【目的】基于全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)技术筛选和鉴定金定鸭产蛋数性状相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点及候选基因,为金定鸭产蛋性状的分子育种提供参考信息。【方法】采...【目的】基于全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)技术筛选和鉴定金定鸭产蛋数性状相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点及候选基因,为金定鸭产蛋性状的分子育种提供参考信息。【方法】采用441只同批次健康金定鸭(母鸭)群体作为研究对象,分别收集每只个体从产第一枚蛋开始至43周龄、55周龄和72周龄的产蛋数(分别为W43、W55和W72)共3个产蛋数性状。所有441只个体翅静脉采血后进行全基因组重测序,下机数据与鸭参考基因组(ZJU1.0)比对得到全基因组范围内的SNPs位点,利用plink软件质控后获取高质量SNPs位点,使用ASReml-R 4.2软件多性状动物模型估计43周龄、55周龄、72周龄产蛋数性状的遗传力,以及两两性状间的遗传相关、表型相关。利用gemma软件分别对3个产蛋数性状进行全基因组关联分析,鉴定3个产蛋数性状共享的关联标记位点,利用bedtools软件对这些位点进行注释,挖掘标记位点附近的候选基因。【结果】金定鸭W43、W55和W72遗传力均较低,遗传力范围在0.17-0.30之间,并随着周龄的增加,遗传力逐渐降低。不同周龄产蛋数间均具有较高的遗传正相关,相邻时间点间的遗传相关系数高于间隔时间点之间的遗传相关系数,其中W43与W55的遗传相关系数为0.75,W55与W72遗传相关系数为0.89。GWAS研究结果表明,W43筛选到174个潜在显著SNPs位点(P<9.43×10^(-7)),分布于3、13、21号染色体上;W55筛选到297个潜在显著SNPs位点(P<9.43×10^(-7)),分布于3、13号染色体上;W72筛选到36个潜在显著SNPs位点(P<9.43×10^(-7)),均位于3号染色体上。3个产蛋数性状共享20个重叠的潜在显著SNPs位点(P<9.43×10^(-7)),且均位于3号染色体上。这些位点形成了两个较大的单倍型块,并涉及5个候选基因,包括参与钙离子作用的VSNL1基因、参与中胚层形成的MSGN1基因、具有钾离子通道作用的KCNS3基因,参与DNA修复的SMC6和GEN1基因。【结论】估计了金定鸭43周龄、55周龄和72周龄产蛋数性状的遗传参数,通过产蛋数性状的GWAS研究鉴定了同时影响3个周龄产蛋数性状的20个潜在显著的SNPs位点、5个候选基因,这些结果为金定鸭产蛋数性状分子育种提供了参考信息。展开更多
