【目的】探明石杉科植物叶绿体基因组密码子的使用模式及偏好性,为石杉科植物物种鉴定、系统发育及叶绿体遗传改良奠定基础。【方法】利用CUSP、Codon W 1.4.2及EMBOSS等程序对石杉科长柄石杉、亮叶石杉、蛇足石杉、皱边石杉、长白石杉...【目的】探明石杉科植物叶绿体基因组密码子的使用模式及偏好性,为石杉科植物物种鉴定、系统发育及叶绿体遗传改良奠定基础。【方法】利用CUSP、Codon W 1.4.2及EMBOSS等程序对石杉科长柄石杉、亮叶石杉、蛇足石杉、皱边石杉、长白石杉、龙骨马尾杉、马尾杉和粗糙马尾杉8种植物的叶绿体基因密码子进行中性绘图、ENC-plot及PR2-plot绘图分析。【结果】密码子GC含量在属内变异范围小,石杉属总体高于马尾杉属;密码子3个位置的GC含量呈GC_(1)>GC_(2)>GC_(3),第3位碱基以A/T为主;8个物种的叶绿体基因组密码子总体偏性较弱,马尾杉属密码子偏性强于石杉属,有9个基因的ENC在全部或部分物种中低于40,petD的ENC在龙骨马尾杉和粗糙马尾杉中低于35;GC_(3)对ENC影响较大;密码子偏好主要受自然选择和突变影响,突变因素对马尾杉属的影响大于石杉属;石杉科8个物种分别确定12个、13个、12个、15个、9个、17个、17个和16个最优密码子,石杉属5个物种和马尾杉属3个物种分别确定7个和11个最优密码子,8个物种共同的最优密码子仅4个。【结论】石杉科植物叶绿体基因组密码子使用偏好性受多种因素影响,其中,突变因素对马尾杉属的影响大于石杉属,石杉属5个物种和马尾杉属3个物种分别确定7个和11个最优密码子。展开更多
文摘【目的】探明石杉科植物叶绿体基因组密码子的使用模式及偏好性,为石杉科植物物种鉴定、系统发育及叶绿体遗传改良奠定基础。【方法】利用CUSP、Codon W 1.4.2及EMBOSS等程序对石杉科长柄石杉、亮叶石杉、蛇足石杉、皱边石杉、长白石杉、龙骨马尾杉、马尾杉和粗糙马尾杉8种植物的叶绿体基因密码子进行中性绘图、ENC-plot及PR2-plot绘图分析。【结果】密码子GC含量在属内变异范围小,石杉属总体高于马尾杉属;密码子3个位置的GC含量呈GC_(1)>GC_(2)>GC_(3),第3位碱基以A/T为主;8个物种的叶绿体基因组密码子总体偏性较弱,马尾杉属密码子偏性强于石杉属,有9个基因的ENC在全部或部分物种中低于40,petD的ENC在龙骨马尾杉和粗糙马尾杉中低于35;GC_(3)对ENC影响较大;密码子偏好主要受自然选择和突变影响,突变因素对马尾杉属的影响大于石杉属;石杉科8个物种分别确定12个、13个、12个、15个、9个、17个、17个和16个最优密码子,石杉属5个物种和马尾杉属3个物种分别确定7个和11个最优密码子,8个物种共同的最优密码子仅4个。【结论】石杉科植物叶绿体基因组密码子使用偏好性受多种因素影响,其中,突变因素对马尾杉属的影响大于石杉属,石杉属5个物种和马尾杉属3个物种分别确定7个和11个最优密码子。
