西藏点地梅(Androsace mariae Kanitz)具有清热解毒、消肿止痛等功效,但参考基因组遗传信息的缺乏限制了该药用植物的深入开发利用。为深入了解西藏点地梅基因组信息和简单重复序列(SSR)分布特征,本研究采用Illumina高通量二代测序技术...西藏点地梅(Androsace mariae Kanitz)具有清热解毒、消肿止痛等功效,但参考基因组遗传信息的缺乏限制了该药用植物的深入开发利用。为深入了解西藏点地梅基因组信息和简单重复序列(SSR)分布特征,本研究采用Illumina高通量二代测序技术对西藏点地梅进行基因组调研,借助K-mer分析手段评价其基因组大小、杂合度、重复序列、GC含量等信息,并采用微卫星识别工具(MISA)进行SSR位点搜索和特征分析,以进一步分析该植物的遗传多样性。结果表明,西藏点地梅基因组大小约为4627.64 Mb,基因杂合度约1.03%,重复序列含量约71.83%,GC含量约为37.62%,属于高杂合、高重复序列比例的复杂基因组。SSR特征分析共鉴定出2631688个SSR位点,其中单碱基重复的SSR单元最为丰富,共1729625个,其次是双碱基重复类型,共745784个,占总重复单元类型数的比例分别为65.72%和28.34%。在单、双、三、四、五、六碱基重复类型中数量最多的分别是A/T、AG/CT、AAT/ATT、ACAT/ATGT、AAAAT/ATTTT、AAAAAG/CTTTTT。本研究结果为西藏点地梅及点地梅属植物的遗传多样性、遗传图谱构建、分子标记开发等研究工作提供参考。展开更多
文摘西藏点地梅(Androsace mariae Kanitz)具有清热解毒、消肿止痛等功效,但参考基因组遗传信息的缺乏限制了该药用植物的深入开发利用。为深入了解西藏点地梅基因组信息和简单重复序列(SSR)分布特征,本研究采用Illumina高通量二代测序技术对西藏点地梅进行基因组调研,借助K-mer分析手段评价其基因组大小、杂合度、重复序列、GC含量等信息,并采用微卫星识别工具(MISA)进行SSR位点搜索和特征分析,以进一步分析该植物的遗传多样性。结果表明,西藏点地梅基因组大小约为4627.64 Mb,基因杂合度约1.03%,重复序列含量约71.83%,GC含量约为37.62%,属于高杂合、高重复序列比例的复杂基因组。SSR特征分析共鉴定出2631688个SSR位点,其中单碱基重复的SSR单元最为丰富,共1729625个,其次是双碱基重复类型,共745784个,占总重复单元类型数的比例分别为65.72%和28.34%。在单、双、三、四、五、六碱基重复类型中数量最多的分别是A/T、AG/CT、AAT/ATT、ACAT/ATGT、AAAAT/ATTTT、AAAAAG/CTTTTT。本研究结果为西藏点地梅及点地梅属植物的遗传多样性、遗传图谱构建、分子标记开发等研究工作提供参考。
