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刺五加PsbP基因的鉴定、适应性进化及分子动力学模拟
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作者 焦孟赢 李畅 +5 位作者 赵雪颖 马嘉程 崔亚奇 刘鹏 刘颖硕 邢朝斌 《中草药》 北大核心 2025年第1期248-258,共11页
目的筛选刺五加Eleutherococcus senticosus中的PsbP基因(EsPsbP基因),分析其进化特征,研究EsPsbP蛋白与PsbQ蛋白的结合方式,探究其在不同光照下的表达量。方法根据刺五加基因组数据筛选得到EsPsbP基因,并对其进行生物信息学、适应性进... 目的筛选刺五加Eleutherococcus senticosus中的PsbP基因(EsPsbP基因),分析其进化特征,研究EsPsbP蛋白与PsbQ蛋白的结合方式,探究其在不同光照下的表达量。方法根据刺五加基因组数据筛选得到EsPsbP基因,并对其进行生物信息学、适应性进化分析和分子动力学模拟,根据转录组测序结果探究EsPsbP在不同光照下的表达量。结果共筛选得到了16个EsPsbP基因并将其分为了A~I共9组。在刺五加种内与刺五加和龙牙楤木Aralia elata间共得到了21对共线性基因对,并且基因对的Ka/Ks均小于1。EsPsbP基因没有正选择位点。EsPsbP基因启动子中存在大量光响应元件、激素响应元件和干旱响应元件。分子动力学模拟发现PsbQ蛋白优先与A组的EsPsbP蛋白进行结合。转录组数据显示,不同光质照射后,有9个EsPsbP产生了差异表达。结论刺五加的16条EsPsbP基因在进化中主要受到纯净选择,这有助于维持基因的稳定性。基因结构特征的分化可能导致EsPsbP与PsbQ蛋白结合能力及对光质变化反应的差异,这些特性可能与刺五加的生理适应及药材品质形成相关,为进一步研究其功能奠定了基础。 展开更多
关键词 刺五加 PsbP基因 适应性进化 分子对接 分子动力学模拟
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分子鉴定技术在中成药组方药味鉴定中的应用研究进展
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作者 周士琳 张艳梅 +4 位作者 周婷 杨秉倩 牛俊梅 刘振稳 周静 《中国现代中药》 2025年第6期1183-1189,共7页
随着中成药市场的不断发展,保障其质量和安全成为关键问题。传统的中成药鉴定方法在面对复杂样本时存在一定的局限性,近年来,分子生物学技术在中成药生物组分鉴定中得到广泛应用。DNA条形码技术在单一成分中成药鉴定的应用中取得了显著... 随着中成药市场的不断发展,保障其质量和安全成为关键问题。传统的中成药鉴定方法在面对复杂样本时存在一定的局限性,近年来,分子生物学技术在中成药生物组分鉴定中得到广泛应用。DNA条形码技术在单一成分中成药鉴定的应用中取得了显著进展。新型聚合酶链式反应(PCR)技术,如实时荧光定量PCR(qRT-PCR)和微滴数字PCR(ddPCR),提高了检测的灵敏度和准确性。微条形码(mini-barcode)技术的发展提升了对降解样品的鉴定成功率及物种特异性识别能力。DNA芯片技术能够高效、精准地识别中药的基因特征。对于复杂样本,扩增子宏条形码(AMB)技术提供了更精准的物种检测手段,但仍易受PCR偏好性影响。鸟枪法测序作为无须PCR扩增的技术,展现了其对复杂样本中物种鉴定的潜力。而单分子实时测序(SMRT)技术作为第3代测序技术,亦为中成药鉴定提供了更广阔的前景。对近年来中成药的主要分子鉴定手段进行总结,并提出未来研究应重点解决DNA提取、数据分析及数据库建设等技术瓶颈,推动标准化和智能化工具的发展,为中药质量控制和市场监管提供更可靠的技术保障。 展开更多
关键词 中成药 分子鉴定 DNA条形码 宏条形码 微条形码 DNA芯片 单分子实时测序
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穿心莲糖苷水解酶基因ApGH的克隆、生物信息学分析及表达研究
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作者 李媛 任广喜 +4 位作者 康颖泉 王迷娜 范勇 姜丹 刘春生 《中国现代中药》 CAS 2024年第7期1141-1149,共9页
目的:对穿心莲糖苷水解酶(ApGH)基因进行克隆、生物信息学分析、原核表达和相对表达量分析。方法:取穿心莲新鲜叶片,提取RNA并反转录为互补脱氧核糖核酸(cDNA)作为模板,以穿心莲转录组中筛选到的糖苷水解酶ApGH基因开放阅读框(ORF)设计... 目的:对穿心莲糖苷水解酶(ApGH)基因进行克隆、生物信息学分析、原核表达和相对表达量分析。方法:取穿心莲新鲜叶片,提取RNA并反转录为互补脱氧核糖核酸(cDNA)作为模板,以穿心莲转录组中筛选到的糖苷水解酶ApGH基因开放阅读框(ORF)设计特异性引物,进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,经测序后获得的基因序列利用生物信息学软件预测基因编码蛋白特征,构建原核表达载体在大肠埃希菌中诱导表达目的蛋白质,并利用实时荧光定量PCR分析ApGH基因的表达模式。结果:克隆所得ApGH基因的ORF全长1734 bp,编码577个氨基酸(GenBank登录号:OR887606)。ApGH为稳定亲水蛋白质,无信号肽和跨膜结构域,属于糖苷水解酶家族;系统进化分析表明,ApGH归属于GH1家族。将ApGH基因构建到原核表达载体HIS-MBP-pET28a上,在大肠埃希菌Transetta(DE3)中成功表达出重组蛋白质。实时荧光定量PCR检测结果表明,ApGH基因在叶中表达量最高,茎和根中表达量较低。结论:克隆得到穿心莲ApGH基因并对其蛋白质序列特征进行了系统分析,证明其在大肠埃希菌中成功表达重组蛋白质,且主要在穿心莲叶中表达。研究结果为进一步探索穿心莲糖苷水解酶的催化功能提供了依据。 展开更多
关键词 穿心莲 糖苷水解酶 基因克隆 生物信息学分析 基因表达
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曼地亚红豆杉NPR1基因家族鉴定及表达模式分析
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作者 杜雨晴 袁菊红 +4 位作者 王旭 张恺恺 陈段芬 邱德有 杨艳芳 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期240-248,共9页
目的通过鉴定曼地亚红豆杉Taxus×media中病程相关基因非表达子1(non-expressor of pathogenesis-related genes1,NPR1)家族基因,分析并比较其蛋白结构以及基因表达等差异,为利用NPR1基因提高红豆杉紫杉醇含量奠定理论基础。方法利... 目的通过鉴定曼地亚红豆杉Taxus×media中病程相关基因非表达子1(non-expressor of pathogenesis-related genes1,NPR1)家族基因,分析并比较其蛋白结构以及基因表达等差异,为利用NPR1基因提高红豆杉紫杉醇含量奠定理论基础。方法利用本地化blast对曼地亚红豆杉NPR1基因进行鉴定,通过CD-search、MEGA X、DNAMAN以及MEME在线网站等生物信息学技术进行保守结构域、进化树构建、多序列比对以及基序分析,利用blast比对转录组数据,预测所获得的NPR1基因在不同组织以及激素和低温处理后的表达模式。结果在曼地亚红豆杉中共鉴定出3个NPR1家族基因,命名为TmNPR1~TmNPR3。研究发现,3个NPR1家族成员均含有BTB_POZ保守结构域,并分成2个亚家族。TmNPR1/2与AtNPR3/4聚在一起,TmNPR3与AtNPR5/6亲缘关系较近。Tm NPR1/2与AtNPR3/4相似,均含有EAR基序(VDLNETP)。表达模式分析发现3个NPR1基因在不同组织中的表达有所差异,TmNPR1/2在针叶组织中的表达水平最高,TmNPR1响应低温胁迫,且在茉莉酸甲酯和冠菌素激素处理曼地亚红豆杉细胞系中表达量最高。结论曼地亚红豆杉NPR1家族的3个成员在序列和结构上存在保守性,但也在红豆杉根和针叶的发育以及在低温等不同胁迫和茉莉酸甲酯信号途径中扮演了不同的角色,推测具有不同的功能,为揭示TmNPR1s基因功能和利用分子生物学技术提高红豆杉紫杉醇产量提供理论依据。 展开更多
关键词 红豆杉 曼地亚红豆杉 NPR1家族 生物信息学 紫杉醇 表达分析
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百合属药用植物叶绿体基因组密码子偏好性及系统发育研究 被引量:7
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作者 代国娜 尚明越 +4 位作者 王嘉乐 郑加梅 廖彬彬 刘颖琳 段宝忠 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期3835-3844,共10页
目的探究百合属Lilium药用植物叶绿体基因组密码子使用偏性及影响因素,为百合属药用植物育种提供理论参考。方法使用CodonW1.4.2、CUSP、SPSS等软件分析9种百合属药用植物的密码子偏好性。结果9种百合属植物密码子不同位点的GC含量均小... 目的探究百合属Lilium药用植物叶绿体基因组密码子使用偏性及影响因素,为百合属药用植物育种提供理论参考。方法使用CodonW1.4.2、CUSP、SPSS等软件分析9种百合属药用植物的密码子偏好性。结果9种百合属植物密码子不同位点的GC含量均小于0.5,且GC1>GC2>GC3;其有效密码子数值均大于45。共筛选到21个最优密码子,其中有20个以A/U碱基结尾。PR2-plot分析、ENC-plot分析和中性绘图分析显示,百合属叶绿体基因组密码子偏好性主要受自然选择影响,同时也受突变因素影响。叶绿体蛋白编码序列的系统发育树和相对同义密码子使用度值的聚类分析结果,均支持渥丹Lilium concolor从钟花组独立归并到卷瓣组。结论9种百合属植物叶绿体基因组密码子偏好性较弱,自然选择是影响密码子偏好性形成的主要因素,渥丹归入卷瓣组更合理。 展开更多
关键词 百合属 叶绿体基因组 密码子偏好性 最优密码子 自然选择
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基于转录组的瑶药半枫荷根和叶的差异分析 被引量:2
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作者 周云 韦玉丹 黄日涛 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期236-245,共10页
【目的】瑶药半枫荷(Semiliquidambar cathayensis)的根和叶均具有祛风通络等功效,但其黄酮类等活性成分存在差异。对半枫荷进行转录组测序,以期获得其根和叶的转录组信息和差异表达基因,对探究半枫荷根和叶的差异表达基因在活性成分合... 【目的】瑶药半枫荷(Semiliquidambar cathayensis)的根和叶均具有祛风通络等功效,但其黄酮类等活性成分存在差异。对半枫荷进行转录组测序,以期获得其根和叶的转录组信息和差异表达基因,对探究半枫荷根和叶的差异表达基因在活性成分合成通路中的表达规律具有重要意义。【方法】利用Illumina对半枫荷根和叶进行转录组测序,并进行生物信息分析以挖掘两者萜类和黄酮类等关键次生代谢产物合成通路的基因表达差异。【结果】59378个差异表达基因归类到GO分类的3个大类中,主要与生物学过程有关(50.59%)。185个差异表达基因注释KOG数据库的24个分类中。81个差异表达基因参与苯丙烷类化合物的生物合成,30个差异表达基因参与黄酮类化合物的生物合成,86个差异表达基因参与萜类化合物的生物合成。【结论】参与黄酮类化合物合成途径的关键酶CHS等均为上调表达,导致根的黄酮类成分多于叶,而CMS、HMGS等关键酶都可能影响半枫荷不同组织中萜类化合物的积累模式。文章获得了半枫荷根和叶的转录组信息特征,为今后半枫荷基因功能鉴定、次生代谢途径解析及调控机制研究提供依据。 展开更多
关键词 半枫荷 转录组 差异表达基因(DEG) 代谢通路
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醋龟甲配方颗粒的位点特异性PCR鉴别 被引量:1
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作者 谭斯尹 潘礼业 +4 位作者 宋叶 刘闪闪 范耀耀 罗宇琴 李国卫 《中国现代中药》 CAS 2024年第8期1392-1398,共7页
目的:建立一种醋龟甲配方颗粒特异性位点聚合酶链式反应(PCR)鉴别方法。方法:根据乌龟Chinemys reevesii(Gray)及其混伪品的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因序列上的单核苷酸多态性位点设计醋龟甲的特异性鉴别引物,经过优化反应体系,确定最佳... 目的:建立一种醋龟甲配方颗粒特异性位点聚合酶链式反应(PCR)鉴别方法。方法:根据乌龟Chinemys reevesii(Gray)及其混伪品的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因序列上的单核苷酸多态性位点设计醋龟甲的特异性鉴别引物,经过优化反应体系,确定最佳的PCR反应条件,并对该方法进行耐受性和适用性考察。结果:当退火温度为62℃、循环数为34时,醋龟甲饮片、标准汤剂冻干粉和配方颗粒均可在约92 bp处得到清晰单一的特异性条带,其混伪品及阴性对照均无条带。结论:建立的位点特异性PCR鉴别方法可快速、准确地鉴别醋龟甲饮片、标准汤剂冻干粉和配方颗粒的真伪,为醋龟甲配方颗粒质量标准研究提供了参考。 展开更多
关键词 醋龟甲 配方颗粒 位点特异性聚合酶链式反应 分子鉴定
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基于ITS2序列及二级结构的维吾尔族药材孜然及其混伪品鉴别
8
作者 地力努尔·吐尔逊江 程波 何江 《中国现代中药》 CAS 2024年第2期328-333,共6页
目的:应用DNA条形码技术,建立维吾尔族药材孜然及其混伪品小茴香、芫荽子的分子鉴别方法。方法:提取38批孜然及其混伪品的基因组总DNA,聚合酶链式反应(PCR)扩增内转录间隔区2 (ITS2)序列并双向测序,测序结果经CodonCode Aligner软件进... 目的:应用DNA条形码技术,建立维吾尔族药材孜然及其混伪品小茴香、芫荽子的分子鉴别方法。方法:提取38批孜然及其混伪品的基因组总DNA,聚合酶链式反应(PCR)扩增内转录间隔区2 (ITS2)序列并双向测序,测序结果经CodonCode Aligner软件进行序列拼接,利用MEGA软件分析序列特征,计算种内、属间遗传距离,构建邻接(neighbor-joining,NJ)系统聚类树,预测其ITS2二级结构。结果:孜然药材ITS2序列中主体单倍型为A1,序列长度均为226 bp,鸟嘌呤(G)+胞嘧啶(C)占比为47.79%~48.23%;小茴香ITS2序列中,主体单倍型为B1,序列长度均为224~227 bp,G+C占比为53.30%~55.36%;芫荽子ITS2序列中,主体单倍型为C1,序列长度均为220~227 bp,G+C占比为56.82%~56.83%。孜然的种内遗传距离明显小于属间遗传距离。二级结构表明,孜然及其混伪品螺旋区的茎环大小、数目、位置及螺旋角度均有明显差异。结论:ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确地鉴别孜然及其混伪品药材,为保障孜然临床安全用药提供了有效技术手段。 展开更多
关键词 孜然 内转录间隔区2 二级结构 分子鉴别
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野三七转录组中SSR位点信息分析及其多态性研究 被引量:63
9
作者 李翠婷 张广辉 +3 位作者 马春花 孟珍贵 陈军文 杨生超 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期1468-1472,共5页
目的分析野三七Panax vietnamensis var.fuscidiscus(PVF)转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为野三七分子标记辅助育种提供有力工具。方法利用MISA工具筛选了野三七转录组测序获得的126 758条unigenes,对其SSR位... 目的分析野三七Panax vietnamensis var.fuscidiscus(PVF)转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为野三七分子标记辅助育种提供有力工具。方法利用MISA工具筛选了野三七转录组测序获得的126 758条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析;在此基础上利用Primer3设计SSR引物,并随机选择30对SSR引物对13株不同来源的野三七进行多态性扩增分析。结果在野三七的转录组中,共搜索到21 320个SSRs,分布于17 780条unigenes,SSR位点出现频率为16.82%。SSRs位点中二核苷酸重复是主要类型,占总SSRs的52.52%;其次是三核苷酸重复基序(28.08%)。SSRs所包含的重复基元中,二核苷酸重复基元AG/CT和AT/AT是优势重复基元类型,占总SSRs的46.25%。利用Primer3共设计出39 336对SSR引物。随机选择30对引物进行PCR扩增,其中29对(96.67%)扩增出清晰、可重复的条带,15对(50.00%)扩增条带表现出多态性。利用UPGMA作图,将13个材料分为2类。结论野三七转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记。 展开更多
关键词 野三七 转录组 SSR信息 多态性 遗传多样性
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不同产地石斛属种质资源的ISSR遗传多样性分析 被引量:50
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作者 卢家仕 卜朝阳 +3 位作者 吕维莉 苏建睦 黄昌艳 李春牛 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期96-100,共5页
目的对24份不同产地石斛属样品的遗传多样性和亲缘关系进行分析。方法采用ISSR分子标记技术和非加权平均距离法(UPGMA)对24份石斛属样品进行遗传多样性和聚类分析。结果从100条ISSR引物中共筛选出6条多态性稳定、清晰的引物,24份石斛样... 目的对24份不同产地石斛属样品的遗传多样性和亲缘关系进行分析。方法采用ISSR分子标记技术和非加权平均距离法(UPGMA)对24份石斛属样品进行遗传多样性和聚类分析。结果从100条ISSR引物中共筛选出6条多态性稳定、清晰的引物,24份石斛样品共扩增出847个DNA片段,平均每个引物扩增出141个DNA片段,其多态性为100%。结论 24份不同产地石斛样品被划分为6个类群,遗传多样性非常丰富。 展开更多
关键词 石斛属 种质资源 ISSR分子标记 遗传多样性 亲缘关系
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Illumina高通量测序揭示黄连根腐根际土壤真菌群落组成及多样性 被引量:38
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作者 宋旭红 谭均 +2 位作者 李隆云 王钰 伍晓丽 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2018年第22期5396-5403,共8页
目的对黄连根腐病病株及健株根际土壤真菌种群组成、丰富度及多样性进行分析。方法利用Illumina高通量测序技术来分析黄连根腐病病株及健株根际土壤真菌种群组成、丰度和多样性。用Spearman分析土壤理化性质和土壤真菌丰富度前35个属的... 目的对黄连根腐病病株及健株根际土壤真菌种群组成、丰富度及多样性进行分析。方法利用Illumina高通量测序技术来分析黄连根腐病病株及健株根际土壤真菌种群组成、丰度和多样性。用Spearman分析土壤理化性质和土壤真菌丰富度前35个属的相关性进行分析。结果高通量测序共获得106 267个有效标签(effective tags),主要分为子囊菌门、接合菌门、担子菌门、球囊菌门、壶菌门和Neocallimastigomycota。健株和病株土样真菌种群多样性差异不显著。病株土样中,子囊菌门、担子菌门和壶菌门的相对丰度显著高于健株土壤;而接合菌门、球囊菌门和Neocallimastigomycota在病株土样的相对丰度则显著低于健株土样。在属水平上,病株土壤中镰刀菌属的相对丰度显著高于健株土样。Spearman分析结果表明,镰刀菌属与pH值和速效磷的含量呈显著正相关,与碱解氮的含量呈显著负相关。结论土壤理化性质的改变与土壤真菌多样性变化相关。 展开更多
关键词 黄连 根际土 黄连根腐病 真菌种群组成 种群多样性 丰度
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ITS和psbA-trnH序列鉴别绿绒蒿属藏药植物 被引量:17
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作者 倪梁红 赵志礼 +2 位作者 孟千万 嘎务 米玛 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期541-545,共5页
目的应用核基因ITS和叶绿体psbA-trnH序列对绿绒蒿属Meconopsis Vig.藏药进行鉴别。方法采集欧贝()3种基原植物罂粟科绿绒蒿属毛瓣绿绒蒿Meconopsis torquata、红花绿绒蒿Meconopsis punicea、全缘叶绿绒蒿Meconopsis integrifolia,才温... 目的应用核基因ITS和叶绿体psbA-trnH序列对绿绒蒿属Meconopsis Vig.藏药进行鉴别。方法采集欧贝()3种基原植物罂粟科绿绒蒿属毛瓣绿绒蒿Meconopsis torquata、红花绿绒蒿Meconopsis punicea、全缘叶绿绒蒿Meconopsis integrifolia,才温()2种基原植物罂粟科绿绒蒿属总状绿绒蒿Meconopsis racemosa、多刺绿绒蒿Meconopsis horridula,对植物核糖体DNA内转录间隔区、叶绿体psbA-trnH非编码区序列进行测定与分析。结果 ITS序列分析显示,总状绿绒蒿与多刺绿绒蒿序列一致,其余任意两种间具有变异位点;psbA-trnH序列分析显示,任意两种间均有变异位点;两者结合可有效对所有5种植物进行区分鉴定。结论 ITS和psbA-trnH序列相结合可用于绿绒蒿属藏药欧贝和才温的分子鉴定。 展开更多
关键词 ITS PSBA-TRNH 藏药 绿绒蒿属 欧贝 才温 毛瓣绿绒蒿 红花绿绒蒿 全缘叶绿绒蒿 总状绿绒蒿 多刺绿绒蒿
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西洋参不同器官中皂苷量与鲨烯合成酶和鲨烯环氧酶基因表达的相关性 被引量:26
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作者 蒋世翠 刘伟灿 +3 位作者 王义 孙春玉 李校堃 张美萍 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期579-584,共6页
目的探讨西洋参不同组织器官中总皂苷和单体皂苷量的差异及其与人参皂苷合成途径中鲨烯合成酶(SQS)和鲨烯环氧酶(SQE)基因表达量之间的关系。方法以4年生西洋参的14个组织器官为材料,索氏回流法提取总皂苷,采用HPLC法测定6种单体皂苷(... 目的探讨西洋参不同组织器官中总皂苷和单体皂苷量的差异及其与人参皂苷合成途径中鲨烯合成酶(SQS)和鲨烯环氧酶(SQE)基因表达量之间的关系。方法以4年生西洋参的14个组织器官为材料,索氏回流法提取总皂苷,采用HPLC法测定6种单体皂苷(人参皂苷Rg1、Re、Rb1、Rc、Rb2和Rd)的量,用香草醛-硫酸比色法测定总皂苷量。通过实时荧光定量PCR分析SQS和SQE基因在西洋参14个组织器官中的表达量。结果总皂苷和单体皂苷量在西洋参不同组织器官中差异非常显著(P<0.01)。除人参皂苷Rb2外,各单体皂苷及总皂苷之间均呈非常显著的正相关关系(P<0.01)。SQS和SQE基因在14个组织器官中的表达量具有非常显著的差异(P<0.01)并与人参皂苷Re、Rg1、Rb1、Rd和总皂苷量之间有显著的正相关关系(P<0.05)。结论西洋参不同组织器官中皂苷的量存在差异,SQS和SQE基因在人参皂苷合成途径中起着极其重要的作用。 展开更多
关键词 西洋参 人参皂苷 实时荧光定量PCR 基因表达 鲨烯合成酶 鲨烯环氧酶
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栽培太子参的遗传多样性与质量分析 被引量:25
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作者 肖承鸿 周涛 +4 位作者 江维克 艾强 杨昌贵 熊厚溪 廖明武 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期1319-1325,共7页
目的对栽培太子参的遗传多样性与药材质量进行综合评价,为合理利用太子参种质资源及优良品种选育提供理论依据。方法采用ISSR分子标记分析太子参12个栽培种源的遗传多样性,HPLC法测定各种源药材中太子参环肽B的量。结果 10条ISSR引物扩... 目的对栽培太子参的遗传多样性与药材质量进行综合评价,为合理利用太子参种质资源及优良品种选育提供理论依据。方法采用ISSR分子标记分析太子参12个栽培种源的遗传多样性,HPLC法测定各种源药材中太子参环肽B的量。结果 10条ISSR引物扩增出82条带,其中多态性条带73条,多态位点百分率(PPL)为89.02%。Nei’s遗传多样性指数(H)平均值为0.257 9,Shannon’s多态性指数(I)平均值为0.388 4,遗传分化系数(Gst)为0.274 1,种源间基因流(Nm)为1.323 8。基于遗传一致度,12个种源可聚为3类。12个种源间及种源内个体中的太子参环肽B量差异明显,种源4的变异系数(9.51%)较小,且太子参环肽B量(0.049 4%)明显高于其他种源。结论栽培太子参各产地间的换种及其生物学特性是其遗传多样性水平丰富的主要原因;综合考虑遗传多样性水平和太子参环肽B的量,种源3和4种质较为优良,可作为太子参种质资源保存及品种选育的对象。 展开更多
关键词 太子参 种质资源 遗传多样性 遗传分化系数 Shannon’s多态性指数 基因流
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鱼腥草转录组SSR位点信息分析及其多态性研究 被引量:29
15
作者 黎晓英 刘胜贵 +5 位作者 王丹 黄豪兰 龙强 蒋玉红 郭文博 魏麟 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1762-1767,共6页
目的分析鱼腥草Houttuynia cordata转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为鱼腥草分子标记辅助育种提供有力工具。方法利用MISA工具筛选了鱼腥草转录组测序获得的63 954条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析;在此... 目的分析鱼腥草Houttuynia cordata转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为鱼腥草分子标记辅助育种提供有力工具。方法利用MISA工具筛选了鱼腥草转录组测序获得的63 954条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析;在此基础上利用Primer 3设计SSR引物,并随机选择50对SSR引物对16株不同来源的鱼腥草进行多态性扩增分析。结果在鱼腥草的转录组中,共搜索到4 800个SSRs,分布于4 413条unigenes,SSR位点出现频率为7.51%。SSRs位点中三核苷酸重复是主要类型,占总SSRs的41.54%;其次是单核苷酸重复基序(占27.35%)。SSRs所包含的重复基元中,单核苷酸重复基元A/T是优势重复基元类型,占总SSRs的27.0%。利用Primer3共设计出3 068对SSR引物。随机选择50对引物进行PCR扩增,其中43对(86.0%)扩增出清晰、可重复的条带,且表现出多态性。利用UPGMA作图,将16个样品分为2类。结论鱼腥草转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为其遗传多样性分析和遗传图谱构建奠定基础。 展开更多
关键词 鱼腥草 转录组 SSR信息 多态性 引物
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刺五加GAPDH基因的克隆及序列分析 被引量:25
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作者 邢朝斌 吴鹏 +2 位作者 陈龙 梁能松 何闪 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期155-158,共4页
目的对刺五加Eleutherococcus senticosus GAPDH基因进行克隆及序列分析,使其成为可用的内参照基因。方法采用改良的异硫氰酸胍法提取刺五加总RNA,运用RT-PCR法克隆GAPDH基因的部分序列,并以其为内参照基因进行半定量PCR。结果克隆了长... 目的对刺五加Eleutherococcus senticosus GAPDH基因进行克隆及序列分析,使其成为可用的内参照基因。方法采用改良的异硫氰酸胍法提取刺五加总RNA,运用RT-PCR法克隆GAPDH基因的部分序列,并以其为内参照基因进行半定量PCR。结果克隆了长度为627 bp的刺五加GAPDH基因,推测其编码209个氨基酸,与三七、人参、拟南芥的GAPDH氨基酸序列同源性分别为97%、93%、93%,核苷酸同源性分别为94%、86%、84%。其作为内参照基因的半定量PCR具有良好的扩增效果和重现性。结论首次分离并克隆了刺五加GAPDH cDNA,证实该序列可以作为基因表达分析的内参照基因,为刺五加苷生物合成中关键酶的表达分析及调控机制研究奠定基础。 展开更多
关键词 刺五加 GAPDH基因 克隆 序列分析 内参照基因
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地黄属植物DNA条形码鉴定及地黄栽培起源研究 被引量:18
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作者 夏至 王璐静 +3 位作者 黄勇 李贺敏 张红瑞 高致明 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期648-654,共7页
目的评价DNA条形码通用序列对地黄属植物Rehmannia Libosch.ex Fisch.et Mey.的鉴定作用,探讨中药地黄R.glutinosa的栽培起源。方法对地黄属物种的ITS、psb A-trn H、rbc L和mat K序列扩增和测序,比较各序列在种内和种间变异。采用最近... 目的评价DNA条形码通用序列对地黄属植物Rehmannia Libosch.ex Fisch.et Mey.的鉴定作用,探讨中药地黄R.glutinosa的栽培起源。方法对地黄属物种的ITS、psb A-trn H、rbc L和mat K序列扩增和测序,比较各序列在种内和种间变异。采用最近距离法、相似性搜索法、构建Neighbor-Joining(NJ)系统聚类树等方法进行鉴定分析。结果对比地黄属各种的rbc L和mat K序列,结果显示rbc L序列完全一致,mat K序列同源性为99.9%~100%。ITS和psb A-trn H序列的平均种间变异均大于平均种内变异,且2条序列的种间最小变异均大于种内最大变异。在ITS系统树上,地黄的所有样品与茄叶地黄聚在一支,支持率为96%;psb A-trn H和联合树上,地黄的所有样品聚为一单系分支(支持率为55%和58%)。地黄与茄叶地黄聚在的这一分支分别与裂叶地黄和高地黄聚在一支(在ITS和联合树上支持率为55%和68%),与裂叶地黄和天目地黄聚在一支(在psb A-trn H树上支持率为80%)。ITS和联合树支持栽培地黄的3个品种与来源于河南温县、郑州、南阳和北京野生地黄居群聚在一支,支持率为51%和69%。结论叶绿体基因rbc L和mat K不适合作为条形码对地黄属进行鉴定,ITS和psb A-trn H序列可以作为中药材地黄与同属近缘种进行鉴定的条形码序列。裂叶地黄和天目地黄可能是四倍体地黄的2个亲本来源,栽培的地黄品种可能起源于河南温县区域的野生群体。 展开更多
关键词 ITS PSB A-trnH 地黄 DNA条形码 鉴定 起源
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紫苏及其变种的分子鉴定和亲缘关系研究 被引量:24
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作者 夏至 李贺敏 +2 位作者 张红瑞 李家美 高致明 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1027-1032,共6页
目的构建紫苏属种、变种之间系统发育关系,准确鉴别紫苏Perilla frutescens var.arguta、白苏P.frutescens与其他变种。方法提取紫苏、白苏及其他变种的DNA,对ITS和psbA-trnH序列扩增和测序,计算物种种内(变种内)种间(变种间)Kimura 2-p... 目的构建紫苏属种、变种之间系统发育关系,准确鉴别紫苏Perilla frutescens var.arguta、白苏P.frutescens与其他变种。方法提取紫苏、白苏及其他变种的DNA,对ITS和psbA-trnH序列扩增和测序,计算物种种内(变种内)种间(变种间)Kimura 2-parameter(K2P)遗传距离。采用最简约法(MP)和邻接法(NJ)构建分子系统树,进行系统发育和鉴定分析。结果 ITS和psbA-trnH MP系统树显示白苏和紫苏的不同地域的样本聚为一单系分支(支持率为100%和93%),紫苏与回回苏构成姐妹群分支(支持率为95%和90%),野生紫苏和耳齿紫苏构成一单系分支(支持率为100%和90%);白苏、紫苏与其他变种间的ITS和psbA-trnH序列遗传距离0.008 21~0.018 18和0.002 38~0.029 31,明显大于白苏与紫苏间遗传距离0~0.001 65和0,大于各变种内遗传距离。结论白苏和紫苏合并为一个种紫苏;紫苏与回回苏亲缘关系最近,野生紫苏与耳齿紫苏亲缘关系最近;ITS和psbA-trnH序列可以准确鉴别紫苏与其他变种。 展开更多
关键词 紫苏属 紫苏 ITS PSBA-TRNH 鉴定
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显齿蛇葡萄实时荧光定量PCR内参基因的筛选与验证 被引量:20
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作者 许明 伊恒杰 +3 位作者 赵帅 张玉文 杨志坚 郑金贵 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期1192-1198,共7页
目的筛选适用于显齿蛇葡萄Ampelopsis grossedentata实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,qRT-PCR)的内参基因。方法设计简并引物,采用RT-PCR从显齿蛇葡萄中克隆6个候选内参基因片段,包括肌动蛋白基因(Actin)、3-... 目的筛选适用于显齿蛇葡萄Ampelopsis grossedentata实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,qRT-PCR)的内参基因。方法设计简并引物,采用RT-PCR从显齿蛇葡萄中克隆6个候选内参基因片段,包括肌动蛋白基因(Actin)、3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(GAPDH)、18 S核糖体rRNA基因(18 S-rRNA)、α-微管蛋白基因(α-Tubulin)、β-微管蛋白基因(β-Tubulin)和多聚泛素酶基因(UBQ)。应用qRT-PCR技术检测这6个候选内参基因在显齿蛇葡萄不同组织器官中(茎尖、嫩叶、成熟叶、老叶、茎和根)的表达情况。借助Ge Norm、Norm Finder和Best Keeper 3种统计学软件综合评价6个内参基因的表达稳定性。通过苯丙氨酸解氨酶基因(Ag PAL)的表达分析对筛选出的内参基因进行稳定性验证。结果 18 S-rRNA、GAPDH和Actin的表达稳定性较好,适合作为显齿蛇葡萄不同组织基因表达研究的内参基因,以这3个基因为内参基因分析Ag PAL基因的相对表达量,结果发现它们在各组织器官中的表达变化趋势基本一致。结论确定显齿蛇葡萄qRT-PCR分析的合适内参基因,为后续相关基因表达研究奠定基础。 展开更多
关键词 显齿蛇葡萄 实时定量PCR 内参基因 看家基因 肌动蛋白基因 3-磷酸甘油醛脱氢酶基因 18 S核糖体rRNA基因 α-微管蛋白基因 β-微管蛋白基因 多聚泛素酶基因
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千斤拔属药用植物DNA条形码鉴定研究 被引量:22
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作者 张忠廉 宋美芳 +4 位作者 李海涛 管燕红 牛迎凤 马小军 张丽霞 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期118-122,共5页
目的筛选一种可准确、高效鉴别千斤拔属Flemingia Roxb.ex Ait.et Ait.f.药用植物的DNA条形码序列。方法对4种14份千斤拔属药用植物的ITS2、rbc L、psb A-trn H序列进行扩增和测序,同时查找NCBI数据库中千斤拔属植物的相应序列,共计7种2... 目的筛选一种可准确、高效鉴别千斤拔属Flemingia Roxb.ex Ait.et Ait.f.药用植物的DNA条形码序列。方法对4种14份千斤拔属药用植物的ITS2、rbc L、psb A-trn H序列进行扩增和测序,同时查找NCBI数据库中千斤拔属植物的相应序列,共计7种20份,比较不同序列的扩增效率及测序成功率,并对其进行种内、种间变异分析,barcoding gap检验及NJ聚类图分析,以评估不同序列对千斤拔属植物的物种鉴别能力。结果测序成功率方面,ITS2与rbc L序列对所分析样品的测序成功率为100%,psb A-trn H的测序成功率为85.71%;3条序列中,只有ITS2在barcoding gap检验中具有显著gap;从NJ聚类图来看,ITS2可明显区分千斤拔属植物的不同物种(除F.philippinensis与F.stricta外)。结论 ITS2序列能准确鉴别千斤拔属药用植物,可作为千斤拔药材基原植物鉴定的条形码序列。 展开更多
关键词 千斤拔属 DNA条形码 ITS2 RBCL PSBA-TRNH
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