家蚕浓核病是一种严重影响蚕业生产的流行病,其病原为家蚕二分浓核病毒(Bombyx mori bidensovirus,BmBDV)。为了解云南省鹤庆县蚕区BmBDV的发生情况及病毒的遗传分化情况,在云南省鹤庆县收集到15份疑似浓核病感染的病蚕样本,提取样本基...家蚕浓核病是一种严重影响蚕业生产的流行病,其病原为家蚕二分浓核病毒(Bombyx mori bidensovirus,BmBDV)。为了解云南省鹤庆县蚕区BmBDV的发生情况及病毒的遗传分化情况,在云南省鹤庆县收集到15份疑似浓核病感染的病蚕样本,提取样本基因组DNA,根据家蚕二分浓核病毒-镇江株(BmBDV-3)基因组中VD1链的非结构蛋白基因VD1 ORF3序列设计特异性引物,并以病蚕基因组为模板进行PCR扩增,以检测该地区的病蚕是否感染BmBDV,同时比较VD1 ORF3基因同源性和遗传距离,以该基因片段构建系统发育树。PCR扩增结果显示,该地区有5份病蚕样本扩增到特异性目的片段而确定感染BmBDV。系统进化分析得知,家蚕二分浓核病毒-鹤庆株(BmBDV-Heqing)与已报道的家蚕二分浓核病毒-镇江株(BmBDV-3)亲缘关系最近,说明分离得到的家蚕二分浓核病毒为BmBDV-3的一个分离株系。展开更多
由家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopoyhedrosis virus,BmNPV)侵染家蚕Bombyx mori引起的家蚕核型多角体病(血液型脓病)在养蚕生产中发生较为普遍,对蚕业生产造成重大的经济损失。本研究建立了快捷有效的环介导等温扩增技术(loop-...由家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopoyhedrosis virus,BmNPV)侵染家蚕Bombyx mori引起的家蚕核型多角体病(血液型脓病)在养蚕生产中发生较为普遍,对蚕业生产造成重大的经济损失。本研究建立了快捷有效的环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)用于快速检测BmNPV,为蚕业生产提供了一个有效检测BmNPV和进行早期诊断的技术。该方法是针对BmNPV的pe38基因的6个区段设计的6条引物用于扩增检测,整个反应在恒温条件63℃下进行25 min,扩增产物用电泳法和可视法检测(用SYBR Green I染色)。结果显示,LAMP检测方法的灵敏度是常规PCR方法的100倍,能检测的范围为21个拷贝。另外,用4.86×108OBs/mL感染4龄起蚕,提取血淋巴DNA为模板,PCR在感染36 h后检出病毒DNA,LAMP法能检测感染12h后的样品。展开更多
病毒性软化病是一种严重影响蚕业生产的流行病，其病原为家蚕传染性软化病病毒（Bombyx mori infectiousflacherie virus，BmIFV）。本实验室在浙江省收集到具有软化病症状的家蚕幼虫，并分离纯化获得一株病毒。电镜观察到病毒粒子为直...病毒性软化病是一种严重影响蚕业生产的流行病，其病原为家蚕传染性软化病病毒（Bombyx mori infectiousflacherie virus，BmIFV）。本实验室在浙江省收集到具有软化病症状的家蚕幼虫，并分离纯化获得一株病毒。电镜观察到病毒粒子为直径26nm左右、无包涵体的球状颗粒。病毒添食四龄起蚕和五龄起蚕，分别在3～4d和5～7d出现明显症状和病变。纯化病毒SDS-PAGE条带与BmIFV蛋白相仿。病毒核酸鉴定为RNA，并可用套式RT-PCR扩增出特异性片段，测序发现片段序列和BmIFV日本坂城株的同源性为99．5％。由此可确定该病毒为BmIFV，这是我国首次分离到该病毒，暂命名为BmIFV-CHN001。展开更多
通过分析5种家蚕病毒基因组密码子和密码对使用模式,初步探讨5种家蚕病毒的基因组进化和对宿主的适应策略。采用生物信息学方法对碱基含量(GCall、GC1、GC2、GC3、GC3s)、有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、密码对(codon-...通过分析5种家蚕病毒基因组密码子和密码对使用模式,初步探讨5种家蚕病毒的基因组进化和对宿主的适应策略。采用生物信息学方法对碱基含量(GCall、GC1、GC2、GC3、GC3s)、有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、密码对(codon-pair)等进行统计分析的结果表明:5种家蚕病毒的密码子偏好性均较低,病毒间的碱基组成及ENc值差异较小,碱基组成对密码子使用模式影响较小;不同病毒选择不同的偏好性密码子,不同病毒的密码对偏好性程度不同,其中,家蚕类葡萄斑点病毒(Bombyx mori macula-like virus,BmMLV)密码对偏好性最强,家蚕质型多角体病毒(Bombyx mori cypovirus,BmCPV)和家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)密码对偏好性最弱。聚类分析表明BmCPV和家蚕浓核病毒(Bombyx mori densovirus,BmDNV)的密码子使用模式相似,BmNPV和家蚕传染性软化病病毒(Bombyx mori infec-tious flacherie virus,BmIFV)的密码子使用模式相似;BmMLV、BmNPV和BmDNV的密码对使用模式相似,BmIFV和BmCPV的密码对使用模式相似。5种病毒的偏好性密码子和偏好性密码对不同,显示不同病毒的密码子和密码对的进化路径不同,对宿主的适应策略不同。展开更多
文摘家蚕浓核病是一种严重影响蚕业生产的流行病,其病原为家蚕二分浓核病毒(Bombyx mori bidensovirus,BmBDV)。为了解云南省鹤庆县蚕区BmBDV的发生情况及病毒的遗传分化情况,在云南省鹤庆县收集到15份疑似浓核病感染的病蚕样本,提取样本基因组DNA,根据家蚕二分浓核病毒-镇江株(BmBDV-3)基因组中VD1链的非结构蛋白基因VD1 ORF3序列设计特异性引物,并以病蚕基因组为模板进行PCR扩增,以检测该地区的病蚕是否感染BmBDV,同时比较VD1 ORF3基因同源性和遗传距离,以该基因片段构建系统发育树。PCR扩增结果显示,该地区有5份病蚕样本扩增到特异性目的片段而确定感染BmBDV。系统进化分析得知,家蚕二分浓核病毒-鹤庆株(BmBDV-Heqing)与已报道的家蚕二分浓核病毒-镇江株(BmBDV-3)亲缘关系最近,说明分离得到的家蚕二分浓核病毒为BmBDV-3的一个分离株系。
文摘病毒性软化病是一种严重影响蚕业生产的流行病，其病原为家蚕传染性软化病病毒（Bombyx mori infectiousflacherie virus，BmIFV）。本实验室在浙江省收集到具有软化病症状的家蚕幼虫，并分离纯化获得一株病毒。电镜观察到病毒粒子为直径26nm左右、无包涵体的球状颗粒。病毒添食四龄起蚕和五龄起蚕，分别在3～4d和5～7d出现明显症状和病变。纯化病毒SDS-PAGE条带与BmIFV蛋白相仿。病毒核酸鉴定为RNA，并可用套式RT-PCR扩增出特异性片段，测序发现片段序列和BmIFV日本坂城株的同源性为99．5％。由此可确定该病毒为BmIFV，这是我国首次分离到该病毒，暂命名为BmIFV-CHN001。
文摘通过分析5种家蚕病毒基因组密码子和密码对使用模式,初步探讨5种家蚕病毒的基因组进化和对宿主的适应策略。采用生物信息学方法对碱基含量(GCall、GC1、GC2、GC3、GC3s)、有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、密码对(codon-pair)等进行统计分析的结果表明:5种家蚕病毒的密码子偏好性均较低,病毒间的碱基组成及ENc值差异较小,碱基组成对密码子使用模式影响较小;不同病毒选择不同的偏好性密码子,不同病毒的密码对偏好性程度不同,其中,家蚕类葡萄斑点病毒(Bombyx mori macula-like virus,BmMLV)密码对偏好性最强,家蚕质型多角体病毒(Bombyx mori cypovirus,BmCPV)和家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)密码对偏好性最弱。聚类分析表明BmCPV和家蚕浓核病毒(Bombyx mori densovirus,BmDNV)的密码子使用模式相似,BmNPV和家蚕传染性软化病病毒(Bombyx mori infec-tious flacherie virus,BmIFV)的密码子使用模式相似;BmMLV、BmNPV和BmDNV的密码对使用模式相似,BmIFV和BmCPV的密码对使用模式相似。5种病毒的偏好性密码子和偏好性密码对不同,显示不同病毒的密码子和密码对的进化路径不同,对宿主的适应策略不同。
