文摘目的:探讨血清淀粉样蛋白A转录激活因子(serum amyloid A-activating transcription factor,SAF)编码区外显子e4A和e4B区域的组蛋白表观遗传学信息,为进一步研究SAF自身的转录调控机制和该基因转录与前体mRNA剪接的关系奠定基础。方法:利用染色体免疫共沉淀实验(Ch IP)分析SAF基因编码区组蛋白修饰的变化。首先收集LPS刺激不同时间的THP-1细胞,终浓度为1%甲醛交联蛋白质和DNA,利用超声波将其染色体随机断裂成适当大小的片段,选用Ch IP级别兔多克隆抗组蛋白H3抗体、兔多克隆抗组蛋白H3K36三甲基化抗体、兔多克隆抗组蛋白H3K9单甲基化抗体和兔多克隆抗RNA聚合酶II CTD重复区5号丝氨酸磷酸化抗体实验,以富集得到的DNA样品为模板进行半定量PCR和定量q PCR分析。结果:LPS刺激作用下SAF基因编码区组蛋白H3富集信号减弱、外显子e4A区域单个核小体上H3K9单甲基化(H3K9me1)水平减弱、H3K36三甲基化(H3K36me3)修饰富集水平增加、RNA pol II CTD重复序列第5号丝氨酸磷酸化水平降低。结论:LPS刺激导致SAF基因编码区组蛋白H3离散,该区域核小体解散、凝聚的染色体重塑呈开放构象;含SAF编码区基因信息的DNA暴露,利于RNA pol II转录延伸。
