【目的】探究表没食子酸没食子儿茶素(Epigallocatechin-3-gallate,EGCG)对热应激条件下巴马香猪背最长肌组织中长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)表达的影响,为揭示热应激条件下EGCG调节巴马香猪肌内脂肪(IMF)沉积的分子机制...【目的】探究表没食子酸没食子儿茶素(Epigallocatechin-3-gallate,EGCG)对热应激条件下巴马香猪背最长肌组织中长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)表达的影响,为揭示热应激条件下EGCG调节巴马香猪肌内脂肪(IMF)沉积的分子机制提供理论依据。【方法】选择20头8月龄雄性巴马香猪随机分为4组,对照组(TN)在22℃常温环境下饲养,3个高温处理组(HS0、HS250和HS500)均在35℃环境下饲养,HS0、HS250和HS500组日粮中分别添加0%、0.025%和0.05%的EGCG。试验结束后屠宰巴马香猪并采集背最长肌组织,提取总RNA并进行转录组测序。使用DESeq筛选差异表达lncRNA,并进行GO功能注释分析、KEGG信号通路富集分析与ceRNA互作网络构建。随机选取5个lncRNA靶基因,利用实时荧光定量PCR验证转录组测序结果的可靠性。【结果】TN vs HS0、TN vs HS500和HS0 vs HS500组共筛选出263个差异表达lncRNA,共富集到2819个靶基因,其中lncRNA MSTRG.11234的靶基因PLPP1、ENSSSCT00000068789的靶基因PPARα和MSTRG.26033的靶基因SCD5与脂肪合成密切相关。KEGG信号通路富集分析结果显示,差异表达lncRNA靶基因富集到的信号通路中与脂质代谢相关的信号通路包括过氧化物酶体增殖物激活受体、腺苷酸活化蛋白激酶和磷脂酰肌醇3-激酶-Akt通路等。ceRNA互作网络构建结果显示,部分lncRNA可能通过ceRNA机制参与调控脂质代谢及应激反应。随机选择的5个差异表达lncRNA靶基因,表达趋势与转录组测序结果一致,表明转录组测序结果可靠。【结论】筛选出263个差异表达lncRNA,其靶基因显著富集到过氧化物酶体增殖物激活受体、腺苷酸活化蛋白激酶和磷脂酰肌醇3-激酶-Akt通路等脂质代谢相关信号通路,其中PLPP1、PPARα和SCD5基因与IMF沉积密切相关。热应激可能通过调控lncRNA的表达,影响下游脂质代谢相关基因的转录活性,从而介导IMF沉积过程。展开更多
【目的】对武夷黑猪热休克蛋白A5(heat shock protein family A member 5,HSPA5)进行生物信息学预测与分析,为探究其生物学功能提供参考。【方法】对武夷黑猪HSPA5基因编码区进行克隆并测序,再与不同物种进行相似性比对并构建系统进化树...【目的】对武夷黑猪热休克蛋白A5(heat shock protein family A member 5,HSPA5)进行生物信息学预测与分析,为探究其生物学功能提供参考。【方法】对武夷黑猪HSPA5基因编码区进行克隆并测序,再与不同物种进行相似性比对并构建系统进化树,利用生物信息学方法预测其蛋白的理化特性、结构及功能,最后测定其在武夷黑猪不同组织中的表达量。【结果】武夷黑猪HSPA5基因编码区长1965 bp,编码654个氨基酸。相似性比对和进化树分析结果表明,武夷黑猪HSPA5氨基酸序列与杜洛克猪转录本变体2和鼠的HSPA5氨基酸序列相似性最高(100%),且与鼠的亲源关系最近,而与大黄花鱼的亲源关系最远。武夷黑猪HSPA5蛋白为酸性亲水蛋白,含有信号肽序列,在内质网中含量最高。主要由α-螺旋构成,且保守基序位于2个重叠的功能结构域内;含有56个磷酸化位点,76个O-糖基化位点,24个化学因子作用位点。同时具有26个抗原决定簇、11个T细胞抗原表位,13个B细胞抗原表位。与热休克蛋白90(heat shock protein member 90,HSP90)、激活转录因子6(activating transcription factor 6,ATF6)等互作关系密切。实时荧光定量PCR结果表明,HSPA5基因在武夷黑猪肝脏和子宫中的表达量显著高于其他组织(P<0.05)。【结论】本研究成功克隆了武夷黑猪HSPA5基因,且与鼠的亲源关系最近。武夷黑猪HSPA5蛋白主要定位于细胞质中,包含磷酸化、O-糖基化修饰位点,含有与T或B细胞抗原表位重叠的抗原决定簇序列,与未折叠蛋白反应通路中相关蛋白互作,在肝脏表达量最高。这些特征可为进一步研究HSPA5蛋白生物学功能提供参考。展开更多
[目的]探究Ⅲ型纤连蛋白域包含蛋白5(typeⅢfibronectin domain-containing protein 5,FNDC5)基因对藏猪低氧适应性的调控作用。[方法]以藏猪和大约克猪为实验动物,提取其耳组织DNA,分段扩增FNDC5基因的5′侧翼区、3′侧翼区和CDS区,测...[目的]探究Ⅲ型纤连蛋白域包含蛋白5(typeⅢfibronectin domain-containing protein 5,FNDC5)基因对藏猪低氧适应性的调控作用。[方法]以藏猪和大约克猪为实验动物,提取其耳组织DNA,分段扩增FNDC5基因的5′侧翼区、3′侧翼区和CDS区,测序后筛选单核苷酸多态性(SNPs)位点。采集实验猪心脏、肺脏组织,提取其RNA及总蛋白,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测FNDC5基因mRNA的表达量,采用Western blot法检测FNDC5蛋白的表达量。采集藏猪和大约克猪颈动脉血样各30头份,测定血液生理指标。将猪骨骼肌卫星细胞(PSMSC)分为常氧组(氧气体积分数21%)及体积分数5%和1%氧气组,常氧组又分为PGC-1α激活剂ZLN005添加组、PGC-1α抑制剂SR-18292添加组和空白对照组,培养后分别采用RT-qPCR和Western blot法检测FNDC5基因mRNA和蛋白的表达量。[结果]在FNDC5基因CDS区,2种猪未检测到SNPs位点;在5′侧翼区,2种猪有3个SNPs位点,分别为g.-118A>G、g.-790T>C和g.-931A>G;在3′侧翼区,大约克猪无SNP位点,藏猪有4个多态性位点(分别为g.46G>T、g.56G>C、g.517T>C和g.1028G>A)。这些SNPs可能是藏猪低氧适应性的重要调控位点。藏猪的白细胞数、红细胞数、血红蛋白质量浓度、红细胞压积、血小板计数、血小板压积指标极显著高于大约克猪(P<0.01),红细胞分布宽度变异系数极显著低于大约克猪(P<0.01),其他指标与大约克猪无显著差异,推测藏猪具有更强的低氧适应能力。藏猪心脏FNDC5基因和蛋白表达量极显著高于大约克猪,肺脏FNDC5基因表达量极显著高于大约克猪。在PSMSC中,FNDC5基因和蛋白的表达量均随着氧体积分数的降低而显著或极显著降低;PGC-1α激活剂ZLN005可极显著促进FNDC5基因的表达,抑制剂SR-18292可极显著抑制FNDC5基因的表达。[结论]FNDC5基因和部分血液生理指标可能与藏猪的低氧适应性相关;PGC-1α可正向调控FNDC5基因的表达。展开更多
【目的】分析保山猪蛋白转化酶枯草素/酮蛋白4型(proprotein convertase subtilisin/kexin type 4,PCSK4)的分子特征、转录表达调控和蛋白功能。【方法】基于保山猪睾丸全转录组数据,通过生物信息学方法对PCSK4进行功能注释,并构建PCSK...【目的】分析保山猪蛋白转化酶枯草素/酮蛋白4型(proprotein convertase subtilisin/kexin type 4,PCSK4)的分子特征、转录表达调控和蛋白功能。【方法】基于保山猪睾丸全转录组数据,通过生物信息学方法对PCSK4进行功能注释,并构建PCSK4的长链非编码RNA和小RNA(miRNA)调控网络。【结果】PCSK4编码序列长2505 bp,编码834个氨基酸。蛋白质功能分析表明:PCSK4具有较多无规则卷曲和磷酸化位点。进化及邻近基因分析表明:PCSK4在进化过程中保守性较高。功能富集分析表明PCSK4与多个参与精子获能、受精、精卵识别的蛋白(如ACRBP、ACR、ADAM2等)存在互作关系,这些蛋白对应基因的表达量表明:PCSK4与MBTPS1、ACRBP、CDKN2A、DPY19L2显著相关。竞争性内源RNA调控网络分析表明5个miRNA可靶向调控PCSK4,功能注释显示其在生殖过程、蛋白质加工、受精等功能中发挥重要作用。【结论】本研究为进一步探讨PCSK4在保山猪精子发生过程,特别是受精与精子成熟阶段等重要生物学过程提供了基础资料。展开更多
文摘【目的】探究表没食子酸没食子儿茶素(Epigallocatechin-3-gallate,EGCG)对热应激条件下巴马香猪背最长肌组织中长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)表达的影响,为揭示热应激条件下EGCG调节巴马香猪肌内脂肪(IMF)沉积的分子机制提供理论依据。【方法】选择20头8月龄雄性巴马香猪随机分为4组,对照组(TN)在22℃常温环境下饲养,3个高温处理组(HS0、HS250和HS500)均在35℃环境下饲养,HS0、HS250和HS500组日粮中分别添加0%、0.025%和0.05%的EGCG。试验结束后屠宰巴马香猪并采集背最长肌组织,提取总RNA并进行转录组测序。使用DESeq筛选差异表达lncRNA,并进行GO功能注释分析、KEGG信号通路富集分析与ceRNA互作网络构建。随机选取5个lncRNA靶基因,利用实时荧光定量PCR验证转录组测序结果的可靠性。【结果】TN vs HS0、TN vs HS500和HS0 vs HS500组共筛选出263个差异表达lncRNA,共富集到2819个靶基因,其中lncRNA MSTRG.11234的靶基因PLPP1、ENSSSCT00000068789的靶基因PPARα和MSTRG.26033的靶基因SCD5与脂肪合成密切相关。KEGG信号通路富集分析结果显示,差异表达lncRNA靶基因富集到的信号通路中与脂质代谢相关的信号通路包括过氧化物酶体增殖物激活受体、腺苷酸活化蛋白激酶和磷脂酰肌醇3-激酶-Akt通路等。ceRNA互作网络构建结果显示,部分lncRNA可能通过ceRNA机制参与调控脂质代谢及应激反应。随机选择的5个差异表达lncRNA靶基因,表达趋势与转录组测序结果一致,表明转录组测序结果可靠。【结论】筛选出263个差异表达lncRNA,其靶基因显著富集到过氧化物酶体增殖物激活受体、腺苷酸活化蛋白激酶和磷脂酰肌醇3-激酶-Akt通路等脂质代谢相关信号通路,其中PLPP1、PPARα和SCD5基因与IMF沉积密切相关。热应激可能通过调控lncRNA的表达,影响下游脂质代谢相关基因的转录活性,从而介导IMF沉积过程。
文摘【目的】对武夷黑猪热休克蛋白A5(heat shock protein family A member 5,HSPA5)进行生物信息学预测与分析,为探究其生物学功能提供参考。【方法】对武夷黑猪HSPA5基因编码区进行克隆并测序,再与不同物种进行相似性比对并构建系统进化树,利用生物信息学方法预测其蛋白的理化特性、结构及功能,最后测定其在武夷黑猪不同组织中的表达量。【结果】武夷黑猪HSPA5基因编码区长1965 bp,编码654个氨基酸。相似性比对和进化树分析结果表明,武夷黑猪HSPA5氨基酸序列与杜洛克猪转录本变体2和鼠的HSPA5氨基酸序列相似性最高(100%),且与鼠的亲源关系最近,而与大黄花鱼的亲源关系最远。武夷黑猪HSPA5蛋白为酸性亲水蛋白,含有信号肽序列,在内质网中含量最高。主要由α-螺旋构成,且保守基序位于2个重叠的功能结构域内;含有56个磷酸化位点,76个O-糖基化位点,24个化学因子作用位点。同时具有26个抗原决定簇、11个T细胞抗原表位,13个B细胞抗原表位。与热休克蛋白90(heat shock protein member 90,HSP90)、激活转录因子6(activating transcription factor 6,ATF6)等互作关系密切。实时荧光定量PCR结果表明,HSPA5基因在武夷黑猪肝脏和子宫中的表达量显著高于其他组织(P<0.05)。【结论】本研究成功克隆了武夷黑猪HSPA5基因,且与鼠的亲源关系最近。武夷黑猪HSPA5蛋白主要定位于细胞质中,包含磷酸化、O-糖基化修饰位点,含有与T或B细胞抗原表位重叠的抗原决定簇序列,与未折叠蛋白反应通路中相关蛋白互作,在肝脏表达量最高。这些特征可为进一步研究HSPA5蛋白生物学功能提供参考。
