本研究采用不同的3种方法对绵羊基因组进行注释,筛选出适合绵羊转座元件注释的方法,并进行转座元件的演化历史分析。结果表明,采用从头预测(de novo prediction)和同源预测(homology?based prediction)相结合的策略对绵羊基因组进行注...本研究采用不同的3种方法对绵羊基因组进行注释,筛选出适合绵羊转座元件注释的方法,并进行转座元件的演化历史分析。结果表明,采用从头预测(de novo prediction)和同源预测(homology?based prediction)相结合的策略对绵羊基因组进行注释效果最佳,鉴定出绵羊基因组中转座元件占比为47.34%,其中长散布核元件(LINE)占比最高(35.34%),其余依次为长末端重复序列(LTR,5.43%)、短散布核元件(SINE,3.66%)、DNA转座元件(2.44%)和未知家族(0.56%)。LINE中的牛B型逆转录转座元件(RTE?BovB)占比达16.47%。转座元件在绵羊基因组中广泛分布,但在X染色体上富集显著,占比高达57.22%。研究通过Kimura双参数模型分析转座元件的演化历史,发现绵羊基因组经历了两次转座“爆发”事件:第1次以LINE转座元件为主,第2次则同时涉及LINE和SINE转座元件的扩增,且具有时序性。综上,LINE转座元件的持续活跃是绵羊基因组扩增的主要驱动力,且其演化历史与反刍动物的基因组进化密切相关。展开更多
文摘本研究采用不同的3种方法对绵羊基因组进行注释,筛选出适合绵羊转座元件注释的方法,并进行转座元件的演化历史分析。结果表明,采用从头预测(de novo prediction)和同源预测(homology?based prediction)相结合的策略对绵羊基因组进行注释效果最佳,鉴定出绵羊基因组中转座元件占比为47.34%,其中长散布核元件(LINE)占比最高(35.34%),其余依次为长末端重复序列(LTR,5.43%)、短散布核元件(SINE,3.66%)、DNA转座元件(2.44%)和未知家族(0.56%)。LINE中的牛B型逆转录转座元件(RTE?BovB)占比达16.47%。转座元件在绵羊基因组中广泛分布,但在X染色体上富集显著,占比高达57.22%。研究通过Kimura双参数模型分析转座元件的演化历史,发现绵羊基因组经历了两次转座“爆发”事件:第1次以LINE转座元件为主,第2次则同时涉及LINE和SINE转座元件的扩增,且具有时序性。综上,LINE转座元件的持续活跃是绵羊基因组扩增的主要驱动力,且其演化历史与反刍动物的基因组进化密切相关。
