目的研究大连市2023—2024年分离的18株布鲁氏菌基因组特征,为布鲁氏菌分子溯源、毒力基因分析以及耐药机制的研究提供数据支持。方法对大连市2023—2024年分离自患者的18株布鲁氏菌进行生化鉴定和全基因组测序,利用基因组分析软件对全...目的研究大连市2023—2024年分离的18株布鲁氏菌基因组特征,为布鲁氏菌分子溯源、毒力基因分析以及耐药机制的研究提供数据支持。方法对大连市2023—2024年分离自患者的18株布鲁氏菌进行生化鉴定和全基因组测序,利用基因组分析软件对全基因组数据进行质控和基因组组装,同时从NCBI下载布鲁氏菌基因组序列,对组装基因组开展多位点序列分型(MLST)、全基因组单核苷酸多态性分析(whole-genome Single Nucleotide Polymorphism,wgSNP)、毒力基因和耐药基因分析。结果MLST分型结果:18株布鲁氏菌均为羊种布鲁氏菌ST8型。wgSNP结果:18株本地菌株和其他22株菌株被分为40个SNP型,所有菌株间均存在SNP差异,总SNP数为20590。通过系统发育分析,40株菌被分为3个主进化分支,2株本地菌株与呼和浩特、河北分离的菌株亲缘关系较近,位于主进化分支1上;4株本地菌株与通辽分离的菌株亲缘关系较近,位于主进化分支2上;其余12株本地菌株与其他19株菌株亲缘关系较近,均位于主进化分支3上,12株本地菌株与2株北京分离株、2株呼伦贝尔分离株位于主进化分支3的亚分支3b上,其他种的布鲁氏菌参考株均位于主进化分支3的亚分支3a上。DL230017BRU与DL231021BRU、DL240794BRU与DL240723BRU之间的SNP数均为2。18株菌株均有LPS、T4SS等13种毒力基因和adeF、Brucella suis mprF两种耐药基因。结论没有足够的流行病学信息支持这18株菌株为同一来源,且部分菌株与国内其他地区分离的菌株亲缘关系较近,但这些菌株具有潜在的致病性和耐药性,有必要开展连续监测,为布鲁氏菌病防控提供依据。展开更多
文摘目的研究大连市2023—2024年分离的18株布鲁氏菌基因组特征,为布鲁氏菌分子溯源、毒力基因分析以及耐药机制的研究提供数据支持。方法对大连市2023—2024年分离自患者的18株布鲁氏菌进行生化鉴定和全基因组测序,利用基因组分析软件对全基因组数据进行质控和基因组组装,同时从NCBI下载布鲁氏菌基因组序列,对组装基因组开展多位点序列分型(MLST)、全基因组单核苷酸多态性分析(whole-genome Single Nucleotide Polymorphism,wgSNP)、毒力基因和耐药基因分析。结果MLST分型结果:18株布鲁氏菌均为羊种布鲁氏菌ST8型。wgSNP结果:18株本地菌株和其他22株菌株被分为40个SNP型,所有菌株间均存在SNP差异,总SNP数为20590。通过系统发育分析,40株菌被分为3个主进化分支,2株本地菌株与呼和浩特、河北分离的菌株亲缘关系较近,位于主进化分支1上;4株本地菌株与通辽分离的菌株亲缘关系较近,位于主进化分支2上;其余12株本地菌株与其他19株菌株亲缘关系较近,均位于主进化分支3上,12株本地菌株与2株北京分离株、2株呼伦贝尔分离株位于主进化分支3的亚分支3b上,其他种的布鲁氏菌参考株均位于主进化分支3的亚分支3a上。DL230017BRU与DL231021BRU、DL240794BRU与DL240723BRU之间的SNP数均为2。18株菌株均有LPS、T4SS等13种毒力基因和adeF、Brucella suis mprF两种耐药基因。结论没有足够的流行病学信息支持这18株菌株为同一来源,且部分菌株与国内其他地区分离的菌株亲缘关系较近,但这些菌株具有潜在的致病性和耐药性,有必要开展连续监测,为布鲁氏菌病防控提供依据。
文摘目的探讨胃癌组织中EB病毒的感染状况,分析其与小核核糖核蛋白多肽A(Small nuclear ribonucleoprotein polypeptide A,SNRPA)及端粒沉默破坏因子1样蛋白(Disruptor of telomeric silencing 1-like,DOT1L)表达的相关性。方法收集2022年2月至2025年5月南阳市第一人民医院收治的280例胃癌患者的癌组织及癌旁正常组织标本。分析EB病毒感染与患者临床病理特征的关系,比较EB病毒感染阳性组与阴性组中SNRPA、DOT1L的表达水平,采用Spearman分析EB病毒感染与癌组织SNRPA、DOT1L表达的相关性,受试者工作(Receiver operating characteristic,ROC)曲线分析SNRPA、DOT1L对胃癌EB病毒感染的诊断价值。结果280例胃癌患者癌组织标本中EB病毒阳性者33例,阳性率11.79%(33/280);胃癌患者EB病毒感染与淋巴结转移相关(P<0.05);SNRPA与DOT1L在胃癌组织中的表达均高于癌旁组织,EB病毒感染组SNRPA与DOT1L的表达均高于EB病毒未感染组(P<0.05);Spearman相关性分析显示,癌组织SNRPA、DOT1L表达与EB病毒感染呈正相关(r=0.709、0.658,P<0.05)。ROC曲线显示,SNRPA、DOT1L、两种指标联合评估胃癌EB病毒感染的曲线下面积(Area Under the Curve,AUC)分别为0.807、0.773、0.886。结论EB病毒感染与胃癌患者淋巴结转移、SNRPA、DOT1L表达水平有关,联合检测SNRPA、DOT1L可提高胃癌EB病毒感染的诊断效能。
