目的研究大连市2023—2024年分离的18株布鲁氏菌基因组特征,为布鲁氏菌分子溯源、毒力基因分析以及耐药机制的研究提供数据支持。方法对大连市2023—2024年分离自患者的18株布鲁氏菌进行生化鉴定和全基因组测序,利用基因组分析软件对全...目的研究大连市2023—2024年分离的18株布鲁氏菌基因组特征,为布鲁氏菌分子溯源、毒力基因分析以及耐药机制的研究提供数据支持。方法对大连市2023—2024年分离自患者的18株布鲁氏菌进行生化鉴定和全基因组测序,利用基因组分析软件对全基因组数据进行质控和基因组组装,同时从NCBI下载布鲁氏菌基因组序列,对组装基因组开展多位点序列分型(MLST)、全基因组单核苷酸多态性分析(whole-genome Single Nucleotide Polymorphism,wgSNP)、毒力基因和耐药基因分析。结果MLST分型结果:18株布鲁氏菌均为羊种布鲁氏菌ST8型。wgSNP结果:18株本地菌株和其他22株菌株被分为40个SNP型,所有菌株间均存在SNP差异,总SNP数为20590。通过系统发育分析,40株菌被分为3个主进化分支,2株本地菌株与呼和浩特、河北分离的菌株亲缘关系较近,位于主进化分支1上;4株本地菌株与通辽分离的菌株亲缘关系较近,位于主进化分支2上;其余12株本地菌株与其他19株菌株亲缘关系较近,均位于主进化分支3上,12株本地菌株与2株北京分离株、2株呼伦贝尔分离株位于主进化分支3的亚分支3b上,其他种的布鲁氏菌参考株均位于主进化分支3的亚分支3a上。DL230017BRU与DL231021BRU、DL240794BRU与DL240723BRU之间的SNP数均为2。18株菌株均有LPS、T4SS等13种毒力基因和adeF、Brucella suis mprF两种耐药基因。结论没有足够的流行病学信息支持这18株菌株为同一来源,且部分菌株与国内其他地区分离的菌株亲缘关系较近,但这些菌株具有潜在的致病性和耐药性,有必要开展连续监测,为布鲁氏菌病防控提供依据。展开更多
文摘目的 分析2023―2024年上海市报告猴痘病例的流行病学和临床特征,为疫情防控和临床诊治提供科学依据。方法 采用描述性流行病学方法,对上海市2023―2024年报告猴痘病例的流行病学和临床特征进行分析。结果 2023―2024年上海市报告猴痘病例118例,主要分布在2023年,发病高峰为7―8月。病例均为男性,中位年龄为33岁,96.61%为男男性行为者(men who have sex with men, MSM),45.76%为人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus, HIV)感染者,87.29%发病前21 d内存在男男性行为。潜伏期为1~18 d,平均7(5, 9)d。有症状者占98.30%,临床症状主要为皮疹(95.76%)、发热(63.56%)和淋巴结肿大(35.59%),首发症状以生殖器皮疹(52.54%)和发热(28.81%)为主。发现方式以主动就诊(92.37%)为主,就诊科室以皮肤(性病)科(50.00%)为主。发病至首次就诊时间间隔为0~42 d,平均时间间隔为3(1, 4)d。疱疹液或皮疹拭子核酸检测阳性率为100.00%,全基因组测序获得序列均为猴痘病毒Ⅱb分支。结论 上海市猴痘病原为Ⅱb分支病毒,主要在MSM人群中通过男男性接触传播。建议继续加强猴痘疫情监测,强化医务人员培训,加强健康干预,警惕猴痘Ⅰ型分支输入风险。
文摘目的研究大连市2023—2024年分离的18株布鲁氏菌基因组特征,为布鲁氏菌分子溯源、毒力基因分析以及耐药机制的研究提供数据支持。方法对大连市2023—2024年分离自患者的18株布鲁氏菌进行生化鉴定和全基因组测序,利用基因组分析软件对全基因组数据进行质控和基因组组装,同时从NCBI下载布鲁氏菌基因组序列,对组装基因组开展多位点序列分型(MLST)、全基因组单核苷酸多态性分析(whole-genome Single Nucleotide Polymorphism,wgSNP)、毒力基因和耐药基因分析。结果MLST分型结果:18株布鲁氏菌均为羊种布鲁氏菌ST8型。wgSNP结果:18株本地菌株和其他22株菌株被分为40个SNP型,所有菌株间均存在SNP差异,总SNP数为20590。通过系统发育分析,40株菌被分为3个主进化分支,2株本地菌株与呼和浩特、河北分离的菌株亲缘关系较近,位于主进化分支1上;4株本地菌株与通辽分离的菌株亲缘关系较近,位于主进化分支2上;其余12株本地菌株与其他19株菌株亲缘关系较近,均位于主进化分支3上,12株本地菌株与2株北京分离株、2株呼伦贝尔分离株位于主进化分支3的亚分支3b上,其他种的布鲁氏菌参考株均位于主进化分支3的亚分支3a上。DL230017BRU与DL231021BRU、DL240794BRU与DL240723BRU之间的SNP数均为2。18株菌株均有LPS、T4SS等13种毒力基因和adeF、Brucella suis mprF两种耐药基因。结论没有足够的流行病学信息支持这18株菌株为同一来源,且部分菌株与国内其他地区分离的菌株亲缘关系较近,但这些菌株具有潜在的致病性和耐药性,有必要开展连续监测,为布鲁氏菌病防控提供依据。
