为了明确北沙参叶绿体基因组密码子的使用偏好性,本研究以北沙参(Glehnia littoralis)叶绿体基因组的52个蛋白编码基因为材料,通过Codon W 1.4.2等软件分析北沙参基因密码子使用偏好性及核苷酸组成,并利用Excel进行中性绘图、PR2-plot...为了明确北沙参叶绿体基因组密码子的使用偏好性,本研究以北沙参(Glehnia littoralis)叶绿体基因组的52个蛋白编码基因为材料,通过Codon W 1.4.2等软件分析北沙参基因密码子使用偏好性及核苷酸组成,并利用Excel进行中性绘图、PR2-plot碱基奇偶偏好分析与ENC-plot碱基组成对密码子偏好性分析。结果表明,52个蛋白编码基因的ENC取值区间最小为36.57,最大为55.57。密码子GC含量依次降低,即GC_(1)>GC_(2)>GC_(3),北沙参的密码子RSCU>1且以A或U结尾的有29个,说明A碱基与U碱基被北沙参密码子偏好使用;ENC值与末端碱基GC含量相关性显著;绘图分析发现北沙参密码子偏好受自然选择和突变压力双重影响;共筛选出最优密码子19个,U(12个)的使用频率要高于A(7个)结尾。北沙参密码子末位碱基偏好使用A或U碱基,密码子偏好受自然选择和突变压力的影响。本研究为北沙参叶绿体基因工程的开展奠定了基础。展开更多
文摘为了明确北沙参叶绿体基因组密码子的使用偏好性,本研究以北沙参(Glehnia littoralis)叶绿体基因组的52个蛋白编码基因为材料,通过Codon W 1.4.2等软件分析北沙参基因密码子使用偏好性及核苷酸组成,并利用Excel进行中性绘图、PR2-plot碱基奇偶偏好分析与ENC-plot碱基组成对密码子偏好性分析。结果表明,52个蛋白编码基因的ENC取值区间最小为36.57,最大为55.57。密码子GC含量依次降低,即GC_(1)>GC_(2)>GC_(3),北沙参的密码子RSCU>1且以A或U结尾的有29个,说明A碱基与U碱基被北沙参密码子偏好使用;ENC值与末端碱基GC含量相关性显著;绘图分析发现北沙参密码子偏好受自然选择和突变压力双重影响;共筛选出最优密码子19个,U(12个)的使用频率要高于A(7个)结尾。北沙参密码子末位碱基偏好使用A或U碱基,密码子偏好受自然选择和突变压力的影响。本研究为北沙参叶绿体基因工程的开展奠定了基础。