴种质资源、选育和遗传改良工作提供理论依据。[方法]随机选取133头庆阳驴,对其线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区序列进行PCR扩增、测序及比对,并探讨庆阳驴的遗传多样性与母系起源。[结果]在获得的520 bp D-loop碱基序列中,AT含量(57.3%)高于GC含量(42.8%),表现出碱基的偏倚性;检测到38个变异位点,包含8个碱基对的转换;其核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸差异(K)分别为0.01591、0.895和8.274,与欧洲家驴和中国家驴研究的平均值相比较低,说明该驴品种核苷酸变异较为贫乏。庆阳驴mtDNA D-loop区存在35个单倍型,单倍型之间的遗传距离为0.002~0.042。系统进化结果显示,庆阳驴存在2个线粒体支系,表明其具有2个母系起源,且遗传距离表明,庆阳驴与克罗地亚家驴之间的遗传距离较近。[结论]本研究从分子水平初步揭示庆阳驴核苷酸变异比较贫乏,杂交程度高,mtDNA遗传多态性正逐步丧失,应加强庆阳驴品种的遗传资源保护工作。 展开更多
关键词 庆阳驴 MTDNA d-loop 遗传多样性 起源
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基于D-loop序列的从江田鱼与野生鲤形态和遗传差异分析
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作者 陆俊杰 何旭盟 +4 位作者 李志力 张宵 胡文静 孙佳敏 刘其根 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2024年第5期51-58,共8页
利用形态学测量方法和D-loop序列分析了解从江田鱼与都柳江野生鲤的形态和遗传差异分析。结果显示,体长/体宽特征存在极显著差异,野生鲤独有17个单倍型,其核苷酸多样性(Pi)和单倍型多样性(Hd)较从江田鱼更高。野生鲤与从江田鱼的Fst值... 利用形态学测量方法和D-loop序列分析了解从江田鱼与都柳江野生鲤的形态和遗传差异分析。结果显示,体长/体宽特征存在极显著差异,野生鲤独有17个单倍型,其核苷酸多样性(Pi)和单倍型多样性(Hd)较从江田鱼更高。野生鲤与从江田鱼的Fst值达到了0.15以上有较高的遗传分化。单倍型网络图显示,从江田鱼和野生鲤存在明显的遗传分化。分子方差(AMOVA)分析表明,从江田鱼群体的主要的遗传变异来自于群体内部个体间(80.66%)。基因流分析表明从江田鱼群体间基因交流水平不高但与野生鲤基因交流较频繁。研究表明,从江田鱼可能来源于野生鲤,其地理分布相对独立且有特定养殖模式,但受到自然和人工选择,其种群遗传多样性降低,种质资源存在退化风险需要保护。 展开更多
关键词 从江田鱼 线粒体d-loop 遗传多样性 遗传结构
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建水黄褐鸭线粒体D-loop区遗传多样性分析
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作者 李昕鹏 展亚楠 +4 位作者 信爱国 黄艳 黄合特 张雪伟 孔小艳 《安徽农业科学》 CAS 2024年第2期83-86,共4页
[目的]了解建水黄褐鸭系统发育、遗传分化和遗传多样性。[方法]选取18只建水黄褐鸭、4只北京鸭、6只揭阳鸭和6只克里莫M18,利用PCR技术对其mtDNA D-loop区序列进行扩增,结合NCBI部分野鸭和家鸭序列,利用MEGA、DNAsp、Arlequin软件进行... [目的]了解建水黄褐鸭系统发育、遗传分化和遗传多样性。[方法]选取18只建水黄褐鸭、4只北京鸭、6只揭阳鸭和6只克里莫M18,利用PCR技术对其mtDNA D-loop区序列进行扩增,结合NCBI部分野鸭和家鸭序列,利用MEGA、DNAsp、Arlequin软件进行聚类分析、遗传分化和遗传多样性分析。[结果]建水黄褐鸭与绿头鸭及斑嘴鸭2种野鸭亲缘关系更近;遗传分化指数和遗传距离均以建水黄褐鸭和北京鸭之间最大;建水黄褐鸭、北京鸭、揭阳鸭和克里莫M18这4个群体中建水黄褐鸭群体遗传多样性最低。[结论]建水黄褐鸭可能有绿头鸭和斑嘴鸭2个母系起源;建水黄褐鸭群体遗传多样性偏低,为今后更好地利用地方畜禽资源,应采取相应措施保护其遗传多样性。 展开更多
关键词 建水黄褐鸭 d-loop 遗传分化 遗传距离 遗传多样性
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基于线粒体D-loop区的4个团头鲂养殖群体遗传多样性分析
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作者 严燕 刘帆 +2 位作者 刘鑫鑫 胡桂飞 苏时萍 《现代农业科技》 2024年第15期154-157,共4页
为了解安徽省养殖团头鲂(Megalobrama amblycephala)种质资源现状,本研究基于来自省内不同地区的4个养殖群体117个样本的线粒体D-loop区,分析其遗传多样性及群体结构。遗传多样性分析结果表明,共检测到16个变异位点和14种单倍型,单倍型... 为了解安徽省养殖团头鲂(Megalobrama amblycephala)种质资源现状,本研究基于来自省内不同地区的4个养殖群体117个样本的线粒体D-loop区,分析其遗传多样性及群体结构。遗传多样性分析结果表明,共检测到16个变异位点和14种单倍型,单倍型多样性指数为0.20~0.47,核苷酸多样性指数为0.00022~0.00224。群体结构分析显示,群体间发生了不同程度的分化,遗传分化系数为-0.0138~0.2190。分子变异分析(AMOVA)表明,变异来源全部来自个体间,单倍型网络图显示群体间可通过单倍型Hap_2连接。综上所述,4个群体可能经历了奠基者效应,遗传多样性丢失严重,群体间缺乏分化,4个团头鲂群体的遗传背景可以为安徽省团头鲂种质资源保护与利用提供参考依据。 展开更多
关键词 团头鲂 线粒体DNA d-loop 遗传多样性 群体结构
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