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香猪ENTPD1基因3'UTR的SINE插入下调其基因表达
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作者 田姣 龙菊烟 +5 位作者 陈霞 岑晓丽 牛熙 黄世会 王嘉福 冉雪琴 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第9期4303-4314,共12页
旨在探究香猪ENTPD1基因3'UTR短散在元件(short interspersed nuclear element,SINE)插入/缺失的群体多态性及对基因表达的影响。本研究以香猪为研究对象,以大白猪为对照,利用PCR技术检测香猪和大白猪群体中ENTPD1基因3'UTR区S... 旨在探究香猪ENTPD1基因3'UTR短散在元件(short interspersed nuclear element,SINE)插入/缺失的群体多态性及对基因表达的影响。本研究以香猪为研究对象,以大白猪为对照,利用PCR技术检测香猪和大白猪群体中ENTPD1基因3'UTR区SINE插入/缺失的群体多态性;利用UCSC、SINE Base、miRNA Base、PITA及RBP suite等数据库及软件分析SINE序列中的功能元件;利用Real-time fluorescence quantitative PCR(RT-qPCR)技术检测6月龄健康香猪不同组织(心、肝、脾、肺、肾)ENTPD1的mRNA水平和不同基因型个体肺组织ENTPD1的mRNA水平,利用Western blotting技术检测不同基因型个体肺组织ENTPD1的蛋白水平。结果显示,香猪ENTPD13'UTR存在一个297 bp的SINE多态位点,位于终止密码子下游466 bp后,生物信息学分析发现,该SINE属于Pre0_SS tRNA家族,含有RNA聚合酶III启动子、多个RNA结合蛋白和miRNA的结合位点;在香猪和大白猪群体中均检测出3种基因型,即插入(SINE+/+)、缺失(SINE-/-)和杂合(SINE+/-),香猪群体中缺失(SINE-/-)基因型频率极显著高于大白猪(P<0.01),SINE-等位基因频率显著高于大白猪(P<0.05),SINE插入/缺失在两个群体中均呈现中度多态性,但仅在香猪群体中符合Hardy-Weinberg平衡。香猪不同组织ENTPD1 mRNA检测显示脾、肺组织中mRNA水平较高。香猪不同基因型肺组织ENTPD1的mRNA和蛋白检测显示,SINE-/-、SINE+/-基因型的mRNA水平极显著高于SINE+/+,SINE-/-基因型蛋白水平极显著高于SINE+/-、SINE+/+。研究结果提示,SINE插入负调控ENTPD1基因的表达。 展开更多
关键词 ENTPD1 3'utr SINE 基因表达 香猪
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5'UTR在基因表达调控中的研究进展 被引量:6
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作者 杜芳芳 马骏杰 +3 位作者 杨泽伟 赵雪莲 刘东宇 杨秀芹 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2021年第8期60-67,共8页
5'非翻译区(5'Untranslated Region,5'UTR)在基因表达调控中发挥重要作用,其不仅在翻译水平调控基因表达,还参与真核基因转录、转录后加工、成熟RNA运输等水平的调控。5'UTR介导的基因表达与自身存在的相关调控元件有关... 5'非翻译区(5'Untranslated Region,5'UTR)在基因表达调控中发挥重要作用,其不仅在翻译水平调控基因表达,还参与真核基因转录、转录后加工、成熟RNA运输等水平的调控。5'UTR介导的基因表达与自身存在的相关调控元件有关,主要包括内部核糖体进入位点、5'UTR二级结构、上游开放阅读框、上游起始密码子以及5'UTR内含子等元件,5'UTR异常可引起基因表达异常并引发疾病。本文综述了5'UTR调控基因表达的研究进展,以期为今后5'UTR的作用机制及相关疾病的诊断与治疗提供新的方向和理论依据。 展开更多
关键词 5'utr 内部核糖体进入位点 上游开放阅读框 上游起始密码子 二级结构 5'utr内含子
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沙棘耐盐基因HrNHX1的克隆及3'UTR序列分析 被引量:3
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作者 郭长奎 罗淑萍 +1 位作者 沙依拉 于静 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期1031-1035,共5页
以沙棘(Hippophae rhamnoides L.)叶片为材料,用改良SDS法提取总RNA,反转录合成第一链cDNA作为模板,根据已公布NHX1家族同源序列保守区设计简并引物,扩增出沙棘中HrNHX1基因的中间序列,然后用快速扩增cDNA末端(rapid amplification of c... 以沙棘(Hippophae rhamnoides L.)叶片为材料,用改良SDS法提取总RNA,反转录合成第一链cDNA作为模板,根据已公布NHX1家族同源序列保守区设计简并引物,扩增出沙棘中HrNHX1基因的中间序列,然后用快速扩增cDNA末端(rapid amplification of cDNA end,RACE)方法,从沙棘中克隆到HrNHX13'cDNA序列。该序列(GenBank登录号:EU718492)长度为1373bp,与已知NHX1序列同源性最大为80%,其编码区1094bp,编码364个氨基酸,3'非翻译区(3'-untranslated region,3'UTR)长度为239 bp。3'UTR序列分析显示沙棘的3'UTR与陆地棉、葡萄柚和小盐芥的同源性分别为43.97%、45.63%和40.64%,明显低于编码区的同源性。结果表明,NHX1基因编码区具有较高的保守性,3'UTR序列的同源性较低,显示了非编码区在环境适应中的重要性,并为进一步研究沙棘对生境的适应分子机制奠定了基础。 展开更多
关键词 沙棘 3'RACE 3'utr HrNHX1基因 耐盐
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奶牛OLR1 3'UTR A223C多态的生物学信息分析 被引量:3
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作者 张传生 耿立英 +3 位作者 尹春光 曹顶国 刘铮铸 付志新 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第1期75-77,共3页
[目的]探索氧化型低密度脂蛋白受体OLR1 3'UTR A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制。[方法]用miRanda(1.0)软件装载牛microRNA数据库,预测OLR1 3'UTR潜在的microRNA。[结果]共预测16个microRNA靶标,OLR1 3'UTR A2... [目的]探索氧化型低密度脂蛋白受体OLR1 3'UTR A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制。[方法]用miRanda(1.0)软件装载牛microRNA数据库,预测OLR1 3'UTR潜在的microRNA。[结果]共预测16个microRNA靶标,OLR1 3'UTR A223C突变定位于bta-miR-370靶标种子序列的互补区。[结论]由于OLR1 3'UTR A→C突变导致bta-miR-370靶标的消失,为OLR1 3'UTR A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制深入研究提供依据。 展开更多
关键词 OLR1 3'utr mir-370 生物信息 MICRORNA
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人Bcl-6 3'UTR区报告质粒及其表达载体的构建和功能检测 被引量:2
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作者 韩白玉 崔瀚之 +4 位作者 燕翔 黄鹏 黄华龙 范忠义 窦京涛 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期1451-1456,共6页
目的通过构建bcl-6基因野生型、突变体3'UTR区及其编码序列(CDS),观察miR-127对bcl-6的直接靶向调控作用及bcl-6表达载体回复miR-127抑制细胞周期和细胞生长的功能。方法利用PCR方法扩增bcl-6基因3'UTR区序列及其CDS,分别构建在... 目的通过构建bcl-6基因野生型、突变体3'UTR区及其编码序列(CDS),观察miR-127对bcl-6的直接靶向调控作用及bcl-6表达载体回复miR-127抑制细胞周期和细胞生长的功能。方法利用PCR方法扩增bcl-6基因3'UTR区序列及其CDS,分别构建在pc DNA3.0-Luc和pc DNA3.0-Flag载体上,在bcl-6基因3'UTR质粒基础上应用重组PCR方法构建miR-127结合位点突变的突变体报告基因质粒,应用荧光素酶报告基因系统检测miR-127对bcl-6的直接靶向调控作用,在肝癌细胞Hep G2中检测过表达及敲低miR-127引起bcl-6基因表达抑制后细胞周期和细胞生长的改变,同时应用表达载体回复bcl-6蛋白水平,检测bcl-6在miR-127调控细胞周期和细胞生长中的必要性。结果构建的重组质粒经酶切鉴定和测序证实构建正确,bcl-6 3'UTR野生型和突变体报告质粒与miR-127共转293T细胞和Hep G2细胞后荧光素酶报告基因检测显示miR-127明显降低野生型报告质粒的活性,但对突变体活性没有影响,miR-127可引起Hep G2细胞G2/M期阻滞并抑制细胞生长,bcl-6可以逆转miR-127对细胞周期和细胞生长的影响。结论成功构建bcl-6基因3'UTR区野生型、突变体报告质粒和bcl-6基因的表达载体,荧光素酶报告基因和回复实验证实均具有生物学功能。 展开更多
关键词 BCL-6基因 3'utr 荧光素酶报告基因 细胞周期
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ERK1/2信号通路基因3'UTR多态性与非小细胞肺癌的相关性 被引量:1
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作者 洪超 向旭东 +6 位作者 李盈甫 曹杨 陈雪雅 李帅 邢安灏 林牧 马千里 《昆明医科大学学报》 CAS 2024年第3期7-17,共11页
目的探究4个ERK1/2信号通路的基因3'UTR区域的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点(MAPK1基因中的rs9340,NRAS基因中的rs14804,KRAS基因中的rs712和rs7973450)与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC... 目的探究4个ERK1/2信号通路的基因3'UTR区域的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点(MAPK1基因中的rs9340,NRAS基因中的rs14804,KRAS基因中的rs712和rs7973450)与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的相关性。方法纳入了478名NSCLC患者及480名健康对照者,利用TaqMan探针法对其进行基因分型检测,并分析上述4个SNP与NSCLC的相关性。结果rs9340位点的等位基因在对照组与非小细胞鳞状细胞癌组(squamous cell carcinoma,SCC)中分布频率的差异具有统计学意义(P=0.009),该结果表明rs9340位点的G等位基因可能是非小细胞肺鳞癌的保护性因素(OR=0.67,95%CI:0.50~0.91)。同时,在<50岁年龄组中,rs9340位点的等位基因在对照组和NSCLC组中的分布频率差异具有统计学意义(P=5.07×10^(-4)),该结果表明rs9340等位基因G可能是NSCLC的保护性因素(OR=0.46,95%CI:0.29~0.72)。结论MAPK1基因SNP位点rs9340可能与NSCLC的发生风险相关。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 ERK1/2信号通路 单核苷酸多态性 3'utr MAPK1
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HLA-G 3'UTR 14 bp插入/缺失多态性与先兆流产相关性研究 被引量:2
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作者 叶瑾 白微 +2 位作者 林枝 奚经巧 蔡文品 《中国卫生检验杂志》 CAS 2020年第19期2359-2361,2365,共4页
目的探究HLA-G 3'UTR 14 bp基因多态性与先兆流产的相关性。方法选取确诊为先兆流产的患者264例作为疾病组,正常妊娠妇女93例作为对照组,进行疾病对照研究。离心柱法提取全血DNA基因,PCR扩增HLA-G 3'UTR区域的DNA,Sanger测序法... 目的探究HLA-G 3'UTR 14 bp基因多态性与先兆流产的相关性。方法选取确诊为先兆流产的患者264例作为疾病组,正常妊娠妇女93例作为对照组,进行疾病对照研究。离心柱法提取全血DNA基因,PCR扩增HLA-G 3'UTR区域的DNA,Sanger测序法对基因进行测序分型,SHEsis软件统计分析基因型和等位基因频率,进行假定遗传模式分析。结果HLA-G 3'UTR 14 bp Ins/Del位点等位基因Ins在病例组的分布高于对照组,与Del比较差异有统计学意义(P<0.05)。3种基因型在2组间的分布差异无统计学意义(P>0.05)。不同遗传模式下,14 bp基因型在2组间的分布差异无统计学意义(P>0.05)。结论14 bp Ins等位基因是先兆流产的风险因素,HLA-G 3'UTR 14 bp基因多态性与先兆流产有一定相关性。 展开更多
关键词 HLA-G 3'utr 基因多态性 先兆流产
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黑蜂王台病毒中国BQCV-JL1株5'UTR的序列分析
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作者 杨倩 张健 +5 位作者 宋战昀 郑言 王向辉 隋佳辰 王振国 牟峻 《应用昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期308-314,共7页
蜜蜂黑蜂王台病毒(Black queen cell virus,BQCV)是引起蜜蜂蜜蜂黑蜂王台病的病原体,主要侵染蜜蜂蜂王幼虫。BQCV基因组为单正链RNA,包括5'端的ORF 1和3'端的ORF 2两个开放阅读框。分别编码非结构蛋白和结构蛋白。本实验室首次成功... 蜜蜂黑蜂王台病毒(Black queen cell virus,BQCV)是引起蜜蜂蜜蜂黑蜂王台病的病原体,主要侵染蜜蜂蜂王幼虫。BQCV基因组为单正链RNA,包括5'端的ORF 1和3'端的ORF 2两个开放阅读框。分别编码非结构蛋白和结构蛋白。本实验室首次成功分离鉴定得到中国首株BQCV毒株,命名为中国BQCV-JL1株。该株全长为8 358 nt。【目的】本文主要研究该株核苷酸序列位置为1~1 124 nt的片段,该段序列的1~545 nt为该毒株的5'UTR区域。【方法】通过Blast及DNAStar等软件对核苷酸及氨基酸序列进行分析。【结果】5'UTR区域的同源性为94%~99%,为高度保守序列。【结论】经Mega5软件作多重序列对比分析得知,该中国BQCV-JL1株的5'UTR区域与其他毒株差异性很大,经分析推断原因为碱基的缺失与碱基置换。 展开更多
关键词 BQCV 5'utr RT-PCR 序列分析 进化树分析
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猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒M蛋白/N蛋白间与N蛋白/3'UTR引入重复序列的反向遗传操作
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作者 郑海红 孙竹筠 +3 位作者 丛雁方 张可煜 高飞 童光志 《湖北畜牧兽医》 2019年第3期10-13,共4页
为获得一种经全长cDNA突变体拯救出的、随着传代次数的增多而最终致死的突变病毒,以嵌合感染性克隆p7AX12为骨架,分别在猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)M蛋白与N蛋白间或(和)N... 为获得一种经全长cDNA突变体拯救出的、随着传代次数的增多而最终致死的突变病毒,以嵌合感染性克隆p7AX12为骨架,分别在猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)M蛋白与N蛋白间或(和)N蛋白/3'UTR之间插入32 nt,依次构建4个嵌合突变体pBJ327、pBJ732、pBJD32和pBJD32R,经DNA转染Marc-145细胞后4个嵌合突变体均能拯救出病毒,且拯救病毒中的突变或插入的碱基具有遗传稳定性。突变病毒传代5次,没有最终致死的原因还有待于进一步研究分析。获得的4个突变病毒也为研制PRRSV基因标识疫苗及PRRSV复制转录机制研究奠定了基础。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(Porcinerep roductive and RESPIRATORY syndrome virus PRRSV) M蛋白/N蛋白 N蛋白/3'utr 反向遗传操作
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法洛四联症患儿NOTCH2基因3'UTR区域突变分析 被引量:1
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作者 冯超 唐宁 +3 位作者 方绍海 徐月娟 李奋 徐让 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期476-482,共7页
目的筛查法洛四联症(TOF)患儿中NOTCH2基因3'UTR区域存在的基因突变,探讨该区域突变影响NOTCH2基因表达的可能机制。方法选取152例诊断明确的TOF患儿(TOF组)为研究对象,107名健康儿童为对照组(CON组),PCR扩增NOTCH2基因3'UTR区... 目的筛查法洛四联症(TOF)患儿中NOTCH2基因3'UTR区域存在的基因突变,探讨该区域突变影响NOTCH2基因表达的可能机制。方法选取152例诊断明确的TOF患儿(TOF组)为研究对象,107名健康儿童为对照组(CON组),PCR扩增NOTCH2基因3'UTR区域序列,所有扩增片段均进行双向测序。将所测NOTCH2基因3'UTR区序列与Gen Bank中的已知序列(NG_008163.1)通过BLAST程序对比,检出可能存在的基因突变。采用Pic Tar和Target Scan在线预测软件预测可能与NOTCH2基因3'UTR区域结合的微小RNA(miRNA),分析NOTCH2基因3'UTR区域突变对miRNA调控NOTCH2基因表达的影响。结果检测出NOTCH2基因3'UTR区域1个新发突变和5个已报道的单核苷酸多态性(SNP),分别为2 672位(157020T>G)、rs368873082(156595C>T)、rs835576(156691A>G)、rs3795664(156937C>T)、rs699779(156967T>C)和rs699780(156836T>C);5个已报道的SNP在TOF组与CON组中的等位基因频率差异均无统计学意义(P>0.05)。预测结果显示34种miRNA能与NOTCH2基因3'UTR区域结合,该突变并不位于34种miRNA与NOTCH2 3'UTR的结合区域。结论 NOTCH2基因3'UTR区域存在新突变157020T>G,该突变有可能通过空间构象影响miRNA与NOTCH2基因3'UTR区的结合效率,进而影响NOTCH2基因的正常表达;而该区域的5个SNP与TOF易感性无明显关联。 展开更多
关键词 法洛四联症 NOTCH2基因 3'utr 基因突变 微小RNA 单核苷酸多态性
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IL8基因3'UTR SNPs与中国荷斯坦牛泌乳性状的关联分析 被引量:1
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作者 方远洋 宋雪梅 +1 位作者 姜俊芳 蒋永清 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第3期338-342,共5页
为明确白细胞介素8基因(IL8)在浙江省内不同牛种群体间的遗传变异情况,应用PCR-SSCP技术检测了中国荷斯坦牛、温岭高峰牛和温州水牛IL8基因3'UTR的多态性。PCR-SSCP和测序结果表明,中国荷斯坦牛和温岭高峰牛在IL8基因3'非翻译... 为明确白细胞介素8基因(IL8)在浙江省内不同牛种群体间的遗传变异情况,应用PCR-SSCP技术检测了中国荷斯坦牛、温岭高峰牛和温州水牛IL8基因3'UTR的多态性。PCR-SSCP和测序结果表明,中国荷斯坦牛和温岭高峰牛在IL8基因3'非翻译区存在3个完全连锁的SNP(g.2831A/G,g.2904 T/C,g.3030 G/A)构成的单倍域,温州水牛在这些位点均表现为突变纯合型。利用一般线性模型分析IL8基因3'UTR的3个SNPs对中国荷斯坦牛305 d校正产奶量、乳脂量、乳蛋白率及体细胞评分的影响,发现这些SNPs可显著影响中国荷斯坦牛305 d校正产奶量(P<0.01)和乳脂率(P<0.05)。 展开更多
关键词 IL8 3'utr SNPS 中国荷斯坦牛 温岭高峰牛 温州水牛
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血管内皮生长因子基因3'UTR不同基因型载体的构建与鉴定 被引量:1
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作者 汪玉洁 白云 +3 位作者 薛兴阳 金磊 王颖 王升跃 《现代生物医学进展》 CAS 2012年第6期1001-1005,共5页
目的:构建含SNP位点的血管内皮生长因子(VEGF)基因3'UTR的荧光素酶报告基因载体,为进一步揭示VEGF基因3'UTR的单核苷酸多态性(SNP)影响肺癌发病风险的分子机制奠定基础。方法:以rs3025039和rs3025040两个位点均为C纯合子的非癌... 目的:构建含SNP位点的血管内皮生长因子(VEGF)基因3'UTR的荧光素酶报告基因载体,为进一步揭示VEGF基因3'UTR的单核苷酸多态性(SNP)影响肺癌发病风险的分子机制奠定基础。方法:以rs3025039和rs3025040两个位点均为C纯合子的非癌症病人血液DNA为模板,扩增出两位点为C/C单体型、长度为1448 bp的VEGF基因3'UTR目的片段,测序验证后将其克隆至pMIR-REPORT荧光素酶报告基因载体上,得到重组质粒pMIR-C/C。同时,我们以pMIR-C/C为模板定点突变两个SNP位点,得到具有T/T单体型的重组质粒pMIR-T/T。将各重组质粒转化大肠杆菌DH10B,筛选阳性克隆后提取质粒进行双酶切鉴定及DNA测序鉴定。结果:单菌落质粒测序验证显示带有C/C单体型的VEGF基因3'UTR重组质粒pMIR-C/C构建成功;经两次定点突变,成功将pMIR-C/C质粒转变为pMIR-T/T,经测序验证未引入任何其他突变。同时生物信息学预测还显示rs3025040位点位于miR-199a/b与VEGF基因mRNA的结合位置,其改变可以影响miRNA与mRNA的结合效率。结论:本研究成功构建了含有两个连锁SNP的VEGF基因3'UTR的荧光素酶报告基因载体,为今后VEGF基因3'UTR的功能研究奠定基础。 展开更多
关键词 VEGF基因 单核苷酸多态性 3'utr 荧光素酶报告基因载体
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牛BBOX1基因3'UTR变异体的克隆及其多态性分析
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作者 宋雨霏 郭彦 +2 位作者 辛友志 崔建伟 周国利 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2017年第2期120-123,共4页
为鉴定牛BBOX1基因选择性多聚腺苷酸化的不同变异体及其3'UTR的多态性,采用3'RACE的方法检测出BBOX1基因3个不同3'UTR全长的APA变异体,短APA变异体3'UTR长度为229 bp,长APA变异体3'UTR长度分别为664 bp和678 bp。利... 为鉴定牛BBOX1基因选择性多聚腺苷酸化的不同变异体及其3'UTR的多态性,采用3'RACE的方法检测出BBOX1基因3个不同3'UTR全长的APA变异体,短APA变异体3'UTR长度为229 bp,长APA变异体3'UTR长度分别为664 bp和678 bp。利用SSCP与测序相结合的方法,在BBOX1基因的3'UTR中检测到10个多态性,其中7个为SNP,分别为c.12T>C、c.100A>G、c.241T>C、c.480T>C、c.557T>C、c.606T>C和c.650T>C;3个为插入或缺失突变,分别为c.28_29ins C、c.434_435del GT和c.512_513ins TGC。SNP c.650T>C定位在Poly(A)加尾信号PAS3中,使加尾信号序列AAUAAA突变成AACAAA,导致3'UTR长度为678 bp的变异体出现。 展开更多
关键词 BBOX1基因 选择性多聚腺苷酸化 多态性 3'utr
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Gene expression profile favoring phenotypic reversion:a clue for mechanism of tumor suppression by NF-IL6 3'UTR 被引量:7
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作者 DINGGANLIU QIUHONGJIANG +3 位作者 YUNYIWEI LISUN BEIBEIFU FUKUNZHAO 《Cell Research》 SCIE CAS CSCD 2003年第6期509-514,共6页
Transfection of cDNA in 3'untranslated region of human nuclear factor for interleukin-6(NF-IL6 3'UTR)induced tumor suppression in a human hepatoma cell line.cDNA array analysis was used to reveal changes in ge... Transfection of cDNA in 3'untranslated region of human nuclear factor for interleukin-6(NF-IL6 3'UTR)induced tumor suppression in a human hepatoma cell line.cDNA array analysis was used to reveal changes in gene expression profile leading to tumor suppression The results indicate that this suppression was not due to activation of dsRNA-dependent protein kinase,nor to inactivation ofoncogenes; rather,all the changes in expression of known genes,induced by NF-IL6 3'UTR cDNA may be ascribed to the suppression of cellular malignancy.Therefore,our results imply that this 3'untranslated region may have played role of a regulator of gene expression profile. 展开更多
关键词 cDNA array NF-IL6 HEPATOMA 3 'utr tumor suppression.
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Mmu-miR-107与Cacna2d1基因3'UTR结合位点的预测及验证 被引量:1
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作者 阮杰 翁亚光 +7 位作者 赵炜 熊兴东 张春龙 李江滨 刘桂平 黄池荣 付思莹 刘新光 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期42-47,共6页
[目的]预测并验证mmu-miR-107与Cacna2d1基因3'UTR的结合位点。[方法]生物信息学预测miR-107与小鼠Cacna2d1基因3'UTR的结合位点,将包含3个靶位点的3'UTR片段克隆至荧光素酶载体p GL3中,构建野生型p GL3-Cacna2d1-WT3'... [目的]预测并验证mmu-miR-107与Cacna2d1基因3'UTR的结合位点。[方法]生物信息学预测miR-107与小鼠Cacna2d1基因3'UTR的结合位点,将包含3个靶位点的3'UTR片段克隆至荧光素酶载体p GL3中,构建野生型p GL3-Cacna2d1-WT3'UTR载体;并用重叠延伸PCR技术构建分别含有单个突变位点的载体Mut1200-207、Mut2361-367、Mut3902-908和同时含有3个突变结合位点的载体Mut4plus。将各重组质粒与miRNA mimics共转染C2C12细胞,检测荧光素酶活性。[结果]与共转染p GL3-Cacna2d1-WT 3'UTR和miR-NC组相比,共转染p GL3-Cacna2d1-WT 3'UTR和mimics-miR-107组荧光素酶活性显著下降(P<0.01);与共转染对应的突变体和miR-NC组相比,转染突变体Mut2361-367/Mut3902-908和mimics-miR-107组的荧光素酶活性均下降(P<0.05);转染突变体Mut1200-2077/Mut4plus和mimics-miR-107组的荧光素酶活性下降不明显(P>0.05)。[结论]Cacna2d1基因3'UTR段双荧光素酶基因报告载体及突变体构建成功,初步证实miR-107与Cacna2d1 3'UTR的200-207位点结合。 展开更多
关键词 Cacna2d1 miR-107 3'非编码区 结合位点
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构建ECE1 3'UTR荧光素酶报告基因载体验证其与miR-199a-5p靶向关系 被引量:1
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作者 鲍宁 陈凤收 +2 位作者 姜艳华 方波 马虹 《现代生物医学进展》 CAS 2019年第2期207-210,243,共5页
目的:通过构建双荧光素酶报告基因重组质粒验证miRNA-199a-5p(miR-199a-5p)与ECE1基因的靶向调控关系。方法:通过microRNA靶基因预测软件Targetscan获取miR-199a-5p与ECE1基因3'UTR潜在的互补结合位点,PCR技术扩增ECE1基因3'端... 目的:通过构建双荧光素酶报告基因重组质粒验证miRNA-199a-5p(miR-199a-5p)与ECE1基因的靶向调控关系。方法:通过microRNA靶基因预测软件Targetscan获取miR-199a-5p与ECE1基因3'UTR潜在的互补结合位点,PCR技术扩增ECE1基因3'端非翻译区,将此序列与miR-199a-5p mimics或空质粒(NC)共转染到pmirGLO-ECE1-野生型(WT)的293细胞里;将此序列突变序列与miR-199a-5p mimics或NC共转染到pmirGLO-ECE1-突变型(MUT)的293细胞里,共四组,检测四组细胞中荧光素酶活性。结果:成功构建双荧光素酶报告基因重组质粒pmirGLO-ECE1-WT和pmirGLO-ECE1-MUT。与野生型NC(4.30±0.53)组及突变型miR-199a-5p mimics组(4.465±0.3968)比较,野生型miR-199a-5p mimics组(1.686±0.4098)荧光素酶活性明显降低,P<0.05,有显著差异;突变型miR-199a-5p mimics组(4.465±0.3968)与突变型miR-199a-5p NC(4.18±0.498)组及野生型NC(4.30±0.53)组两两比较,P>0.05,无明显差异。结论:miR-199a-5p与野生型ECE1存在结合位点,miR-199a-5p对野生型ECE1重组质粒荧光活性有明显的抑制作用,证实miR-199a-5p能够靶向调控ECE1基因。 展开更多
关键词 MiRNA-199a-5p ECE1基因 荧光素酶报告基因 3’端非翻译区
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细胞因子IL-23p19不同长度3'UTR质粒的构建 被引量:1
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作者 王利伟 李文建 +5 位作者 郑颖 仝宇红 赵晓东 赵岚 钱雪松 闫金成 《河北医药》 CAS 2013年第9期1288-1291,共4页
目的构建真核表达IL-23p193'UTR质粒(在PGL3中),并且进行鉴定,为调查鼠IL-23p193'UTR区对IL-23p19的表达调控提供条件。方法用mp193'UTR/PGL3-controlvectorDNA作为模板,设计不同长度3'UTR的引物,行聚合酶链反应扩增目... 目的构建真核表达IL-23p193'UTR质粒(在PGL3中),并且进行鉴定,为调查鼠IL-23p193'UTR区对IL-23p19的表达调控提供条件。方法用mp193'UTR/PGL3-controlvectorDNA作为模板,设计不同长度3'UTR的引物,行聚合酶链反应扩增目的基因,将PCR扩增产物回收,酶切,并克隆到PGL3control载体中,通过酶切鉴定重组质粒。结果构建了4个不同长度的小鼠IL-23p193'UTR区的质粒,经酶切测序鉴定,证实与原设计相同。结论成功构建4个不同长度的小鼠IL-23p193'UTR区的质粒,这4个不同长度的质粒含有不同的ARE区,为进一步调查不同ARE区对小鼠IL-23p19的调节作用提供了物质条件。 展开更多
关键词 IL-23p19 utr ARE
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阳原驴MSTN基因5'UTR多态性分析
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作者 付永智 马晓君 +5 位作者 陈芝媛 王茂晗 赵涵 李哲 苏咏梅 朱文进 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2022年第9期132-135,共4页
为探究MSTN基因5'UTR多态性及其对阳原驴体尺指标(体高、体长、胸围)的影响,试验测量了舍饲的70头2岁以上阳原驴的体尺指标,用PCR-SSCP技术进行MSTN基因5'UTR多态位点检测,并对不同基因型个体的体尺性状进行差异分析。结果表明... 为探究MSTN基因5'UTR多态性及其对阳原驴体尺指标(体高、体长、胸围)的影响,试验测量了舍饲的70头2岁以上阳原驴的体尺指标,用PCR-SSCP技术进行MSTN基因5'UTR多态位点检测,并对不同基因型个体的体尺性状进行差异分析。结果表明:阳原驴MSTN基因5'UTR存在g.229T>C突变,产生TT、CC和TC三种基因型,不同基因型个体之间的体高、体长差异不显著(P>0.05),而CC基因型个体胸围显著大于其他两个基因型(P<0.05)。说明第229位点可以作为阳原驴选择育种的候选标记。 展开更多
关键词 阳原驴 MSTN基因 5'utr SNPS 体尺性状
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miR-197结合HNRNPD的5'UTR区上调其蛋白表达 被引量:1
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作者 罗婧 杨丝雨 +2 位作者 吴宇 王雨萌 郑煜芳 《复旦学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期47-57,64,共12页
microRNA介导的基因调节在发育和疾病调控中都发挥了重要的作用.我们实验室前期研究发现miR-197可以调节神经干细胞分化.在本研究中,我们利用生物信息学数据库分析发现了9个miR-197的候选靶基因.qRT-PCR结果表明miR-197能下调其中8个基... microRNA介导的基因调节在发育和疾病调控中都发挥了重要的作用.我们实验室前期研究发现miR-197可以调节神经干细胞分化.在本研究中,我们利用生物信息学数据库分析发现了9个miR-197的候选靶基因.qRT-PCR结果表明miR-197能下调其中8个基因的表达,但是显著上调了异质核糖核蛋白(Heterogeneous Nuclear RiboNucleoProtein,HNRNP)D0基因(HNRNPD)的表达.我们进一步实验发现,这种上调是通过miR-197与HNRNPD的5'UTR而不是3'UTR区的相互作用实现的.RNA pull-down实验证实miR-197的确与HNRNPD的5'UTR之间存在互补配对.并且敲低Ago2可以阻断miR-197介导的HNRNPD的上调,说明Ago2对于miR-197上调HNRNPD是必需的.已知HNRNPD能通过与AU-Rich Elements(AREs)结合来调控mRNA的降解.我们利用AutDB、SZDB和OMIM等多个数据库分析了几种神经发育障碍疾病(如自闭症和严重的智力障碍)的相关基因,发现这些基因含有比全基因组中更高比例的ARE-mRNA.因此,miR-197和HNRNPD在调节神经发育和相关疾病中可能具有重要作用. 展开更多
关键词 miR-197 异质核糖核蛋白D0 5'utr
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CCL11和CCL26基因3'UTR真核表达载体的构建和意义 被引量:1
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作者 温志红 代艳 何爽 《中国临床新医学》 2014年第1期5-7,共3页
目的构建CCL11、CCL26基因3'非翻译区(3'UTR)真核表达载体。方法多聚酶链式反应(PCR)扩增获得CCL11、CCL26基因3'UTR目的片段,双酶切目的基因片段及pMIR REPORT真核表达质粒后,将目的基因片段插入pMIR REPORT质粒,再将重组... 目的构建CCL11、CCL26基因3'非翻译区(3'UTR)真核表达载体。方法多聚酶链式反应(PCR)扩增获得CCL11、CCL26基因3'UTR目的片段,双酶切目的基因片段及pMIR REPORT真核表达质粒后,将目的基因片段插入pMIR REPORT质粒,再将重组质粒转化感受态DH5α菌株,筛选阳性克隆行双酶切鉴定及测序分析。结果成功构建CCL11、CCL26基因3'UTR真核表达载体。结论 CCL11、CCL26基因3'UTR真核表达载体成功建立,为进一步研究CCL11、CCL26基因与MicroRNAs的关系提供实验基础。 展开更多
关键词 CCL11基因 CCL26基因 3′非翻译区 真核表达载体
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