牛大力是一种重要的多年生药食同源植物,其主要成分为淀粉和糖类。为了探究不同生长年份牛大力根淀粉和糖类物质合成的规律及其内在基因调控网络,本研究以3年生(NG3)、7年生(NG7)、10年生(NG10)和15年生(NG15)4个生长年份的牛大力根为...牛大力是一种重要的多年生药食同源植物,其主要成分为淀粉和糖类。为了探究不同生长年份牛大力根淀粉和糖类物质合成的规律及其内在基因调控网络,本研究以3年生(NG3)、7年生(NG7)、10年生(NG10)和15年生(NG15)4个生长年份的牛大力根为研究对象,测定总多糖、淀粉和蔗糖的含量,并完成转录组测序,筛选分析不同年份间牛大力根的差异表达基因(DEGs),重点解析淀粉和蔗糖代谢途径DEGs的功能。糖类和淀粉物质测定结果表明,随着年份的增长,总多糖与淀粉含量均呈现增加趋势,生长至15年时的含量最高,而蔗糖含量在3年时最高,随后呈现下降趋势。转录组测序发现,随着生长年份跨度增加,NG3vs NG7、NG3 vsNG10和NG3 vs NG15对比的DEGs总数呈上升趋势,分别为526、1848和1937个。进一步挖掘淀粉和蔗糖代谢途径中的DEGs,共有62个DEGs在3个比较组中差异表达,其中,蔗糖合成基因的表达量随年份增加而下降,淀粉合成基因随年份的增加较淀粉降解基因占主导,纤维素降解酶随年份增加表达量降低。最终筛选出5个淀粉和蔗糖代谢途径的关键酶基因进行荧光定量PCR验证,其表达变化趋势与转录组测序结果基本一致。研究结果表明,牛大力在3~7年时处于生长活跃期,以蔗糖、纤维素和淀粉的合成为主,促进根部快速膨大发育。生长至7年时,以淀粉的积累、蔗糖的分解和纤维素的降解为特征,进入生长平稳期。本研究对于牛大力根膨大特性的研究、高成薯性牛大力种质创新和科学采收都有积极的指导意义。展开更多
为确定走马胎叶绿体基因组密码子的使用偏好性,本研究通过Codon W 1.4.2、CUSP、R-Studio等软件对筛选出来的53个走马胎叶绿体基因进行RSCU值、GC含量以及ENC值的测定,并进行相关性分析。结果表明:GC含量为GC1(46.71%)>GC2(39.19%)&g...为确定走马胎叶绿体基因组密码子的使用偏好性,本研究通过Codon W 1.4.2、CUSP、R-Studio等软件对筛选出来的53个走马胎叶绿体基因进行RSCU值、GC含量以及ENC值的测定,并进行相关性分析。结果表明:GC含量为GC1(46.71%)>GC2(39.19%)>GC3(27.80%),RSCU>1的密码子有29个,其中28个以A/U结尾,表明密码子偏好以A/U结尾。ENC值范围在37.054~55.597之间,且53个基因中ENC值小于45的基因只有13个,表明密码子偏好性较弱。中性绘图分析、ENC-plot分析、PR2-plot分析的结果均表明密码子偏好性主要受到选择因素的影响。最终通过构建高低基因表达库,选出了18个最优密码子,这些最优密码子均以A/U结尾,分别为UUU、CGU、CGA、GUU、CAA、GUA、AUU、UCU、CCU、GAU、CCA、AGU、ACU、AAA、UGU、GAA、UUA、GCU。本研究将为走马胎的叶绿体基因工程提供科学依据。展开更多
文摘牛大力是一种重要的多年生药食同源植物,其主要成分为淀粉和糖类。为了探究不同生长年份牛大力根淀粉和糖类物质合成的规律及其内在基因调控网络,本研究以3年生(NG3)、7年生(NG7)、10年生(NG10)和15年生(NG15)4个生长年份的牛大力根为研究对象,测定总多糖、淀粉和蔗糖的含量,并完成转录组测序,筛选分析不同年份间牛大力根的差异表达基因(DEGs),重点解析淀粉和蔗糖代谢途径DEGs的功能。糖类和淀粉物质测定结果表明,随着年份的增长,总多糖与淀粉含量均呈现增加趋势,生长至15年时的含量最高,而蔗糖含量在3年时最高,随后呈现下降趋势。转录组测序发现,随着生长年份跨度增加,NG3vs NG7、NG3 vsNG10和NG3 vs NG15对比的DEGs总数呈上升趋势,分别为526、1848和1937个。进一步挖掘淀粉和蔗糖代谢途径中的DEGs,共有62个DEGs在3个比较组中差异表达,其中,蔗糖合成基因的表达量随年份增加而下降,淀粉合成基因随年份的增加较淀粉降解基因占主导,纤维素降解酶随年份增加表达量降低。最终筛选出5个淀粉和蔗糖代谢途径的关键酶基因进行荧光定量PCR验证,其表达变化趋势与转录组测序结果基本一致。研究结果表明,牛大力在3~7年时处于生长活跃期,以蔗糖、纤维素和淀粉的合成为主,促进根部快速膨大发育。生长至7年时,以淀粉的积累、蔗糖的分解和纤维素的降解为特征,进入生长平稳期。本研究对于牛大力根膨大特性的研究、高成薯性牛大力种质创新和科学采收都有积极的指导意义。
文摘为确定走马胎叶绿体基因组密码子的使用偏好性,本研究通过Codon W 1.4.2、CUSP、R-Studio等软件对筛选出来的53个走马胎叶绿体基因进行RSCU值、GC含量以及ENC值的测定,并进行相关性分析。结果表明:GC含量为GC1(46.71%)>GC2(39.19%)>GC3(27.80%),RSCU>1的密码子有29个,其中28个以A/U结尾,表明密码子偏好以A/U结尾。ENC值范围在37.054~55.597之间,且53个基因中ENC值小于45的基因只有13个,表明密码子偏好性较弱。中性绘图分析、ENC-plot分析、PR2-plot分析的结果均表明密码子偏好性主要受到选择因素的影响。最终通过构建高低基因表达库,选出了18个最优密码子,这些最优密码子均以A/U结尾,分别为UUU、CGU、CGA、GUU、CAA、GUA、AUU、UCU、CCU、GAU、CCA、AGU、ACU、AAA、UGU、GAA、UUA、GCU。本研究将为走马胎的叶绿体基因工程提供科学依据。
