为了筛选华西牛和雪龙黑牛背最长肌重量相关的遗传标记和候选基因,试验以1478头华西牛和452头雪龙黑牛为研究对象,对其背最长肌重量性状进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),即测定其屠宰后背最长肌重量表型数据...为了筛选华西牛和雪龙黑牛背最长肌重量相关的遗传标记和候选基因,试验以1478头华西牛和452头雪龙黑牛为研究对象,对其背最长肌重量性状进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),即测定其屠宰后背最长肌重量表型数据,利用Illumina Bovine-HD(770K)芯片对其基因组进行基因分型,采用FarmCPU模型和GEMMA模型对质控后的芯片数据进行GWAS,挖掘与华西牛和雪龙黑牛背最长肌重量显著相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点和候选基因。结果表明:华西牛与雪龙黑牛群体背最长肌重量表型性状均符合正态分布,且二者芯片数据经过质控后分别得到607198,511320个SNP位点,这些SNP位点在二者各个染色体上的分布比较均匀;利用FarmCPU模型在华西牛与雪龙黑牛群体分别检测到12个和9个与其背最长肌重量显著相关的SNP位点,且华西牛群体的显著SNP位点分别位于1,5,7,11,12,13,15,16,22,23号染色体上,鉴定到KCNAB1、PFN2、RNF13、TTLL1、MCAT、CREB3L3、ZBTB7A、MAP2K2、CAMKMT、ZC3H13、OPTN、MCM10、UCMA、OVOL2、PET117、KAT14、MAML2、HHAT、FHIT和LY86共20个候选基因;雪龙黑牛群体的SNP位点分别位于4,16,27号染色体上,鉴定到PCLO、DCTD、WWC2共3个候选基因;利用GEMMA模型在华西牛与雪龙黑牛群体中分别检测到6个与其背最长肌重量显著相关的SNP位点,其中华西牛群体的SNP位点位于13号染色体上,鉴定到GATA3、TAF3、ODAD2、SNX5、MGME1、OVOL2、KAT14、PET117共8个候选基因;雪龙黑牛群体的SNP位点位于1,4,5,25号染色体上,但未鉴定到有效的候选基因。说明在华西牛和雪龙黑牛群体中分别检测到的18个和15个SNP位点与注释到的25个和3个候选基因可作为改良牛背最长肌重量的新的分子标记和候选基因。展开更多
旨在基于代谢组学分析,探究不同月龄安格斯牛肉质风味差异的机制。以17,20,24月龄的安格斯牛为研究对象,在相同饲养管理条件下对不同月龄安格斯牛背最长肌进行肉质性状检测和代谢组学分析。代谢组结果表明,分别在B17 vs B20、B17 vs B24...旨在基于代谢组学分析,探究不同月龄安格斯牛肉质风味差异的机制。以17,20,24月龄的安格斯牛为研究对象,在相同饲养管理条件下对不同月龄安格斯牛背最长肌进行肉质性状检测和代谢组学分析。代谢组结果表明,分别在B17 vs B20、B17 vs B24和B20 vs B24组中鉴定出69,51,53个正离子差异代谢物,53,46,58个负离子差异代谢物,其中上调差异代谢物166个,下调差异代谢物164个。KEGG通路分析表明,差异代谢物主要富集到脂质代谢、氨基酸代谢、碳水化合物代谢和内分泌系统等多个代谢途径,包括胰岛素抵抗、胆碱能突触、亚油酸代谢、磷酸戊糖途径、碳水化合物的消化与吸收、胰高血糖素信号传导以及花生四烯酸代谢通路。相关性分析表明,还原谷胱甘肽、甜菜碱、肉碱、胆碱、次黄嘌呤、棕榈油酸、柠檬酸和乳糖等关键代谢物与表型数据具有显著的相关性,可以作为安格斯牛肉质的潜在候选代谢物。结果表明,不同月龄安格斯牛肉质风味存在显著差异,鉴定到的差异代谢物和代谢通路可以为今后安格斯牛育种提供理论基础。展开更多
文摘旨在基于代谢组学分析,探究不同月龄安格斯牛肉质风味差异的机制。以17,20,24月龄的安格斯牛为研究对象,在相同饲养管理条件下对不同月龄安格斯牛背最长肌进行肉质性状检测和代谢组学分析。代谢组结果表明,分别在B17 vs B20、B17 vs B24和B20 vs B24组中鉴定出69,51,53个正离子差异代谢物,53,46,58个负离子差异代谢物,其中上调差异代谢物166个,下调差异代谢物164个。KEGG通路分析表明,差异代谢物主要富集到脂质代谢、氨基酸代谢、碳水化合物代谢和内分泌系统等多个代谢途径,包括胰岛素抵抗、胆碱能突触、亚油酸代谢、磷酸戊糖途径、碳水化合物的消化与吸收、胰高血糖素信号传导以及花生四烯酸代谢通路。相关性分析表明,还原谷胱甘肽、甜菜碱、肉碱、胆碱、次黄嘌呤、棕榈油酸、柠檬酸和乳糖等关键代谢物与表型数据具有显著的相关性,可以作为安格斯牛肉质的潜在候选代谢物。结果表明,不同月龄安格斯牛肉质风味存在显著差异,鉴定到的差异代谢物和代谢通路可以为今后安格斯牛育种提供理论基础。
