目的:基于网络药理学和分子对接技术分析益气通脉丸防治深静脉血栓的潜在作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)、本草祖鉴(High-throughput Experiment and Re...目的:基于网络药理学和分子对接技术分析益气通脉丸防治深静脉血栓的潜在作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)、本草祖鉴(High-throughput Experiment and Reference for Herb Medicine,HERB)、瑞士医疗器械数据库(Swiss Database on Medical Devices,SwissADME)获取并筛选益气通脉丸的活性成分;通过SwissTargetPrediction数据库预测活性成分的作用靶点,构建“药物-活性成分-预测靶点”网络。通过人类基因数据库(The Human Gene Database,GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)、药物靶标数据库(Therapeutic Target Database,TTD)提取深静脉血栓疾病靶点,将成分靶点与疾病靶点取交集,获得潜在靶点。通过基因/蛋白质相互作用数据库(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins,STRING)及Cytoscape软件构建潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,筛选出益气通脉丸治疗深静脉血栓的关键靶点,再通过注释、可视化和综合发现数据库(Database for Annota-tion,Visualization and Integrated Discovery,DAVID)对潜在靶点进行基因本体(gene ontology,GO)与京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。并通过Autodock软件对主要活性成分及关键靶点进行分子对接。结果:筛选到益气通脉丸活性成分122个,预测到406个药物作用靶点,与疾病靶点取交集后得到潜在作用靶点156个;再通过潜在作用靶点PPI网络筛选到32个关键靶点。GO功能富集到946个条目,其中涉及719个生物过程、93个分子功能和134个细胞组分,KEGG通路富集分析共得到153条相关通路。分子对接显示主要活性成分与关键靶点具有良好的结合活性。结论:益气通脉丸通过多种活性成分作用于核因子κB亚基1(nuclear factor kappa B subunit 1,NFKB1)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、信号转导和转录激活因子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)等关键靶点,调控癌症通路、脂质和动脉粥样硬化、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(phosphatidylinos-itol 3-kinase/protein kinase B,PI3K-Akt)信号通路等多条通路,起到防治深静脉血栓的作用。展开更多
文摘目的:基于网络药理学和分子对接技术分析益气通脉丸防治深静脉血栓的潜在作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)、本草祖鉴(High-throughput Experiment and Reference for Herb Medicine,HERB)、瑞士医疗器械数据库(Swiss Database on Medical Devices,SwissADME)获取并筛选益气通脉丸的活性成分;通过SwissTargetPrediction数据库预测活性成分的作用靶点,构建“药物-活性成分-预测靶点”网络。通过人类基因数据库(The Human Gene Database,GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)、药物靶标数据库(Therapeutic Target Database,TTD)提取深静脉血栓疾病靶点,将成分靶点与疾病靶点取交集,获得潜在靶点。通过基因/蛋白质相互作用数据库(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins,STRING)及Cytoscape软件构建潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,筛选出益气通脉丸治疗深静脉血栓的关键靶点,再通过注释、可视化和综合发现数据库(Database for Annota-tion,Visualization and Integrated Discovery,DAVID)对潜在靶点进行基因本体(gene ontology,GO)与京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。并通过Autodock软件对主要活性成分及关键靶点进行分子对接。结果:筛选到益气通脉丸活性成分122个,预测到406个药物作用靶点,与疾病靶点取交集后得到潜在作用靶点156个;再通过潜在作用靶点PPI网络筛选到32个关键靶点。GO功能富集到946个条目,其中涉及719个生物过程、93个分子功能和134个细胞组分,KEGG通路富集分析共得到153条相关通路。分子对接显示主要活性成分与关键靶点具有良好的结合活性。结论:益气通脉丸通过多种活性成分作用于核因子κB亚基1(nuclear factor kappa B subunit 1,NFKB1)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、信号转导和转录激活因子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)等关键靶点,调控癌症通路、脂质和动脉粥样硬化、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(phosphatidylinos-itol 3-kinase/protein kinase B,PI3K-Akt)信号通路等多条通路,起到防治深静脉血栓的作用。
