目的:运用计算机辅助药物设计寻找川芎抗血栓活性成分。方法:以"血栓症"为关键词,从治疗靶蛋白数据库中搜索筛选川芎抗血栓靶蛋白;再从蛋白质数据库中查询目标靶蛋白并下载其三维结构,采用蛋白质预处理工具确定活性区域中心坐...目的:运用计算机辅助药物设计寻找川芎抗血栓活性成分。方法:以"血栓症"为关键词,从治疗靶蛋白数据库中搜索筛选川芎抗血栓靶蛋白;再从蛋白质数据库中查询目标靶蛋白并下载其三维结构,采用蛋白质预处理工具确定活性区域中心坐标,应用PyRx和Discovery Studio Visualizer软件对从台湾中医药资料库下载的247个川芎小分子与靶蛋白进行分子对接,通过结合能筛选出活性成分并分析结合作用力。结果:筛选出4个活性成分即新绿原酸、1-H-苯并咪唑-2-胺、3,8-二羟基酰内酯、川芎三萜,其分别与凝血酶、抗凝血酶Ⅲ、凝血因子Ⅹa、血栓调节蛋白具有较高结合活性,结合能分别为-6.1、-4.5、-7.7、-8.6 k J/mol;分析结果显示范德华力、静电作用力在对接中发挥着重要作用。结论:新绿原酸、1-H-苯并咪唑-2-胺、3,8-二羟基酰内酯、川芎三萜可能是中药川芎抗血栓的活性成分。展开更多
文摘目的:运用计算机辅助药物设计寻找川芎抗血栓活性成分。方法:以"血栓症"为关键词,从治疗靶蛋白数据库中搜索筛选川芎抗血栓靶蛋白;再从蛋白质数据库中查询目标靶蛋白并下载其三维结构,采用蛋白质预处理工具确定活性区域中心坐标,应用PyRx和Discovery Studio Visualizer软件对从台湾中医药资料库下载的247个川芎小分子与靶蛋白进行分子对接,通过结合能筛选出活性成分并分析结合作用力。结果:筛选出4个活性成分即新绿原酸、1-H-苯并咪唑-2-胺、3,8-二羟基酰内酯、川芎三萜,其分别与凝血酶、抗凝血酶Ⅲ、凝血因子Ⅹa、血栓调节蛋白具有较高结合活性,结合能分别为-6.1、-4.5、-7.7、-8.6 k J/mol;分析结果显示范德华力、静电作用力在对接中发挥着重要作用。结论:新绿原酸、1-H-苯并咪唑-2-胺、3,8-二羟基酰内酯、川芎三萜可能是中药川芎抗血栓的活性成分。
