【目的】基于猪极端饲料报酬表型,利用靶向切割标签技术(cleavage under targets and tagmentation,CUT&Tag)构建H3K27ac差异图谱,鉴定关联的启动子、增强子和关联候选基因,为猪饲料报酬解析提供基础数据。【方法】从209头杜洛克猪...【目的】基于猪极端饲料报酬表型,利用靶向切割标签技术(cleavage under targets and tagmentation,CUT&Tag)构建H3K27ac差异图谱,鉴定关联的启动子、增强子和关联候选基因,为猪饲料报酬解析提供基础数据。【方法】从209头杜洛克猪中筛选饲料报酬表型差异最大的4头个体分别组成低剩余采食量组(L组,n=2)和高剩余采食量组(H组,n=2)。利用CUT&Tag技术,以H3K27ac作为活性启动子和增强子的表观遗传标记对4头个体的肝脏组织进行全基因组扫描,鉴定关联启动子、增强子和候选基因,并进一步采用real-time quantitative PCR(RT-qPCR)对重要基因进行验证。【结果】共鉴定出47271个H3K27ac峰,包括15739个潜在启动子和31532个推定增强子,大部分的H3K27ac峰位于近端启动子区域。根据H3K27ac全基因的分布情况和作用特点,发现3087个差异峰(对应2188个基因),其中867个H3K27ac峰(对应664个基因)富集在H组,2220个H3K27ac峰(对应1575个基因)富集在L组。GO和KEGG结果发现H3K27ac增强子可能是通过影响胆汁酸代谢、淋巴细胞代谢和NF-κB通路来调节饲料报酬。RT-qPCR结果显示,与H组相比,DIAPH3、DPYD、FTO、TCF7L2、ABCC2、ABCC11、RXRA和ABCG8在L组中显著上调(P<0.05),而PAX5、GRHPR、NFATC1、CARD11、BLNK和LYN在L组中显著下调(P<0.05)。【结论】本研究成功生成了具有极端RFI差异的杜洛克猪肝脏组织中的H3K27ac差异图谱以及相关数据。基于该图谱鉴定和验证了关联候选基因,为进一步解析启动子和增强子调控饲料报酬的分子机制提供了基础数据。展开更多
文摘【目的】基于猪极端饲料报酬表型,利用靶向切割标签技术(cleavage under targets and tagmentation,CUT&Tag)构建H3K27ac差异图谱,鉴定关联的启动子、增强子和关联候选基因,为猪饲料报酬解析提供基础数据。【方法】从209头杜洛克猪中筛选饲料报酬表型差异最大的4头个体分别组成低剩余采食量组(L组,n=2)和高剩余采食量组(H组,n=2)。利用CUT&Tag技术,以H3K27ac作为活性启动子和增强子的表观遗传标记对4头个体的肝脏组织进行全基因组扫描,鉴定关联启动子、增强子和候选基因,并进一步采用real-time quantitative PCR(RT-qPCR)对重要基因进行验证。【结果】共鉴定出47271个H3K27ac峰,包括15739个潜在启动子和31532个推定增强子,大部分的H3K27ac峰位于近端启动子区域。根据H3K27ac全基因的分布情况和作用特点,发现3087个差异峰(对应2188个基因),其中867个H3K27ac峰(对应664个基因)富集在H组,2220个H3K27ac峰(对应1575个基因)富集在L组。GO和KEGG结果发现H3K27ac增强子可能是通过影响胆汁酸代谢、淋巴细胞代谢和NF-κB通路来调节饲料报酬。RT-qPCR结果显示,与H组相比,DIAPH3、DPYD、FTO、TCF7L2、ABCC2、ABCC11、RXRA和ABCG8在L组中显著上调(P<0.05),而PAX5、GRHPR、NFATC1、CARD11、BLNK和LYN在L组中显著下调(P<0.05)。【结论】本研究成功生成了具有极端RFI差异的杜洛克猪肝脏组织中的H3K27ac差异图谱以及相关数据。基于该图谱鉴定和验证了关联候选基因,为进一步解析启动子和增强子调控饲料报酬的分子机制提供了基础数据。
