目的:基于网络药理学和分子对接技术探究黄芩-蔓荆子配伍治疗胃溃疡(gastric ulcer,GU)的潜在作用机制。方法:在中药系统药理学(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、本草组鉴(a...目的:基于网络药理学和分子对接技术探究黄芩-蔓荆子配伍治疗胃溃疡(gastric ulcer,GU)的潜在作用机制。方法:在中药系统药理学(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、本草组鉴(a High-Throughput Experiment-and-Reference-Guided Database of Traditional Chinese Medicine,HERB)数据库检索黄芩、蔓荆子的有效活性成分,筛选与GU相关疾病靶点,同时运用人类在线孟德尔遗传数据库(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)、人类基因数据库(Genecards Human Gene Database,GeneCards)和靶点数据库(Therapeutic Target Database,TTD)加以补充,通过基因、蛋白质相互作用关系检索工具(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins,STRING)、韦恩2.1.0(Venny 2.1.0)平台筛选出关键靶点,并构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,借助Cytoscape 3.9.1呈现网络分析。采用基因功能注释与集成分析数据库(Dateabase for Annotation,Visualization and Integrated Discovery,DAVID)进行共同靶点的基因本体(gene ontology,GO)功能和京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,使用AutoDock 1.5.7及PyMoL 2.4.0进行分子对接。结果:黄芩-蔓荆子共包含62个有效成分,作用于125个共同靶点。经PPI网络筛选确定了肿瘤抑制蛋白p53(tumor protein P53,TP53),丝氨酸/苏氨酸激酶1(v-akt murine thymoma viral oncogene homolog 1,AKT1)等关键靶点。GO功能富集分析了723个条目,涉及基因表达的正调控和药物反应等过程、细胞外间隙和细胞外区等成分,涵盖酶结合和相同蛋白质结合等功能。KEGG通路共138个条目,涉及癌症途径等多条信号通路。分子对接结果显示,活性成分与关键靶点之间具有显著的结合能力。结论:黄芩-蔓荆子中的槲皮素、木犀草素等活性成分可能通过炎症、抗氧化、黏膜修复相关的多条通路,在治疗GU中起着重要作用。展开更多
文摘目的:基于网络药理学和分子对接技术探究黄芩-蔓荆子配伍治疗胃溃疡(gastric ulcer,GU)的潜在作用机制。方法:在中药系统药理学(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、本草组鉴(a High-Throughput Experiment-and-Reference-Guided Database of Traditional Chinese Medicine,HERB)数据库检索黄芩、蔓荆子的有效活性成分,筛选与GU相关疾病靶点,同时运用人类在线孟德尔遗传数据库(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)、人类基因数据库(Genecards Human Gene Database,GeneCards)和靶点数据库(Therapeutic Target Database,TTD)加以补充,通过基因、蛋白质相互作用关系检索工具(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins,STRING)、韦恩2.1.0(Venny 2.1.0)平台筛选出关键靶点,并构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,借助Cytoscape 3.9.1呈现网络分析。采用基因功能注释与集成分析数据库(Dateabase for Annotation,Visualization and Integrated Discovery,DAVID)进行共同靶点的基因本体(gene ontology,GO)功能和京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,使用AutoDock 1.5.7及PyMoL 2.4.0进行分子对接。结果:黄芩-蔓荆子共包含62个有效成分,作用于125个共同靶点。经PPI网络筛选确定了肿瘤抑制蛋白p53(tumor protein P53,TP53),丝氨酸/苏氨酸激酶1(v-akt murine thymoma viral oncogene homolog 1,AKT1)等关键靶点。GO功能富集分析了723个条目,涉及基因表达的正调控和药物反应等过程、细胞外间隙和细胞外区等成分,涵盖酶结合和相同蛋白质结合等功能。KEGG通路共138个条目,涉及癌症途径等多条信号通路。分子对接结果显示,活性成分与关键靶点之间具有显著的结合能力。结论:黄芩-蔓荆子中的槲皮素、木犀草素等活性成分可能通过炎症、抗氧化、黏膜修复相关的多条通路,在治疗GU中起着重要作用。
