载脂蛋白A1基因(APOA1)在动物体脂代谢中发挥重要作用。本研究旨在利用生物信息学的方法筛选鸡APOA1基因中具有潜在生物学作用的非同义突变单核苷酸多态性(non-synonymous single nucleotide polymorphisms,nsSNPs)位点,为利用分子标记...载脂蛋白A1基因(APOA1)在动物体脂代谢中发挥重要作用。本研究旨在利用生物信息学的方法筛选鸡APOA1基因中具有潜在生物学作用的非同义突变单核苷酸多态性(non-synonymous single nucleotide polymorphisms,nsSNPs)位点,为利用分子标记辅助选择技术开展鸡体脂性状遗传改良提供理论参考。本研究从dbSNP数据库中提取APOA1基因12个nsSNPs,利用4种生物信息学预测软件(SIFT、PolyPhen-2、SNAP和PhD-SNP)预测其是否为功能性SNPs;使用I-Mutant3.0和MUpro软件分析突变位点氨基酸的稳定性,并对APOA1基因编码的氨基酸序列进行多序列对比和位点保守性预测;最后使用SOPMA和SWISS-MODEL软件预测nsSNPs突变前后蛋白质的二级结构和三级结构的变化。结果表明,V179G(rs732849555)突变位点影响鸡APOA1蛋白质的结构,可能是影响鸡体脂性状的重要功能性SNPs。展开更多
文摘载脂蛋白A1基因(APOA1)在动物体脂代谢中发挥重要作用。本研究旨在利用生物信息学的方法筛选鸡APOA1基因中具有潜在生物学作用的非同义突变单核苷酸多态性(non-synonymous single nucleotide polymorphisms,nsSNPs)位点,为利用分子标记辅助选择技术开展鸡体脂性状遗传改良提供理论参考。本研究从dbSNP数据库中提取APOA1基因12个nsSNPs,利用4种生物信息学预测软件(SIFT、PolyPhen-2、SNAP和PhD-SNP)预测其是否为功能性SNPs;使用I-Mutant3.0和MUpro软件分析突变位点氨基酸的稳定性,并对APOA1基因编码的氨基酸序列进行多序列对比和位点保守性预测;最后使用SOPMA和SWISS-MODEL软件预测nsSNPs突变前后蛋白质的二级结构和三级结构的变化。结果表明,V179G(rs732849555)突变位点影响鸡APOA1蛋白质的结构,可能是影响鸡体脂性状的重要功能性SNPs。
