旨在探究影响猪达100 kg体重日龄(age at 100 kg,AGE)和达100 kg体重平均日增重(average daily gain at 100 kg,ADG)的候选基因。本研究采集了来自大白、长白和杜洛克3个品种的共计4593头健康成年猪的耳组织作为试验材料,其中公猪2563头...旨在探究影响猪达100 kg体重日龄(age at 100 kg,AGE)和达100 kg体重平均日增重(average daily gain at 100 kg,ADG)的候选基因。本研究采集了来自大白、长白和杜洛克3个品种的共计4593头健康成年猪的耳组织作为试验材料,其中公猪2563头,母猪2030头。通过记录猪只的日龄和体重,计算校正AGE和ADG。通过酚氯仿法提取样品DNA,利用“中芯一号”50K SNP芯片对样本进行基因分型,并对质控后的SNPs进行基因型填充,将SNPs位点数从4万填充至800万。随后,利用GEMMA混合线性模型对AGE和ADG性状进行填充前后的全基因组关联分析,使用BEDTools在显著位点上、下游1 Mb范围查找候选基因。同时,结合PigGTEx中的34个组织的表达量数量性状位点数据,使用R软件进行共定位分析,挖掘与GWAS信号共享同一因果变异的基因,通过GWAS和共定位分析,确定AGE和ADG性状的候选基因。GWAS分析结果显示,AGE与ADG性状的显著SNP为1号染色体上的1_270827213。在该位点上、下游1 Mb范围内,共鉴定到32个基因。共定位分析结果显示,对于AGE性状,有10个基因的eQTL信号与GWAS信号共定位。对于ADG性状,有11个基因的eQTL信号与GWAS信号共定位。最终,确定了CRAT、GPR 107和USP 20这3个基因作为AGE的候选基因,确定了CRAT、GPR107、USP20、FNBP1、PTGES和HMCN 2这6个基因作为ADG的候选基因。本研究为猪品种改良提供了分子标记,对猪生长相关性状功能基因挖掘奠定基础。展开更多
本研究旨在通过SNP芯片技术在全基因组水平上对乡下黑猪群体遗传多样性和遗传结构进行分析,为有效利用乡下黑猪资源提供支撑。试验采用多种分析软件(Plink、SNeP和GCTA等)研究960头成年乡下黑猪(50头公猪、910头母猪)群体的遗传多样性...本研究旨在通过SNP芯片技术在全基因组水平上对乡下黑猪群体遗传多样性和遗传结构进行分析,为有效利用乡下黑猪资源提供支撑。试验采用多种分析软件(Plink、SNeP和GCTA等)研究960头成年乡下黑猪(50头公猪、910头母猪)群体的遗传多样性、亲缘关系、家系结构和近交程度。结果表明:乡下黑猪共检测到50904个SNP位点,基因组有效等位基因数为1.6403±0.0013,多态信息含量均值为0.2714±0.1130,多态性标记比例为0.936,观测杂合度为0.369,期望杂合度为0.357;主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)表明种群无明显分层,遗传距离为0.2848±0.018,亲缘系数为0.0183,基于IBS距离矩阵结果使用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)将整个群体分为11个公猪家系;共检测到8493个长纯合片段(Runs of Homozygosity,ROH),群体基于ROH的平均近交系数为0.0429±0.0217,其中公猪平均近交系数为0.0426±0.0200。研究表明乡下黑猪具有丰富的遗传多样性、近交程度低、家系充足,可以满足选育需求。展开更多
旨在检测豫农黑猪全基因组拷贝数变异(copy number variations,CNVs),鉴定豫农黑猪生长相关性状候选基因。本研究收集了豫农黑猪2~5世代种群的生长相关性状数据(包括体长、体高、胸围、管围、腿臀围、背膘厚和眼肌深度),共807头猪(母猪...旨在检测豫农黑猪全基因组拷贝数变异(copy number variations,CNVs),鉴定豫农黑猪生长相关性状候选基因。本研究收集了豫农黑猪2~5世代种群的生长相关性状数据(包括体长、体高、胸围、管围、腿臀围、背膘厚和眼肌深度),共807头猪(母猪738头,公猪69头),体重范围为95~105 kg。随后采集该试验群体耳组织样本利用中芯一号50K SNP芯片进行基因分型,并使用PennCNV软件对基因型数据进行CNV检测,通过重叠CNV融合法构建拷贝数变异区域(copy number variable regions,CNVRs)图谱。而后使用Plink软件对生长相关性状进行CNV的全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)。结果,在18条常染色体上共鉴定到1432个CNVs,合并为232个CNVRs,其中CNV大小范围为2.7 kb至2.2 Mb,CNVR大小范围为4.5 kb至2.2 Mb,共覆盖56.4 Mb,占常染色体基因组的2.50%。通过GWAS分析,发现1个CNV在全基因组水平上与胸围性状显著相关,7个CNV在染色体水平上分别与胸围、管围和背膘厚性状显著相关,胸围性状中显著性最高的CNV也与管围性状显著相关。其中,位于17号染色体上的CLDN 23基因与背膘厚显著相关,推测其可能在肌肉发育或脂肪沉积中起重要调控作用。本研究结果为豫农黑猪基因组CNV的功能提供新见解,并为进一步分子标记辅助选择在豫农黑猪新品种培育中提供了重要的理论支持。展开更多
文摘本研究旨在通过SNP芯片技术在全基因组水平上对乡下黑猪群体遗传多样性和遗传结构进行分析,为有效利用乡下黑猪资源提供支撑。试验采用多种分析软件(Plink、SNeP和GCTA等)研究960头成年乡下黑猪(50头公猪、910头母猪)群体的遗传多样性、亲缘关系、家系结构和近交程度。结果表明:乡下黑猪共检测到50904个SNP位点,基因组有效等位基因数为1.6403±0.0013,多态信息含量均值为0.2714±0.1130,多态性标记比例为0.936,观测杂合度为0.369,期望杂合度为0.357;主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)表明种群无明显分层,遗传距离为0.2848±0.018,亲缘系数为0.0183,基于IBS距离矩阵结果使用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)将整个群体分为11个公猪家系;共检测到8493个长纯合片段(Runs of Homozygosity,ROH),群体基于ROH的平均近交系数为0.0429±0.0217,其中公猪平均近交系数为0.0426±0.0200。研究表明乡下黑猪具有丰富的遗传多样性、近交程度低、家系充足,可以满足选育需求。
