【目的】探究表没食子酸没食子儿茶素(Epigallocatechin-3-gallate,EGCG)对热应激条件下巴马香猪背最长肌组织中长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)表达的影响,为揭示热应激条件下EGCG调节巴马香猪肌内脂肪(IMF)沉积的分子机制...【目的】探究表没食子酸没食子儿茶素(Epigallocatechin-3-gallate,EGCG)对热应激条件下巴马香猪背最长肌组织中长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)表达的影响,为揭示热应激条件下EGCG调节巴马香猪肌内脂肪(IMF)沉积的分子机制提供理论依据。【方法】选择20头8月龄雄性巴马香猪随机分为4组,对照组(TN)在22℃常温环境下饲养,3个高温处理组(HS0、HS250和HS500)均在35℃环境下饲养,HS0、HS250和HS500组日粮中分别添加0%、0.025%和0.05%的EGCG。试验结束后屠宰巴马香猪并采集背最长肌组织,提取总RNA并进行转录组测序。使用DESeq筛选差异表达lncRNA,并进行GO功能注释分析、KEGG信号通路富集分析与ceRNA互作网络构建。随机选取5个lncRNA靶基因,利用实时荧光定量PCR验证转录组测序结果的可靠性。【结果】TN vs HS0、TN vs HS500和HS0 vs HS500组共筛选出263个差异表达lncRNA,共富集到2819个靶基因,其中lncRNA MSTRG.11234的靶基因PLPP1、ENSSSCT00000068789的靶基因PPARα和MSTRG.26033的靶基因SCD5与脂肪合成密切相关。KEGG信号通路富集分析结果显示,差异表达lncRNA靶基因富集到的信号通路中与脂质代谢相关的信号通路包括过氧化物酶体增殖物激活受体、腺苷酸活化蛋白激酶和磷脂酰肌醇3-激酶-Akt通路等。ceRNA互作网络构建结果显示,部分lncRNA可能通过ceRNA机制参与调控脂质代谢及应激反应。随机选择的5个差异表达lncRNA靶基因,表达趋势与转录组测序结果一致,表明转录组测序结果可靠。【结论】筛选出263个差异表达lncRNA,其靶基因显著富集到过氧化物酶体增殖物激活受体、腺苷酸活化蛋白激酶和磷脂酰肌醇3-激酶-Akt通路等脂质代谢相关信号通路,其中PLPP1、PPARα和SCD5基因与IMF沉积密切相关。热应激可能通过调控lncRNA的表达,影响下游脂质代谢相关基因的转录活性,从而介导IMF沉积过程。展开更多
【目的】分析保山猪蛋白转化酶枯草素/酮蛋白4型(proprotein convertase subtilisin/kexin type 4,PCSK4)的分子特征、转录表达调控和蛋白功能。【方法】基于保山猪睾丸全转录组数据,通过生物信息学方法对PCSK4进行功能注释,并构建PCSK...【目的】分析保山猪蛋白转化酶枯草素/酮蛋白4型(proprotein convertase subtilisin/kexin type 4,PCSK4)的分子特征、转录表达调控和蛋白功能。【方法】基于保山猪睾丸全转录组数据,通过生物信息学方法对PCSK4进行功能注释,并构建PCSK4的长链非编码RNA和小RNA(miRNA)调控网络。【结果】PCSK4编码序列长2505 bp,编码834个氨基酸。蛋白质功能分析表明:PCSK4具有较多无规则卷曲和磷酸化位点。进化及邻近基因分析表明:PCSK4在进化过程中保守性较高。功能富集分析表明PCSK4与多个参与精子获能、受精、精卵识别的蛋白(如ACRBP、ACR、ADAM2等)存在互作关系,这些蛋白对应基因的表达量表明:PCSK4与MBTPS1、ACRBP、CDKN2A、DPY19L2显著相关。竞争性内源RNA调控网络分析表明5个miRNA可靶向调控PCSK4,功能注释显示其在生殖过程、蛋白质加工、受精等功能中发挥重要作用。【结论】本研究为进一步探讨PCSK4在保山猪精子发生过程,特别是受精与精子成熟阶段等重要生物学过程提供了基础资料。展开更多
文摘【目的】探究表没食子酸没食子儿茶素(Epigallocatechin-3-gallate,EGCG)对热应激条件下巴马香猪背最长肌组织中长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)表达的影响,为揭示热应激条件下EGCG调节巴马香猪肌内脂肪(IMF)沉积的分子机制提供理论依据。【方法】选择20头8月龄雄性巴马香猪随机分为4组,对照组(TN)在22℃常温环境下饲养,3个高温处理组(HS0、HS250和HS500)均在35℃环境下饲养,HS0、HS250和HS500组日粮中分别添加0%、0.025%和0.05%的EGCG。试验结束后屠宰巴马香猪并采集背最长肌组织,提取总RNA并进行转录组测序。使用DESeq筛选差异表达lncRNA,并进行GO功能注释分析、KEGG信号通路富集分析与ceRNA互作网络构建。随机选取5个lncRNA靶基因,利用实时荧光定量PCR验证转录组测序结果的可靠性。【结果】TN vs HS0、TN vs HS500和HS0 vs HS500组共筛选出263个差异表达lncRNA,共富集到2819个靶基因,其中lncRNA MSTRG.11234的靶基因PLPP1、ENSSSCT00000068789的靶基因PPARα和MSTRG.26033的靶基因SCD5与脂肪合成密切相关。KEGG信号通路富集分析结果显示,差异表达lncRNA靶基因富集到的信号通路中与脂质代谢相关的信号通路包括过氧化物酶体增殖物激活受体、腺苷酸活化蛋白激酶和磷脂酰肌醇3-激酶-Akt通路等。ceRNA互作网络构建结果显示,部分lncRNA可能通过ceRNA机制参与调控脂质代谢及应激反应。随机选择的5个差异表达lncRNA靶基因,表达趋势与转录组测序结果一致,表明转录组测序结果可靠。【结论】筛选出263个差异表达lncRNA,其靶基因显著富集到过氧化物酶体增殖物激活受体、腺苷酸活化蛋白激酶和磷脂酰肌醇3-激酶-Akt通路等脂质代谢相关信号通路,其中PLPP1、PPARα和SCD5基因与IMF沉积密切相关。热应激可能通过调控lncRNA的表达,影响下游脂质代谢相关基因的转录活性,从而介导IMF沉积过程。
文摘东极黑猪是在我国东北部发现的一种新黑猪群体,试验旨在了解东极黑猪群体结构和遗传多样性,以期更好地保护和利用东极黑猪遗传资源。通过50k SNP芯片研究426头东极黑猪进行遗传多样性、亲缘关系和家系结构,同时加入20头大白猪及20头民猪数据开展主成分分析(Principal component analysis,PCA)。结果表明,东极黑猪57466个SNPs中有47389个SNPs通过质检;PCA结果显示,3个群体分别聚类,东极黑猪与另外两个猪种区分明显;东极黑猪群体中部分个体遗传关系较近,状态同源(Identity by state,IBS)遗传距离为0.0977~0.3589,平均值为0.2752;连续性纯合片段(Runs of homozygosity,ROH)分析发现该群体平均ROH为317.3 Mb,主要分布在200~300 Mb,群体平均近交系数(FROH)为0.133,说明存在近交情况。根据基因组亲缘关系和聚类分析结果,可将东极黑猪群体分为15个家系。综合分析表明,东极黑猪群体遗传多样性丰富,品种独特,但存在近交,建议引入新血统以防遗传多样性丢失。
