目的分析深圳市人源布鲁菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析(multiple-locus variablenumber tandem repeat analysis,MLVA)分型,探讨布鲁菌在该地区的遗传变异情况及溯源调查,为制定有效的预防控制策略提供科学依据。方法基于全...目的分析深圳市人源布鲁菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析(multiple-locus variablenumber tandem repeat analysis,MLVA)分型,探讨布鲁菌在该地区的遗传变异情况及溯源调查,为制定有效的预防控制策略提供科学依据。方法基于全基因测序数据,采用MLVA分型方法,收集2005—2024年深圳市保存的191株人源布鲁菌分离株进行基因型分析,并使用BioNumerics v 7.6软件进行聚类分析,同时计算辛普森指数。结果基于MLVA-8分型,将191株菌株划分为13个基因型,羊种菌10种(42、43、45、58、63、114、115、196及2种未知型),猪种菌1种(4型)及牛种菌2种(36、113型),其中羊种42、43、63型占总数的89.01%。基于MLVA-11分型,分为14种,羊种布鲁菌均为“东地中海”组。基于MLVA-16分型对191株菌进行聚类分析结果显示,深圳市所有菌株分为3个群,123个基因型,呈现基因型别的多样性。辛普森指数0.000~0.900,Panel 1和Panel 2A多样性均低于Panel 2B。结论MLVA能有效进行布鲁菌的种属鉴定、菌株遗传多样性分析及分子流行病学溯源。深圳市人源布鲁菌MLVA分型显示,高度基因多态性及基因型共享,深圳市人感染布鲁菌病流行呈现散发病例及由共同来源引起的多种暴发事件,可能涉及跨区域传播和本地续发。因此,减少布鲁菌感染源在不同区域间的频繁流动,可能是控制人源布鲁菌病流行的有效措施。展开更多
目的对珠海市2013—2021年不同来源分离的创伤弧菌病原学特征与种群进化进行研究,初步建立该菌在本地的病原学特征数据库。方法采用国家标准方法分离鉴定不同来源的创伤弧菌,采用PCR技术对119株分离菌株进行毒力相关基因(vcgC/E)、生物...目的对珠海市2013—2021年不同来源分离的创伤弧菌病原学特征与种群进化进行研究,初步建立该菌在本地的病原学特征数据库。方法采用国家标准方法分离鉴定不同来源的创伤弧菌,采用PCR技术对119株分离菌株进行毒力相关基因(vcgC/E)、生物型(BT)和血清分型(SerE)的鉴定;脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对分离菌株分子分型,全基因组测序技术对分离菌株二代测序,构建核心基因组多位点序列分型(cgMLST)进化树,分析菌株的种群进化特征。结果119株创伤弧菌毒力相关基因vcg C/E和16S r RNA A/B分型结果显示共有5种型别,分别为CB型(104株,87.40%)、CA型(4株,3.36%)、EA型(4株,3.36%)、EB型(1株,0.84%)和CAB型(6株,5.04%);生物分型分为BT1型(109株,91.60%)和BT2型(10株,8.40%)。PFGE聚类呈现多样性,显示119株创伤弧菌可分为108种PFGE分子带型,相似度61.1%~100.0%。119株创伤弧菌通过cgMLST分析,共分为5个分支。结论珠海市2013—2021年不同来源创伤弧菌毒力相关基因型以CB型为优势型别,生物型以BT1为主。不同来源的创伤弧菌菌株遗传进化弥散性高,临床病人中分离出来的菌株有聚集成簇的现象,提示可能来源于同一克隆,遗传高度相关。展开更多
文摘目的分析深圳市人源布鲁菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析(multiple-locus variablenumber tandem repeat analysis,MLVA)分型,探讨布鲁菌在该地区的遗传变异情况及溯源调查,为制定有效的预防控制策略提供科学依据。方法基于全基因测序数据,采用MLVA分型方法,收集2005—2024年深圳市保存的191株人源布鲁菌分离株进行基因型分析,并使用BioNumerics v 7.6软件进行聚类分析,同时计算辛普森指数。结果基于MLVA-8分型,将191株菌株划分为13个基因型,羊种菌10种(42、43、45、58、63、114、115、196及2种未知型),猪种菌1种(4型)及牛种菌2种(36、113型),其中羊种42、43、63型占总数的89.01%。基于MLVA-11分型,分为14种,羊种布鲁菌均为“东地中海”组。基于MLVA-16分型对191株菌进行聚类分析结果显示,深圳市所有菌株分为3个群,123个基因型,呈现基因型别的多样性。辛普森指数0.000~0.900,Panel 1和Panel 2A多样性均低于Panel 2B。结论MLVA能有效进行布鲁菌的种属鉴定、菌株遗传多样性分析及分子流行病学溯源。深圳市人源布鲁菌MLVA分型显示,高度基因多态性及基因型共享,深圳市人感染布鲁菌病流行呈现散发病例及由共同来源引起的多种暴发事件,可能涉及跨区域传播和本地续发。因此,减少布鲁菌感染源在不同区域间的频繁流动,可能是控制人源布鲁菌病流行的有效措施。
文摘目的对珠海市2013—2021年不同来源分离的创伤弧菌病原学特征与种群进化进行研究,初步建立该菌在本地的病原学特征数据库。方法采用国家标准方法分离鉴定不同来源的创伤弧菌,采用PCR技术对119株分离菌株进行毒力相关基因(vcgC/E)、生物型(BT)和血清分型(SerE)的鉴定;脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术对分离菌株分子分型,全基因组测序技术对分离菌株二代测序,构建核心基因组多位点序列分型(cgMLST)进化树,分析菌株的种群进化特征。结果119株创伤弧菌毒力相关基因vcg C/E和16S r RNA A/B分型结果显示共有5种型别,分别为CB型(104株,87.40%)、CA型(4株,3.36%)、EA型(4株,3.36%)、EB型(1株,0.84%)和CAB型(6株,5.04%);生物分型分为BT1型(109株,91.60%)和BT2型(10株,8.40%)。PFGE聚类呈现多样性,显示119株创伤弧菌可分为108种PFGE分子带型,相似度61.1%~100.0%。119株创伤弧菌通过cgMLST分析,共分为5个分支。结论珠海市2013—2021年不同来源创伤弧菌毒力相关基因型以CB型为优势型别,生物型以BT1为主。不同来源的创伤弧菌菌株遗传进化弥散性高,临床病人中分离出来的菌株有聚集成簇的现象,提示可能来源于同一克隆,遗传高度相关。
