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广西莪术萜类合酶基因CkTPS及其启动子克隆与表达分析
1
作者 谢月英 姚李祥 +5 位作者 卢海 熊峥 潘春柳 黄雪彦 余丽莹 周芸伊 《中国现代中药》 2025年第11期2038-2046,共9页
目的:克隆广西莪术Curcuma kwangsiensis S.G.Lee et C.F.Liang萜类合酶(TPS)同源基因及其启动子序列并分析其表达特征。方法:通过逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)分别克隆广西莪术TPS基因CkTPS和启动子序列,并利用多种生物信息学工具对... 目的:克隆广西莪术Curcuma kwangsiensis S.G.Lee et C.F.Liang萜类合酶(TPS)同源基因及其启动子序列并分析其表达特征。方法:通过逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)分别克隆广西莪术TPS基因CkTPS和启动子序列,并利用多种生物信息学工具对其理化性质、蛋白质结构及其保守结构域、启动子顺式作用元件进行分析预测。利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析广西莪术不同发育时期和外源茉莉酸甲酯(MeJA)处理下的CkTPS基因的组织表达模式。结果:CkTPS基因开放阅读框为1650 bp,编码549个氨基酸,蛋白质大小为63.72 kDa,蛋白质理论等电点为5.25,脂肪系数为94.46,属于不稳定、无跨膜区域和亲水性蛋白。CkTPS蛋白质含有TPS保守结构序列DDXD和NSE/DTE,与姜科植物温郁金、莪术、生姜及红球姜的TPS同源性达到99%,并聚类为一支。启动子克隆得到启动子长度为1807 bp,含有TATA-box、CAAT-box、CGTCA-motif、G-box等元件。CkTPS在广西莪术不同发育时期的组织部位相对表达量存在显著差异,其在块根和根茎中表达量显著高于叶和叶柄;MeJA处理后CkTPS在不同组织中的表达量均显著上调。结论:CkTPS基因参与广西莪术萜类化合物的生物合成调控过程,且该过程可能受MeJA诱导。 展开更多
关键词 广西莪术 萜类合酶 生物信息学分析 启动子元件分析 表达分析
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刺五加PsbP基因的鉴定、适应性进化及分子动力学模拟
2
作者 焦孟赢 李畅 +5 位作者 赵雪颖 马嘉程 崔亚奇 刘鹏 刘颖硕 邢朝斌 《中草药》 北大核心 2025年第1期248-258,共11页
目的筛选刺五加Eleutherococcus senticosus中的PsbP基因(EsPsbP基因),分析其进化特征,研究EsPsbP蛋白与PsbQ蛋白的结合方式,探究其在不同光照下的表达量。方法根据刺五加基因组数据筛选得到EsPsbP基因,并对其进行生物信息学、适应性进... 目的筛选刺五加Eleutherococcus senticosus中的PsbP基因(EsPsbP基因),分析其进化特征,研究EsPsbP蛋白与PsbQ蛋白的结合方式,探究其在不同光照下的表达量。方法根据刺五加基因组数据筛选得到EsPsbP基因,并对其进行生物信息学、适应性进化分析和分子动力学模拟,根据转录组测序结果探究EsPsbP在不同光照下的表达量。结果共筛选得到了16个EsPsbP基因并将其分为了A~I共9组。在刺五加种内与刺五加和龙牙楤木Aralia elata间共得到了21对共线性基因对,并且基因对的Ka/Ks均小于1。EsPsbP基因没有正选择位点。EsPsbP基因启动子中存在大量光响应元件、激素响应元件和干旱响应元件。分子动力学模拟发现PsbQ蛋白优先与A组的EsPsbP蛋白进行结合。转录组数据显示,不同光质照射后,有9个EsPsbP产生了差异表达。结论刺五加的16条EsPsbP基因在进化中主要受到纯净选择,这有助于维持基因的稳定性。基因结构特征的分化可能导致EsPsbP与PsbQ蛋白结合能力及对光质变化反应的差异,这些特性可能与刺五加的生理适应及药材品质形成相关,为进一步研究其功能奠定了基础。 展开更多
关键词 刺五加 PsbP基因 适应性进化 分子对接 分子动力学模拟
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野三七转录组中SSR位点信息分析及其多态性研究 被引量：63
3
作者 李翠婷 张广辉 +3 位作者 马春花 孟珍贵 陈军文 杨生超 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期1468-1472,共5页
目的分析野三七Panax vietnamensis var.fuscidiscus(PVF)转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为野三七分子标记辅助育种提供有力工具。方法利用MISA工具筛选了野三七转录组测序获得的126 758条unigenes,对其SSR位... 目的分析野三七Panax vietnamensis var.fuscidiscus(PVF)转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为野三七分子标记辅助育种提供有力工具。方法利用MISA工具筛选了野三七转录组测序获得的126 758条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析;在此基础上利用Primer3设计SSR引物,并随机选择30对SSR引物对13株不同来源的野三七进行多态性扩增分析。结果在野三七的转录组中,共搜索到21 320个SSRs,分布于17 780条unigenes,SSR位点出现频率为16.82%。SSRs位点中二核苷酸重复是主要类型,占总SSRs的52.52%;其次是三核苷酸重复基序(28.08%)。SSRs所包含的重复基元中,二核苷酸重复基元AG/CT和AT/AT是优势重复基元类型,占总SSRs的46.25%。利用Primer3共设计出39 336对SSR引物。随机选择30对引物进行PCR扩增,其中29对(96.67%)扩增出清晰、可重复的条带,15对(50.00%)扩增条带表现出多态性。利用UPGMA作图,将13个材料分为2类。结论野三七转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记。 展开更多
关键词 野三七 转录组 SSR信息 多态性 遗传多样性
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Illumina高通量测序揭示黄连根腐根际土壤真菌群落组成及多样性 被引量：40
4
作者 宋旭红 谭均 +2 位作者 李隆云 王钰 伍晓丽 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2018年第22期5396-5403,共8页
目的对黄连根腐病病株及健株根际土壤真菌种群组成、丰富度及多样性进行分析。方法利用Illumina高通量测序技术来分析黄连根腐病病株及健株根际土壤真菌种群组成、丰度和多样性。用Spearman分析土壤理化性质和土壤真菌丰富度前35个属的... 目的对黄连根腐病病株及健株根际土壤真菌种群组成、丰富度及多样性进行分析。方法利用Illumina高通量测序技术来分析黄连根腐病病株及健株根际土壤真菌种群组成、丰度和多样性。用Spearman分析土壤理化性质和土壤真菌丰富度前35个属的相关性进行分析。结果高通量测序共获得106 267个有效标签(effective tags),主要分为子囊菌门、接合菌门、担子菌门、球囊菌门、壶菌门和Neocallimastigomycota。健株和病株土样真菌种群多样性差异不显著。病株土样中,子囊菌门、担子菌门和壶菌门的相对丰度显著高于健株土壤;而接合菌门、球囊菌门和Neocallimastigomycota在病株土样的相对丰度则显著低于健株土样。在属水平上,病株土壤中镰刀菌属的相对丰度显著高于健株土样。Spearman分析结果表明,镰刀菌属与pH值和速效磷的含量呈显著正相关,与碱解氮的含量呈显著负相关。结论土壤理化性质的改变与土壤真菌多样性变化相关。 展开更多
关键词 黄连 根际土 黄连根腐病 真菌种群组成 种群多样性 丰度
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不同产地石斛属种质资源的ISSR遗传多样性分析 被引量：50
5
作者 卢家仕 卜朝阳 +3 位作者 吕维莉 苏建睦 黄昌艳 李春牛 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期96-100,共5页
目的对24份不同产地石斛属样品的遗传多样性和亲缘关系进行分析。方法采用ISSR分子标记技术和非加权平均距离法(UPGMA)对24份石斛属样品进行遗传多样性和聚类分析。结果从100条ISSR引物中共筛选出6条多态性稳定、清晰的引物,24份石斛样... 目的对24份不同产地石斛属样品的遗传多样性和亲缘关系进行分析。方法采用ISSR分子标记技术和非加权平均距离法(UPGMA)对24份石斛属样品进行遗传多样性和聚类分析。结果从100条ISSR引物中共筛选出6条多态性稳定、清晰的引物,24份石斛样品共扩增出847个DNA片段,平均每个引物扩增出141个DNA片段,其多态性为100%。结论 24份不同产地石斛样品被划分为6个类群,遗传多样性非常丰富。 展开更多
关键词 石斛属 种质资源 ISSR分子标记 遗传多样性 亲缘关系
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ITS和psbA-trnH序列鉴别绿绒蒿属藏药植物 被引量：17
6
作者 倪梁红 赵志礼 +2 位作者 孟千万 嘎务 米玛 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期541-545,共5页
目的应用核基因ITS和叶绿体psbA-trnH序列对绿绒蒿属Meconopsis Vig.藏药进行鉴别。方法采集欧贝()3种基原植物罂粟科绿绒蒿属毛瓣绿绒蒿Meconopsis torquata、红花绿绒蒿Meconopsis punicea、全缘叶绿绒蒿Meconopsis integrifolia,才温... 目的应用核基因ITS和叶绿体psbA-trnH序列对绿绒蒿属Meconopsis Vig.藏药进行鉴别。方法采集欧贝()3种基原植物罂粟科绿绒蒿属毛瓣绿绒蒿Meconopsis torquata、红花绿绒蒿Meconopsis punicea、全缘叶绿绒蒿Meconopsis integrifolia,才温()2种基原植物罂粟科绿绒蒿属总状绿绒蒿Meconopsis racemosa、多刺绿绒蒿Meconopsis horridula,对植物核糖体DNA内转录间隔区、叶绿体psbA-trnH非编码区序列进行测定与分析。结果 ITS序列分析显示,总状绿绒蒿与多刺绿绒蒿序列一致,其余任意两种间具有变异位点;psbA-trnH序列分析显示,任意两种间均有变异位点;两者结合可有效对所有5种植物进行区分鉴定。结论 ITS和psbA-trnH序列相结合可用于绿绒蒿属藏药欧贝和才温的分子鉴定。 展开更多
关键词 ITS PSBA-TRNH 藏药 绿绒蒿属 欧贝 才温 毛瓣绿绒蒿 红花绿绒蒿 全缘叶绿绒蒿 总状绿绒蒿 多刺绿绒蒿
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西洋参不同器官中皂苷量与鲨烯合成酶和鲨烯环氧酶基因表达的相关性 被引量：26
7
作者 蒋世翠 刘伟灿 +3 位作者 王义 孙春玉 李校堃 张美萍 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期579-584,共6页
目的探讨西洋参不同组织器官中总皂苷和单体皂苷量的差异及其与人参皂苷合成途径中鲨烯合成酶(SQS)和鲨烯环氧酶(SQE)基因表达量之间的关系。方法以4年生西洋参的14个组织器官为材料,索氏回流法提取总皂苷,采用HPLC法测定6种单体皂苷(... 目的探讨西洋参不同组织器官中总皂苷和单体皂苷量的差异及其与人参皂苷合成途径中鲨烯合成酶(SQS)和鲨烯环氧酶(SQE)基因表达量之间的关系。方法以4年生西洋参的14个组织器官为材料,索氏回流法提取总皂苷,采用HPLC法测定6种单体皂苷(人参皂苷Rg1、Re、Rb1、Rc、Rb2和Rd)的量,用香草醛-硫酸比色法测定总皂苷量。通过实时荧光定量PCR分析SQS和SQE基因在西洋参14个组织器官中的表达量。结果总皂苷和单体皂苷量在西洋参不同组织器官中差异非常显著(P<0.01)。除人参皂苷Rb2外,各单体皂苷及总皂苷之间均呈非常显著的正相关关系(P<0.01)。SQS和SQE基因在14个组织器官中的表达量具有非常显著的差异(P<0.01)并与人参皂苷Re、Rg1、Rb1、Rd和总皂苷量之间有显著的正相关关系(P<0.05)。结论西洋参不同组织器官中皂苷的量存在差异,SQS和SQE基因在人参皂苷合成途径中起着极其重要的作用。 展开更多
关键词 西洋参 人参皂苷 实时荧光定量PCR 基因表达 鲨烯合成酶 鲨烯环氧酶
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栽培太子参的遗传多样性与质量分析 被引量：25
8
作者 肖承鸿 周涛 +4 位作者 江维克 艾强 杨昌贵 熊厚溪 廖明武 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期1319-1325,共7页
目的对栽培太子参的遗传多样性与药材质量进行综合评价,为合理利用太子参种质资源及优良品种选育提供理论依据。方法采用ISSR分子标记分析太子参12个栽培种源的遗传多样性,HPLC法测定各种源药材中太子参环肽B的量。结果 10条ISSR引物扩... 目的对栽培太子参的遗传多样性与药材质量进行综合评价,为合理利用太子参种质资源及优良品种选育提供理论依据。方法采用ISSR分子标记分析太子参12个栽培种源的遗传多样性,HPLC法测定各种源药材中太子参环肽B的量。结果 10条ISSR引物扩增出82条带,其中多态性条带73条,多态位点百分率(PPL)为89.02%。Nei’s遗传多样性指数(H)平均值为0.257 9,Shannon’s多态性指数(I)平均值为0.388 4,遗传分化系数(Gst)为0.274 1,种源间基因流(Nm)为1.323 8。基于遗传一致度,12个种源可聚为3类。12个种源间及种源内个体中的太子参环肽B量差异明显,种源4的变异系数(9.51%)较小,且太子参环肽B量(0.049 4%)明显高于其他种源。结论栽培太子参各产地间的换种及其生物学特性是其遗传多样性水平丰富的主要原因;综合考虑遗传多样性水平和太子参环肽B的量,种源3和4种质较为优良,可作为太子参种质资源保存及品种选育的对象。 展开更多
关键词 太子参 种质资源 遗传多样性 遗传分化系数 Shannon’s多态性指数 基因流
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鱼腥草转录组SSR位点信息分析及其多态性研究 被引量：29
9
作者 黎晓英 刘胜贵 +5 位作者 王丹 黄豪兰 龙强 蒋玉红 郭文博 魏麟 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期1762-1767,共6页
目的分析鱼腥草Houttuynia cordata转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为鱼腥草分子标记辅助育种提供有力工具。方法利用MISA工具筛选了鱼腥草转录组测序获得的63 954条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析;在此... 目的分析鱼腥草Houttuynia cordata转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为鱼腥草分子标记辅助育种提供有力工具。方法利用MISA工具筛选了鱼腥草转录组测序获得的63 954条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析;在此基础上利用Primer 3设计SSR引物,并随机选择50对SSR引物对16株不同来源的鱼腥草进行多态性扩增分析。结果在鱼腥草的转录组中,共搜索到4 800个SSRs,分布于4 413条unigenes,SSR位点出现频率为7.51%。SSRs位点中三核苷酸重复是主要类型,占总SSRs的41.54%;其次是单核苷酸重复基序(占27.35%)。SSRs所包含的重复基元中,单核苷酸重复基元A/T是优势重复基元类型,占总SSRs的27.0%。利用Primer3共设计出3 068对SSR引物。随机选择50对引物进行PCR扩增,其中43对(86.0%)扩增出清晰、可重复的条带,且表现出多态性。利用UPGMA作图,将16个样品分为2类。结论鱼腥草转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为其遗传多样性分析和遗传图谱构建奠定基础。 展开更多
关键词 鱼腥草 转录组 SSR信息 多态性 引物
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刺五加GAPDH基因的克隆及序列分析 被引量：25
10
作者 邢朝斌 吴鹏 +2 位作者 陈龙 梁能松 何闪 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期155-158,共4页
目的对刺五加Eleutherococcus senticosus GAPDH基因进行克隆及序列分析,使其成为可用的内参照基因。方法采用改良的异硫氰酸胍法提取刺五加总RNA,运用RT-PCR法克隆GAPDH基因的部分序列,并以其为内参照基因进行半定量PCR。结果克隆了长... 目的对刺五加Eleutherococcus senticosus GAPDH基因进行克隆及序列分析,使其成为可用的内参照基因。方法采用改良的异硫氰酸胍法提取刺五加总RNA,运用RT-PCR法克隆GAPDH基因的部分序列,并以其为内参照基因进行半定量PCR。结果克隆了长度为627 bp的刺五加GAPDH基因,推测其编码209个氨基酸,与三七、人参、拟南芥的GAPDH氨基酸序列同源性分别为97%、93%、93%,核苷酸同源性分别为94%、86%、84%。其作为内参照基因的半定量PCR具有良好的扩增效果和重现性。结论首次分离并克隆了刺五加GAPDH cDNA,证实该序列可以作为基因表达分析的内参照基因,为刺五加苷生物合成中关键酶的表达分析及调控机制研究奠定基础。 展开更多
关键词 刺五加 GAPDH基因 克隆 序列分析 内参照基因
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地黄属植物DNA条形码鉴定及地黄栽培起源研究 被引量：18
11
作者 夏至 王璐静 +3 位作者 黄勇 李贺敏 张红瑞 高致明 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期648-654,共7页
目的评价DNA条形码通用序列对地黄属植物Rehmannia Libosch.ex Fisch.et Mey.的鉴定作用,探讨中药地黄R.glutinosa的栽培起源。方法对地黄属物种的ITS、psb A-trn H、rbc L和mat K序列扩增和测序,比较各序列在种内和种间变异。采用最近... 目的评价DNA条形码通用序列对地黄属植物Rehmannia Libosch.ex Fisch.et Mey.的鉴定作用,探讨中药地黄R.glutinosa的栽培起源。方法对地黄属物种的ITS、psb A-trn H、rbc L和mat K序列扩增和测序,比较各序列在种内和种间变异。采用最近距离法、相似性搜索法、构建Neighbor-Joining（NJ）系统聚类树等方法进行鉴定分析。结果对比地黄属各种的rbc L和mat K序列,结果显示rbc L序列完全一致,mat K序列同源性为99.9%~100%。ITS和psb A-trn H序列的平均种间变异均大于平均种内变异,且2条序列的种间最小变异均大于种内最大变异。在ITS系统树上,地黄的所有样品与茄叶地黄聚在一支,支持率为96%;psb A-trn H和联合树上,地黄的所有样品聚为一单系分支（支持率为55%和58%）。地黄与茄叶地黄聚在的这一分支分别与裂叶地黄和高地黄聚在一支（在ITS和联合树上支持率为55%和68%）,与裂叶地黄和天目地黄聚在一支（在psb A-trn H树上支持率为80%）。ITS和联合树支持栽培地黄的3个品种与来源于河南温县、郑州、南阳和北京野生地黄居群聚在一支,支持率为51%和69%。结论叶绿体基因rbc L和mat K不适合作为条形码对地黄属进行鉴定,ITS和psb A-trn H序列可以作为中药材地黄与同属近缘种进行鉴定的条形码序列。裂叶地黄和天目地黄可能是四倍体地黄的2个亲本来源,栽培的地黄品种可能起源于河南温县区域的野生群体。 展开更多
关键词 ITS PSB A-trnH 地黄 DNA条形码 鉴定 起源
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紫苏及其变种的分子鉴定和亲缘关系研究 被引量：24
12
作者 夏至 李贺敏 +2 位作者 张红瑞 李家美 高致明 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1027-1032,共6页
目的构建紫苏属种、变种之间系统发育关系,准确鉴别紫苏Perilla frutescens var.arguta、白苏P.frutescens与其他变种。方法提取紫苏、白苏及其他变种的DNA,对ITS和psbA-trnH序列扩增和测序,计算物种种内(变种内)种间(变种间)Kimura 2-p... 目的构建紫苏属种、变种之间系统发育关系,准确鉴别紫苏Perilla frutescens var.arguta、白苏P.frutescens与其他变种。方法提取紫苏、白苏及其他变种的DNA,对ITS和psbA-trnH序列扩增和测序,计算物种种内(变种内)种间(变种间)Kimura 2-parameter(K2P)遗传距离。采用最简约法(MP)和邻接法(NJ)构建分子系统树,进行系统发育和鉴定分析。结果 ITS和psbA-trnH MP系统树显示白苏和紫苏的不同地域的样本聚为一单系分支(支持率为100%和93%),紫苏与回回苏构成姐妹群分支(支持率为95%和90%),野生紫苏和耳齿紫苏构成一单系分支(支持率为100%和90%);白苏、紫苏与其他变种间的ITS和psbA-trnH序列遗传距离0.008 21～0.018 18和0.002 38～0.029 31,明显大于白苏与紫苏间遗传距离0～0.001 65和0,大于各变种内遗传距离。结论白苏和紫苏合并为一个种紫苏;紫苏与回回苏亲缘关系最近,野生紫苏与耳齿紫苏亲缘关系最近;ITS和psbA-trnH序列可以准确鉴别紫苏与其他变种。 展开更多
关键词 紫苏属 紫苏 ITS PSBA-TRNH 鉴定
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显齿蛇葡萄实时荧光定量PCR内参基因的筛选与验证 被引量：20
13
作者 许明 伊恒杰 +3 位作者 赵帅 张玉文 杨志坚 郑金贵 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期1192-1198,共7页
目的筛选适用于显齿蛇葡萄Ampelopsis grossedentata实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,qRT-PCR)的内参基因。方法设计简并引物,采用RT-PCR从显齿蛇葡萄中克隆6个候选内参基因片段,包括肌动蛋白基因(Actin)、3-... 目的筛选适用于显齿蛇葡萄Ampelopsis grossedentata实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,qRT-PCR)的内参基因。方法设计简并引物,采用RT-PCR从显齿蛇葡萄中克隆6个候选内参基因片段,包括肌动蛋白基因(Actin)、3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(GAPDH)、18 S核糖体rRNA基因(18 S-rRNA)、α-微管蛋白基因(α-Tubulin)、β-微管蛋白基因(β-Tubulin)和多聚泛素酶基因(UBQ)。应用qRT-PCR技术检测这6个候选内参基因在显齿蛇葡萄不同组织器官中(茎尖、嫩叶、成熟叶、老叶、茎和根)的表达情况。借助Ge Norm、Norm Finder和Best Keeper 3种统计学软件综合评价6个内参基因的表达稳定性。通过苯丙氨酸解氨酶基因(Ag PAL)的表达分析对筛选出的内参基因进行稳定性验证。结果 18 S-rRNA、GAPDH和Actin的表达稳定性较好,适合作为显齿蛇葡萄不同组织基因表达研究的内参基因,以这3个基因为内参基因分析Ag PAL基因的相对表达量,结果发现它们在各组织器官中的表达变化趋势基本一致。结论确定显齿蛇葡萄qRT-PCR分析的合适内参基因,为后续相关基因表达研究奠定基础。 展开更多
关键词 显齿蛇葡萄 实时定量PCR 内参基因 看家基因 肌动蛋白基因 3-磷酸甘油醛脱氢酶基因 18 S核糖体rRNA基因 α-微管蛋白基因 β-微管蛋白基因 多聚泛素酶基因
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千斤拔属药用植物DNA条形码鉴定研究 被引量：22
14
作者 张忠廉 宋美芳 +4 位作者 李海涛 管燕红 牛迎凤 马小军 张丽霞 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期118-122,共5页
目的筛选一种可准确、高效鉴别千斤拔属Flemingia Roxb.ex Ait.et Ait.f.药用植物的DNA条形码序列。方法对4种14份千斤拔属药用植物的ITS2、rbc L、psb A-trn H序列进行扩增和测序,同时查找NCBI数据库中千斤拔属植物的相应序列,共计7种2... 目的筛选一种可准确、高效鉴别千斤拔属Flemingia Roxb.ex Ait.et Ait.f.药用植物的DNA条形码序列。方法对4种14份千斤拔属药用植物的ITS2、rbc L、psb A-trn H序列进行扩增和测序,同时查找NCBI数据库中千斤拔属植物的相应序列,共计7种20份,比较不同序列的扩增效率及测序成功率,并对其进行种内、种间变异分析,barcoding gap检验及NJ聚类图分析,以评估不同序列对千斤拔属植物的物种鉴别能力。结果测序成功率方面,ITS2与rbc L序列对所分析样品的测序成功率为100%,psb A-trn H的测序成功率为85.71%;3条序列中,只有ITS2在barcoding gap检验中具有显著gap;从NJ聚类图来看,ITS2可明显区分千斤拔属植物的不同物种(除F.philippinensis与F.stricta外)。结论 ITS2序列能准确鉴别千斤拔属药用植物,可作为千斤拔药材基原植物鉴定的条形码序列。 展开更多
关键词 千斤拔属 DNA条形码 ITS2 RBCL PSBA-TRNH
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DNA条形码序列对9种蒿属药用植物的鉴定 被引量：31
15
作者 刘美子 宋经元 +3 位作者 罗焜 林余霖 刘萍 姚辉 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期1393-1397,共5页
目的采用DNA条形码序列对9种常见的蒿属药用植物进行鉴定,为常见蒿属药用植物的鉴定提供分子依据。方法对9种常见蒿属药用植物的4条候选DNA条形码序列(ITS2、rbcL、matK、psbA-trnH)进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增和测序效率,应用B... 目的采用DNA条形码序列对9种常见的蒿属药用植物进行鉴定,为常见蒿属药用植物的鉴定提供分子依据。方法对9种常见蒿属药用植物的4条候选DNA条形码序列(ITS2、rbcL、matK、psbA-trnH)进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增和测序效率,应用BLAST1、Distance方法来评估各序列的鉴定效率。此外,基于MEGA5分析9种常见蒿属药用植物ITS2序列种间K2P遗传距离并构建NJ树。结果除matK外,其余3条片段的PCR扩增和测序效率均为100%,ITS2序列对9种蒿属药用植物的物种水平鉴定成功率最高,为100%,而psbA-trnH、rbcL、matK、matK+rbcL的鉴定成功率(BLAST1法)分别为83.3%、66.7%、54.5%、75%。通过ITS2序列的种间K2P遗传距离及NJ树均能将不同物种全部区分。结论 ITS2序列可以作为鉴定蒿属药用植物的潜在条形码。 展开更多
关键词 蒿属:DNA条形码 ITS2 PCR扩增 遗传距离
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植物萜类物质生物合成的相关转录因子及其应用前景 被引量：19
16
作者 赵恒伟 葛锋 +2 位作者 孙颖 刘迪秋 陈朝银 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期2512-2519,共8页
植物萜类化合物具有很高的经济价值和药用价值。近年来,开始利用转录因子来提高萜类次生代谢物的产量。转录因子在萜类次生代谢生物合成中起着重要的作用,通过与结构基因的结合,转录因子可激活次生代谢合成途径中多个基因协同表达,从而... 植物萜类化合物具有很高的经济价值和药用价值。近年来,开始利用转录因子来提高萜类次生代谢物的产量。转录因子在萜类次生代谢生物合成中起着重要的作用,通过与结构基因的结合,转录因子可激活次生代谢合成途径中多个基因协同表达,从而有效启动次生代谢途径;转录因子还可激活不同植物中相似萜类次生代谢合成基因的表达,将从特定植物中分离出来的转录因子基因在不同植物中进行遗传转化,可以有效提高转基因植物中萜类物质的量。因此,转录因子的应用是萜类次生代谢基因工程中的一个新方向,已显示出广泛的应用前景。介绍了萜类次生代谢途径相关的重要转录因子:AP2/ERF、WRKY、bZCT、bHLH及其在萜类生物合成遗传改良中的研究进展。 展开更多
关键词 萜类 转录因子 AP2 ERF WRKY 次生代谢
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茯苓转录组SSR序列特征及其基因功能分析 被引量：23
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作者 何海 郭继云 +3 位作者 马毅平 周梦春 王沫 舒少华 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2015年第23期3558-3563,共6页
目的分析茯苓转录组中简单重复序列(SSR)信息,以及含SSR的基因功能,为开发茯苓新型分子标记奠定基础。方法利用MISA软件搜索转录组Unigene及基因组scaffold中SSR,对含SSR的Unigene使用Blast X比对nr及KEGG数据库,注释其功能,并聚类分析... 目的分析茯苓转录组中简单重复序列(SSR)信息,以及含SSR的基因功能,为开发茯苓新型分子标记奠定基础。方法利用MISA软件搜索转录组Unigene及基因组scaffold中SSR,对含SSR的Unigene使用Blast X比对nr及KEGG数据库,注释其功能,并聚类分析。结果在转录组序列中发现4.57%的Unigene序列含有2 075个SSR,平均17 010条Unigene出现1个SSR,SSR的平均长度19.59 bp;而基因组中SSR的平均密度54.00个/Mb,平均长度20.74 bp。在转录组中发现的241种碱基重复模式中,以(CG/CG)n比例最高(10.97%);以六核苷酸类重复数量最多(35.64%),以(ACCACG/CGTGGT)14最长(84 bp)。在1 887条含SSR的Unigene中,115条能被基因本体(GO)分类注释到细胞代谢进程、核酸结合等;1 223条Unigene能被注释到219个KEGG通路图中,其中314条注释到新陈代谢,297条注释到遗传信息处理。结论茯苓转录组SSR的类型丰富、多态性潜能较高,关联功能相关基因的SSR开发对茯苓目的性状的分子标记辅助育种具有巨大潜力。 展开更多
关键词 茯苓 SSR 转录组 生物信息 功能关联
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丹参柯巴基焦磷酸合酶的生物信息学分析 被引量：17
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作者 李卿 邸鹏 +2 位作者 陆文铨 张磊 陈万生 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期887-894,共8页
目的分析丹参柯巴基焦磷酸合酶(CPS)的氨基酸序列特征,并与其他植物进行比较,为丹参CPS蛋白的后续研究提供有利参考。方法利用生物信息学方法,以丹参为主,对13科16种植物的18条CPS蛋白序列进行了序列组成、生化特性、导肽、信号肽、跨... 目的分析丹参柯巴基焦磷酸合酶(CPS)的氨基酸序列特征,并与其他植物进行比较,为丹参CPS蛋白的后续研究提供有利参考。方法利用生物信息学方法,以丹参为主,对13科16种植物的18条CPS蛋白序列进行了序列组成、生化特性、导肽、信号肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级、三级结构及功能域等预测分析,并进行了丹参CPS蛋白序列与其他植物的同源比对以及系统进化树构建。结果 CPS蛋白氨基酸残基数集中在730以上;相对分子质量91 610左右;平均理论等电点5.87,提示CPS为酸性蛋白。序列结构预测结果显示,CPS蛋白具有明显的疏水区和亲水区,不存在信号肽,不具有跨膜结构域,可能有叶绿体转运肽。蛋白质二级结构中最主要的结构元件是α-螺旋和无规则卷曲。蛋白同源性比对结果显示,丹参CPS与同科植物迷迭香和玄参科植物野甘草的同源性最高。结论对丹参等植物的CPS蛋白进行了详细的生物信息学分析,可为今后深入研究该酶的结构特征和功能提供参考。 展开更多
关键词 丹参 柯巴基焦磷酸合酶(CPS) 生物信息学 一级结构 二级结构 三级结构
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黄芩及其同属近缘种的DNA条形码鉴定研究 被引量：26
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作者 夏至 冯翠元 +2 位作者 高致明 李贺敏 张红瑞 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期107-112,共6页
目的利用DNA条形码鉴定技术，快速、准确地鉴别黄芩及其同属近缘种（易混品）。方法提取黄芩及其同属近缘种的DNA，对ITS和psbA．trnH序列扩增和测序，计算物种种内种间Kimura2-parameter（K2P）遗传距离。采用相似性搜索法、最近距离... 目的利用DNA条形码鉴定技术，快速、准确地鉴别黄芩及其同属近缘种（易混品）。方法提取黄芩及其同属近缘种的DNA，对ITS和psbA．trnH序列扩增和测序，计算物种种内种间Kimura2-parameter（K2P）遗传距离。采用相似性搜索法、最近距离法、构建Neighbor-joining（NJ）系统聚类树等方法进行鉴定分析。结果黄芩及其同属近缘种种间的ITS和psbA-trnH’序列的遗传距离为0．06797～0．08880和0．05061～0．05737，明显大于黄芩种内的遗传距离0～0．00640和0～0．00311。ITS和psbA．trnH分子系统树显示，黄芩8个居群个体均聚为一单系分支，支持率均为100％，与其5个同属近缘种很好地区分开。3种鉴定方法表明，ITS和psbA．trnH序列适合鉴别黄芩及其同属近缘种。结论ITS和psbA．trnH序列可以有效准确鉴别中药材黄芩及其近缘种。 展开更多
关键词 DNA条形码 ITS PSBA-TRNH 黄芩 同属近缘种 鉴定.
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川续断种质资源遗传多样性的SRAP分析 被引量：19
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作者 艾强 周涛 +4 位作者 江维克 袁媛 肖承鸿 熊厚溪 贺勇 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2013年第15期2155-2159,共5页
目的开展川续断种质资源的遗传多样性研究,为合理利用川续断种质资源提供理论依据。方法运用SRAP分子标记方法对川黔境内川续断的遗传多样性进行分析。结果 10对引物共检测到124个位点,其中102个位点具有多态性,多态位点百分率(PPL)为82... 目的开展川续断种质资源的遗传多样性研究,为合理利用川续断种质资源提供理论依据。方法运用SRAP分子标记方法对川黔境内川续断的遗传多样性进行分析。结果 10对引物共检测到124个位点,其中102个位点具有多态性,多态位点百分率(PPL)为82.26%。川续断总的Nei’s基因多样性指数(H)为0.280 0,Shannon’s多态性信息指数(I)为0.435 3;居群水平上川续断的PPL为53.92%,H为0.121 2～0.244 0、I为0.179 6～0.361 1,其中5个高海拔、小生境特征的居群遗传多样性指标较高。居群间的基因分化系数Gst为0.293 0,基因流(Nm)为1.206 4。基于遗传相似度,14个居群可聚为3类。结论川续断居群的遗传多样性水平丰富,遗传变异主要存在居群内,地理位置(海拔)和气候是川续断居群遗传多样性较高的影响因素,而地理隔离(小生境)是造成居群内遗传变异高于居群间的另一因素。 展开更多
关键词 川续断 种质资源 遗传多样性 居群 SRAP
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