目的应用成簇规律间隔短回文重复序列(clustered regularly inter-spaced short palindromic repeats,CRISPR)基因分型方法,对乌兰县分离鼠疫菌株进行CRISPR基因分型分析,以了解该地区鼠疫菌CRISPR类群和基因型。方法复苏培养乌兰县1966...目的应用成簇规律间隔短回文重复序列(clustered regularly inter-spaced short palindromic repeats,CRISPR)基因分型方法,对乌兰县分离鼠疫菌株进行CRISPR基因分型分析,以了解该地区鼠疫菌CRISPR类群和基因型。方法复苏培养乌兰县1966—2010年取自鼠疫患者、媒介昆虫和喜马拉雅旱獭的63株原始鼠疫菌株,提取其DNA,设计CRISPR的YPa、YPb、YPc 3个位点引物,利用PCR技术,对以上位点进行扩增,测定其扩增产物核酸序列并进行综合分析,将测得的CRISPR序列与文献最新报道的CRISPR Dictionary和美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)数据库进行比对,探索是否存在之前未出现的CRISPR间隔(spacer)类群和基因型别,分析菌株间可能的进化关系,最终确定乌兰县喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地鼠疫菌菌株的CRISPR基因库。结果63株鼠疫菌在3个CRISPR位点上共有16种spacer,其中YPa位点9种、YPb位点4种、YPc位点3种。63株鼠疫菌可被分为6个基因型,分别为G26-a1′、G26-a1′a4^(-)、G22-a4^(-)、G22、G22-a1′a4^(-)、G7,归为4大CRISPR类群,分别为Ca35′、Ca7、Ca7′、Cb4。Ca35′是该地区主要流行类群;Ca7和Ca7′分布在乌兰县东部的铜普镇和茶卡镇;Cb4仅存在于赛什克地区。结论青海省乌兰县鼠疫菌种群结构相对稳定,以Ca35′为主要种群,G26-a1′型为主要基因型,呈现显著的地区聚集特征,今后可以利用CRISPR基因分型技术加强该地区鼠疫溯源检测和防控工作。展开更多
文摘目的应用成簇规律间隔短回文重复序列(clustered regularly inter-spaced short palindromic repeats,CRISPR)基因分型方法,对乌兰县分离鼠疫菌株进行CRISPR基因分型分析,以了解该地区鼠疫菌CRISPR类群和基因型。方法复苏培养乌兰县1966—2010年取自鼠疫患者、媒介昆虫和喜马拉雅旱獭的63株原始鼠疫菌株,提取其DNA,设计CRISPR的YPa、YPb、YPc 3个位点引物,利用PCR技术,对以上位点进行扩增,测定其扩增产物核酸序列并进行综合分析,将测得的CRISPR序列与文献最新报道的CRISPR Dictionary和美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)数据库进行比对,探索是否存在之前未出现的CRISPR间隔(spacer)类群和基因型别,分析菌株间可能的进化关系,最终确定乌兰县喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地鼠疫菌菌株的CRISPR基因库。结果63株鼠疫菌在3个CRISPR位点上共有16种spacer,其中YPa位点9种、YPb位点4种、YPc位点3种。63株鼠疫菌可被分为6个基因型,分别为G26-a1′、G26-a1′a4^(-)、G22-a4^(-)、G22、G22-a1′a4^(-)、G7,归为4大CRISPR类群,分别为Ca35′、Ca7、Ca7′、Cb4。Ca35′是该地区主要流行类群;Ca7和Ca7′分布在乌兰县东部的铜普镇和茶卡镇;Cb4仅存在于赛什克地区。结论青海省乌兰县鼠疫菌种群结构相对稳定,以Ca35′为主要种群,G26-a1′型为主要基因型,呈现显著的地区聚集特征,今后可以利用CRISPR基因分型技术加强该地区鼠疫溯源检测和防控工作。
