本研究采用QIA-GEN公司生产的粪便DNA提取试剂盒(QIAamp DNA Stool Mini Kit)进行马鹿粪便样品的提取,检测27对马鹿近缘种鹿科动物微卫星座位的多态性分布,评估其遗传多样性,并探讨其用于个体识别的可行性。结果表明:11个微卫星位点的...本研究采用QIA-GEN公司生产的粪便DNA提取试剂盒(QIAamp DNA Stool Mini Kit)进行马鹿粪便样品的提取,检测27对马鹿近缘种鹿科动物微卫星座位的多态性分布,评估其遗传多样性,并探讨其用于个体识别的可行性。结果表明:11个微卫星位点的平均杂合度在0.513-0.715之间变动,基因杂合度最小位点是T507,基因杂合度最大的位点有2个,分别是BM848和T530,平均为0.614。多态性信息含量值(PIC)在0.264-0.764之间变动,最小的为BM848,最大的是T501,平均值为0.595,其中CSSM19、T123、T156、N、BM203、OCAM、T507、T530、T501和C143平均PIC在0.5以上,为高度多态位点;BM848位点的PIC值在0.25~0.5之间,为中度多态位点。11个位点无偏随机识别概率P(ID)为1.408×10^(-3),累计个体鉴别力为99.99%。因此,这11个位点完全能够满足马鹿个体识别分析的要求。展开更多
过度开发、非法猎捕和利用野生动物资源已经成为威胁生物多样性的重要因素。将野外非法获取的动物混入合法养殖动物中掩盖违法犯罪的行为层出不穷,因此需要从科学鉴定角度区分不同来源的动物。骨骼肌是非法猎捕和贸易的主要目标产品,但...过度开发、非法猎捕和利用野生动物资源已经成为威胁生物多样性的重要因素。将野外非法获取的动物混入合法养殖动物中掩盖违法犯罪的行为层出不穷,因此需要从科学鉴定角度区分不同来源的动物。骨骼肌是非法猎捕和贸易的主要目标产品,但尚没有有效的方法鉴别其来源。本研究以被归入《国家畜禽资源目录》的新型家禽,同时又是“三有”物种的环颈雉(Phasianus colchicus)为例,采用甲基化敏感性高分辨率熔解曲线技术(methylation-sensitive high resolution melting,MS-HRM)测试了26个甲基化水平在野生和圈养环颈雉之间具有潜在差异的位点,得到11个可以稳定检测的位点。统计分析发现,LOC116232884、NFATC2、FGF9-3、FGF9-2、MAPK8、DUSP10和MYCN七个位点在两组间的甲基化水平差异达到显著或极显著水平(P=0.000~0.004),各位点整体正确鉴别率为62.22%~82.78%,累积鉴别能力可达99.99993%。研究结果为建立鉴别野生和圈养环颈雉的方法提供了位点资源和检测方法,也为解决其他同类物种的鉴别问题提供了借鉴。展开更多
银鱼是我国重要的经济鱼类,为了解云南杞麓湖和星云湖银鱼群体的遗传多样性与遗传结构,经PCR扩增与测序获得653 bp COI和1205 bp Cytb基因序列。COI基因39条序列共检测到5个单倍型,单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0...银鱼是我国重要的经济鱼类,为了解云南杞麓湖和星云湖银鱼群体的遗传多样性与遗传结构,经PCR扩增与测序获得653 bp COI和1205 bp Cytb基因序列。COI基因39条序列共检测到5个单倍型,单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0.323±0.093、0.00060±0.00020、0.39406。Cytb基因38条序列共检测到6个单倍型,单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0.413±0.097、0.00102±0.00033、1.22760。COI和Cytb基因的AMOVA分子变异显示群体内的方差组分比率(92.39%,87.03%)大于群体间的方差组分比率(7.61%,12.97%),显示遗传变异主要发生在群体内;且群体间存在中度遗传分化和基因流。COI系统发育树显示杞麓湖和星云湖银鱼序列同新银鱼属未定种、太湖新银鱼和陈氏新银鱼聚为单系支;Cytb树显示两湖银鱼序列同太湖新银鱼和陈氏新银鱼聚为单系支,支持率为100%。单倍型网络图显示两湖银鱼群体的所有单倍型并没有单独聚在一起。此外,COI基因的中性检验和核苷酸错配分布结果显示杞麓湖和两个湖泊总的数据集的群体在历史上发生过群体扩张事件。上述结果表明杞麓湖和星云湖银鱼群体遗传多样性水平较低,无显著的群体遗传结构。展开更多
文摘本研究采用QIA-GEN公司生产的粪便DNA提取试剂盒(QIAamp DNA Stool Mini Kit)进行马鹿粪便样品的提取,检测27对马鹿近缘种鹿科动物微卫星座位的多态性分布,评估其遗传多样性,并探讨其用于个体识别的可行性。结果表明:11个微卫星位点的平均杂合度在0.513-0.715之间变动,基因杂合度最小位点是T507,基因杂合度最大的位点有2个,分别是BM848和T530,平均为0.614。多态性信息含量值(PIC)在0.264-0.764之间变动,最小的为BM848,最大的是T501,平均值为0.595,其中CSSM19、T123、T156、N、BM203、OCAM、T507、T530、T501和C143平均PIC在0.5以上,为高度多态位点;BM848位点的PIC值在0.25~0.5之间,为中度多态位点。11个位点无偏随机识别概率P(ID)为1.408×10^(-3),累计个体鉴别力为99.99%。因此,这11个位点完全能够满足马鹿个体识别分析的要求。
文摘过度开发、非法猎捕和利用野生动物资源已经成为威胁生物多样性的重要因素。将野外非法获取的动物混入合法养殖动物中掩盖违法犯罪的行为层出不穷,因此需要从科学鉴定角度区分不同来源的动物。骨骼肌是非法猎捕和贸易的主要目标产品,但尚没有有效的方法鉴别其来源。本研究以被归入《国家畜禽资源目录》的新型家禽,同时又是“三有”物种的环颈雉(Phasianus colchicus)为例,采用甲基化敏感性高分辨率熔解曲线技术(methylation-sensitive high resolution melting,MS-HRM)测试了26个甲基化水平在野生和圈养环颈雉之间具有潜在差异的位点,得到11个可以稳定检测的位点。统计分析发现,LOC116232884、NFATC2、FGF9-3、FGF9-2、MAPK8、DUSP10和MYCN七个位点在两组间的甲基化水平差异达到显著或极显著水平(P=0.000~0.004),各位点整体正确鉴别率为62.22%~82.78%,累积鉴别能力可达99.99993%。研究结果为建立鉴别野生和圈养环颈雉的方法提供了位点资源和检测方法,也为解决其他同类物种的鉴别问题提供了借鉴。
文摘银鱼是我国重要的经济鱼类,为了解云南杞麓湖和星云湖银鱼群体的遗传多样性与遗传结构,经PCR扩增与测序获得653 bp COI和1205 bp Cytb基因序列。COI基因39条序列共检测到5个单倍型,单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0.323±0.093、0.00060±0.00020、0.39406。Cytb基因38条序列共检测到6个单倍型,单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0.413±0.097、0.00102±0.00033、1.22760。COI和Cytb基因的AMOVA分子变异显示群体内的方差组分比率(92.39%,87.03%)大于群体间的方差组分比率(7.61%,12.97%),显示遗传变异主要发生在群体内;且群体间存在中度遗传分化和基因流。COI系统发育树显示杞麓湖和星云湖银鱼序列同新银鱼属未定种、太湖新银鱼和陈氏新银鱼聚为单系支;Cytb树显示两湖银鱼序列同太湖新银鱼和陈氏新银鱼聚为单系支,支持率为100%。单倍型网络图显示两湖银鱼群体的所有单倍型并没有单独聚在一起。此外,COI基因的中性检验和核苷酸错配分布结果显示杞麓湖和两个湖泊总的数据集的群体在历史上发生过群体扩张事件。上述结果表明杞麓湖和星云湖银鱼群体遗传多样性水平较低,无显著的群体遗传结构。
