目的·从原子层面探索KRAS^(G12D/R68G)突变诱发肿瘤细胞对MRTX1133耐药的机制。方法·从RCSB蛋白质数据库(Protein Data Bank,PDB)获取KRAS^(G12D)与MRTX1133相互作用复合物的晶体结构数据。使用PyMOL软件将KRAS第68位的精氨...目的·从原子层面探索KRAS^(G12D/R68G)突变诱发肿瘤细胞对MRTX1133耐药的机制。方法·从RCSB蛋白质数据库(Protein Data Bank,PDB)获取KRAS^(G12D)与MRTX1133相互作用复合物的晶体结构数据。使用PyMOL软件将KRAS第68位的精氨酸突变为甘氨酸(R68G),构建KRAS^(G12D)和KRAS^(G12D/R68G)分别与MRTX1133相互作用体系的初始构象。使用LEaP程序构建带有周期性边界的模拟体系,应用ff19SB力场计算KRAS中标准氨基酸的力场参数,应用GAFF(general AMBER force field)力场计算MRTX1133的力场参数,应用TIP3P(intermolecular potential three point)力场计算水分子的力场参数。使用Amber软件对体系进行能量最小化,体系升温至300 K后,进行等温等容平衡和等温等压运动的计算。使用cpptraj轨迹分析软件计算每个体系的均方根偏差(root mean square deviation,RMSD)、体系中每个氨基酸的均方根波动(root mean square fluctuation,RMSF),对轨迹进行主成分分析(principal component analysis,PCA),计算MRTX1133和GDP的溶剂可及表面积(solvent-accessible surface area,SASA)。测量区域之间氢键形成的数量,并计算氨基酸之间的动态交叉相关矩阵(dynamic cross-correlation matrix,DCCM)。结果·RMSD分析显示KRAS^(G12D/R68G)体系中KRAS的变化幅度大于KRAS^(G12D)体系。RMSF分析显示KRAS^(G12D/R68G)体系中KRAS的SwitchⅠ和SwitchⅡ区域的波动幅度明显大于KRAS^(G12D)体系。PCA分析提示KRAS^(G12D/R68G)体系中KRAS的SwitchⅠ和SwitchⅡ区域更多地处于向外打开的状态。两体系中SwitchⅠ与P-loop之间距离以及SwitchⅡ与P-loop之间距离的比较显示了KRAS^(G12D/R68G)体系中的GDP和MRTX1133的结合口袋与KRAS^(G12D)体系相比均显著扩大。SASA分析显示KRAS^(G12D/R68G)体系中的GDP和MRTX1133的溶剂暴露面积与KRAS^(G12D)体系相比均明显增加。DCCM分析显示KRAS^(G12D/R68G)体系中SwitchⅠ、SwitchⅡ和P-loop区域之间存在更多的分离运动。结论·KRAS^(G12D/R68G)突变破坏了SwitchⅠ和SwitchⅡ区域之间的相互作用,导致了SwitchⅠ和SwitchⅡ的分离,继而导致MRTX1133的结合口袋开放,增加了MRTX1133的溶剂暴露面积,从而加速了MRTX1133的解离,最终导致KRAS^(G12D/R68G)对MRTX1133耐药。展开更多
探讨了低强度脉冲电磁场对兔股骨骨密度及生物力学特性的影响。用27只雌性新西兰大耳白兔随机分为三组(n=9),磁场组暴露于强度分别为10×10-4、20×1-0 4T的脉冲磁场环境中(f=15 H z,=τ5 m s),暴磁时间为6 h.-d 1,对照组饲养...探讨了低强度脉冲电磁场对兔股骨骨密度及生物力学特性的影响。用27只雌性新西兰大耳白兔随机分为三组(n=9),磁场组暴露于强度分别为10×10-4、20×1-0 4T的脉冲磁场环境中(f=15 H z,=τ5 m s),暴磁时间为6 h.-d 1,对照组饲养于线圈中,但不暴磁。6周后处死取股骨,测定骨密度及生物力学特性。结果表明:与对照组比较,磁场组的骨密度、最大载荷及结构刚度差异具有显著性意义(P<0.05);其中,两个磁场组之间作比较,骨密度及结构刚度差异显著(P<0.05)。低强度脉冲电磁场能改善股骨的骨密度和生物力学性质,其生物效应存在明显的窗口效应,对骨质疏松症的预防和治疗提供了新的思路。展开更多
文摘目的·从原子层面探索KRAS^(G12D/R68G)突变诱发肿瘤细胞对MRTX1133耐药的机制。方法·从RCSB蛋白质数据库(Protein Data Bank,PDB)获取KRAS^(G12D)与MRTX1133相互作用复合物的晶体结构数据。使用PyMOL软件将KRAS第68位的精氨酸突变为甘氨酸(R68G),构建KRAS^(G12D)和KRAS^(G12D/R68G)分别与MRTX1133相互作用体系的初始构象。使用LEaP程序构建带有周期性边界的模拟体系,应用ff19SB力场计算KRAS中标准氨基酸的力场参数,应用GAFF(general AMBER force field)力场计算MRTX1133的力场参数,应用TIP3P(intermolecular potential three point)力场计算水分子的力场参数。使用Amber软件对体系进行能量最小化,体系升温至300 K后,进行等温等容平衡和等温等压运动的计算。使用cpptraj轨迹分析软件计算每个体系的均方根偏差(root mean square deviation,RMSD)、体系中每个氨基酸的均方根波动(root mean square fluctuation,RMSF),对轨迹进行主成分分析(principal component analysis,PCA),计算MRTX1133和GDP的溶剂可及表面积(solvent-accessible surface area,SASA)。测量区域之间氢键形成的数量,并计算氨基酸之间的动态交叉相关矩阵(dynamic cross-correlation matrix,DCCM)。结果·RMSD分析显示KRAS^(G12D/R68G)体系中KRAS的变化幅度大于KRAS^(G12D)体系。RMSF分析显示KRAS^(G12D/R68G)体系中KRAS的SwitchⅠ和SwitchⅡ区域的波动幅度明显大于KRAS^(G12D)体系。PCA分析提示KRAS^(G12D/R68G)体系中KRAS的SwitchⅠ和SwitchⅡ区域更多地处于向外打开的状态。两体系中SwitchⅠ与P-loop之间距离以及SwitchⅡ与P-loop之间距离的比较显示了KRAS^(G12D/R68G)体系中的GDP和MRTX1133的结合口袋与KRAS^(G12D)体系相比均显著扩大。SASA分析显示KRAS^(G12D/R68G)体系中的GDP和MRTX1133的溶剂暴露面积与KRAS^(G12D)体系相比均明显增加。DCCM分析显示KRAS^(G12D/R68G)体系中SwitchⅠ、SwitchⅡ和P-loop区域之间存在更多的分离运动。结论·KRAS^(G12D/R68G)突变破坏了SwitchⅠ和SwitchⅡ区域之间的相互作用,导致了SwitchⅠ和SwitchⅡ的分离,继而导致MRTX1133的结合口袋开放,增加了MRTX1133的溶剂暴露面积,从而加速了MRTX1133的解离,最终导致KRAS^(G12D/R68G)对MRTX1133耐药。
文摘探讨了低强度脉冲电磁场对兔股骨骨密度及生物力学特性的影响。用27只雌性新西兰大耳白兔随机分为三组(n=9),磁场组暴露于强度分别为10×10-4、20×1-0 4T的脉冲磁场环境中(f=15 H z,=τ5 m s),暴磁时间为6 h.-d 1,对照组饲养于线圈中,但不暴磁。6周后处死取股骨,测定骨密度及生物力学特性。结果表明:与对照组比较,磁场组的骨密度、最大载荷及结构刚度差异具有显著性意义(P<0.05);其中,两个磁场组之间作比较,骨密度及结构刚度差异显著(P<0.05)。低强度脉冲电磁场能改善股骨的骨密度和生物力学性质,其生物效应存在明显的窗口效应,对骨质疏松症的预防和治疗提供了新的思路。
