【目的】对比分析圈养条件下腹泻和健康林麝粪便菌群组成和多样性差异,找出具有显著差异的生物标志菌群,为防治林麝腹泻提供参考。【方法】利用Illumina Nova Seq6000平台对腹泻(D组,n=10)和健康(H组,n=10)林麝粪便菌群总DNA中16Sr RNA...【目的】对比分析圈养条件下腹泻和健康林麝粪便菌群组成和多样性差异,找出具有显著差异的生物标志菌群,为防治林麝腹泻提供参考。【方法】利用Illumina Nova Seq6000平台对腹泻(D组,n=10)和健康(H组,n=10)林麝粪便菌群总DNA中16Sr RNA基因V3-V4区测序,分析D和H组林麝粪便在菌群组成、多样性、标志菌群和功能之间的差异。【结果】Alpha多样性分析结果显示,D组林麝粪便中菌群的ACE和Chao1指数显著高于H组(P<0.05),Simpson和Shannon指数低于H组,其中Simpson指数差异显著(P<0.05);Beta多样性分析结果显示,D和H组间的菌群群落结构存在显著差异(R^(2)=0.55,P=0.001);门水平上,厚壁菌门(Firmicutes)是2组的共有优势菌门,差异菌门包括拟杆菌门(Bacteroidota)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteriota)。属水平上,瘤胃菌科UCG005属(Ruminococcaceae_UCG_005)是2组的共有优势菌属,差异菌属包括不动杆菌属(Acinetobacter)、拟杆菌属(Bacteroides)和理研菌科RC9属(Rikenellaceae_RC9_gut_group);D组有奥尔森菌属(Olsenella)等23个标志菌群,H组有理研菌科RC9属等15个标志菌群;基于PICRUSt2功能预测发现,与H组相比,D组膜转运、氨基酸运输与代谢、内分泌与代谢疾病等功能丰度显著增加(P<0.05),而次级代谢物的合成、细胞增殖与凋亡、免疫防御等显著下降(P<0.05)。【结论】腹泻会显著改变林麝肠道菌群组成、菌群多样性和功能丰度,肠道中不动杆菌属、奥尔森菌属和理研菌科RC9属等菌群的丰度是判断林麝肠道健康状态的特征标志菌群。展开更多
文摘【目的】对比分析圈养条件下腹泻和健康林麝粪便菌群组成和多样性差异,找出具有显著差异的生物标志菌群,为防治林麝腹泻提供参考。【方法】利用Illumina Nova Seq6000平台对腹泻(D组,n=10)和健康(H组,n=10)林麝粪便菌群总DNA中16Sr RNA基因V3-V4区测序,分析D和H组林麝粪便在菌群组成、多样性、标志菌群和功能之间的差异。【结果】Alpha多样性分析结果显示,D组林麝粪便中菌群的ACE和Chao1指数显著高于H组(P<0.05),Simpson和Shannon指数低于H组,其中Simpson指数差异显著(P<0.05);Beta多样性分析结果显示,D和H组间的菌群群落结构存在显著差异(R^(2)=0.55,P=0.001);门水平上,厚壁菌门(Firmicutes)是2组的共有优势菌门,差异菌门包括拟杆菌门(Bacteroidota)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteriota)。属水平上,瘤胃菌科UCG005属(Ruminococcaceae_UCG_005)是2组的共有优势菌属,差异菌属包括不动杆菌属(Acinetobacter)、拟杆菌属(Bacteroides)和理研菌科RC9属(Rikenellaceae_RC9_gut_group);D组有奥尔森菌属(Olsenella)等23个标志菌群,H组有理研菌科RC9属等15个标志菌群;基于PICRUSt2功能预测发现,与H组相比,D组膜转运、氨基酸运输与代谢、内分泌与代谢疾病等功能丰度显著增加(P<0.05),而次级代谢物的合成、细胞增殖与凋亡、免疫防御等显著下降(P<0.05)。【结论】腹泻会显著改变林麝肠道菌群组成、菌群多样性和功能丰度,肠道中不动杆菌属、奥尔森菌属和理研菌科RC9属等菌群的丰度是判断林麝肠道健康状态的特征标志菌群。
