利用TCMSP数据库检索乌药有效作用成分与分子靶点,采用Genecards数据库筛选抗氧化和抑菌相关靶点与交集靶点,将STRING数据库构建的交集靶点PPI网络导入Cytoscape 3.8.0中,筛选出乌药抗氧化和抗菌作用的核心靶点,利用Auto Dock Vina对共...利用TCMSP数据库检索乌药有效作用成分与分子靶点,采用Genecards数据库筛选抗氧化和抑菌相关靶点与交集靶点,将STRING数据库构建的交集靶点PPI网络导入Cytoscape 3.8.0中,筛选出乌药抗氧化和抗菌作用的核心靶点,利用Auto Dock Vina对共同核心靶点与乌药活性成分中重要物质进行分子对接。结果筛选出乌药中9个有效作用成分、179个相关作用靶点,得到抗氧化相关靶点551个、抗菌相关靶点441个;通过交集筛选并得到乌药与抗氧化的交集靶点为99个、与抑菌的交集靶点为40个;以Betweenness、Degree和Closeness算法依次取前50%筛选出乌药抑菌和抗氧化作用的核心靶点,取交集得到共同核心靶点4个,分别为TNF、CASP3、IL6和AKT1。分子对接结果显示乌药功能性成分与核心靶点均可形成具有较高亲和力的复合物。同时结合乌药蜜饮体外抗氧化与抑菌能力实验结果表明,乌药的活性成分具备联合抗氧化和抑菌能力,本研究为乌药在药膳食疗联合抗氧化与抑菌方面的作用机制探讨提供了新思路。展开更多
文摘利用TCMSP数据库检索乌药有效作用成分与分子靶点,采用Genecards数据库筛选抗氧化和抑菌相关靶点与交集靶点,将STRING数据库构建的交集靶点PPI网络导入Cytoscape 3.8.0中,筛选出乌药抗氧化和抗菌作用的核心靶点,利用Auto Dock Vina对共同核心靶点与乌药活性成分中重要物质进行分子对接。结果筛选出乌药中9个有效作用成分、179个相关作用靶点,得到抗氧化相关靶点551个、抗菌相关靶点441个;通过交集筛选并得到乌药与抗氧化的交集靶点为99个、与抑菌的交集靶点为40个;以Betweenness、Degree和Closeness算法依次取前50%筛选出乌药抑菌和抗氧化作用的核心靶点,取交集得到共同核心靶点4个,分别为TNF、CASP3、IL6和AKT1。分子对接结果显示乌药功能性成分与核心靶点均可形成具有较高亲和力的复合物。同时结合乌药蜜饮体外抗氧化与抑菌能力实验结果表明,乌药的活性成分具备联合抗氧化和抑菌能力,本研究为乌药在药膳食疗联合抗氧化与抑菌方面的作用机制探讨提供了新思路。
