2024年10月23日,浙江大学良渚实验室沈宁/刘志红教授团队在《自然·通讯》(Nature Communications)发表了题为“SpliceTransformer predicts tissue-specific splicing linked to human diseases”的研究论文(DOI:10.1038/s41467-02...2024年10月23日,浙江大学良渚实验室沈宁/刘志红教授团队在《自然·通讯》(Nature Communications)发表了题为“SpliceTransformer predicts tissue-specific splicing linked to human diseases”的研究论文(DOI:10.1038/s41467-024-53088-6),开发了基于Transformer架构的多模态深度学习模型SpliceTransformer(简称SpTransformer)。该方法可以用于解析和组织特异性剪接变异相关的疾病,筛选出特异性影响某些人体组织的突变及基因。通过对多个突变数据库,共涉及超过17万个样本的全外显子组测序数据的分析,研究者发现组织特异性剪接和基因的组织特异性表达之间存在相对独立性,即使是在多种组织中普遍表达的基因也可能通过剪接变异对特定组织产生重要影响,进而可能引发相关疾病。该研究为理解疾病背后的遗传因素提供了除基因表达水平以外的重要视角。游宁远博士研究生为论文第一作者。研究得到国家自然科学基因、浙江省重点研发计划等支持。展开更多
2024年10月18日,浙江大学医学院闵军霞、王福俤教授团队联合张岩教授团队在《先进科学》(Advanced Science)发表题为“The intestinal transporter SLC30A1 plays a critical role in regulating systemic zinc homeostasis”的研究论文...2024年10月18日,浙江大学医学院闵军霞、王福俤教授团队联合张岩教授团队在《先进科学》(Advanced Science)发表题为“The intestinal transporter SLC30A1 plays a critical role in regulating systemic zinc homeostasis”的研究论文(DOI:10.1002/advs.202406421),阐明了肠道金属离子转运体溶质载体家族30成员1(SLC30A1)(ZnT1)在肠道上皮细胞的特殊定位是调控机体锌离子稳态的关键因素,揭示了其在维持正常的肠道屏障及功能中发挥着重要作用,并通过冷冻电镜解析了SLC30A1的蛋白结构,构建了SLC30A1选择性转运锌离子的途径模式。展开更多
2024年1月3日,浙江大学生命科学研究院陆华松研究员与杨兵研究员团队合作在《自然·细胞生物学》(Nature Cell Biology)发表题为“A chaperone-like function of FUS ensures TAZ condensate dynamics and transcriptional activat...2024年1月3日,浙江大学生命科学研究院陆华松研究员与杨兵研究员团队合作在《自然·细胞生物学》(Nature Cell Biology)发表题为“A chaperone-like function of FUS ensures TAZ condensate dynamics and transcriptional activation”的研究论文(DOI:10.1038/s41556-023-01309-3),揭示了生物大分子凝聚体物质属性与其功能维持的紧密联系,发现FUS具有“分子伴侣样”的新功能,能够维持TAZ凝聚体的流动性,从而促进其转录活性的重要功能。展开更多
标记和可视化蛋白质是研究细胞生物学的基本工具,可以用于监测蛋白质动态变化和解析细胞内复杂相互作用,从而理解特定感兴趣蛋白质(protein of interest,POI)的细胞功能。荧光成像技术在活细胞中研究蛋白质定位、功能及互作方面发挥着...标记和可视化蛋白质是研究细胞生物学的基本工具,可以用于监测蛋白质动态变化和解析细胞内复杂相互作用,从而理解特定感兴趣蛋白质(protein of interest,POI)的细胞功能。荧光成像技术在活细胞中研究蛋白质定位、功能及互作方面发挥着巨大作用。目前,常用的标记方法都有一定的局限性,例如抗体染色不能应用与活细胞,而小分子化学探针又缺乏通用型。目前最常用的是基因融合(使用荧光蛋白、自标记酶或肽标签),然而该方法通常需要过表达编码POI的开放阅读框架(ORF),可能对蛋白质的正常表达、折叠、定位和功能造成干扰。展开更多
人类造血细胞特异性蛋白1相关蛋白X-1(human HCLS1-associated protein X-1,HAX1)是一种在机体内广泛存在、可与多种蛋白质相互作用并发挥生物学功能的蛋白质。HAX1基因在转录过程中经过选择性剪切形成多种剪接变体,其剪接变体001翻译...人类造血细胞特异性蛋白1相关蛋白X-1(human HCLS1-associated protein X-1,HAX1)是一种在机体内广泛存在、可与多种蛋白质相互作用并发挥生物学功能的蛋白质。HAX1基因在转录过程中经过选择性剪切形成多种剪接变体,其剪接变体001翻译产生的HAX1蛋白质亚型目前研究较多,它在抗细胞凋亡、调节细胞迁移、维持细胞内Ca2+稳态、调节氧化应激与细胞自噬、维持线粒体蛋白稳态、参与血管生成以及调节信号转导等方面具有关键作用。HAX1在机体内参与多种生物学功能的调节,其异常表达或突变可导致多种疾病。该文旨在系统阐述HAX1的生物学特性及其与临床疾病发生发展的关系,以期为深入研究其功能机制提供参考,且对于与HAX1相关疾病的治疗会提供帮助。展开更多
深度学习方法已经彻底改变了蛋白质结构预测和设计,但目前仅限于蛋白质系统。研究人员描述了RoseT‐TAFold All Atom(RFAA),它可以将氨基酸和DNA碱基的基于残基的表示符号与所有其他基团的原子表示符号相结合,从而对给定序列和化学结构...深度学习方法已经彻底改变了蛋白质结构预测和设计,但目前仅限于蛋白质系统。研究人员描述了RoseT‐TAFold All Atom(RFAA),它可以将氨基酸和DNA碱基的基于残基的表示符号与所有其他基团的原子表示符号相结合,从而对给定序列和化学结构的包含蛋白质、核酸、小分子、金属和共价修饰的组件进行建模。通过对去噪任务进行微调,科学家们获得了RFdiffusionAA,它能围绕小分子构建蛋白质结构。从围绕目标小分子的氨基酸残基的随机分布开始,研究人员通过晶体学和结合测量学,设计并实验验证了与心脏病治疗药物地高辛、酶促辅因子血红素和光捕获分子bilin结合的蛋白质。展开更多
2024年9月25日,浙江大学医学院易聪研究员团队在《欧洲分子生物学组织报告》(EMBO Reports)发表了题为“Two distinct regulatory pathways govern Cct2-Atg8 binding in the process of solid aggrephagy”的研究论文(DOI:10.1038/s443...2024年9月25日,浙江大学医学院易聪研究员团队在《欧洲分子生物学组织报告》(EMBO Reports)发表了题为“Two distinct regulatory pathways govern Cct2-Atg8 binding in the process of solid aggrephagy”的研究论文(DOI:10.1038/s44319-024-00275-7)。展开更多
文摘2024年10月23日,浙江大学良渚实验室沈宁/刘志红教授团队在《自然·通讯》(Nature Communications)发表了题为“SpliceTransformer predicts tissue-specific splicing linked to human diseases”的研究论文(DOI:10.1038/s41467-024-53088-6),开发了基于Transformer架构的多模态深度学习模型SpliceTransformer(简称SpTransformer)。该方法可以用于解析和组织特异性剪接变异相关的疾病,筛选出特异性影响某些人体组织的突变及基因。通过对多个突变数据库,共涉及超过17万个样本的全外显子组测序数据的分析,研究者发现组织特异性剪接和基因的组织特异性表达之间存在相对独立性,即使是在多种组织中普遍表达的基因也可能通过剪接变异对特定组织产生重要影响,进而可能引发相关疾病。该研究为理解疾病背后的遗传因素提供了除基因表达水平以外的重要视角。游宁远博士研究生为论文第一作者。研究得到国家自然科学基因、浙江省重点研发计划等支持。
文摘2024年10月18日,浙江大学医学院闵军霞、王福俤教授团队联合张岩教授团队在《先进科学》(Advanced Science)发表题为“The intestinal transporter SLC30A1 plays a critical role in regulating systemic zinc homeostasis”的研究论文(DOI:10.1002/advs.202406421),阐明了肠道金属离子转运体溶质载体家族30成员1(SLC30A1)(ZnT1)在肠道上皮细胞的特殊定位是调控机体锌离子稳态的关键因素,揭示了其在维持正常的肠道屏障及功能中发挥着重要作用,并通过冷冻电镜解析了SLC30A1的蛋白结构,构建了SLC30A1选择性转运锌离子的途径模式。
文摘2024年1月3日,浙江大学生命科学研究院陆华松研究员与杨兵研究员团队合作在《自然·细胞生物学》(Nature Cell Biology)发表题为“A chaperone-like function of FUS ensures TAZ condensate dynamics and transcriptional activation”的研究论文(DOI:10.1038/s41556-023-01309-3),揭示了生物大分子凝聚体物质属性与其功能维持的紧密联系,发现FUS具有“分子伴侣样”的新功能,能够维持TAZ凝聚体的流动性,从而促进其转录活性的重要功能。
文摘标记和可视化蛋白质是研究细胞生物学的基本工具,可以用于监测蛋白质动态变化和解析细胞内复杂相互作用,从而理解特定感兴趣蛋白质(protein of interest,POI)的细胞功能。荧光成像技术在活细胞中研究蛋白质定位、功能及互作方面发挥着巨大作用。目前,常用的标记方法都有一定的局限性,例如抗体染色不能应用与活细胞,而小分子化学探针又缺乏通用型。目前最常用的是基因融合(使用荧光蛋白、自标记酶或肽标签),然而该方法通常需要过表达编码POI的开放阅读框架(ORF),可能对蛋白质的正常表达、折叠、定位和功能造成干扰。
文摘人类造血细胞特异性蛋白1相关蛋白X-1(human HCLS1-associated protein X-1,HAX1)是一种在机体内广泛存在、可与多种蛋白质相互作用并发挥生物学功能的蛋白质。HAX1基因在转录过程中经过选择性剪切形成多种剪接变体,其剪接变体001翻译产生的HAX1蛋白质亚型目前研究较多,它在抗细胞凋亡、调节细胞迁移、维持细胞内Ca2+稳态、调节氧化应激与细胞自噬、维持线粒体蛋白稳态、参与血管生成以及调节信号转导等方面具有关键作用。HAX1在机体内参与多种生物学功能的调节,其异常表达或突变可导致多种疾病。该文旨在系统阐述HAX1的生物学特性及其与临床疾病发生发展的关系,以期为深入研究其功能机制提供参考,且对于与HAX1相关疾病的治疗会提供帮助。
文摘深度学习方法已经彻底改变了蛋白质结构预测和设计,但目前仅限于蛋白质系统。研究人员描述了RoseT‐TAFold All Atom(RFAA),它可以将氨基酸和DNA碱基的基于残基的表示符号与所有其他基团的原子表示符号相结合,从而对给定序列和化学结构的包含蛋白质、核酸、小分子、金属和共价修饰的组件进行建模。通过对去噪任务进行微调,科学家们获得了RFdiffusionAA,它能围绕小分子构建蛋白质结构。从围绕目标小分子的氨基酸残基的随机分布开始,研究人员通过晶体学和结合测量学,设计并实验验证了与心脏病治疗药物地高辛、酶促辅因子血红素和光捕获分子bilin结合的蛋白质。
文摘2024年9月25日,浙江大学医学院易聪研究员团队在《欧洲分子生物学组织报告》(EMBO Reports)发表了题为“Two distinct regulatory pathways govern Cct2-Atg8 binding in the process of solid aggrephagy”的研究论文(DOI:10.1038/s44319-024-00275-7)。
